Most RNA-binding small molecules have limited solubility, weak affinity and/or lack of specificity, restricting the medicinal chemistry often required for lead compound discovery. We reasoned that conjugation of these unfavorable ligands to a suitable 'host' molecule can solubilize the 'guest' and deliver it site-specifically to an RNA of interest to resolve these issues. Using this framework, we designed a small-molecule library that was hosted by cobalamin (Cbl) to interact with the Cbl riboswitch through a common base displacement mechanism. Combining in vitro binding, cell-based assays, ch…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Most RNA-binding small molecules have limited solubility, weak affinity, and/or lack of specificity, restricting the medicinal chemistry often required for lead compound discovery. We reasoned that conjugation of these unfavorable ligands to a suitable "host" molecule can solubilize the "guest" and deliver it site-specifically to an RNA of interest to resolve these issues. Using this framework, we designed a small molecule library that was hosted by cobalamin (Cbl) to interact with the Cbl riboswitch through a common base displacement mechanism. Combining in vitro binding, cell-based assays, c…
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Guanidine-responsive riboswitches control genes that enable either detoxification or assimilation of guanidino compounds. In Vreelandella boliviensis and other halophilic bacteria, genes encoding the guanidine carboxylase pathway are found in a guanidine riboswitch-regulated operon, along with two uncharacterized genes annotated as 2-oxoglutarate (2-OG/Fe(II))-dependent dioxygenase family protein and hypothetical protein, respectively. Here we show that the 2-OG/Fe(II)-dependent dioxygenase efficiently hydroxylates methylguanidine. The resulting N-(hydroxymethyl)guanidine constitutes an unexpe…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: The sibling sRNAs NgncR_162 and NgncR_163 are global post-transcriptional regulators of Neisseria gonorrhoeae metabolism, which … a tricistronic operon, is upregulated in the presence of glycine via a translational tandem glycine riboswitch. In the absence of glycine, aptamer 2 contributes to the formation of an inhibitory secondary structure that sequesters the ribosomal-binding site of gcvT, which notably is also targeted by the sibling sRNAs. To our knowledge, this is the first exam …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We report expression and mutant phenotypes for a gene cluster in Sinorhizobium meliloti, designated cbtJKL, that has been shown to encode an ABC-type cobalt transport system. Transcription of cbtJKL initiated 384 nucleotides upstream from the cbtJ translation start codon, and the resulting 5' region contained a putative B(12)riboswitch. Expression of the cbtJKL genes appeared to be controlled by (cobalt-loaded) cobalamin interacting at the B(12)riboswitch, since (i) a putative B(12)riboswitch was located within this large upstream region, (ii) cbtJ transcription was repressed upon addition of …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The riboflavin biosynthetic pathway is a promising target for the development of novel antimycobacterial drugs given the lack of riboflavin … Further, molecular docking and binding experiments with representative flavin mononucleotide (FMN) riboswitch suggested that the riboflavin analogs exhibited antimycobacterial activity plausibly through FMN riboswitch-mediated repression of riboflavin biosynthesis. In addition to FMN riboswitch, flavoproteins involved in the flavin biosynthesis could also b …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Systems for conditional gene expression are powerful tools in basic research as well as in biotechnology. For future applications, it is of great importance to engineer orthogonal genetic switches that function reliably in diverse contexts. RNA-based switches have the advantage that effector molecules interact immediately with regulatory modules inserted into the target RNAs, getting rid of the need of transcription factors usually mediating genetic control. Artificial riboswitches are characterized by their simplicity and small size accompanied by a high degree of modularity. We have recently…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Residing in the 5' untranslated region of the mRNA, the 2'-deoxyguanosine (2'-dG) riboswitch mRNA element adopts an alternative structure upon binding of the 2'-dG molecule, which terminates transcription. RNA conformations are generally strongly affected by positively charged metal ions (especially Mg2+). We have quantitatively explored the combined effect of ligand (2'-dG) and Mg2+ binding on the energy landscape of the aptamer domain of the 2'-dG riboswitch with both explicit solvent all-atom molecular dynamics simulations (99 μsec aggregate sampling for the study) and selective 2'-hydroxyl…
Поиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The biological role of biomolecules is intimately linked to their structural dynamics. Experimental or computational techniques alone are often insufficient to determine accurate structural ensembles in atomic detail. We use all-atom molecular dynamics (MD) simulations and couple it to small-angle X-ray scattering (SAXS) experiments to resolve the structural dynamics of RNA molecules. To accomplish this task, we utilize a set of re-weighting and biasing techniques tailored for RNA molecules. To showcase our approach, we study two RNA molecules: a riboswitch that shows structural variations upo…
Поиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Rhizobia are symbiotic bacteria able to invade and colonize the roots of legume plants, inducing the formation of nodules, where bacteria reduce atmospheric nitrogen (N2) to ammonia (NH3). Riboflavin availability influences the capacity of rhizobia to survive in the rhizosphere and to colonize roots. In this study, we identified the RL1692 gene of Rhizobium leguminosarum downstream of a flavin mononucleotide (FMN) riboswitch. RL1692 encodes a putative transmembrane permease with two EamA domains. The presence of an FMN riboswitch regulating a transmembrane protein is usually observed in ribofl…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Guanidine is a protein denaturant that is a widely used constituent in explosives, plastics, and resins. Its effects on muscle contraction were initially reported in 1876, which eventually led to the use of guanidine as a treatment for certain ataxia symptoms such as those caused by Lambert-Eaton disease. However, its mechanisms of therapeutic action remained unknown. Guanidine was recently found to be a widespread natural metabolite through the discovery of four bacterial riboswitch classes that selectively recognize this compound. Here, we report the discovery and biochemical validation of v…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We recently reported that the Thermotogales acquired the ability to synthesize vitamin B12 by acquisition of genes from two distantly relate … ls grown on cobinamide-deficient medium. Upstream of the cobinamide salvage genes is a putative B12 riboswitch. In other organisms, B12 riboswitches allow for higher transcriptional activity in the absence of B12. When Tt. lettingae was grown with no B12, the salvage genes were upregulated compared to cells grown with B12 or cobinamide. Another gene cluster …
СтатьяПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Recombinant protein expression in mycobacteria faces two major challenges: limited regulatory tools for inducible expression and inefficient secretion of heterologous products. In this study, we developed plasmid-based systems that enable translationally gated secretion in Mycobacterium smegmatis, coupling riboswitch-mediated translational control with efficient extracellular export. The platform integrates the M. tuberculosis antigen 85A promoter and signal peptide for constitutive secretion combined with synthetic riboswitches for inducible translational regulation. We tested two theophyllin…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The emerging development of antibiotic resistant bacteria calls for novel types of antibacterial agents. In this work we examined the putative antibacterial effect of purine analogs in Listeria monocytogenes. We show that, among several tested purine analogs, only 6-N-hydroxylaminopurine (6-N-HAP) reduces the viability of the Gram-positive pathogen Listeria monocytogenes. As in Bacillus subtilis, 6-N-HAP terminates expression at guanine riboswitches in L. monocytogenes hence preventing expression of their downstream genes. However, we show that the bacteriocidal effect of the compound was unli…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Riboswitches regulate gene expression in response to ligand binding, remodeling their secondary structure to terminate transcription or block translation. This innate switching has driven efforts to repurpose riboswitches as synthetic control elements. Although promising, tuning riboswitch responses to new ligands and functions has proven difficult. Large RNAs such as the ribosome and RNase P exhibit an alternative switching mode via the docking and undocking of tertiary contacts. These transitions are buried deep within the machines, and there is no minimal system to study them in isolation. …
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Thiamine (Vitamin B1) and its active form, thiamine pyrophosphate (TPP), are essential cofactors in all living organisms. However, industrial thiamine production in prokaryotes has been hindered by tight feedback regulation, such as that imposed by TPP riboswitches. This study explores the fission yeast Schizosaccharomyces pombe-which naturally lacks TPP riboswitches-as an alternative production host. We identified the extracellular phosphatases Pho1 and Pho4 as key redundant enzymes that hydrolyze thiamine monophosphate to support the growth of thiamine auxotrophic strains. Intracellular rete…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The acquisition of antibiotic resistance by human pathogens poses a significant threat to public health. The mechanisms that control the pro … AC) and aminoglycoside adenyl transferase (AAD) enzymes was controlled by an aminoglycoside-sensing riboswitch RNA. This riboswitch is embedded in the leader RNA of the aac/aad genes and is associated with the integron cassette system. The leader RNA can sense and bind specific aminoglycosides such that the binding causes a structural transition in the leade …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Promoter-targeted RNAs (PTRs) are emerging as a transformative approach for future therapeutics, offering the ability to directly modulate g … ng with precise transcriptional regulation. This article is categorized under: Regulatory RNAs/RNAi/Riboswitches > Regulatory RNAs Regulatory RNAs/RNAi/Riboswitches > RNAi: Mechanisms of Action Regulatory RNAs/RNAi/Riboswitches > Biogenesis of Effector Small RNAs.
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UV-protective coatings on live bacterial cells were created from the assembly of cationic and UV-absorbing anionic polyelectrolytes using la … expression of the intensely fluorescent GFP from amphioxus (GFPa1) through a theophylline-inducible riboswitch. Riboswitches activate protein expression after specific ligand-RNA binding events. Hence, they operate as a cellular biosensor that will activate reporter protein synthesis after exposure to a ligand target. E. coli cells coated with UV-absorbing p …
СтатьяПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Dehalococcoides ethenogenes strain 195 utilizes corrinoid-containing reductive dehalogenases to reduce the environmental pollutants tetrachl … the downregulation of two genes (DET0125-0126) that are encoded downstream of a putative cobalamin riboswitch. In contrast, only ANAS spent medium resulted in the downregulation of three duplicated genes (DET0657-0659/DET0691-0693) encoded downstream of a second putative cobalamin riboswitch. These latter genes are predicted to be involved in synthesizing t …
Письмо в редакциюПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования