BACKGROUND: Neuromuscular junctions (NMJs) are chemical synapses formed between motor neurons and skeletal muscle fibers and are essential f … ic regions (NSRs) of diaphragm samples from newborn (P0) and adult (3-month-old) mice were used for RNA-seq. A total of 92 and 182 genes were identified as differentially expressed between the SR and NSR in newborn and adult mice, respectively. Meanwhile, a total of 1563 genes were identified as differentially expressed between the newborn SR and adult SR …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The present study aimed to further clarify the genetic mechanisms responsible for the antimicrobial resistance of Serratia marcescens (S. marcescens) using RNA sequencing. Three drug‑susceptible S. marcescens strains (named MYQT1, MYQT2, and MYQT3) and three multidrug‑resistant S. marcescens strains (named MYQT4, MYQT5, and MYQT6) were isolated from six different patients and subjected to RNA sequencing. Differentially expressed genes (DEGs) between the multidrug‑resistant S. marcescens strains and drug‑susceptible strains were screened and compared, followed by functional enrichment analysis.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Next-generation sequencing (NGS) enables high-throughput transcriptome profiling using the RNA-Seq assay, resulting in billions of short sequence reads. Worldwide adoption has been rapid: many laboratories worldwide generate transcriptome sequence reads daily. Here, we describe methods for obtaining a sample's human leukocyte antigen (HLA) class I and II types and HLA expression using standard NGS RNA-Seq sequence reads. We demonstrate the application using our algorithm, seq2HLA, and a publicly available RNA-Seq dataset from the Burkitt lymphoma cell line Raji.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Giardia intestinalis is a common cause of diarrheal disease and it consists of eight genetically distinct genotypes or assemblages (A-H). On … isolates were studied (WB (AI), AS175 (AII), P15 (E) and GS (B)) using paired-end, strand-specific RNA-seq. Most of the genome was transcribed in trophozoites grown in vitro, but at vastly different levels. RNA-seq confirmed many of the present annotations and refined the current genome annotation. Gene expression divergence was found to recapitulate the …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Sclerotinia homoeocarpa causes dollar spot disease, the predominate disease on highly-maintained turfgrass. Currently, there are major gaps in our understanding of the molecular interactions between S. homoeocarpa and creeping bentgrass. In this study, 454 sequencing technology was used in the de novo assembly of S. homoeocarpa and creeping bentgrass transcriptomes. Transcript sequence data obtained using Illumina's first generation sequencing-by-synthesis (SBS) were mapped to the transcriptome assemblies to estimate transcript representation in different SBS libraries. SBS libraries included
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Schistosoma mansoni is one of the agents of schistosomiasis, a chronic and debilitating disease. Here we present a transcriptome-wide characterization of adult S. mansoni males by high-throughput RNA-sequencing. We obtained 1,620,432 high-quality ESTs from a directional strand-specific cDNA library, resulting in a 26% higher coverage of genome bases than that of the public ESTs available at NCBI. With a 15×-deep coverage of transcribed genomic regions, our data were able to (i) confirm for the first time 990 predictions without previous evidence of transcription; (ii) correct gene predictions;…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Somatic variants are increasingly recognized as contributors to diverse non-cancer, developmental, and aging-related disorders. However, most tools for detecting somatic single-nucleotide variants (sSNVs) were designed for DNA sequencing and primarily tailored to cancer datasets, leaving a critical gap in harnessing the rich potential of RNA-seq for sSNV identification, particularly in non-cancer tissues with low mutation rates. Here, we introduce RNA-MosaicHunter, a novel bioinformatic tool for accurate sSNV detection from bulk RNA-seq. In two benchmarking datasets, it demonstrated high preci…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Salmonella virulence chiefly relies upon two major pathogenicity islands, SPI-1 and SPI-2, which enable host cell invasion and intracellular survival, respectively. Growing evidence suggests post-transcriptional control of SPI gene expression by Hfq-dependent small regulatory RNAs (sRNAs) such as PinT. This 80-nucleotide sRNA is highly expressed after Salmonella enters host cells and modulates the transition from the SPI-1 to SPI-2 program by targeting the mRNAs of different virulence factors. However, it remains unclear how PinT activity can be counteracted when the suppression of virulence g
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Virus-to-host RNA-RNA interactions directly regulate host mRNA stability and viral replication. However, globally profiling virus-to-host in situ RNA-RNA interactions remains challenging. Here, we present an RNA in situ conformation sequencing (RIC-seq)-based protocol for mapping high-confidence virus-to-host in situ RNA-RNA interactions in infected cells. We detail steps for formaldehyde crosslinking, pCp-biotin labeling, in situ proximity ligation, chimeric RNA enrichment, strand-specific library construction, and data analysis. This protocol allows unbiased identification of virus-to-host R
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Circular RNA (circRNA) is one type of noncoding RNA that forms a covalently closed continuous loop. Similar to long noncoding RNA (lncRNA), circRNA can act as microRNA (miRNA) 'sponges' to regulate gene expression, and its abnormal expression is related to diseases such as atherosclerosis, nervous system disorders and cancer. So far, there have been no systematic studies on circRNA abundance and expression profiles in human adult and fetal tissues.
RESULTS: We explored circRNA expression profiles using RNA-seq data for six adult and fetal normal tissues (colon, heart, kidney, live…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
High-throughput RNA sequencing (RNA-seq) has become an instrumental assay for the analysis of multiple aspects of an organism's transcriptome. Further, the analysis of a biological specimen's associated microbiome can also be performed using RNA-seq data and this application is gaining interest in the scientific community. There are many existing bioinformatics tools designed for analysis and visualization of transcriptome data. Despite the availability of an array of next generation sequencing (NGS) analysis tools, the analysis of RNA-seq data sets poses a challenge for many biomedical resear…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mitophagy's role in ulcerative colitis (UC) is not fully understood. This study explores mitophagy's impact on UC and aims to create a diagnostic model. The transcriptomic datasets of patients with UC and healthy controls were obtained from the Gene Expression Omnibus database. The mitophagy-related differentially expressed genes (MRDEGs) and hub genes were identified by weighted gene co-expression network and protein-protein interaction (PPI) network analysis. Networks of mRNA-miRNA and mRNA-TF were established to detect pertinent mechanisms. CIBERSORT was used to evaluate association between
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Subclinical hypothyroidism (SCH) is associated with multiple adverse outcomes in early pregnancy. This study aims to explore the regulatory mechanisms underlying histone lactylation modification in early pregnancy with SCH. Peripheral blood mononuclear cells were collected from early pregnant women with or without SCH. RNA sequencing (RNA-seq) and chromatin immunoprecipitation sequencing (ChIP-seq) analyses were performed to identify the transcriptional pattern and histone lactylation modification in early pregnancy with SCH. RNA-seq analysis revealed that the differentially expressed genes as…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Increasing evidence shows that cancer-associated fibroblasts (CAFs) contribute to tumor progression, create an immunosuppressive microenvironment, and promote resistance to immunotherapy. However, the CAF-related gene signature in pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) remains largely unexplored. In our study, we constructed a nine-gene CAF-related signature and found that it strongly correlated with the prognosis of PDAC patients in different cohorts. Subsequently, we found that the CAF-related gene signature was associated with the genomic alteration landscape, immune infiltration landscape
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pancreatic cancer remains a highly lethal malignancy with limited therapeutic efficacy and untapped immunotherapeutic potential, largely constrained by immune cell heterogeneity in the tumour microenvironment. Tumour-associated macrophages (TAMs), especially tissue-resident macrophages (TRMs), exert complex regulatory roles in tumour progression. Here, we integrated single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) and bulk RNA sequencing (bulk-seq) data from the GEO and TCGA databases to characterize macrophage heterogeneity and its functional impacts in pancreatic cancer. We delineated the tumour micro…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: Tuberculosis (TB) is a serious global health problem, and the molecular mechanisms underlying TB pathogenesis remain poorly understood to date. Differential expression of many genes is an important contributor to TB, and poly(A) tails have previously unrecognized regulatory roles in this process that may impact gene expression. In this study, we combined Poly(A)-seq and RNA-seq to preliminarily investigate the link between poly(A) tail length and gene expression regulation in TB. The results indicated that the majority of genes harbor a longer poly(A) tail in TB, and the transcript…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Disulfidptosis is a newly discovered mode of cell death. However, its biological mechanism in bladder cancer (BLCA) is still uncharacterized. In this investigation, we firstly examined the expression and mutation of disulfidptosis-related genes (DRGs) in BLCA. Two disulfidptosis phenotypes associated with DRGs expression patterns and immune cell infiltration were built. A disulfidptosis risk score signature was constructed based on ten differentially expressed genes (DEGs) between the disulfidptosis subtypes, which allowed patients to be stratified into high- and low-risk groups. We further co
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Aflatoxin 1. (AFB1) threatens animal health and dairy safety, but mammary-protective interventions remain poorly defined. We evaluated whether S-methylmethionine (SMM; commonly known as vitamin U) attenuates AFB1-associated injury using MAC-T bovine mammary epithelial cells, a mouse mammary model, biochemical assays, RT-qPCR, Western blotting, H&E staining, and exploratory ATAC-seq/RNA-seq analysis. Under 4 μg/mL (approximately 12.81 μM) AFB1 challenge, 1 mM SMM increased MAC-T cell viability by 14.1% (Tukey-adjusted p = 0.0387) and reduced LDH release by 38.2% (p = 0.000236) relative to the A…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The primary effector cells involved in the formation of hypertrophic scars are fibroblasts. A potential peptide, ADSCP2 (adipose-derived ste … lysis of assay for transposase accessible chromatin using sequencing (ATAC-seq) and RNA sequencing (RNA-seq). In the ADSCP2 treatment group, ATAC-seq identified a total of 7,805 differential peaks associated with 3,176 genes. RNA-seq analysis revealed 345 upregulated and 399 downregulated transcripts in the same group. A combined Kyoto Encyclopedia of Gen …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: Genetic studies on ankylosing spondylitis (AS) have identified more than 100 pathogenic genes. Building a bridge between these genes and biologically targeted therapies is the current research hotspot.
METHODS: We integrated single-cell assaying transposase-accessible chromatin sequencing (scATAC-seq) and single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) to explore the key genes and related mechanisms associated with AS pathogenesis.
RESULTS: We identified 18 cell types in peripheral mononuclear cells from patients with AS and normal controls and summarized the cell-type-specific abnormal ge…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования