BACKGROUND: Keloids are pathological fibroproliferative skin disorders resulting from abnormal wound healing, characterized by excessive extracellular matrix (ECM) deposition and chronic local inflammation. While dermal fibroblasts are the primary effector cells in this process, the role of keloid keratinocytes (KKs) and their metabolic alterations in sustaining the pro-inflammatory and fibrotic microenvironment remains poorly understood.
METHODS: We performed single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) on 46,690 cells from keloid and normal skin tissues. Cellular metabolic activities were assesse…
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: This study used scRNA-seq to explore the underlying mechanisms of decidual natural killer cells affecting recurrent miscarriage (RM).
METHODS: We obtained the GSE214607 scRNA-seq dataset from Gene Expression Omnibus (GEO) database, containing data from 5 normal and 3 RM pregnancy samples. The 'Seurat' and 'Harmony' R package was used for the scRNA-seq analysis. Differentially expressed genes among cell subpopulations were identified using FindAllMarkers function, and the 'Monocle2' package was employed to construct pseudo-time trajectories. Finally, the 'CellChat' package was used to…
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Transcriptome sequencing (RNA-seq) is emerging as a diagnostic standard for B-cell precursor acute lymphoblastic leukemia (B-ALL). Expression-based classifiers reach ~95% accuracy, but reproducible end-to-end solutions that also integrate transcript-derived genomic drivers and quantitative virtual karyotyping are lacking. We developed IntegrateALL, a Snakemake pipeline that standardizes RNA-seq analysis from FASTQ to rule-based subtype assignment across 26 WHO-HAEM5/ICC entities by integrating expression-based subtype prediction, gene fusion-/hotspot SNV calling, and virtual karyotyping. We in…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Human pluripotent stem cells (hPSCs), such as human embryonic stem cells (hESCs) and human induced pluripotent stem cells (hiPSCs), have been successfully differentiated into pancreatic β-like cells for disease modeling and intended cell replacement therapy. These differentiating human pancreatic cells provide important insights into human pancreas development, given the difficulty in accessing human fetal pancreatic tissue. Although in-depth transcriptomic analyses, such as RNA-sequencing (RNA-Seq), have been conducted, insights into pancreatic developmental dynamics and the discovery of new …
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: We previously developed synthetic Notch (synNotch)-chimeric antigen receptor (CAR)-T cells to improve the safety and efficacy of … anding of their activity and therapeutic potential. To address this gap, we developed a single-cell RNA-sequencing (scRNA-seq) workflow with custom spike-in probes for synNotch-CAR transcripts, enabling simultaneous detection of engineered cells and transcriptomic profiling. In vitro , integration of multiple probes using machine-learning-assisted classif …
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Tuberculosis (TB), caused by Mycobacterium tuberculosis (Mtb), remains a major global health threat. γδ T cells, critical inna … study explored the regulatory mechanism of Mtb-HAg on the cytotoxic function of γδ T cells through RNA-Seq analysis and functional validation methods. The RNA-Seq analysis to profile the transcriptome of Mtb-HAg-activated γδ T cells.The expression of key cytotoxic factors was analyzed using ELISA, and the capacity of activated γδ T cells to inhibit intra …
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Sexual maturity is a pivotal reproductive trait in laying hens because it is directly related to egg production. The age at first egg is a d … cohort consisted of three non-laying (designated 140a) and three laying hens (designated 140b) for RNA-seq-based transcriptomic profiling and cross-tissue regulatory network construction. Bioinformatics approaches, including temporal expression clustering, protein-protein interaction networks, Venn analysis, and weighted gene co-expression network analys …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Sulfur mustard (SM), a persistent environmental contaminant in conflict zones, induces severe pulmonary and systemic toxicity through airborne, soil, and groundwater exposure routes. While the mechanisms and core targets of SM remain complex, computational network toxicology predicted six core targets (PTGS2, ESR1, APP, SIRT1, ACE, CASP3) converging on environmental stress responses, neurotoxicity cascades, and metabolic dysregulation. These alterations drive immunotoxicity, inflammatory responses, cytogenetic mutations, and ultimately leading to lung injury. Critically, RNA-seq validation con…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
One of the hallmarks of RNA viruses is highly structured untranslated regions (UTRs) which are often essential for viral replication, transcription, or translation. In this report, we discovered a series of coumarin derivatives that bind to a four-way RNA helix called SL5 in the 5' UTR of the SARS-CoV-2 RNA genome. To locate the binding site, we developed a sequencing-based method namely cgSHAPE-seq, in which an acylating probe was directed to crosslink with the 2'-OH group of ribose at the binding site to create read-through mutations during reverse transcription. cgSHAPE-seq unambiguously de
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Studies have demonstrated a significant connection between acute kidney injury (AKI) and chronic kidney disease (CKD). The purpose of this study was to identify biomarkers linked to the advancement of AKI and CKD, aiming to offer new targets and insights for treating and intervening in these conditions.
METHODS: Initially, candidate genes were identified by overlapping the results from differential expression analyses of AKI and CKD. Biomarkers were subsequently identified using machine learning algorithms, receiver operating characteristic curve analysis, expression analysis and
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Although non-muscle-invasive bladder cancer (NMIBC) frequently recurs and progresses despite BCG therapy, cellular mechanisms behind this remain unclear. Understanding the dynamics within the tumor microenvironment (TME) and identifying pathways associated with BCG resistance are crucial for improving NMIBC treatment.
METHODS: To elucidate transcriptional dynamics and key cellular interactions in the TME, we performed longitudinal single-nucleus RNA sequencing of 9 NMIBC cases with three pairs of treatment-naïve and disease progression samples. The resulting 58,037 nuclei were sub
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Patients with a hereditary form of small-intestinal neuroendocrine tumors (SI-NETs) present with multiple synchronous tumors and precursors at various stages. Using this germline trait, single-cell RNA sequencing is performed to define the cell-of-origin and gene-expression trajectory in early tumor development. A subset of CES1(+), LCN15(-) enterochromaffin (EC) cells, residing at +4 position and below in the crypts, distinct from EC cells migrating up the villi, emerges as the putative SI-NET origin. PRODH2 is identified as a key biomarker for precursor cells, revealing stage-specific gene e
СтатьяResearch Support, N.I.H., IntramuralПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Distinguishing between active tuberculosis disease (TBD) and latent tuberculosis infection (TBI) is crucial for TB control but remains challenging.
METHODS: Single-cell RNA sequencing was conducted on purified Mycobacterium tuberculosis (MTB)-specific CD154+CD4+ T cells.
RESULTS: We observe a superior role of CD154 in detecting MTB infection, whereas its ability in distinguishing TBD from TBI is still limited due to patient heterogeneity. Single-cell RNA sequencing of MTB-specific CD154+CD4+ T cells identifies 10 distinct clusters, including Treg, T_act, Th1_pex, Th1_eff, Tfh, T_
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The in ovo feeding (IOF) of L-arginine (L-Arg) to chick embryos is a viable method for improving early intestinal development, subsequently … the organ indices of liver and small intestine, as well as the duodenal villus height/crypt depth. RNA-Seq analysis of liver tissues showed that the metabolism of xenobiotics, amino acid metabolism, and the fatty acid metabolism were significantly enriched in L-Arg injection group. The core differentially expressed genes (DEGs) were primarily involved in …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Infectious bursal disease virus (IBDV) infection causes highly contagious and immunosuppressive disease in poultry. The thymus, serving as t … ly up-regulated and 198 genes consistently down-regulated, as confirmed through a comparison of the RNA-seq and the proteomic datasets. The gene ontology (GO) analysis unveiled the involvement of both DEGs and DEPs in diverse categories encompassing cellular components, biological processes, and molecular functions in the pathological changes in IBDV-infe …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Single-cell RNA-Seq analysis can determine the heterogeneity of cells between different tissues at a single-cell level. Coronary artery endothelial cells (ECs) are important to coronary blood flow. However, little is known about the heterogeneity of coronary artery ECs, and cellular identity responses to flow. Identifying endothelial subpopulations will contribute to the precise localization of vascular endothelial subpopulations, thus enabling the precision of vascular injury treatment.
METHODS: Here, we performed a single-cell RNA sequencing of 31 962 cells and functional assays…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Background: Paraquat (PQ) plays an important role in agricultural production due to its highly effective herbicidal effect. However, it has … w reports on lung tissues from paraquat-intoxicated Sprague Dawley (SD) rats that were subjected to RNA-seq, the differentially expressed genes were mainly enriched in PI3K-AKT, cGMP-PKG, MAPK, Focal adhesion and other signaling pathways.Conclusion: The signaling pathways enriched with these differentially expressed genes are summarized, and the important …
СтатьяОбзорПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Acute respiratory distress syndrome (ARDS), a progressive status of acute lung injury (ALI), is primarily caused by an immune-mediated infla … ration analysis revealed a strong correlation between UBE2J1 and plasma cells in RA. Furthermore, scRNA-seq analysis demonstrated differential expression of these nine target genes primarily in T cells and NK cells, with CST7 showing a significant positive correlation specifically with NK cells. Beyond that, transcriptome sequencing was conducted on lung …
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Sepsis survivors exhibit immune dysregulation that contributes to poor long-term outcomes. Phenotypic and functional alterations … and functional (phagocytosis and glycolysis) characterization and RNA was obtained for single-cell RNA-seq (scRNA-seq) and subsequent analysis.
RESULTS: CD11b+Ly6Chigh cells from sham and CLP surviving mice exhibit phenotypic and functional differences that relate to immune function, some of which are observed in both C57BL/6J and BALB/c strains and oth …
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The dysfunction of astrocytes in response to environmental factors contributes to many neurological diseases by impacting neuroinflammation … human brains by integration, consensus annotation, and analyzing 302 publicly available single-cell RNA-sequencing (scRNA-seq) datasets, highlighting the power to resolve previously unidentifiable astrocyte subpopulations. The resulting dataset includes nearly one million cells that span a wide variety of diseases, including Alzheimer's disease (AD), Park …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования