INTRODUCTION: Pompe disease (PD) is an autosomal recessive disorder caused by a deficiency of lysosomal acid alpha-1,4-glucosidase (GAA; EC … This study demonstrates that the synonymous variant c.2799G > A is pathogenic due to its impact on RNA splicing. Our findings highlight the importance of transcript analysis for VUS reclassification and stress the clinical relevance of evaluating synonymous variants in genetic diagnostics and patient management.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: Neutrophil dysfunction is a hallmark of systemic lupus erythematosus (SLE), but its molecular basis remains unclear. This study explores transcriptional and post-transcriptional changes in low-density granulocytes (LDGs), a proinflammatory neutrophil subset expanded in SLE, focusing on NADPH oxidase (Nox) function and minor intron splicing.
METHODS: LDGs and normal-density neutrophils (NDGs) were isolated from SLE patients and healthy controls (HCs). CYBA (P22phox) expression was evaluated at transcript and protein levels. Nox activity was measured using luminol assays. Bulk RNA se
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Heart failure with reduced ejection fraction (HFrEF) remains a major therapeutic challenge. B-cell lymphoma 2-associated transcription factor 1 (Bclaf1) is implicated in RNA splicing and cardiac disease, but its role in HFrEF pathogenesis is unknown. Here, we demonstrate that Bclaf1 expression is elevated in human HFrEF myocardium and in male murine pressure-overload models. Cardiac-specific Bclaf1 overexpression drives pathological hypertrophy and systolic dysfunction, whereas its genetic knockout or adeno-associated virus serotype 9 (AAV9)-mediated knockdown attenuates these phenotypes. Mech…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Alternative splicing of the messenger RNA plays a fundamental role in the flow of genetic information from DNA to proteins by expanding the coding capacity of the genome. The regulation of alternative splicing is as important as the regulation of transcription to determine the specific characteristics of cells and tissues, the normal functioning of cells and the responses of eukaryotic cells to external signals. Basic knowledge of the pre-mRNA sequences and splicing factors that recognize them has allowed scientists to design a therapeutic synthetic oligonucleotide for spinal muscular atrophy.
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Craniopharyngiomas are rare benign pathologies but clinically challenging tumours because of their intimate relationship with critical brain structures, leading to severe endocrine-deficiencies/comorbidities. Therefore, identifying alternative prognostic/therapeutic tools is crucial. Although dysregulated splicing is a molecular feature that characterizes almost all tumour/cancer types, the dysregulation of the components belonging to the molecular machinery controlling the splicing-process (spliceosome) remains unknown in craniopharyngiomas. Here, we uncover a profound dysregulation in the ex
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Potent antiretroviral therapy can reduce human immunodeficiency virus (HIV) in plasma to levels below the limit of detection for up to 2 years, but the extent to which viral replication is suppressed is unknown. To search for ongoing viral replication in 10 patients on combination antiretroviral therapy for up to 1 year, the emergence of genotypic drug resistance across different compartments was studied and correlated with plasma viral RNA levels. In addition, lymph node (LN) mononuclear cells were assayed for the presence of multiply spliced RNA. Population sequencing of HIV-1 pol was done o
Клиническое исследованиеСтатьяРандомизированное исследованиеПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RNA-binding proteins play an important role in the regulation of post-transcriptional gene expression throughout the nervous system. This is underscored by the prevalence of mutations in genes encoding RNA splicing factors and other RNA-binding proteins in a number of neurodegenerative and neurodevelopmental disorders. The highly conserved alternative splicing factor Caper is widely expressed throughout the developing embryo and functions in the development of various sensory neural subtypes in the Drosophila peripheral nervous system. Here we find that caper dysfunction leads to aberrant neur…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Following zygotic genome activation (ZGA) in embryos, nuclear speckles, which are subnuclear domains where pre-mRNA undergoes splicing, are reassembled in a process called zygotic splicing activation (ZSA). ZSA is vital for early development, but its regulation is poorly understood. This study identifies the RNA-binding protein ZC3H14 as a key promoter of nuclear speckle formation during ZSA. Although viable, Zc3h14 knockout mice exhibit reduced female fertility. Most embryos from these females arrest during the 1-cell to 2-cell transition, and the remaining embryos arrest at the 2-cell stage,
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The polypyrimidine tract-binding protein 1 (PTBP1), a pivotal RNA-binding protein and splicing regulator, is emerging as a master orchestrator of neuronal fate determination, neurodevelopment, and neural function through its central role in alternative splicing. We synthesize current knowledge on PTBP1's multifaceted roles in orchestrating neural tube formation, neuronal migration, and synaptic circuit assembly through precise control of alternative splicing programs. We critically examine the rapidly evolving field of PTBP1-mediated cellular reprogramming, analyzing both supportive evidence a
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Arsenic, a widespread environmental toxicant, is increasingly implicated in female reproductive dysfunction. Long-term exposure to low concentrations of arsenic leads to diminished ovarian reserve. However, the mechanisms by which arsenic exposure accelerates ovarian aging remain unclear. Here, we demonstrate that arsenic exposure induces widespread disruption of pre-mRNA splicing programs in granulosa cells, and these aberrantly spliced genes are predominantly responsible for maintaining genomic stability. Arsenic exposure induces proteasomal degradation of the RNA helicase DDX5 through the U…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pancreatic cancer (PC) is a highly malignant and lethal tumor in gastrointestinal tract. Lactate accumulation is a classical feature of metabolic reprogramming in cancers. Lactate-derived lysine lactylation (Kla) is identified as a new type of post-translational modifications (PTMs), which is confirmed to be involved in multiple biological processes. However, the cancer-specific regulation of protein Kla in PC requires further elucidation. Here, we report a range of dysregulated Kla sites specifically related to RNA splicing in human pancreatic cancer, leading to the observation that the Kla a…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
DNA sequencing is a reliable tool for identifying genetic variants in osteogenesis imperfecta (OI) but cannot always establish pathogenicity, particularly in variants altering splicing. RNA sequencing can provide functional evidence of the effect of a variant on the transcript but requires cells expressing the relevant genes. Here, we used urine-derived cells (UDC) to characterize genetic variants in patients with suspected or confirmed OI and provide evidence on the pathogenicity of variants of uncertain significance (VUS). Urine samples were obtained from 45 children and adolescents; UDC cul
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Alternative splicing of RNA is an underexplored area of transcriptional response. We expect that early changes in alternatively spliced genes may be important for responses to cardiac injury. Hypoxia inducible factor 1 (HIF1) is a key transcription factor that rapidly responds to loss of oxygen through alteration of metabolism and angiogenesis. The goal of this study was to investigate the transcriptional response after myocardial infarction (MI) and to identify novel, hypoxia-driven changes, including alternative splicing. After ligation of the left anterior descending artery in mice, we obse
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Marfan syndrome (MFS) is an autosomal dominant connective tissue disorder that canonically affects the ocular, skeletal, and cardiovascular system, in which aortic tear and rupture is the leading cause of death for MFS patients. Genetically, MFS is primarily associated with fibrillin-1 (FBN1) pathogenic variants. However, the disease-causing variant in approximately 10% of patients cannot be identified, partly due to some cryptic mutations that may be missed using routine exonic sequencing, such as non-coding intronic variants that affects the RNA splicing process. We present a 32-year female …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Post‑transcriptional mechanisms are an important approach in the treatment of cancer, and may also be hijacked by tumor cells to help adapt to the local microenvironment. Filamin B (FLNB), an actin‑binding protein that provides crucial scaffolds for cell motility and signaling, has also been identified as an RNA‑binding protein. Recent studies demonstrated that FLNB might play an important role, not only in skeletal development, but also in regulating tumorigenesis; however, the effects of dysregulated expression of FLNB at the molecular level are not clear. In the present study, RNA‑sequencin
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Huntington's disease (HD) is an autosomal dominant neurodegenerative disorder caused by a CAG expansion in the gene-encoding Huntingtin (HTT). Transcriptome dysregulation is a major feature of HD pathogenesis, as revealed by a large body of work on gene expression profiling of tissues from human HD patients and mouse models. These studies were primarily focused on transcriptional changes affecting steady-state overall gene expression levels using microarray based approaches. A major missing component, however, has been the study of transcriptome changes at the post-transcriptional level, such
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Measuring splicing and chromatin accessibility simultaneously in frozen tissues remains challenging. Here we combined single-cell isoform RNA sequencing and assay for transposase accessible chromatin (ScISOr-ATAC) to interrogate the correlation between these modalities in single cells in human and rhesus macaque frozen cortical tissue samples. Applying a previous definition of four 'cell states' in which the transcriptome and chromatin accessibility are coupled or decoupled for each gene, we demonstrate that splicing patterns in one cell state can differ from those of another state within the
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Herpes simplex virus 1 (HSV-1) infection alters critical markers of Alzheimer's disease (AD) in neurons. One key marker of AD is the hyperphosphorylation of Tau, accompanied by altered levels of Tau isoforms. However, an imbalance in these Tau splice variants, specifically resulting from altered 3R to 4R MAPT splicing of exon 10, has yet to be directly associated with HSV-1 infection. To this end, we infected 2D and 3D human neural models with HSV-1 and monitored MAPT splicing and Tau phosphorylation. Further, we transduced SH-SY5Y neurons with HSV-1 ICP27, which alters RNA splicing, to analyz…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pladienolide, herboxidiene and spliceostatin have been identified as splicing modulators that target SF3B1 in the SF3b subcomplex. Here we report that PHF5A, another component of this subcomplex, is also targeted by these compounds. Mutations in PHF5A-Y36, SF3B1-K1071, SF3B1-R1074 and SF3B1-V1078 confer resistance to these modulators, suggesting a common interaction site. RNA-seq analysis reveals that PHF5A-Y36C has minimal effect on basal splicing but inhibits the global action of splicing modulators. Moreover, PHF5A-Y36C alters splicing modulator-induced intron-retention/exon-skipping profil
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Understanding the role of transcript isoforms is essential for elucidating disease mechanisms. TDP-43 regulates RNA splicing, and its dysfunction in neurons is a hallmark of some neurodegenerative diseases, including amyotrophic lateral sclerosis (ALS) and frontotemporal degeneration (FTD). While an association between TDP-43-dependent cryptic exons and disease pathogenesis has been suggested, an approach to investigate how cryptic exons disrupt transcript isoforms has yet to be established. In this study, we developed IsoRefiner, a novel method for identifying full-length transcript structure…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования