Computing molecular thermodynamic properties is instrumental in multiple scientific disciplines, such as statistical physics, N-body simulations, and molecular docking. However, exact thermodynamic calculations are almost always not feasible. In this work, we introduce a versatile algorithm designed to rapidly compute the two-body partition function, its related thermodynamic properties, and the second virial coefficient for anisotropic nanoparticles and proteins under the rigid-body approximation. Our method involves constructing a quasi-regular grid in the 5D angular space between pairs of a
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mitragyna speciosa, commonly referred to as kratom, is known for its active compound, mitragynine, which is classified as a new psychoactive substance. The availability of mitragynine standards remains a challenge, highlighting the need for effective and efficient methods for isolating this compound from kratom. This study aimed to computationally design a molecularly imprinted polymer (MIP) for the selective isolation of mitragynine. Computational studies were conducted using the B3LYP def2TZVP method with DFT-D4 dispersion, and the results were verified by a laboratory experiment and a molec
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In the search for novel antiviral agents targeting SARS-CoV-2 non-structural protein 13 (Nsp13), we applied an integrated in silico drug design workflow combining ADME profiling, molecular interaction field analysis, molecular docking and thermodynamic evaluations to identify thiazolo-pyridine derivatives as promising scaffolds. This computational strategy enabled the rational prioritization of compounds and guided the design and synthesis of a novel series of [1,3]thiazolo[5,4-b]pyridine-6-carboxamides (19 and 20) and [1,3]thiazolo[5,4-h][1,6]naphthyridines (21 and 22). Among the synthesized
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The RNA pseudoknot of SARS-CoV-2 plays a pivotal role in - 1 programmed ribosomal frameshifting (- 1 PRF), which is essential for viral protein synthesis and replication. Targeting this RNA structural element offers a novel therapeutic strategy against COVID-19. In this study, we applied an integrative computational approach combining molecular docking, MM-GBSA binding free energy calculations, ADME-Tox profiling, and extended 500 ns molecular dynamics simulations to identify small molecules capable of disrupting the pseudoknot function. F2879-5340 emerged as a promising RNA-targeting candidat
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Hydrogen bonds are fundamental chemical interactions that stabilize protein structures, particularly in β sheets, enabling resistance to mechanical stress and environmental extremes. Here, inspired by natural mechanostable proteins with shearing hydrogen bonds, such as titin and silk fibroin, we de novo designed superstable proteins by maximizing hydrogen-bond networks within force-bearing β strands. Using a computational framework combining artificial intelligence-guided structure and sequence design with all-atom molecular dynamics MD simulations, we systematically expanded protein architect
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Biology emerges from interactions across physical scales, where molecular interactions drive cellular states, which in turn orchestrate multicellular tissue functions that collectively define health and disease. However, current computational models are often constrained to single scales in isolation, failing to integrate the biology that emerges from lower to higher levels [1]. Here we present PULSAR (Patient Understanding Leveraging Single-cell universAl Representation), a multi-scale and multicellular foundation model architecture that explicitly enables information flow from genes to cells
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Imaging in medicine has been revolutionised by technological, computational and research advances over the past decades. Computed tomography (CT), in particular, has seen rapid evolution especially in the field of cardiovascular non-invasive imaging. It is being recognised as the first-line tool for the assessment of stable and unstable disease with diagnostic, prognostic and re-stratification potential. Vascular inflammation is a key component of the atherosclerotic process and has been shown to induce molecular, transcriptional and structural changes to perivascular adipose tissue (PVAT). Be
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We investigated the importance of the δ-lactone ring (C1-C5) in lankacidin C using chemoenzymatic synthesis and computational prediction and assessing biological activity, including antitumor activity. Pyrroloquinoline quinone-dependent dehydrogenase (Orf23) in Streptomyces rochei was used in the chemoenzymatic synthesis of lankacyclinone C, a novel lankacidin C congener lacking the δ-lactone moiety. Orf23 could convert the monocyclic lankacidinol derivatives, lankacyclinol and 2-epi-lankacyclinol, to the C-24 keto compounds, lankacyclinone C and 2-epi-lankacyclinone C, respectively, elucidati
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Precise control over the morphology of surface-supported supramolecular patterns is a significant challenge, requiring the careful selection of suitable molecular building blocks and the fine-tuning of experimental conditions. In this contribution, we demonstrate the utility of lattice Monte Carlo computer simulations for predicting the topology of adsorbed overlayers formed by star-shaped tetratopic molecules with vicinal interaction centers. The investigated tectons were found to self-assemble into a range of structurally diverse architectures, including two-dimensional crystals, aperiodic m
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The microcirculation is the organ that provides the direct link between blood and tissue, and thereby between the whole organism and the single cell. Modern microcirculation research in experimental surgery is characterized by the use of high-resolution video fluorescence microscopy and quantitative computer-assisted image analysis coupled with the techniques of molecular biology and transgenic or knockout gene technology. These advances should improve knowledge about surgically relevant physiologic and pathophysiologic phenomena at the interface between blood and tissues and help us to unders
Аннотация на английскомСтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
AIMS: This study aims to develop and validate a Multi-Dimensional Computational Screening (MDCS) strategy to identify bioactive components by jointly considering target affinity, exposure potential, and safety, using Liangdi decoction (LDD) as a case study.
METHODOLOGY: Key therapeutic targets for endometriosis were identified by analyzing Gene Expression Omnibus and MalaCards databases. The components in LDD were identified using HPLC-MS/MS combined with feature-based molecular networking. An MDCS strategy integrating molecular docking, VlseKriterijumska Optimizacija I Kompromisno Resenje (V
СтатьяВалидационное исследованиеПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Female infertility is an increasing global public health concern. Growing evidence suggests that exposure to organophosphate flame retardants (OPFRs) may contribute to reproductive dysfunction. However, the OPFRs most strongly associated with female infertility and the potential molecular pathways underlying these associations remain unclear. This study employed an integrated framework combining epidemiological analysis, network toxicology, molecular docking, and adverse outcome pathway (AOP) construction to investigate the association between OPFR exposure and female infertility and to explor
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The human Mpox virus (hMPXV), an orthopoxvirus in the Poxviridae family, has emerged as a global health threat. Although smallpox therapeutics have been repurposed in the absence of hMPXV-specific drugs or vaccines, they suffer from efficacy limitations and lengthy development timelines. Modern computational approaches have streamlined lead identification and accelerated therapeutic development. This study targets thymidylate kinase (TMPK), which is an essential viral enzyme involved in DNA synthesis and genome replication. A hierarchical virtual screening of marine natural products (MNPs) fro
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In recent years it has become possible to design snakebite antivenoms with diverse pharmacokinetic properties. Owing to the pharmacokinetic variability of venoms, the choice of antivenom scaffold may influence a treatment's neutralisation coverage. Computation offers a useful medium through which to assess the pharmacokinetics and pharmacodynamics of envenomation-treatment systems, as antivenoms with identical neutralising capacities can be simulated. In this study, we simulate envenomation and treatment with a variety of antivenoms, to define the properties of effective antivenoms. Systemic e
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Dengue has become a huge global health burden. It is currently recognized as the most rapidly spreading mosquito-borne viral disease. Yet, there are currently no licensed vaccines or specific therapeutics to manage the virus, thus, scaling up vector control approaches is important in controlling this viral spread. This study aimed to identify and study in silico, potential anti-mosquito compounds targeting Juvenile hormone (JH) mediated pathways via the Mosquito Juvenile Hormone Binding Protein (MJHBP). The study was implemented using series of computational methods. The query compounds includ
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Alzheimer's disease (AD) is a prevalent and debilitating neurodegenerative disorder characterized by progressive cognitive decline. Early diagnosis and accurate prediction of disease progression are critical for developing effective therapeutic interventions. In recent years, computational models have emerged as powerful tools for biomarker discovery and disease prediction in Alzheimer's and other neurodegenerative diseases. This paper explores the use of computational models, particularly machine learning techniques, in analyzing large volumes of data and identifying patterns related to disea
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We present a computational study inspired by the story of dysiherbol A, a natural product whose putative structure was found incorrect through synthesis by a completely fortuitous event. While the carbon connectivity and chemical environment between both structures remain similar, the real dysiherbol A has a different molecular weight than that reported for the natural product. Had the synthesis groups not been favored by fortune, it could be speculated that a substantial amount of time and effort would have been required to solve the structural puzzle. Within the realm of computer-guided tota
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This research explores the structural and functional consequences of high-impact missense variants in three immune-related genes MMP8 (D253N, Y261S), GZMK (A42P, L122P), and OASL (W216C) with possible relevance to host response in epidemic viral infections. A layered computational workflow was implemented to predict pathogenicity, evaluate structural stability, and assess residue conservation. Subsequent modeling of protein dynamics included structural perturbation analyses, molecular docking, and long-timescale molecular dynamics simulations. Findings revealed that the D253N variant in MMP8 i
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
While there is an abundance of static data for the structure of biological macromolecules, the data regarding their folding mechanisms and dynamics is scarce, posing a challenge to the training of AI models. The World Model approach, which has been very successful in robotics, can come in handy in this regard. From limited data, it can build a latent, approximated representation of the spatio-temporal folding environment that can be used to train downstream AI models. Here, we developed DreamFold, a World Model-based generative framework to perform biomolecular simulations. DreamFold encodes p
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Lung adenocarcinoma (LUAD), a major global health burden, has a poor prognosis in advanced stages. Tobacco-specific nitrosamines (TSNAs) are key carcinogens, but their systematic molecular networks driving LUAD progression remain unclear. Using a multi-modal computational approach, this study first analyzed LUAD's macro-epidemiological burden based on GBD data. Network toxicology, bioinformatics, and SHAP interpretable modeling were then applied to screen TSNA-LUAD targets, build a SHAP-interpretable Cox prognostic model, and identify hub genes. Finally, hub targets were used for molecular doc
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования