Recent advances in the field of genomics have seen the successful implementation of whole exome sequencing as a rapid and efficient diagnostic strategy in several genodermatoses. The aim of this study was to explore the potential of molecular studies in dystrophic epidermolysis bullosa (DEB) in India. Whole exome sequencing was performed using genomic DNA from each case of epidermolysis bullosa, followed by massively parallel sequencing. Resulting reads were mapped to the human reference genome hg19. Sanger sequencing subsequently confirmed the potentially pathogenic mutations. Whole exome seq
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Autosomal recessive hypercholesterolemia (ARH) is a rare inherited lipid disorder. In Sardinia, differently from other world regions, the mutated allele frequency is high. It is caused by mutations in the low-density lipoprotein receptor adaptor protein 1 gene. Fourteen different mutations have been reported so far; in Sardinia, 2 alleles (ARH1 and ARH2) explain most of the cases. Four ARH patients, all carriers of the ARH1 mutation, have been identified in mainland Italy and 2 in Sicily.
OBJECTIVE: The objectives of the study were to improve the molecular diagnosis of familial hy
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pneumocystis jirovecii is a major threat for immunocompromised patients, and clusters of pneumocystis pneumonia (PCP) have been increasingly described in transplant units during the past decade. Exploring an outbreak transmission network requires complementary spatiotemporal and strain-typing approaches. We analyzed a PCP outbreak and demonstrated the added value of next-generation sequencing (NGS) for the multilocus sequence typing (MLST) study of P. jirovecii strains. Thirty-two PCP patients were included. Among the 12 solid organ transplant patients, 5 shared a major and unique genotype tha
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A significant proportion of patients with chronic Hepatitis B infection require antiviral therapy during their life time. The Antiviral therapy with lamivudine or adefovir or telbivudine has shown to be a major risk factor for selection of resistance. Eighty percent of patients showed a development of lamivudine-resistant strains after five years of treatment with lamivudine alone. Adefovir and telbivudine inhibit HBV with very high efficacy and have moderate incidences of drug resistance. Entecavir and tenofovir have been shown to have a higher barrier to resistance with rates of less than 1.
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A deeper understanding of how viruses reprogram their hosts for production of progeny is needed to combat infections. Most knowledge on the regulation of cellular gene expression during adenovirus infection is derived from mRNA studies. Here, we investigated the changes in protein expression during the late phase of adenovirus type 2 (Ad2) infection of the IMR-90 cell line by stable isotope labeling in cell culture with subsequent liquid chromatography-high resolution tandem mass spectrometric analysis. Two biological replicates of samples collected at 24 and 36 h post-infection (hpi) were inv
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The cellular adaptive immune system mounts a response to many solid tumours mediated by tumour-infiltrating T lymphocytes (TILs). Basic measurements of these TILs, including total count, show promise as prognostic markers for a variety of cancers, including ovarian and colorectal. In addition, recent therapeutic advances are thought to exploit this immune response to effectively fight melanoma, with promising studies showing efficacy in additional cancers. However, many of the basic properties of TILs are poorly understood, including specificity, clonality, and spatial heterogeneity of the T-c
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Recent development of next-generation DNA sequencing (NGS) techniques is changing the approach to search for mutations in human genetic diseases. We applied NGS to study an A-T patient in which one of the two expected mutations was not found after DHPLC, cDNA sequencing and MLPA screening. The 160-kb ATM genomic region was divided into 31 partially overlapping fragments of 4-6 kb and amplified by long-range PCR in the patient and mother, who carried the same mutation by segregation. We identified six intronic variants that were shared by the two genomes and not reported in the dbSNP(132) datab
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: To evaluate the diagnostic utility and genetic spectrum of next-generation sequencing (NGS) in a large, well-phenotyped cohort of Turkish pediatric patients with epilepsy of unknown etiology.
METHODS: Between January 2021 and December 2024, 250 children (115 female, 135 male) with unexplained epilepsy underwent either whole-exome sequencing (WES; n = 104) or clinical exome sequencing (CES; n = 146). Variants were interpreted according to the American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) guidelines. Clinical data, including seizure semiology, neuroimaging, EEG findings, a
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Distinguishing BK virus nephropathy from T -cell -mediated rejection remains a clinicopathological challenge in kidney transplants, because the 2 entities may share overlapping histological features while requiring opposite therapeutic approaches. We report a kidney transplant recipient with biopsy -proven BK virus nephropathy who later underwent repeat biopsy showing low -level BK virus nephropathy with borderline T -cell -mediated rejection. Despite histological concern for rejection, the broader clinical picture did not support clinically significant T -cell -mediated rejection; specificall
Клинический случайСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: The definition of the microbiology of pleural space infection has been challenging due to the poor yield of conventional culture. Here, the results of a 16S ribosomal RNA gene PCR/sequencing assay performed on pleural fluid in routine clinical practice between August 2020 and January 2023 were evaluated. Amplified 16S rRNA gene DNA was submitted to Sanger sequencing and/or next-generation sequencing or results were reported as negative, depending on PCR crossing threshold value. In all, 496 pleural fluids were tested at Mayo Clinic Laboratories, with 227 positive results, including
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Recently, high-throughput next-generation sequencing (NGS)-based preimplantation genetic testing for aneuploidies techniques came into use. This technique is essential for successful embryo transfer and accomplishing pregnancy, thus reducing the time and cost of additional cycles. In this study, we describe our first experience in introducing an NGS-based preimplantation genetic testing for aneuploidy (PGT-A) service using next-generation sequencing in King Abdulaziz Medical City located in Riyadh, Saudi Arabia. Our main goal was to report the successful implementation of this new technology i
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mutations in the HSD17B3 gene cause HSD17B3 deficiency and result in 46, XY Disorders of Sex Development (46, XY DSD). The diagnosis of 46, XY DSD is very challenging and not rarely is confirmed only at older ages, when an affected XY female presents with primary amenorrhea or develops progressive virilization. The patient described in this paper represents a case of discrepancies between non-invasive prenatal testing (NIPT) and ultrasound based fetal sex determination detected during prenatal screening. Exome sequencing was performed on the cell free fetal DNA (cffDNA), amniotic fluid, and th
Клинический случайСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
NTRK1/3 rearrangements have been reported in 2.3-3.4% of papillary thyroid carcinoma (PTC) and are regarded as potential therapeutic targets. Recently, the application of immunohistochemistry (IHC) to detect NTRK rearrangements has been widely discussed. The current study aimed to characterize the clinicopathological features of PTC with NTRK1/3 fusions, to examine the utility of pan-TRK IHC, and to compare IHC with fluorescent in situ hybridization (FISH) and next-generation sequencing (NGS). In a cohort of 525 consecutive PTC cases, 60 BRAFV600E-negative cases underwent complete analyses of
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Cell-free DNA (cfDNA) in blood, urine, and other biofluids provides a unique window into human health. A proportion of cfDNA is derived from bacteria and viruses, creating opportunities for the diagnosis of infection via metagenomic sequencing. The total biomass of microbial-derived cfDNA in clinical isolates is low, which makes metagenomic cfDNA sequencing susceptible to contamination and alignment noise.
RESULTS: Here, we report low biomass background correction (LBBC), a bioinformatics noise filtering tool informed by the uniformity of the coverage of microbial genomes and the
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаResearch Support, N.I.H., IntramuralПоддержка исследования: вне правительства СШАVideo-Audio MediaПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
High-throughput RNA sequencing (RNA-seq) is routinely applied to study diverse biological processes; however, when performed separately on interacting organisms, systemic noise intrinsic to RNA extraction, library preparation, and sequencing hampers the identification of cross-species interaction nodes. Here, we develop triple RNA-seq to simultaneously detect transcriptomes of monocyte-derived dendritic cells (moDCs) infected with the frequently co-occurring pulmonary pathogens Aspergillus fumigatus and human cytomegalovirus (CMV). Comparing expression patterns after co-infection with those af
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Osteoporosis international : a journal established as result of cooperation between the European Foundation for Osteoporosis and the National Osteoporosis Foundation of the USA2019eng
UNLABELLED: To elucidate mutation spectrum and genotype-phenotype correlations in Japanese patients with OI, we conducted comprehensive genetic analyses using NGS, as this had not been analyzed comprehensively in this patient population. Most mutations were located on COL1A1 and COL1A2. Glycine substitutions in COL1A1 resulted in the severe phenotype.
INTRODUCTION: Most cases of osteogenesis imperfecta (OI) are caused by mutations in COL1A1 or COL1A2, which encode α chains of type I collagen. However, mutations in at least 16 other genes also cause OI. The mutation spectrum in Japanese patien
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ankylosing spondylitis (AS) is an insidious and debilitating form of arthritis that involves the axial skeleton, and its etiology and pathogenesis remain unclear. In the present study, three patients with AS and three normal controls from our hospital were enrolled. RNA sequencing and bioinformatics analysis were performed in order to identify the differentially expressed (DE) mRNAs (DEmRNAs) and DE long non‑coding RNAs (DElncRNAs) between the patients with AS and normal controls. Construction of an AS‑specific protein‑protein interaction network, a weighted DElncRNA‑DEmRNA co‑expression netwo
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Noroviruses are a leading cause of acute gastroenteritis in all age groups. They generally cause a rapidly self-limiting illness. However, chronic norovirus diarrheal disease occurs in immunocompromised individuals, and is accompanied by persistent shedding of infectious norovirus in stool.
OBJECTIVES: The study aims to characterize a novel GII.P26-GII.26 norovirus strain. Furthermore, it analyses viral mutations arising during chronic infection of an immunocompromised host.
STUDY DESIGN: Over the course of more than three years, stool samples were obtained from an immunocompromi
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Designer nucleases allow specific and precise genomic modifications and represent versatile molecular tools for the correction of disease-associated mutations. In this study, we have exploited an ex vivo CRISPR/Cas9-mediated homology-directed repair approach for the correction of a frequent inherited mutation in exon 80 of COL7A1, which impairs type VII collagen expression, causing the severe blistering skin disease recessive dystrophic epidermolysis bullosa. Upon CRISPR/Cas9 treatment of patient-derived keratinocytes, using either the wild-type Cas9 or D10A nickase, corrected single-cell clon
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Microcephaly is a rare neurological condition, both in isolation and when it occurs as part of a syndrome. One of the syndromic forms of microcephaly is microcephaly, seizures and developmental delay (MCSZ) (OMIM #613402), a rare autosomal recessive neurodevelopmental disorder with a range of phenotypic severity, and known to be caused by mutations in the polynucleotide kinase 3' phosphatase (PNKP) gene. The PNK protein is a key enzyme involved in the repair of single and double stranded DNA breaks, a process which is particularly important in the nervous system. We describe an Emirati patient
Клинический случайСтатьяОбзорПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования