BACKGROUND/AIMS: Innate immune responses to HCV infection are triggered through host recognition of pathogen-associated molecular patterns. Interferons are critical for the protection against HCV infection. However, the pathways linking virus recognition to IFN induction remain poorly understood.
METHODS: Immune cells and Huh-7 cells were infected with HCV cell culture (HCVcc) or transfected with HCV-derived immunostimulatory RNA oligonucleotides (ORNs), and immune activation was assessed.
RESULTS: We found that HCVcc suppressed immune responses because the HCVcc protein impaired the PBMC an
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Viral genomes encode regulatory RNA structures that orchestrate key steps of viral replication and gene expression. Although these structures are increasingly recognized as critical regulators of viral function, their systematic characterization in an infection context and roles in regulating viral fitness and immune recognition in vivo remain limited. Here, we systematically map and functionally interrogate structured RNA elements across the murine norovirus genome using orthogonal in-cell chemical probing, revealing conserved motifs that regulate viral function. Targeted disruption of specif
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RNA targeted high-throughput assays that allow for rapid detection of high affinity binding ligands are important in RNA recognition studies. A number for fluorescent dyes have been reported that can assist in rapidly identifying nucleic acid (RNA) binding elements without the need for immobilization of RNA or the ligand. A number of these dyes are planar aromatic molecules that bind non-specifically to nucleic acids and often distort their parent nucleic acid structures leading to ambiguity in the interpretation of results. In this light, we report here, the use of an aminoglycoside (neomycin
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RNA molecules display remarkable heterogeneity in structure, dynamics, and function, yet methods for their precise visualization in living cells remain limited. While CRISPR-based RNA imaging holds great potential, existing systems often suffer from high background fluorescence due to constitutive signal emission or non-specific binding. To overcome these challenges, we developed CtDeg (CRISPR-dCas13-tDeg), a modular RNA imaging platform that links fluorescence activation directly to target RNA recognition while leveraging degron-mediated degradation to suppress background signals. By engineer
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
TAF15 is an RNA/ssDNA-binding protein and transcriptional activator implicated in diseases such as cancer and ALS. Its C-terminal low-comple … upt this interaction and diminish hnRNPA0-mediated transcriptional activation. hnRNPA0 contains the RNA recognition motif and LC domain, both of which are required for hnRNPA0 to promote transcription. Furthermore, ALS-linked mutations in TAF15 impair its ability to undergo phase separation, reduce binding to hnRNPA0, and eliminate transcriptional enhancement. These fi …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Gene expression and metabolism are coupled at numerous levels. Cells must sense and respond to nutrients in their environment, and specializ … y inhibited by 18-22 carbon ω-9 monounsaturated fatty acids. The fatty acid binds to the N-terminal RNA Recognition Motif (RRM) and induces a conformational change that prevents RNA association. Musashi proteins are critical for development of the brain, blood, and epithelium. We identify stearoyl-CoA desaturase-1 as a MSI1 target, revealing a feedback loop between ω-9 …
Поиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Germ cells frequently develop in syncytial clusters. We are using molecular genetic approaches to the formation of these clusters in Drosophila as a paradigm for cellular differentiation. The genes described in this paper act during an initial step of cluster formation (bag-of-marbles gene [bam]) and near the end of syncytial divisions (orb gene). The results presented suggest that the bam gene product is required for the four incomplete cytokineses that characterize the initial stages of cluster formation. The orb gene, previously identified as an ovarian-specific cDNA which predicts a new me
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The Alu domain of the signal recognition particle (SRP) arrests protein biosynthesis by competition with elongation factor binding on the ribosome. The mammalian Alu domain is a protein-RNA complex, while prokaryotic Alu domains are protein-free with significant extensions of the RNA. Here we report the crystal structure of the complete Alu domain of Bacillus subtilis SRP RNA at 2.5 Å resolution. The bacterial Alu RNA reveals a compact fold, which is stabilized by prokaryote-specific extensions and interactions. In this 'closed' conformation, the 5' and 3' regions are clamped together by the a
Поиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Nucleic acids are major structures detected by the innate immune system. Although intracellular single-stranded DNA (ssDNA) accumulates during pathogen infection or disease, it remains unclear whether and how intracellular ssDNA stimulates the innate immune system. Here, we report that intracellular ssDNA triggers cytokine expression and cell death in a CGT motif-dependent manner. We identified Schlafen 11 (SLFN11) as an ssDNA-activated RNase, which is essential for the innate immune responses induced by intracellular ssDNA and adeno-associated virus infection. We found that SLFN11 directly bi
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RNA-binding proteins (RBPs) are attractive targets in human pathologies. Despite a number of efforts to target RBPs with small molecules, it is still difficult to develop RBP inhibitors, asking for a deeper understanding of how to chemically perturb RNA-binding activity. In this study, we found that the thiopurine drugs (6-mercaptopurine and 6-thioguanine) effectively disrupt CELF1-RNA interaction. The disrupting activity relies on the formation of disulfide bonds between the thiopurine drugs and CELF1. Mutating the cysteine residue proximal to the RNA recognition motifs (RRMs), or adding redu…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
U2 small nuclear RNA auxiliary factor 2 (U2AF2) is an essential pre-mRNA splicing factor in an early step of splicing. Alternative splicing … .445C>T, p.(Arg149Trp)) using trio-based whole-exome sequencing. This residue was positioned in the RNA recognition motif 1 which recognizes a polypyrimidine-tract splice site signal. The patient showed global developmental delay, intellectual disability, epilepsy, short stature, microcephaly, facial dysmorphism, intermittent exotropia, bilateral ptosis, muscle hypoton …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Hu antigen R (HuR), an RNA-binding protein implicated in cancer, inflammation, and neurodegenerative disorders, represents a challenging target for drug discovery due to its large solvent-exposed RNA-binding interface and pronounced conformational flexibility. HuR contains tandem RNA recognition motifs (RRM1 and RRM2) that undergo substantial rearrangements between an apo open state and an RNA-bound closed conformation. Here, we investigated both states using molecular dynamics (MD) simulations. While the RNA-bound complex maintained a stable closed architecture, the apo form displayed extensi…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chemical modifications of transfer RNAs (tRNAs) fine-tune the recognition of messenger RNA codons on the ribosome for accurate protein translation. Uridine 34 (U34) of the anticodon of three tRNAs is modified in all domains of life. In bacteria, U34 is modified at C5 by aminomethyl derivatives by MnmE/MnmG enzymes and at C2 by a sulfur atom by MnmA enzymes from two distinct classes. C-type MnmAs possess a CXXC+ C catalytic motif, in which cysteines bind a [4Fe-4S] cluster essential for catalysis. D-type MnmAs possess a DXXC+ C catalytic motif, which can also bind a [4Fe-4S] cluster, but the fu
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Neurodevelopmental disorders (NDDs) often remain unexplained due to limited assessment of non-coding genomic elements. Motivated by recent reports implicating RNU4-2, which encodes a spliceosomal small nuclear RNA (snRNA), we analyzed whole-genome sequencing data from 15 450 Korean individuals, including 2797 unrelated NDD probands. Rare pathogenic RNU4-2 variants were identified in 20 probands (0.72%), including 17 (85%) with a recurrent n.64_65insT variant. RNA secondary structure modeling and molecular dynamics simulations demonstrated that n.64_65insT disrupts the U4/U6 snRNA duplex and im
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Dysregulation of the transcription factor MYB plays a critical role in leukemia pathogenesis, progression, and prognosis; however, the detailed regulatory mechanisms of MYB remain unclear. Recently, we identified an enhancer long noncoding RNA (lncRNA) MY34UE-AS, which upregulates MYB expression. Here, we demonstrate that non-POU-domain-containing octamer binding protein (NONO) binds to MY34UE-AS through its RNA recognition motif 2 (RRM2) domain, thereby upregulating MYB expression and splicing. This interaction drives leukemia cell proliferation and migration. Our findings unveil a novel regu…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Proteins that bind to intrinsically disordered proteins (IDPs) and intrinsically disordered regions (IDRs) with high affinity and specificity could be useful for therapeutic and diagnostic applications1-4. However, a general methodology for targeting IDPs or IDRs has yet to be developed. Here we show that starting only from the target sequence of the input, and freely sampling both target and binding protein conformations, RFdiffusion5 can generate binders to IDPs and IDRs in a wide range of conformations. We used this approach to generate binders to the IDPs amylin, C-peptide, VP48 and BRCA1_
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Autism spectrum disorder (ASD) is a neurodevelopmental disorder (NDD) that affects approximately 4% of males and 1% of females in the United States. While causes of ASD are multi-factorial, single rare genetic variants contribute to around 20% of cases. Here, we report a case series of seven unrelated probands (6 males, 1 female) with ASD or another variable NDD phenotype attributed to de novo heterozygous loss of function or missense variants in the gene LARP1 (La ribonucleoprotein 1). LARP1 encodes an RNA-binding protein that post-transcriptionally regulates the stability and translation of
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Stress granules (SGs) are membraneless ribonucleoprotein (RNP)-based cellular foci formed in response to stress, facilitating cell survival by protecting against damage. Mammalian spermatogenesis should be maintained below body temperature for proper development, indicating its vulnerability to heat stress (HS). In this study, biotin tracer permeability assays showed that the inhibition of heat-induced SG assembly in the testis by 4-8 mg/kg cycloheximide significantly increased the percentage of seminiferous tubules with a damaged blood-testis barrier (BTB). Western blot results additionally r
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Rubella virus (RUBV) replicates slowly and to low titre in vertebrate cultured cells, with minimal cytopathology. To determine whether a cellular stress response is induced during such an infection, the formation of Ras-GAP-SH3 domain-binding protein (G3BP)-containing stress granules (SGs) in RUBV-infected cells was examined. Late in infection, accumulation of G3BP granules was detected, albeit in fewer than half of infected cells. Active virus RNA replication was required for induction of these granules, but they were found to differ from SGs induced by arsenite treatment both in composition
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Arginine methylation is a prevalent post-translational modification that plays a critical role in regulating the function of RNA-binding proteins [RBPs]. RBPs are the largest class of arginine methylated proteins. Catalyzed by protein arginine methyltransferases [PRMTs], this modification influences RNA recognition, binding affinity, and the formation of RNA-protein complexes. This impacts diverse cellular processes such as RNA splicing, transport, stability, and translation. Arginine methylation of RGG motifs modulates RBP behavior, with implications for normal physiology and disease states,
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования