Capsule polysaccharide is a major virulence factor of Klebsiella pneumoniae, a nosocomial pathogen associated with a wide range of infections. It protects bacteria from harsh environmental conditions, immune system response, and phage infection. To access cell wall-located receptors, some phages possess tailspike depolymerases that degrade the capsular polysaccharide. Here, we present the crystal structure of a tailspike against Klebsiella, KP32gp38, whose primary sequence shares no similarity to other proteins of known structure. In the trimeric structure of KP32gp38, each chain contains a fl
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Hepatitis C infection is a serious health issue worldwide caused by hepatitis C virus (HCV). There is an urgent need of search for new direct acting antiviral drugs due to the rapid development of drug resistance. The HCV NS5A protein is involved in creating resistance against antiviral therapy and there are also many reports that vitamin A deficiency is associated with non-responsiveness to antiviral treatment in HCV infected patients. So the present in silico study was aimed to find the relation between vitamin A deficiency and the NS5A protein's function in antiviral resistance. Structure o
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Spinocerebellar ataxia (SCA) is an autosomal dominant neurodegenerative disorder characterized by slowly progressive cerebellar dysfunction. … different mutated PKCγ proteins. Our results indicate that two out of three known mutations in the catalytic domain of PKCγ did indeed show increased biological activity. On the other hand, none of the five tested mutations located in the regulatory C1 or the C2 domain showed an increased biological activity. Our findings indicate that SCA14 mutations located in …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The chaperone/protease HtrA from the Lyme disease pathogen Borrelia burgdorferi (BbHtrA) functions in the maturation of the periplasmic prot … ed by an alanine, and the 2.0 Å and 1.5 Å resolution crystal structures of the recombinant protease catalytic domain and PDZ1-2 fragment, respectively. The BbHtrA cryo-EM structure forms an asymmetric dimer of trimers unlike the symmetric oligomers of other HtrA family members. The different conformations of the six linkers between the protease domains and their r …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
AprD5 is a member of the NAD+-dependent short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) superfamily. It participates in the apramycin biosynthetic pathway by catalyzing 4'-oxidation of UDP-β-d-glucose (UBG) to initiate the assembly of UDP-4'-amino-4'-deoxy-β-d-glucose in partnership with the aminotransferase AprL. Here, we report a 1.9 Å crystal structure of AprD5 in complex with NAD+ and its substrate UBG, which reveals a well-ordered ternary complex poised for catalysis. The cofactor and substrate are precisely aligned for hydride transfer by a conserved Ser-Tyr-Lys catalytic triad, while the nucl
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pseudomonas aeruginosa is considered a priority pathogen by the World Health Organization due to its resistance to antibiotics. Isolates resistant to ciprofloxacin (CPFX), a bactericide commonly used against P. aeruginosa, usually carry the mutations T83I or D87N in the GyrA subunit of the DNA gyrase. Yet, the molecular mechanisms by which these mutations confer CPFX-resistance to P. aeruginosa are unknown. Here we solved the crystal structure of the P. aeruginosa gyrase catalytic cleavage core and used it to carry out molecular dynamic (MD) simulations of CPFX-gyrase binding in the wild-type
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cytochrome P450 (CYPs) catalyze regioselective oxidation reactions, yet the structural determinants governing regioselectivity and catalytic efficiency remain poorly understood. Here, we characterize CYP154C10 as a versatile steroid hydroxylase exhibiting predominant C2 regioselectivity and expanded substrate scope relative to previously described CYP154C enzymes. Notably, CYP154C10 supports steroid conversion using both chemical (PIDA) and NADPH-dependent (Fdx/FdR) systems, while maintaining consistent product distribution across both oxidation systems. Structure-guided mutagenesis, kinetic a
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MilM from the mildiomycin biosynthetic pathway is a PLP-dependent enzyme, previously annotated as an aminotransferase, but has recently been demonstrated as l-arginine oxidase cum C-hydroxylase. Here, we report detailed biochemical, biophysical, structural modeling, and molecular dynamics (MD) simulation-based investigations of MilM from Streptoverticillium rimofaciens B-98891 to elucidate the mechanisms of substrate binding and catalysis and the roles of the active-site residues involved in these processes. Our experimental results confirmed that MilM functions as a stable homodimer, requirin
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
O-glycopeptidases are proteolytic enzymes that obligately recognize the O-glycans appended to their substrates. Peptidase_M60 proteins comprise a superfamily of putative metal-dependent O-glycopeptidases that were initially described in host-associated bacteria but are now known to be distributed across bacteria occupying both host-associated and environmental niches. Although several members of this superfamily have been shown to possess O-glycopeptidase activity, the family is highly divergent at the amino acid sequence level, making it unclear whether this activity is conserved across all m
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Methyl parathion hydrolase (MPH) is an important organophosphorus (OP) detoxifying enzyme, yet achieving a balance between catalytic activity and thermostability remains a major challenge. Notably, two engineered MPH variants, MPHase-m5a and MPHase-m5b, achieve this balance through predominantly distal substitutions, yet the underlying mechanisms remain unclear. Understanding how such remote mutations simultaneously enhance activity and stability is essential for elucidating MPH function and guiding the design of related detoxifying enzymes. Here, using multiscale simulations, we find that dis
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Envenomation by sicariid spiders such as the brown recluse can cause loxoscelism, a syndrome involving localized dermonecrosis and/or systemic effects like hemolysis. The causative venom toxins are unusual interfacial phospholipase D enzymes that cyclize sphingolipid and lysophospholipid substrates when bound to membrane surfaces. Crystal structures of several of these toxins have been reported, but none of them directly illuminates how lipids bind in the active site and at the interfacial binding site (IBS); indeed, as a general rule the lipid interfaces of peripheral membrane proteins resist
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Hydroxynitrile lyase from Granulicella tundricola (GtHNL) is a Mn(II)-dependent enzyme that catalyzes the R-selective synthesis of cyanohydrins. Mn(II) is pentacoordinated by the enzyme in a distorted octahedral 17 electron complex. The aldehyde coordinates to the vacant site of Mn(II), and together with H106 as a base, the Lewis acid catalyzes the enantioselective synthesis. This study performed in the framework of density functional theory aims to elucidate the reaction mechanism examining the source of enantioselectivity of GtHNL in the reaction between benzaldehyde and HCN to obtain R-mand
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Isocitrate lyase (ICL) from Mycobacterium tuberculosis is a key enzyme of the glyoxylate shunt required for survival during latent infection and is absent in humans. Maleate has long been characterized as a reversible competitive inhibitor that mimics the succinate product of catalysis. Here, we show that maleate instead functions as a slow, time-dependent covalent inactivator of ICL. Kinetic analysis supports a two-step mechanism involving reversible binding followed by irreversible modification of the catalytic cysteine residue, Cys191. Mass spectrometric analysis confirms covalent modificat
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
POLE, the catalytic subunit of DNA polymerase epsilon, is essential for accurate DNA replication and proofreading. While rare, pathogenic POLE variants in the exonuclease domain -both germline and somatic-define ultramutated tumors with high mutational burden and distinctive molecular features. Beyond mutation status, altered POLE expression may independently influence tumor aggressiveness, remodeling of the tumor-immune microenvironment, and prognosis. Germline POLE variants underlie rare hereditary cancer syndromes with early-onset colorectal and extracolonic malignancies, although precise c
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
GLT25D1 O-galactosylates hydroxylysine residues in collagen and is essential for collagen maturation and function. Dysfunctions of GLT25D1 c … s. The N-lobe of GLT25D1 contains a high-affinity UDP-galactose binding site, and the C-lobe is the catalytic domain of the enzyme. The structures together with biochemical analyses unravel the key recognition of the consensus "Hyl-Gly" motif from collagen acceptor substrates and associated catalytic mechanism. We further demonstrate that GLT25D1 mutations linked …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Intrinsically disordered regions (IDRs) are conserved elements that enable cellular adaptability by mediating rapid responses to environmental cues. Their biophysical properties-disorder-to-order transitions, phase separation, and interaction versatility-are vital for protein localization, signaling, and disease mechanisms. In protein tyrosine phosphatases (PTPs), and notably dual-specificity phosphatases (DUSPs), IDRs serve functional roles beyond passive linkers. Atypical DUSPs (ADUSPs) utilize IDRs instead of rigid domains for substrate recruitment, autoinhibition, and spatiotemporal regula
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Antimicrobial resistance is a significant global public health threat that limits treatment options for bacterial infections. This situation is aggravated by the environmental spread of β-lactamase genes. In particular, metallo-β-lactamases (MBLs) hydrolyze almost all available β-lactam antibiotics, including late-generation cephalosporins and carbapenems. Among MBLs, the New Delhi metallo-β-lactamase (NDM-1) of subclass B1 has shown the most ominous dissemination. NDM variants are the only MBLs of clinical importance that are membrane-anchored, a sub-cellular localization that endows them wit
СтатьяПоддержка правительства СШАПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The molecular approach to understanding the mechanisms of emerging diseases, like COVID-19, has largely accelerated the search for successful therapeutical strategies. In this work, we present an extensive molecular dynamics (MD) analysis of two forms of the SARS-CoV-2 main protease MPro. We analyzed the free form (apo) and compared the results with those coming from the (holo) form bound to the inhibitor Boceprevir, an FDA-approved drug repurposed for COVID-19 therapy. We applied Dynamic Cross Correlation (DCC) analysis to the MD simulations to trace the concerted motion patterns within the p
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Metal-dependent formate dehydrogenases (FDHs) are of considerable interest as a bioinspired metalloenzyme target to efficiently reduce the greenhouse gas CO2 into the portable energy carrier formate under physiological conditions. These enzymes were shown to harbor an active site sulfido ligand that is essential for the formate oxidation and CO2 reduction activity and contributes to the oxygen sensitivity of the enzyme, since the ligand is rapidly lost in the presence of O2. Inhibitors like azide or nitrate are routinely employed to protect the active site from oxidative damage. The demonstrat
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Designing three-dimensional (3D) catalytic sites in single-atom catalysts (SACs) that mimic thyroid peroxidase (TPO) function for achieving iodotyrosine coupling, although highly desirable for the synthesis of thyroid hormones, poses a great challenge. Herein, we design and synthesize a class of SACs with 3D catalytic centers composed of Cu-N5 as catalytic sites and BO2 as binding sites (BO2/CuN5C) for mimicking TPO in activating H2O2 to facilitate tyrosine iodination and conjugation for producing thyroid hormones. We demonstrate that the as-prepared BO2/CuN5C not only provides binding sites f
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования