The phylogenetics of the genus Alphavirus have historically been characterized using partial gene, single gene or partial proteomic data. We have mined cDNA and amino acid sequences from GenBank for all fully sequenced and some partially sequenced alphaviruses and generated phylogenomic analyses of the genus Alphavirus genus, employing capsid encoding structural regions, non-structural coding regions and complete viral genomes. Our studies support the presence of the previously reported recombination event that produced the Western Equine Encephalitis clade, and confirm many of the patterns of
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The ATM kinase is a tumour suppressor and a key activator of genome integrity checkpoints in mammalian cells exposed to ionizing radiation (IR) and other insults that elicit DNA double-strand breaks (DSBs). In response to IR, autophosphorylation on serine 1981 causes dissociation of ATM dimers and initiates cellular ATM kinase activity. Here, we show that the kinetics and magnitude of ATM Ser1981 phosphorylation after exposure of human fibroblasts to low doses (2 Gy) of IR are altered in cells deficient in Nbs1, a substrate of ATM and a component of the MRN (Mre11-Rad50-Nbs1) complex involved
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The Streptomyces lopnurensis TRM49590, isolated from the sedimentary deposits of Lop Nur, Xinjiang, China, thrives in an extreme environment marked by high salinity and intense radiation. This unique habitat endows it with a high potential for producing novel and bioactive secondary metabolites. This study explored its growth-promoting characteristics and the antimicrobial activity against the plant disease pathogens based on whole-genome mining. The whole-genome annotation revealed an abundance of gene clusters associated with plant growth promotion and environmental adaptation in S. lopnuren
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
DNA-damaging agents and endogenous DNA damage constantly harm genome integrity. Under genotoxic stress conditions, the DNA damage response (DDR) machinery is crucial in repairing lesions and preventing mutations in the basic structure of the DNA. Different repair pathways are implicated in the resolution of such lesions. For instance, the non-homologous DNA end joining and homologous recombination pathways are central cellular mechanisms by which eukaryotic cells maintain genome integrity. However, defects in these pathways are often associated with neurological disorders, indicating the pivot
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Studies of Fractionated Exposure to Low Doses of Ionizing Radiation (FELDIR) has become of increasing importance to clinical interventions. Its consequences on DNA damage, physical, and mental health have been insufficiently investigated, however. The goal of this study was to determine the effects of FELDIR on the brain using a mouse model. We addressed the levels of DNA damage, global genomic methylation, and DNA methylation machinery in cerebellum, frontal lobe, olfactory bulb and hippocampal tissues, as well as behavioral changes linked to FELDIR exposure. The results reveal increased leve
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ataxia-telangiectasia (A-T) is an autosomal recessive neurodegenerative disorder characterized by radiosensitivity, genomic instability, and predisposition to cancer. A-T is caused by biallelic mutations in the ataxia-telangiectasia mutated (ATM) gene, but heterozygous carriers, though apparently healthy, are believed to be at increased risk for cancer and more sensitive to ionizing radiation than the general population. Despite progress in functional and sequencing-based assays, no straightforward, rapid, and inexpensive test is available for the identification of A-T homozygotes and heterozy
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The β-casein gene (CSN2) encodes one of the major milk proteins involved in calcium and phosphorus transport and combines a highly conserved genomic organization with extensive genetic diversity, making it an informative model for investigating mammalian genome evolution. Although numerous studies have described CSN2 polymorphisms, particularly in domestic species, the broader evolutionary history of the locus remains poorly understood. Here, we investigated the evolutionary architecture of CSN2 across Bovidae and related Cetartiodactyla by integrating coding variation, non-coding polymorphism
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The Inspiration4 (I4) mission, the first all-civilian orbital flight mission, investigated the physiological effects of short-duration spaceflight through a multi-omic approach. Despite advances, there remains much to learn about human adaptation to spaceflight's unique challenges, including microgravity, immune system perturbations, and radiation exposure.
METHODS: To provide a detailed genetics analysis of the mission, we collected dried blood spots pre-, during, and post-flight for DNA extraction. Telomere length was measured by quantitative PCR, while whole genome and cfDNA se
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: A multimodal AI (MMAI) model has been validated in prostate biopsy specimens to guide treatment intensification in men receiving radiation. The MMAI has been explored to an extent for prostatectomy patients and has not yet been examined in relation to established genomic scores.
METHODS: We applied the MMAI biopsy model to a tissue microarray (TMA) of 424 prostatectomy cases with long-term follow-up. MMAI scores were derived from digitized pathology images and clinical variables. Associations with biochemical recurrence and metastasis were tested using logistic and Cox regression,
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A comprehensive understanding of life history is vital to successful species conservation and management. When different life history stages are accompanied by considerable morphological or cryptic variation, such as the egg and larval phases exhibited by most fishes, genomic tools are essential for identifying species so that early-life ecology questions can be studied. Genotyping-in-thousands by sequencing (GT-seq) has recently emerged as a targeted and efficient approach for species identification. We leveraged existing genomic and transcriptomic data to develop a GT-seq panel capable of di
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The Patescibacteriota, also known as the Candidate Phyla Radiation (CPR), represent a large lineage of ultrasmall bacteria with highly reduced genomes and obligate dependence on bacterial hosts. Although genomic analyses have revealed CRISPR-Cas and restriction-modification systems in many CPR genomes, no cognate bacteriophages (phages) have been isolated, leaving CPR-phage interactions unexplored. Nanosynbacter lyticus TM7x, the first cultivated CPR bacterium, grows episymbiotically on its host, Schaalia odontolytica XH001, in the human oral microbiome. Here, we identify Xhp1, an inducible pr
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Exposure to the ultraviolet (UV) radiation in sunlight creates DNA lesions, which if left unrepaired can induce mutations and contribute to skin cancer. The two most common UV-induced DNA lesions are the cis-syn cyclobutane pyrimidine dimers (CPDs) and pyrimidine (6-4) pyrimidone photoproducts (6-4PPs), both of which can initiate mutations. Interestingly, mutation frequency across the genomes of many cancers is heterogenous with significant increases in heterochromatin. Corresponding increases in UV lesion susceptibility and decreases in repair are observed in heterochromatin versus euchromati
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cockayne syndrome (CS) is a human genetic disorder characterized by sensitivity to UV radiation, neurodegeneration, premature aging among other phenotypes. CS complementation group B (CS-B) gene (csb) encodes the CSB protein (CSB) that is involved in base excision repair of a number of oxidatively induced lesions in genomic DNA in vivo. We hypothesized that CSB may also play a role in cellular repair of the DNA helix-distorting tandem lesion (5'S)-8,5'-cyclo-2'-deoxyadenosine (S-cdA). Among many DNA lesions, S-cdA is unique in that it represents a concomitant damage to both the sugar and base
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаResearch Support, N.I.H., IntramuralПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The Atacama Desert is one of the most extreme terrestrial environments on Earth, characterized by hyper-aridity, intense solar and ultraviolet radiation, oxidative stress, and metal-rich substrates. Here, we characterized an enriched cyanobacteria-associated consortium obtained from a high-altitude, river-influenced site in Quebrada Talabre, Atacama Desert. Deep shotgun metagenomic sequencing, achieving 99.7% estimated community coverage, enabled the reconstruction of 14 high-quality metagenome-assembled genomes representing five bacterial phyla. Genome-resolved analyses revealed multiple puta
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Aspergillus fumigatus is a potentially deadly opportunistic human pathogen. A. fumigatus has evolved a variety of mechanisms to evade detection by the immune system. For example, the conidium surface is covered in a layer of 1,8-dihydroxynaphthalene (DHN) melanin which masks the antigen macrophages use for recognition. DHN melanin also protects conidia from ultraviolet radiation and gives A. fumigatus conidia their characteristic green-grayish color. Here, we conducted genomic analysis of two closely related white-spore natural variants of A. fumigatus in comparison to two closely related gree
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
There is currently a great interest in delayed chromosomal and other damaging effects of low-dose exposure to a variety of pollutants which appear collectively to act through induction of stress-response pathways related to oxidative stress and ageing. These have been studied mostly in the radiation field but evidence is accumulating that the mechanisms can also be triggered by chemicals, especially heavy metals. Humans are exposed to metals, including chromium (Cr) (VI) and vanadium (V) (V), from the environment, industry and surgical implants. Thus, the impact of low-dose stress responses ma
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: Genome-wide association studies are the gold standard for identifying SNP associated with rectal toxicity after prostate cancer radiotherapy. However, they often neglect the radiotherapy dose distribution, which is a key contributor to toxicity risk. Here, we combined rectal dose surface maps with genetic data to identify rectal regions in which variants influence dose-toxicity relationships.
EXPERIMENTAL DESIGN: Data were analyzed from 1,293 patients with prostate cancer from the REQUITE study. Deep learning rectum contouring ensured consistent segmentation, and rectum lengths were
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: Our aim was to test whether updated polygenic risk scores (PRS) for susceptibility to cancer affect risk of radiation therapy toxicity.
METHODS AND MATERIALS: Analyses included 9,717 patients with breast (n=3,078), prostate (n=5,748) or lung (n=891) cancer from Radiogenomics and REQUITE Consortia cohorts. Patients underwent potentially curative radiation therapy and were assessed prospectively for toxicity. Germline genotyping involved genome-wide single nucleotide polymorphism (SNP) arrays with nontyped SNPs imputed. PRS for each cancer were generated by summing literature-identifie
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Gene transfer agents (GTAs) randomly transfer short fragments of a bacterial genome. A novel putative GTA was recently discovered in the mouse-infecting bacterium Bartonella grahamii. Although GTAs are widespread in phylogenetically diverse bacteria, their role in evolution is largely unknown. Here, we present a comparative analysis of 16 Bartonella genomes ranging from 1.4 to 2.6 Mb in size, including six novel genomes from Bartonella isolated from a cow, two moose, two dogs, and a kangaroo. A phylogenetic tree inferred from 428 orthologous core genes indicates that the deadly human pathogen
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The vertebrate RECQL4 (RECQ4) gene is thought to be the ortholog of budding yeast SLD2. However, RecQL4 contains within its C-terminus a RecQ-like helicase domain, which is absent in Sld2. We established human pre-B lymphocyte Nalm-6 cells, in which the endogenous RECQL4 gene was homozygously targeted such that the entire C-terminus would not be expressed. The RECQL4(ΔC/ΔC) cells behaved like the parental cells during unperturbed DNA replication or after treatment with agents that induce stalling of DNA replication forks, such as hydroxyurea (HU). However, after exposure to ionizing radiation
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования