Bacteria and archaea make up most of natural diversity, but the mechanisms that underlie the origin and maintenance of prokaryotic species are poorly understood. We investigated the speciation history of the genus Salmonella, an ecologically diverse bacterial lineage, within which S. enterica subsp. enterica is responsible for important human food-borne infections. We performed a survey of diversity across a large reference collection using multilocus sequence typing, followed by genome sequencing of distinct lineages. We identified 11 distinct phylogroups, 3 of which were previously undescrib…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The sequencing of ancient DNA samples provides a novel way to find, characterize, and distinguish exogenous genomes of endogenous targets. A … significant similarities to reference microbial genomes, including those of viruses, bacteria, and archaea, and to fungal, mitochondrial, and plastidial sequences. Among other striking features, we found significant similarities between modern-human, some bacterial and viral sequences (contamination) and the organelle sequences of wild carrot and tomato …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Opisthorchis viverrini is a fish-borne trematode endemic in East Asia. Following ingestion, the flukes locate to the biliary tre where chron … to 29,776 operational taxonomy units (OTUs) and, in turn, to 20 phyla and 273 genera of Bacteria or Archaea. Microbial community analyses revealed that fluke infection perturbed the gastrointestinal tract microbiome, increasing Lachnospiraceae, Ruminococcaceae, and Lactobacillaceae, while decreasing Porphyromonadaceae, Erysipelotrichaceae, and Eubacteriac …
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Half the world's population is chronically infected with Helicobacter pylori, causing gastritis, gastric ulcers and an increased incidence o … re provides a new model for the permeation of urea and other small amide solutes in prokaryotes and archaea.
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Sensitivity to lactose has been reported in Crohn's disease, but its true role in inflammatory bowel disease (IBD) is unclear. T … he high breath methane raised the possibility of a pathogenic role for methanogenic archaebacteria (Archaea) in IBD. This needs to be investigated.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Gas vesicles are hollow intracellular proteinaceous organelles produced by aquatic Eubacteria and Archaea, including cyanobacteria and halobacteria. Gas vesicles increase buoyancy and allow taxis toward air-liquid interfaces, enabling subsequent niche colonization. Here we report a unique example of gas vesicle-mediated flotation in an enterobacterium; Serratia sp. strain ATCC39006. This strain is a member of the Enterobacteriaceae previously studied for its production of prodigiosin and carbapenem antibiotics. Genes required for gas vesicle synthesis mapped to a 16.6-kb gene cluster encoding …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Clustered regulatory interspaced short palindromic repeats (CRISPRs) have been discovered in many bacteria and archaea. Many CRISPR-like sequences have been identified in an increasing number of studies on the function of CRISPRs. One CRISPR-like sequence of approximately 240 base pairs has been found to be highly conserved within 11 genome sequences of Streptococcus pneumoniae. A specific CRISPR-like polymerase chain reaction (PCR) assay was designed with the novel primers CRISPR 5F (forward primer) 5'-CTA ATY TCA TAA CCA TAR GAA TC-3' and CRISPR 3R (reverse primer) 5'-GAT AAR ATC CTY TAA WCT…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Increasing evidence confirms the crucial role bacteria and archaea play within the coral holobiont, that is, the coral host and its associated microbial community. The bacterial component constitutes a community of high diversity, which appears to change in structure in response to disease events. In this study, we highlight the limitation of 16S rRNA gene (16S rDNA) clone library sequencing as the sole method to comprehensively describe coral-associated communities. This limitation was addressed by combining a high-density 16S rRNA gene microarray with, clone library sequencing as a novel app…
СтатьяПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The iron-sulfur cluster-free hydrogenase (Hmd) from methanogenic archaea harbors an iron-containing, light-sensitive cofactor of still unknown structure as prosthetic group. The enzyme is reversibly inhibited by CO and cyanide and is EPR silent. We report here on Mössbauer spectra of the (57)Fe-labeled enzyme and of the isolated cofactor. The spectrum of the holoenzyme measured at 80 K revealed a doublet peak with an isomer shift delta = 0.06 mm.s(-)(1) and a quadrupole splitting of DeltaE(Q) = 0.65 mm.s(-)(1) (at pH 8.0). The signal intensity corresponded to the enzyme concentration assuming …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The transfer RNA 5' maturation enzyme RNase P has been characterized in Bacteria, Archaea, and Eukarya. The purified enzyme from all three kingdoms is a ribonucleoprotein containing an essential RNA subunit; indeed, the RNA subunit of bacterial RNase P RNA is the sole catalytic component. In contrast, the RNase P activity isolated from spinach chloroplasts lacks an RNA component and appears to function as a catalytic protein. Nonetheless, the chloroplast enzyme recognizes a pre-tRNA substrate for E. coli RNase P and cleaves it as efficiently and precisely as does the bacterial enzyme. To ascer…
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Information about the total amount of bacteria in oral samples contributes to assessment of an individual's risk of contracting dental carie … forward primer sequence at its 5' end. Specificity controls with 30 different bacterial species, 5 Archaea, 3 fungi, human astrocytoma cells, and rat hepatoblastoma cells were carried out. Results were positive for all eubacteria and negative for all other cells tested. Calibration curves were obtained by co-amplification of known amounts of E. coli cell …
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cytochrome C oxidase was solubilized with a nonionic detergent n-decanoyl-N-methyl glucamide from the membranes of Sulfolobus acidocaldarius, a thermoacidophilic archaebacterium, and was purified. The enzyme oxidized horse heart cytochrome C with a Vmax of 63 mumols/min/mg at 50 degrees C. The activity was sensitive to cyanide. The enzyme also catalyzed oxygen uptake detergent on N, N, N', N'-tetramethyl p-phenylene diamine. An apparent molecular mass was estimated to be 150 kDa. The enzyme is composed of three subunits of 37, 23 and 14 kDa. Spectral characteristics were similar to typical bac
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Despite recent progresses in microbiome and infection, the role of multi-kingdom gut microbiome in kidney transplantation (KT) infection remains unexplored. Here we performed a longitudinal and integrative multi-omics analysis of the gut microbiome, fecal metabolome and plasma metabolome in 169 KT recipients across 5 different transplantation centers, comprising discovery and validation cohorts. We observed KT-specific four kingdom microbiome dysbiosis, including bacteria, fungi, archaea and viruses, with the most pronounced shifts in bacterial and fungal communities. Furthermore, we identifie…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Antibiotics are extensively used in mariculture, leading to their persistent accumulation in sediments and posing ecological and health risk … er kinetics and the Langmuir model. Bacterial communities showed higher diversity and richness than archaeal communities, with bacterial structures varying more among different treatment units. Dominant taxa included Sulfurovum (bacteria) and Methanosarcina (archaea), and rare taxa displayed pronounced spatial specificity. Biodegradation was driven by dru …
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Inflammatory bowel disease (IBD) is associated with gut microbial dysbiosis, yet the ecological processes underlying community assembly remain unclear.
METHODS: Here, we applied Sloan's neutral community model to examine the relative contributions of stochastic and deterministic processes across multiple ecological layers, including metagenomic genes (MGs), molecular functions (MFs), and microbial species (archaea, bacteria, fungi, and viruses), in fecal and mucosal microbiota from healthy controls and ulcerative colitis (UC) patients.
RESULTS: Across all layers, most MGs, MFs,…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: The cervicovaginal microbiome is a key determinant of reproductive health. Its multi-kingdom structure and ecological interactions remain insufficiently characterized across diverse populations. This study aimed to define the composition and cross-kingdom dynamics of the cervical microbiome in women without HPV infection and with normal cytology in a Kazakhstani population.
METHODS: In this cross-sectional study, cervical samples from 92 reproductive-age women were analyzed using whole-genome metagenomic sequencing to characterize bacterial, viral, fungal, and archaeal communiti…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Microplastics pose serious risks for aquatic organisms such as fishes, shrimps and bivalves. Bivalves are particularly vulnerable due to the … tic phyla were also observed. Gut microbiome of G. expansa showed increase of relative abundance of Archaea and Firmicutes after microplastic exposure. The results suggest that microplastic treatment promotes dominance of certain bacterial species, likely those with plastic-metabolizing capabilities, potentially boosting bivalve resilience to microplastic …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Reactive nitrogen oxides (NOy; NOy = NO + NO2 + HONO) decrease air quality and impact radiative forcing, yet the factors responsible for the … find that, while nitrification rates are controlled primarily by chemoautotrophic ammonia-oxidizing archaea (AOA), the production of NOy is mediated in large part by chemoautotrophic ammonia-oxidizing bacteria (AOB). Variation in nitrification rates and nitrogen oxide emissions tracked variation in forest communities, as stands dominated by arbuscular myc …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Urinary tract infections are known to be caused by bacteria, but the potential implications of archaea have never been studied in this context.
METHODS: In two different university hospital centres we used specific laboratory methods for the detection and culture of archaeal methanogens in 383 urine specimens prospectively collected for diagnosing urinary tract infection (UTI).
FINDINGS: Methanobrevibacter smithii was detected by quantitative PCR and sequencing in 34 (9%) of the specimens collected from 34 patients. Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Enterobacter sp., Enter…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: To determine the causative pathogen and investigate the effective treatment of a new type of encephalomyelitis with an unknown pa … ll walls scattered around the vessels. Unbiased high-throughput sequencing identified more than 100 archaea-specific DNA fragments. All patients were responsive to trimethoprim/sulfamethoxazole (TMP-SMX) plus corticosteroid therapy.
CONCLUSIONS: We report 4 cases of encephalomyelitis due to an unknown pathogen. On the basis of ultrastructural and genomic …
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования