Genetic alterations are closely associated with prostate cancer development and progression, but the RNA-derived transcriptional allele landscape of prostate cancer and cancer stem cells (CSCs) remains poorly understood. To characterize cancer-associated transcriptional alleles, we analyzed bulk and single-cell RNA sequencing (RNA-seq) data from primary human prostate cancer cells and their matched benign epithelial cells from non-cancerous regions of the same patients. Sequencing reads were aligned to the human reference genome (hg38) using STAR, and sequence variants were annotated with ANNO
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Uveal melanoma (UM) is an aggressive eye cancer that frequently results in metastatic death despite successful primary tumor treatment. Subclinical micrometastasis is thought to occur early, when tumors are small and difficult to distinguish from benign nevi. However, the early genetic evolution of UM is poorly understood, and biomarkers for malignant transformation are lacking. Here, we perform integrated genetic profiling of 1140 primary UMs, including 131 small tumors. A clinically available 15-gene expression profile (15-GEP) prospectively validated by our group is more accurate than drive
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pleomorphic adenoma (PA), the most common benign salivary gland tumor, harbors unpredictable risks of recurrence and malignant transformation into carcinoma ex pleomorphic adenoma (CXPA), posing significant clinical challenges. To better delineate the tumor transformation trajectory, we performed single-cell RNA sequencing of normal salivary gland, primary PA, recurrent PA (rPA), and CXPA. Cell trajectory reconstruction, differential expression gene identification, and key gene network analysis were integrated to characterize molecular transitions and intercellular crosstalk driving PA recurre
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: This research is aimed at identifying the key genes and pathways of cardiac hypertrophy using bioinformatics and at providing a new target for the identification of cardiac hypertrophy.
METHODS: Microarray data GSE1621 and GSE18801 were acquired from the GEO database. The DEGs of GSE1621 and GSE18801 were analyzed using the online tool GEO2R. "ggplot2" package of R software was utilized to generate the volcano plots. The top and bottom 10 genes were mapped as a heat map. GO functional annotation analysis and KEGG pathway enrichment analysis were performed separately for DEGs using
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Melanoma is the most deadly type of skin cancer. This study aimed at uncovering the molecular mechanisms underlying melanoma progression. This study used the microarray dataset GSE46517, downloaded from the Gene Expression Omnibus database, including eight normal tissue samples, nine nevus tissue samples, 31 primary melanoma samples, and 73 metastatic melanoma tissue samples. Differentially expressed genes (DEGs) in nevus, primary melanoma, and metastatic melanoma were identified, with which a reactome functional interaction (FI) network was constructed, and pathway enrichment analysis of the
Сравнительное исследованиеСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: The etiology of multiple myeloma (MM) is unknown and it remains incurable. We sought to elucidate the mechanisms underlying miRNAs involvement in MM pathogenesis.
METHODS: Public mRNA and miRNA expression datasets for MM were collected from the Gene Expression Omnibus database. By integrated bioinformatics analysis, the expression signatures were identified and the miRNA-mRNA interaction network was constructed. The potential functions of target genes were then explored by functional enrichment analysis.
RESULTS: Totally, 839 differentially expressed mRNAs and six differentially
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The neoplastic Reed-Sternberg cells characteristic of classical Hodgkin's lymphoma (cHL) are of B-cell origin but they almost always show striking loss of a range of B-cell-associated molecules. In contrast, the neoplastic cells found in lymphocyte predominant Hodgkin's lymphoma (LPHL) (L&H cells) are traditionally thought of as possessing the full repertoire of features associated with germinal centre B cells (eg BCL-6 expression, 'ongoing' Ig gene mutation). In the present paper, we report an extensive phenotypic analysis of L&H cells which revealed down-regulation of a number of markers ass
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Breast cancer stem cells (BCSCs) are responsible for chemotherapy resistance, metastasis, and tumor recurrence. Paclitaxel-primed mesenchymal stem cells (MSCs) can activate T cells, offering a novel immunotherapeutic approach. However, the molecular mechanisms underlying BCSC-immune interactions remain poorly understood.
OBJECTIVE: To identify overlapping gene networks between BCSCs, paclitaxel-treated cells, activated T cells, and paclitaxel-primed MSCs, and to validate their functional relevance in targeting BCSCs.
METHODS: Comparative transcriptomic analysis was performed usin
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Intercellular communication signals in the tumor microenvironment are closely related to behaviors such as cancer cell proliferation and immune evasion. However, the specific roles of intercellular signaling pathways in intrahepatic cholangiocarcinoma (ICC) have not yet been fully characterized. In this study, we analyzed publicly available single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) data derived from paired samples of two intrahepatic cholangiocarcinoma (ICC) tissues and two adjacent normal tissues, thoroughly examining their cellular composition. InferCNV analysis was employed to compare tumor ce
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Pituitary adenomas (PAs) are the second most common intracranial tumor. While current diagnostic practices rely primarily on histological testing, they often fail to capture the molecular complexities of pituitary adenomas, underscoring the need for a molecular-based classification to refine therapeutic strategies and prognostic assessments. This study aims to provide a molecularly unbiased classification of pituitary adenomas and explore their unique gene expression patterns and clinical features.
METHODS: We performed unsupervised hierarchical clustering of the gene expression p
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MicroRNAs (miRs) are considered to be tumor suppressors or oncogenes as they regulate cell proliferation, migration, invasion, and differentiation. Recently, microRNA-505 (miR-505) has been reported as being involved in the progression of several human cancers. In the present study, we aim to investigate the expression rate and functional role of miR-505-5p in cervical cancer (CC) to determine its significance regarding the disease's development.The expression of miR-505-5p and cyclin-dependent kinase 5 (CDK5) in specimens of patients with CC and CC cell lines was examined by quantitative real
СтатьяОтозванная публикацияПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Target-directed microRNA degradation (TDMD) is an emerging post-transcriptional mechanism that controls miRNA turnover, yet its role in human cancers remains largely unexplored. Here, we combine CRISPRi-mediated ZSWIM8 depletion, miRNA-seq, and AGO2-eCLIP to define the TDMD landscape across breast cancer subtypes. We identify 19 high-confidence TDMD substrates, including miR-29b-3p and miR-33a/b-5p, and show that TDMD shapes miRNA target occupancy and target repression. Integration with single-cell transcriptomics reveals that TDMD of miR-29b-3p triggered by NREP transcript is associated with
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Long considered transcriptional noise, noncoding RNAs (ncRNAs), including microRNAs and long noncoding RNAs (lncRNAs), are now recognized as central regulators of cellular function, acting as scaffolds, structural elements, and regulators of gene expression. This expanding functional landscape is reshaping our understanding of cancer biology, immune regulation, and the limits of translation itself. Beyond gene regulation, lncRNAs may be implicated in the earliest stages of oncogenic transformation, orchestrating molecular reprogramming and remodeling of the immune microenvironment in premalign
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Background: A significant factor influencing the prognosis of lung adenocarcinoma (LUAD) is tumor metastasis. Studies have shown that abnormal DNA methylation in circulating tumor cells (CTCs) is associated with tumour metastasis. Based on the genes expressed in CTCs that play an important role in DNA methylation, we hope to build a risk model to predict prognosis and provide a therapeutic strategy in LUAD. Methods: The CTC sequencing data for LUAD were obtained from GSE74639, which contains 10 CTC samples and 6 primary tumour samples. To carefully assess the clinical value, functional status,
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cancer-testis antigens (CTAs) are a group of tumor-associated antigens with more than 140 members whose expression has been shown to be limited to gametogenic tissues and placenta among normal tissues. However, malignant tissues of different origins have shown aberrant and elevated expression of these antigens. Such a pattern of expression endows beneficial properties for use as cancer biomarkers as well as immunotherapeutic targets as a result of the immune-privileged status of the testes. CTAs have been shown to be expressed in pediatric brain tumors, different types of sarcomas, leukemias,
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This review summarizes the new findings on salivary gland pathology under the following categories: immunohistochemistry; molecular genetics; newly recognized tumour types; known tumour entities with new findings; and progression of salivary gland tumours. In the application of immunohistochemistry, CD117 can aid in highlighting the luminal cell component of various salivary gland tumours, whereas p63 or maspin can aid in highlighting the abluminal cell component. A high Ki67 index remains the most useful marker to predict adverse outcome in salivary gland carcinoma. Specific chromosomal trans
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Lysophosphatidic acid (LPA), the simplest of all phospholipids, exhibits pleiomorphic functions in multiple cell lineages. The effects of LPA appear to be mediated by binding of LPA to specific members of the endothelial differentiation gene (Edg) family of G protein-coupled receptors (GPCR). Edg 2, Edg4, and Edg7 are high affinity receptors for LPA, and Edg1 may be a low affinity receptor for LPA. PSP24 has been shown to be responsive to LPA in Xenopus oocytes, however, its role in mammalian cells is unclear. The specific biochemical events initiated by the different Edg receptors, as well as
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Oral lichen planus (OLP) is a chronic inflammatory disease that may transform to oral squamous cell carcinoma (OSCC), while its carcinogenesis mechanisms are not entirely clear. This study was designed to identify the important genes involved in the malignant transformation of OLP to OSCC. After RNA-sequencing, the differently expressed genes (DEGs) in OLP vs. normal and OSCC vs. normal groups, respectively, were identified by limma package in R language, and then clustering analysis were conducted by Pheatmap package in R language. Weighed gene co-expression network analysis (WGCNA) was perfo
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Since Golub applied gene expression profiles (GEP) to the molecular classification of tumor subtypes for more accurately and reliably clinical diagnosis, a number of studies on GEP-based tumor classification have been done. However, the challenges from high dimension and small sample size of tumor dataset still exist. This paper presents a new tumor classification approach based on an ensemble of probabilistic neural network (PNN) and neighborhood rough set model based gene reduction. Informative genes were initially selected by gene ranking based on an iterative search margin algorithm and th
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования