We previously reported that the rabies virus glycoprotein (G) takes either of two different conformations (referred to as B and C forms) under neutral pH conditions, that could be differentiated by their reactivity to a monoclonal antibody (mAb), #1-30-44, that recognizes the acid-sensitive conformational epitope, and the formation taken is dependent on two separate regions containing Lys-202 and Asn-336 of the protein (Kankanamge et al., Microbiol. Immunol., 47, 507-519, 2003). Semi-quantitative antibody-binding assays demonstrated that only one-third to one-fourth of mature G proteins on the
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Heat shock protein 90 kDa (Hsp90) is an ATP-dependent molecular chaperone whose function relies on conformational rearrangements and interactions with cochaperones and clients. Binding of nucleotides, cochaperones, and clients leads to functional structural rearrangements, often associated with heterogeneous structural ensembles that are challenging to characterize using high-resolution structure determination methods alone. Electron paramagnetic resonance (EPR) spectroscopy has emerged as a powerful approach for tracking the conformational landscape of proteins. However, despite its great pot
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
G protein-coupled receptors (GPCRs) represent the largest membrane protein family and remain central targets in drug discovery. Ligand efficacy reflects the ability to modulate receptor conformational states and extends beyond binding affinity to underpin functional selectivity. However, most computational approaches still emphasize affinity prediction, with limited capacity to capture the conformational dynamics driving efficacy. Here, we introduce Dynamic-GLEP, a structure- and mechanism-aware framework that integrates molecular dynamics (MD)-derived conformational ensembles with transfer le
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Neurofibromin (NF1), a Ras GTPase-activating protein (GAP), catalyzes Ras-mediated GTP hydrolysis and thereby negatively regulates the Ras/MAPK pathway. NF1 mutations can cause neurofibromatosis type 1 manifesting tumors, and neurodevelopmental disorders. Exactly how the missense mutations in the GAP-related domain of NF1 (NF1GRD) allosterically impact NF1 GAP to promote these distinct pathologies is unclear. Especially tantalizing is the question of how same-domain, same-residue NF1GRD variants exhibit distinct clinical phenotypes. Guided by clinical data, we take up this dilemma. We sampled
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаResearch Support, N.I.H., IntramuralПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In the degenerative eye disease retinitis pigmentosa (RP), protein misfolding leads to fatal consequences for cell metabolism and rod and cone cell survival. To stop disease progression, a therapeutic approach focuses on stabilizing inherited protein mutants of the G protein-coupled receptor (GPCR) rhodopsin using pharmacological chaperones (PC) that improve receptor folding and trafficking. In this study, we discovered stabilizing nonretinal small molecules by virtual and thermofluor screening and determined the crystal structure of pharmacologically stabilized opsin at 2.4 Å resolution using
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Streptococcus pneumoniae is a major cause of death in children worldwide. There are more than 90 known pneumococcus serotypes that vary by geographical location. Pneumolysin is a protein toxin produced by virtually all invasive strains of S. pneumoniae and is considered an important virulence factor. Pneumolysin is immunogenic and has the potential to be a new vaccine antigen offering broad serotype-independent coverage. To develop a stable vaccine formulation, the conformational stability of a recombinant pneumolysin mutant (pneumolysoid L460D) was characterized by various techniques. Three d
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The hepatitis C virus NS3 protease is responsible for the processing of the nonstructural region of viral precursor polyprotein in infected hepatic cells. NS3 has been considered a target for drug discovery for a long time. NS3 is a zinc-dependent serine protease. However, the zinc ion is not involved in the catalytic mechanism, because it is bound far away from the active site. Thus, zinc is essential for the structural integrity of the protein and it is considered to have a structural role. The first thermodynamic study on the conformational equilibrium and stability of NS3 and the effect of
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Measles virus (MeV) is a highly contagious pathogen and a major global health threat. Resurgent infections, driven by insufficient vaccine coverage, waning herd immunity, and the vulnerability of immunocompromised populations, highlight the urgent need for effective countermeasures. While most vaccine-elicited antibodies target the hemagglutinin (H) protein, antibodies against the fusion (F) protein are also potent inhibitors. However, the specific target sites on this class I fusion protein, which undergoes dramatic conformational changes during entry, remain insufficiently characterized. Her
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Peptide⁻protein interactions are corner-stones of living functions involved in essential mechanisms, such as cell signaling. Given the difficulty of obtaining direct experimental structural biology data, prediction of those interactions is of crucial interest for the rational development of new drugs, notably to fight diseases, such as cancer or Alzheimer's disease. Because of the high flexibility of natural unconstrained linear peptides, prediction of their binding mode in a protein cavity remains challenging. Several theoretical approaches have been developed in the last decade to address th
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Rvb1 and Rvb2 are conserved AAA+ (ATPases associated with diverse cellular activities) proteins found at the core of large multicomponent complexes that play key roles in chromatin remodeling, integrity of the telomeres, ribonucleoprotein complex biogenesis and other essential cellular processes. These proteins contain an AAA+ domain for ATP binding and hydrolysis and an insertion domain proposed to bind DNA/RNA. Yeast Rvb1 and Rvb2 proteins oligomerize primarily as heterohexameric rings. The six AAA+ core domains form the body of the ring and the insertion domains protrude from one face of th
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Through an understanding of the conformational preferences of the polyketide natural product (-)-zampanolide, and the structural motifs that control these preferences, we developed a linear zampanolide analogue that exhibits potent cytotoxicity against cancer cell lines. This discovery provides a set of three structural handles for further structure-activity relationship (SAR) studies of this potent microtubule-stabilizing agent. Moreover, it provides additional evidence of the complex relationship between ligand preorganization, conformational flexibility, and biological potency. In contrast
СтатьяResearch Support, N.I.H., IntramuralПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Group-3 late embryogenesis abundant (LEA) proteins are intrinsically disordered proteins (IDPs) that protect cellular components during desiccation. Their transition from disordered to ordered conformations is driven by reduced water availability. Here, we characterize and compare the conformational ensembles of the P1LEA-22 model peptide in TFE-water and glycerol-water mixtures that mimic distinct dehydration environments. Using Gaussian accelerated molecular dynamics (GaMD), we sampled the structural landscape of P1LEA-22 at 20%, 40%, 60%, and 80% cosolvent concentrations. The simulations pr
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Carr-Purcell-Meiboom-Gill (CPMG) relaxation dispersion experiments establish that at room temperature, the L99A cavity mutant of T4 lysozyme (L99A T4L) interconverts between two compact folded conformations on the millisecond timescale. These include the native state in which the sidechain of Phe114 is exposed to solvent (E state) and a near-native minor state in which the aromatic moiety of Phe114 is buried in the core of the protein (B state, ∼2%). Molecular dynamics simulations that have captured the E to B interconversion in L99A T4L and related mutants suggest that these proteins adopt co
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chronic Beryllium (Be) Disease (CBD) is a granulomatous disorder that predominantly affects the lung. The CBD is caused by Be exposure of individuals carrying the HLA-DP2 protein of the major histocompatibility complex class II (MHCII). While the involvement of Be in the development of CBD is obvious and the binding site and the sequence of Be and peptide binding were recently experimentally revealed [1], the interplay between induced conformational changes and the changes of the peptide binding affinity in presence of Be were not investigated. Here we carry out in silico modeling and predict
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Potassium channels are widespread in living cells and are involved in many diseases. The scorpion toxin alpha-KTx(12.1) interacts with various K(+) channels, suggesting its capacity to match diverse channel pores. It is recognized that tissue injuries may affect the pH at toxins site of action, thereby modulating both protein conformation and activity. To better understand its molecular mechanism of action, we studied alpha-KTx(12.1) using pH as a tool to explore its plasticity and NMR in combination with MD calculations to detect it. The toxin solution structure consists of an alpha-helix and…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pathogenic variants in the motor domain of the kinesin-3 motor protein KIF1A cause a range of neurodevelopmental and neurodegenerative conditions collectively termed KIF1A-associated neurological disorder (KAND). Among these, mutations at residue R350 are linked to hereditary spastic paraplegia and altered motor function. Yet, the structural basis for their pathogenicity remains unclear. Here, we present high-resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of KIF1A R350G and R350W bound to microtubules in both the apo and AMP-PNP-bound states. We identify a salt bridge between KIF1A r
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Tau is a microtubule-associated protein. Hyperphosphorylation of tau at neurotoxic sites, particularly at Thr231 within the Thr231-Pro motif, is a pathological hallmark of Alzheimer's disease (AD) and other tauopathies. Phosphorylated tau at Thr231 exists in two distinct conformations: cis and trans. The Cis pThr231-Pro Tau confomer is neurotoxic and promotes neurodegeneration. Furthermore, tau is subject to O-linked N-acetylglucosamine (O-GlcNAc) modification, and it has been suggested that O-GlcNAcylation of tau can influence tau phosphorylation. In this study, we utilized Thiamet G, an O-Gl
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Abnormal trinucleotide repeat expansions alter protein conformation causing malfunction and contribute to a significant number of incurable human diseases. Scarce structural insights available on disease-related homorepeat expansions hinder the design of effective therapeutics. Here, we present the dynamic structure of human PHOX2B C-terminal fragment, which contains the longest polyalanine segment known in mammals. The major α-helical conformation of the polyalanine tract is solely extended by polyalanine expansions in PHOX2B, which are responsible for most congenital central hypoventilation …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Abnormal aggregation of α-synuclein is a key element in the pathogenesis of several neurodegenerative diseases, including Parkinson's disease (PD), dementia with Lewy bodies, and multiple system atrophy. α-synuclein aggregation spreads through various brain regions during the course of disease progression, a propagation that is thought to be mediated by the secretion and subsequent uptake of extracellular α-synuclein aggregates between neuronal cells. Thus, aggregated forms of this protein have emerged as promising targets for disease-modifying therapy for PD and related diseases. Here, we gen
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The coronavirus SARS-CoV-2 is the cause of the ongoing COVID-19 pandemic. Therapeutic neutralizing antibodies constitute a key short-to-medium term approach to tackle COVID-19. However, traditional antibody production is hampered by long development times and costly production. Here, we report the rapid isolation and characterization of nanobodies from a synthetic library, known as sybodies (Sb), that target the receptor-binding domain (RBD) of the SARS-CoV-2 spike protein. Several binders with low nanomolar affinities and efficient neutralization activity were identified of which Sb23 display
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования