In the companion paper (J. Phys. Chem. B 2006, 110, jp0629487), a study of the conformational dynamics of methanethiosulfonate spin probes linked at a surface-exposed alpha-helix has been presented. Here, on the basis of this analysis, X-band ESR spectra of these spin labels are simulated within the framework of the Stochastic Liouville equation (SLE) methodology. Slow reorientations of the whole protein are superimposed on fast chain motions, which have been identified with conformational jumps and fluctuations in the minima of the chain torsional potential. Fast chain motions are introduced
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: GII.4 noroviruses (NoVs) are the primary cause of epidemic viral acute gastroenteritis. One primary obstacle to successful NoV vaccination is the extensive degree of antigenic diversity among strains. The major capsid protein of GII.4 strains is evolving rapidly, resulting in the emergence of new strains with altered blockade epitopes. In addition to characterizing these evolving blockade epitopes, we have identified monoclonal antibodies (MAbs) that recognize a blockade epitope conserved across time-ordered GII.4 strains. Uniquely, the blockade potencies of MAbs that recognize the
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RNA helicases are RNA-binding enzymes that remodel RNA structures and ribonucleoprotein complexes through regulated conformational changes. Their RecA-like catalytic cores cooperate with auxiliary domains, many of which contain flexible or partially disordered regions whose rearrangements are difficult to characterize using static structural methods. Hydrogen-deuterium exchange mass spectrometry (HDX-MS) overcomes this limitation by examining protein conformation in solution, providing peptide-resolved information on local stability, dynamics, and ligand-dependent structural changes. In this c…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Heat shock protein 90 (Hsp90) is an essential molecular chaperone that relies on coordinated, high-energy, ATP-driven conformational rearrangements to remodel a diverse array of client proteins. A central requirement of the Hsp90 catalytic cycle is the structural coupling between the ATP gate and the N-terminal β-strap. Here, we identify the C-terminal hinge of the ATP gate (G123) as a critical mechanical element mediating this coordination. Using site-specific backbone restriction, 19F nuclear magnetic resonance spectroscopy, and molecular dynamics simulations, we show that hinge plasticity i
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Protein-ligand affinity prediction is fundamental to structure-based virtual screening and lead discovery. However, most existing methods rely on a single static conformation of the complex and exhibit high sensitivity to pose uncertainty and conformational noise. To address this limitation, CMD-PLA is proposed as a dynamics-aware framework for protein-ligand affinity prediction. Within this framework, pocket-conditioned molecular dynamics refinement is performed, and the conformational evolution of the ligand is explicitly modeled as a pocket-dependent dynamical process rather than an isolate
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We established an efficient means of probing ligand-induced conformational change in the malaria drug target AMA1 using 19F NMR. AMA1 was labeled with 5-fluorotryptophan (5F-Trp), and the resulting 5F-Trp resonances were assigned by mutagenesis of the native Trp residues. By introducing additional Trp residues at strategic sites within a ligand-responsive loop, we detected distinct conformational consequences when various peptide and small-molecule ligands bound AMA1. Our results demonstrate an increase in flexibility in this loop caused by the native ligand, as inferred from, but not directly
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Single-atom catalysts (SACs) are known for their exceptional catalytic efficiency but suffer from structural rigidity, limiting their adapta … and laccase-like activity at neutral pH. These catalytic modes are mechanistically decoupled-global protein conformation governs POD activity, while localized Gd coordination drives laccase-like function. Allosteric regulation by tartaric acid further fine-tunes this behavior, significantly enhancing performance beyond that of natural horseradish peroxidase. This dual …
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Loeys-Dietz syndrome (LDS) is a rare autosomal dominant disorder with extensive connective tissue involvement. The diagnosis o … sAsp)). Molecular dynamics simulation showed that the TGFBR2 c.1005_1007delGTA mutation changed the protein conformation, making the protein conformation more stable. The p.Glu335_Tyr336delinsAsp mutation significantly reduced TGF-β-induced gene transcription and phosphorylation of SMAD Family Member 2 (SMAD2) in vitro.
CONCLUSIONS: Our comprehensive genetic analysis …
Клинический случайСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Macrophage migration inhibitory factor (MIF) is a pro-inflammatory and tumor-promoting cytokine that occurs in two redox-dependent immunologically distinct conformational isoforms. The disease-related structural isoform of MIF (oxMIF) can be specifically and predominantly detected in the circulation of patients with inflammatory diseases and in tumor tissue, whereas the ubiquitously expressed isoform of MIF (redMIF) is abundantly expressed in healthy and diseased subjects. In this article, we report that cysteine 81 within MIF serves as a "switch cysteine" for the conversion of redMIF to oxMIF
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Expression of type IV pili by Neisseria gonorrhoeae plays a critical role in mediating adherence to human epithelial cells. Gonococcal pilin is modified with an O-linked glycan, which may be present as a di- or monosaccharide because of phase variation of select pilin glycosylation genes. It is accepted that bacterial proteins may be glycosylated; less clear is how the protein glycan may mediate virulence. Using primary, human, cervical epithelial (i.e. pex) cells, we now provide evidence to indicate that the pilin glycan mediates productive cervical infection. In this regard, pilin glycan-def
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Phospho-glycoprotein (P-gp) is a polytopic plasma membrane protein whose overexpression causes multidrug resistance (MDR) responsible for th … p. Our results indicate that the polylactosamine chains of P-gp are part of the functionally active protein conformation.
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mutations in fibrillin-1 result in Marfan syndrome, which affects the cardiovascular, skeletal and ocular systems. The multiorgan involvement and wide spectrum of associated phenotypes highlights the complex pathogenesis underlying Marfan syndrome. To elucidate the genotype to phenotype correlations, we engineered four Marfan syndrome causing mutations into a fibrillin-1 fragment encoded by exons 18-25, a region known to interact with tropoelastin. Biophysical and biochemical approaches, including small angle x-ray scattering, analytical ultracentrifugation, and circular dichroism, were used t
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Remodeling of the actin cytoskeleton is controlled by signaling pathways that include the Wiskott-Aldrich syndrome protein (WASP). WASP is regulated by autoinhibition, and the intramolecular contacts that inactivate the protein can be relieved through binding to the Rho-family GTPase Cdc42. Here, we show that the allosteric regulation of WASP can be quantitatively described by a two-state equilibrium between an active, largely unfolded conformation that is able to stimulate the Arp2/3 complex, and an inactive, folded conformation. The model is parameterized by the stability of WASP against unf
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Screening for disease-causing mutations in the duplicated region of the PKD1 gene was performed in 17 unrelated Australian individuals with … were predicted to lead to the replacement of conserved amino acid residues, with ensuing changes in protein conformation. Defects in the duplicated region of PKD1 thus account for 63% of our patients. Together with the previously detected mutations (Q4041X, R4227P) in the 3 region of the gene, the study has achieved an overall mutation detection rate of 74%. In additi …
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
5-alpha-reductase type II (5αR2) is an important protein involved in the reduction of testosterone to dihydrotestosterone, a product that promotes prostate growth and can lead to conditions such as prostate cancer and benign prostatic hyperplasia. This study presents a computational analysis of steroidal compounds with close structural relationships but notable differences in their biological activity. A set of molecules with reported half-maximal inhibitory concentrations, obtained under consistent conditions, was selected, and molecular docking and molecular dynamics simulations were perform
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Protein assembly into β-sheet-rich amyloid structures is a general biophysical phenomenon that has significant biological consequences, most notable for their prominent association with neurodegenerative diseases, including Alzheimer's, Huntington's, or Parkinson's diseases. The assembly of amyloid structures is driven by short sequences called amyloid motifs. In many neurodegenerative diseases, intrinsically disordered proteins (IDPs) self-assemble through amyloid motifs, but these motifs are present in all proteins, including folded globular proteins. Importantly, mechanistic knowledge is la
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
AIMS/HYPOTHESIS: The beta cell protein tetraspanin 7 is a target of autoantibodies in individuals with type 1 diabetes. The aim of this study was to identify autoantibody epitope-containing regions and key residues for autoantibody binding.
METHODS: Autoantibody epitope regions were identified by immunoprecipitation of luciferase-tagged single or multiple tetraspanin 7 domains using tetraspanin 7 antibody-positive sera. Subsequently, amino acids (AAs) relevant for autoantibody binding were identified by single AA mutations.
RESULTS: In tetraspanin 7 antibody-positive sera, antibody binding w
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Rhodopsin, the photoreceptor of rod cells, absorbs light to mediate the first step of vision by activating the G protein transducin (Gt). Several human diseases, such as retinitis pigmentosa or congenital night blindness, are linked to rhodopsin malfunctions. Most of the corresponding in vivo studies and structure-function analyses (e.g. based on protein x-ray crystallography or spectroscopy) have been carried out on murine or bovine rhodopsin. Because these rhodopsins differ at several amino acid positions from human rhodopsin, we conducted a comprehensive spectroscopic characterization of hu
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Work by a large number of investigators over the last decade has established that over 90% of patients with osteogenesis imperfecta have mutations in one of the two genes for type I procollagen, that most unrelated probands have different mutations in the genes, and that the mutations found in most of the serious variants of the disease cause synthesis of abnormal pro alpha chains of the protein. The results have demonstrated that synthesis of structurally abnormal but partially functional pro alpha chains can interfere with folding of the central region of the protein into a triple-helical co
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Here, we review the active roles and mechanisms of the plasma membrane and phospholipids in peripheral membrane proteins and lipid-anchored membrane proteins, focusing on the Ras-Raf-PI3K-PTEN signaling network. Data for some phospholipids are scant (or non-existent), whereas for others the mechanistic details are often incomplete-likely due to the challenging nature of membrane dynamics. Identification of the direct, specific interactions of the phospholipids with proteins is often lacking; instead, these lipids are frequently described as creating a negatively charged lipid environment, tran
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования