BACKGROUND: Abnormal states in human liver metabolism are major causes of human liver diseases ranging from hepatitis to hepatic tumor. The accumulation in relevant data makes it feasible to derive a large-scale human liver metabolic network (HLMN) and to discover important biological principles or drug-targets based on network analysis. Some studies have shown that interesting biological phenomenon and drug-targets could be discovered by applying structural controllability analysis (which is a newly prevailed concept in networks) to biological networks. The exploration on the connections betw
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Recent crystal structures of the bacterial ribosome have identified the complex molecular interactions involved in antibiotic-ribosome recognition. Insights into the binding of aminoglycosides, macrolides, tetracyclines and other antibiotics provide opportunities for computational, structure-based approaches to be used in the design of appropriate modifications to existing antibiotics as well as in the discovery of completely new drug classes.
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Hepatic fibrosis is a major cause of morbidity and mortality worldwide, as it ultimately leads to cirrhosis, which is estimated to affect up to 2% of the global population. Hepatic fibrosis is confirmed by liver biopsy, and the erroneous nature of this technique necessitates the search for noninvasive alternatives. However, current biomarker algorithms for hepatic fibrosis have many limitations. Given that the liver is the largest organ and a major metabolic hub in the body, probing the metabolic signature of hepatic fibrosis holds promise for the discovery of new markers and therapeutic targe
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Human gestation is characterized by dynamic changes in maternal physiology and maturation of tissue functions before and after birth. The fetus and neonate are highly dependent upon transfer of maternal nutrients via the placenta and lactating mammary gland, which frequently involve selective membrane transporter proteins. At the same time, developmental changes in fetal and infant transport mechanisms critical for regulating absorption at the intestinal and blood-brain barriers are occurring. Coordinate regulation of cellular entry and efflux of nutrients, supplements, and xenobiotics, includ
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Although Rousettus aegyptiacus is the primary natural reservoir of Marburg virus (MARV), recent atypical outbreaks and viral gen … CpG depletion levels characteristic of the studied mammalian taxa.
CONCLUSION: Through the lens of computational biology, this study identifies putative host cohorts within the orders Perissodactyla and Rodentia that share distinct genomic, codon-usage, and dinucleotide-frequency homologies with MARV. These findings establish high-priority targets for downstream ecolo …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This review investigates recent advances in machine learning (ML) for drug repurposing, with applications spanning COVID-19, Parkinson's disease, and cancer. We provide a methodological taxonomy of ML techniques including supervised learning (e.g., random forests, SVMs), unsupervised clustering and dimensionality reduction, deep neural networks, reinforcement learning, and graph-based models such as MLGANN and DTD-GNN highlighting their roles in scalable drug-target interaction prediction and phenotype mapping. Case studies demonstrate how integrated models leveraging heterogeneous data (e.g.,
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Triple-negative breast cancer (TNBC) represents one of the most aggressive and therapeutically challenging subtypes of breast cancer, characterized by the absence of estrogen receptor, progesterone receptor, and HER2 expression. Due to the lack of specific molecular targets, treatment options for TNBC remain limited, resulting in higher recurrence rates, increased metastatic potential, and poorer overall survival compared with other breast cancer subtypes. Therefore, identifying novel therapeutic targets and potential bioactive compounds is essential for improving TNBC management. In this stud
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Telomere Biology Disorders (TBDs) are a genetically heterogeneous and often under-recognized cause of Bone Marrow Failure Syndromes (BMFS), driven by defective telomere maintenance and progressive telomere attrition. We performed an integrated genomic, telomeric and computational analysis in 118 subjects presenting clinical features of BMFS to delineate the contribution of Telomere Regulatory Genes (TRGs) variants to disease pathogenesis. Whole exome sequencing (WES) identified pathogenic (18.18%), likely pathogenic (27.27%) and rare variants of uncertain significance (54.54%) in 27 subjects (
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Precision psychiatry should be reframed as an integrated bioengineering problem-not simply as a computational challenge of improving diagnostic classification or treatment prediction. In this Perspective, we argue that the next stage of precision psychiatry must move beyond symptom-based stratification and algorithmic prediction toward biologically informed therapeutic engineering. We propose that advanced biomaterials should be viewed not merely as drug carriers or device components, but as programmable therapeutic interfaces capable of modulating neuroimmune and neurochemical microenvironmen
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Histone deacetylase 6 is a unique cytoplasmic deacetylase implicated in cellular functions such as microtubule dynamics, protein quality control, ubiquitin-mediated degradation and neurodegenerative disorders. The ZnF UBP (zinc finger ubiquitin binding protein) domain of HDAC6 is known to be directly modulate several cellular processes linked to neurodegeneration such as sequestering polyubiquitinated aggregates and regulating protein aggregate clearance mechanisms in neurons. Microtubule associated protein Tau (MAP Tau) undergoes aggregation in neurodegenerative conditions like Alzheimer's di
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Understanding how control is organized across interacting cells is an important challenge in computational and systems biology, especially in diseases involving disrupted communication among different cell types. Although network controllability analysis has been widely applied to intracellular biological networks, much less attention has been given to cell-cell interaction networks. A major difficulty is that the underlying protein-protein interaction networks are often undirected, which limits the direct use of maximum-matching-based structural controllability methods. Here, we introduce Min
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The need to analyze the complex relationships observed in high-throughput toxicogenomic and other omic platforms has resulted in an explosio … mming language that allows users to program new algorithms. To fill this gap, the Biostatistics and Computational Biology Branch of the National Institute of Environmental Health Sciences, in cooperation with the National Toxicology Program (NTP) and US Environmental Protection Agency (EPA), developed ToxicR, an open-source R programming package. The ToxicR platform im …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Acanthamoeba spp. has recently been reported to express diverse group of ion channels and receptors that are expressed by human cells which bind drugs that are used in noninfectious diseases. Bioinformatics computational tools, growth assays, and 3D structural modeling have enabled the discovery of primitive muscarinic receptors, voltage-gated calcium channels, and ion transport pumps such as Na-K ATPase in this protist pathogen. The significance of the reported receptors and ion channels in the biology of Acanthamoeba is yet to be determined. We selected promethazine, which is a known antagon
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Influenza is a seasonal and serious health threat, and the recent outbreak of H7N9 following the pandemic spread of H1N1 in 2009 has served to emphasize the importance of anti-influenza drug discovery. Zanamivir (Relenza™) and oseltamivir (Tamiflu(®)) are two antiviral drugs currently recommended by the CDC for treating influenza. Both are examples of the successful application of structure-based drug design strategies. These strategies have combined computer- based approaches, such as docking- and pharmacophore-based virtual screening with X-ray crystallographic structural analyses. Doc
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Biological sex plays a crucial role in the outcomes of cardiac health and therapies. Sex hormones are known to strongly influence cardiac remodeling through intracellular signaling pathways, yet their underlying mechanisms remain unclear. To address this need, we developed and validated a logic-based systems biology model of cardiomyocyte hypertrophy that, for the first time, incorporates the effects of both estradiol (E2) and testosterone (T) alongside well-established hypertrophic stimuli (Strain, angiotensin II (AngII), and endothelin-1 (ET-1)). We qualitatively validated the model to liter
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Academic dishonesty predates artificial intelligence; fabrication, plagiarism, and ghost authorship largely reflect distorted "publish or perish" incentives rather than technological novelty. We argue that using AI to assist with drafting, linguistic editing, and organizing text, tables, and figures in biology is ethically comparable to established editorial support services, provided its use is transparently disclosed and full accountability remains with human authors. At the same time, exponential growth in publication output is intensifying the peer-review bottleneck and challenging the sus
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Single-cell sequencing offers profound insights into tumor complexity. However, reliably linking individual cellular profiles to overall sample-level phenotypes remains computationally challenging, particularly when cell-specific annotations are absent. This disconnect limits the technology's utility in studying underlying tumor mechanisms. Here we show how scTransMIL, an artificial intelligence framework, bridges this gap. By conceptualizing a biological sample as a collection of individual cells, scTransMIL employs a transformer-based multi-instance learning approach to directly connect sing
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Biological neural networks contain diverse cell types with heterogeneous electrophysiological properties. Artificial neural networks (ANNs) model computational aspects of biology but use homogeneous neurons, limiting realism. A key obstacle to building bio-inspired ANNs is the absence of a database of neuron models that both fit biological data and remain differentiable for gradient-based learning. We present such a database: over 1,000 differentiable single-neuron firing-rate models with accompanying PyTorch code. The models belong to the linear-nonlinear (LN) class, which, for ease of refere
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This article presents a comprehensive analysis of the intersection between mathematical models, classic algorithmic simulations as well as with machine learnig, alongside their applications, in biology, medicine and bioinformatics. From the first models on population growth and competition, we review the evolution of formalizations to present modeling of complex diseases such as diabetes, cancer, aging, and neurodegenerative disorders. Mathematical models are introduced and categorized, alongside the algorithms and computational methods from deterministic models on exponential and logistic gro
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Deciphering complex gene-gene interactions remains challenging in transcriptomics as traditional methods often miss higher-order and nonline … e unveil several triadic regulatory mechanisms. By merging quantum physics inspired techniques with computational biology, our method provides insights into gene regulation, with applications in disease mechanisms and precision medicine.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования