BACKGROUND: Helminth infections continue to pose major challenges in human and veterinary medicine, with additional complications arising from the emergence of anthelmintic resistance. Anisakis simplex sensu stricto (A. simplex s.s.), a zoonotic nematode transmitted through the consumption of fish, is of growing concern due to its allergenic potential and clinical relevance. However, the molecular mechanisms underlying the parasite's response to anthelmintic treatment remain poorly defined.
METHODS: Third-stage larvae (L3) of A. simplex s.s. were exposed to three widely used anthelmintics: al
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pre-mRNA splicing occurs in a large and dynamic ribonucleoprotein complex, the spliceosome. Several protein factors involved in splicing are homologous to a family of RNA-dependent ATPases, the so-called DEAD/DEAH proteins. A subset of these factors exhibit RNA helicase activity in vitro. The DEAD/DEAH proteins involved in splicing are thought to mediate RNA conformational rearrangements during spliceosome assembly. However, the RNA ligands for these factors are currently unknown. Here, we present genetic evidence in Saccharomyces cerevisiae for a functional interaction between the DEAH protei…
СтатьяПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Alzheimer's disease (AD) is a neurodegenerative disorder associated with cognitive decline. Pathologically, AD is characterized by the accum … ng the role of RNAs and other nuclear proteins in AD pathogenesis, especially those associated with RNA splicing and ribonucleoproteins, which, along with post-transcriptional modifications, give rise to multiple functional proteoforms. Notably, RBPs themselves exist as multiple proteoforms, adding complexity to the proteome involved in AD. Therefore, in this …
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Aberrant alternative splicing (AS) contributes to cancer stemness and progression in hepatocellular carcinoma (HCC). However, the regulatory roles of long noncoding RNAs (lncRNAs) in linking AS dysregulation to tumor stemness remain elusive.
METHODS: We performed integrated bulk and single-cell RNA-Seq analyses combined with functional assays to identify key lncRNAs associated with splicing regulation and cancer stemness in HCC. Mechanistic studies were conducted to elucidate the molecular interplay between lncRNAs, splicing factors, and transcriptional regulators. Drug sensitivit
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Myocardial ischemia/reperfusion injury triggers profound metabolic reprogramming and lactate accumulation. However, how this metabolic stress regulates inflammatory gene expression remains poorly understood. We hypothesized that lactylation, a lactate-derived posttranslational modification, links metabolic stress to aberrant RNA splicing and cardiac inflammation through the RNA-binding protein HNRNPK (heterogeneous nuclear ribonucleoprotein K).
METHODS: We analyzed atrial tissues from patients undergoing cardiopulmonary bypass and murine ischemia/reperfusion hearts to assess lacty…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Background: Preeclampsia (PE) is a pregnancy-specific disorder and a leading cause of maternal and fetal morbidity and mortality. Impaired trophoblast invasion is a hallmark of PE, and alternative splicing (AS) is crucial for trophoblast differentiation and placental development. However, the exact mechanisms of AS in PE remain poorly understood. Methods: To elucidate AS-mediated regulatory pathways in PE, a total of 38 fresh-frozen placental samples, including 13 pre-eclampsia samples and 25 normal control samples, were collected from Renmin Hospital of Wuhan University between 1 February and
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Nearly 14% of disease-causing germline variants result from the disruption of mRNA splicing. Most (67%) DNA variants predicted in silico to disrupt splicing are classified as variants of uncertain significance. An analytic workflow-splice effect event resolver (SPEER)-was developed and validated to use mRNA sequencing to reveal significant deviations in splicing, pinpoint the DNA variants potentially involved, and measure the deleterious effects of the altered splicing on mRNA transcripts, providing evidence for assessing the pathogenicity of the variant. SPEER was used to analyze leukocyte RN…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Alternative splicing expands the coding potential of the genome. Typical human exons are 150 nucleotides long, encoding 50 amino acids. Microexons are only 3-27 nucleotides long; yet they are important regulators of cellular processes in neurons, muscle, and pancreas. In neurons, microexon inclusion is aided by binding of the neuronal splicing factor SRRM4 to flanking upstream 3' splice sites (3'SSs). Whether this manner of exon definition can be achieved in the timeframe of co-transcriptional splicing is unknown. Here, we employed nascent RNA sequencing to analyze SRRM4-dependent microexons i
СтатьяПрепринтПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: This paper aims to identify alternative RNA splicing landscape and its prognostic value in adrenocortical carcinoma.
METHODS: The alternative splicing events data with corresponding clinical information data of 79 ACC patients were obtained from the Cancer Genome Atlas and SpliceSeq package. Prognosis-associated AS events by using univariate Cox regression analysis were selected. Gene functional enrichment analysis demonstrated the potential pathways enriched by survival-associated AS. Prognosis-related splicing events were submitted to develop moderate predictors using Lasso regr…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Our previous research identified 12 small Cajal body-specific RNAs (scaRNAs) with reduced expression in the right ventricle in infant patien … to clarify the specific roles that individual scaRNAs play in regulating spliceosome function and mRNA splicing.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Relapsed small cell lung cancer is characterized by treatment resistance and poor outcomes. Genomic and transcriptomic alterations in relapsed SCLC have not been characterized well. We comprehensively profiled relapsed SCLC samples along with patient-matched treatment-naive samples, when available, using whole-exome (WES), whole-genome (WGS), and RNA-sequencing (RNA-seq) to describe the molecular landscape of relapsed SCLC. Our goal is to identify potential novel pathways for additional functional validation and eventually novel therapeutic options.
METHODS: We analyzed 54 relapse
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The ABCA4 gene, involved in Stargardt disease, has a high percentage of splice-altering pathogenic variants, some of which cause complex RNA defects. Although antisense oligonucleotides (AONs) have shown promising results in splicing modulation, they have not yet been used to target complex splicing defects. Here, we performed AON-based rescue studies on ABCA4 complex splicing defects. Intron 13 variants c.1938-724A>G, c.1938-621G>A, c.1938-619A>G, and c.1938-514A>G all lead to the inclusion of different pseudo-exons (PEs) with and without an upstream PE (PE1). Intron 44 variant c.6148-84A>T r
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Tissue-specific alternative splicing (AS) is emerging as one of the most exciting types of mechanisms associated with organ development and disease. In the auditory system, many hearing-related genes undergo AS, and errors in this process result in syndromic or non-syndromic hearing loss. However, little is known about the factors and mechanisms directing AS in the inner ear. In the present study, we identified a novel RNA-binding protein, Rbm24, which was critically involved in regulating inner-ear-specific AS. Rbm24 deletion resulted in hearing loss and defects in motor coordination. Global
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Familial cortical myoclonic tremor with epilepsy (FCMTE) is an autosomal dominant neurological disease characterized by cortical myoclonic tremor and epileptic seizures. The proposed pathogenic (TTTCA) pentanucleotide repeat expansion (exp) insertion, flanking the polymorphic (TTTTA)exp, has been reported in seven distinct FCMTE causative genes/loci, and a repeat motif-specific phenotype correlation is claimed. However, the pathogenic mechanism of FCMTE is still poorly understood.
METHODS: We investigated how the (TTTCA)exp insertion causes the disease, mainly employing the FCMTE1
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
ATXN2 is associated with an increased risk of Amyotrophic Lateral Sclerosis (ALS), while down-regulation of ATXN2 has been shown to mitigate TDP-43 proteinopathy in ALS models. In this study, we demonstrated that Ataxin-2 protein levels were upregulated in rNLS8 mice following doxycycline withdrawal, which coincided with TDP-43 overexpression, phosphorylation, and aggregation. To reduce Ataxin-2 protein levels, we explored the approach of splicing modulation at the RNA level. Through bioinformatical analysis, we identified an alternative 5' splicing site of ATXN2 in intron 8. This alternative
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Both variants affecting splice sites and those in splicing regulatory elements (SREs) can impair pre-mRNA splicing, eventually leading to severe diseases. Despite the availability of many prediction tools, prognosis of splicing affection is not trivial, especially when SREs are involved. Here, we present data on 92 in silico-/55 minigene-analysed variants detected in genes responsible for the primary immunodeficiencies development (namely BTK, CD40LG, IL2RG, SERPING1, STAT3, and WAS). Of 20 splicing-affecting variants, 16 affected splice site while 4 disrupted potential SRE. The presence or ab…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Antisense oligonucleotides (AONs) are small pieces of chemically modified DNA or RNA that bind to RNA in a sequence-specific manner based on Watson-Crick base-pairing. Splice-switching AONs are designed to modulate pre-mRNA splicing, thereby for instance restoring protein expression or modifying the eventual protein to restore its function or reduce its toxicity. Given the current lack of in silico methods that adequately predict off-target splicing events, assessment of off-target effects of AONs in human cells using RNAseq could be a promising approach. The identification and prioritization …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
AIMS: Alternative mRNA splicing is a significant part of transcriptome reprogramming during the pathological manifestation of heart diseases. Earlier studies have identified a muscle-specific isoform of RBFox1 (RNA binding fox-1 homolog 1) to be a key RNA splicing regulator in pressure overload induced heart failure. However, the physiological impact of RBFox1 in myocardial infarction (MI), and the downstream mRNA alternative splicing events during MI induced cardiac remodelling remains unknown.
METHODS AND RESULTS: Here we found RBFox1 expression was significantly decreased in Sprague-Dawley…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Nucleic acid-based therapeutics targeting RNA-related regulatory networks have received substantial attention in drug development, among which the interventions of RNA-RBP (RNA-binding protein) interactions or RNA-protein complex assemblies represent a promising strategy for treating various diseases. RBPs play essential roles in post-transcriptional regulation, and their interactions with RNA are closely associated with physiological homeostasis and pathological progression. Although RNA-RBP interactions are increasingly recognized as therapeutic targets, the lack of systematic methods for sc
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Modulation of dystrophin pre-mRNA splicing is an attractive strategy to ameliorate the severe phenotype of Duchenne muscular dystrophy (DMD), although this requires a better understanding of the mechanism of splicing regulation. Aberrant splicing caused by gene mutations provides a good model to study splicing regulatory cis-elements and binding proteins. In this study, we identified skipping of in-frame exon 25 induced by a nonsense mutation (NM_004006.2:c.3340A > T;p.Lys1114*) in the DMD gene. Site-directed mutagenesis study in minigenes suggested that c.3340A > T converts an exonic splicing…
Клинический случайСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования