Genes whose expression is affected, in a consistent manner, by GWAS-identified risk variants and the disease process, constitute preferred drug targets. We herein combine cis-eQTL analysis in 27 sorted blood cell populations and 43 intestinal cell types identified by single cell RNA-Seq in the ileum, colon and rectum, with information on gene expression in patients, to search for putative drug targets for inflammatory bowel disease. We detect >95 K cis-eQTL that affect >13 K e-genes and cluster in >24 K regulatory modules. We uncover matching regulatory modules for 140 risk loci, implicating >
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: Autoimmune thyroiditis (AIT), a prevalent autoimmune disorder that frequently leads to hypothyroidism. A critical unmet need exists for disease-modifying therapies that target its underlying pathogenesis. This study aimed to identify and validate novel therapeutic targets for AIT.
METHODS: We employed an integrative genomics approach, combining genome-wide association studies (GWAS) with molecular quantitative trait loci (QTL) analyses, including expression (eQTL), protein (pQTL), and DNA methylation QTL (mQTL), across two independent AIT cohorts for discovery and replication. We p…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The early 20th-century discovery of heterosis and the establishment of heterotic groups transformed maize (Zea mays L.) into a keystone of global agriculture. However, maize breeding faces two significant challenges: the gradual decline of general combining ability (GCA) variance within heterotic groups and the impracticality of testing all possible single crosses in the early stages of a breeding program. Here, we developed genomic best linear unbiased prediction (GBLUP)-based multikernel models, using additive and two alternative nonadditive genomic relationship matrices, to estimate the var
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Aging-related immunosenescence increases the risk of ulcerative colitis (UC), and investigating aging-related causal genes in UC patients may aid in deciphering the molecular pathophysiology of UC. This study aims to identify aging-related causal genes and explore their diagnostic value and underlying mechanisms in UC.
METHODS AND MATERIALS: Colonic transcriptome data, aging-related genes, genome-wide association studies (GWAS) data, and cis-expression quantitative trait loci (cis-eQTL) data were collected from databases. Aging-related differentially expressed genes (ARDEGs) were …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Genome-wide association studies (GWASs) have statistically identified thousands of loci influencing a trait of interest. To explain the organizational principles among the functionally often unrelated encoded proteins, the omnigenic model postulates core genes with direct and peripheral genes with indirect effects on molecular trait etiology. However, both core genes and the network paths by which they are influenced are unknown for most traits. Using our previously developed Speos framework to identify core genes, we here focus on the autoimmune disease ulcerative colitis (UC) to explore the
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Behçet's disease (BD) is a chronic, recurrent condition for which effective preventive medications are currently lacking. This disease often … , and 1,049 SNPs associated with BD from circulating metabolites, all derived from ABCA1 expression quantitative trait loci (eQTL) data. Utilizing Mendelian randomization (MR) analysis, it was confirmed that probucol leads to a reduction in concentrations of cholesterol esters in HDL, consistent with findings from randomized drug trials (odds ratio [OR] = 0.932, 95% conf …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Parkinson's disease (PD) remains without effective disease-modifying therapies, primarily due to limited understanding of its underlying mec … two-sample MR analyses using instrumental variables (IVs) for DPP-4Is derived from gene expression quantitative trait loci (IVeQTL) and protein QTL (IVpQTL) data sourced from the eQTLGen consortium and UK Biobank, respectively. Associations were tested using the largest PD genome-wide association studies (GWAS) dataset from the International Parkinson's Disease Genomics …
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The development of effective disease management strategies is crucial for the assurance of welfare and sustainability of the aquaculture industries. Pancreas disease (PD) is a major challenge faced by Atlantic salmon aquaculture with viral outbreaks resulting in substantial production losses and raising significant welfare concerns for farmed salmon populations. Previous research has identified several quantitative trait loci (QTL) associated with PD resistance accounting for a substantial additive genetic component. However, pinpointing the underlying causal variation remains chal…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Crohn disease (CD) is an immune-mediated chronic inflammatory disease of the gastrointestinal tract. In addition to common intestinal sympto … ients with a documented history of CD at 3 major gastroenterology centers were examined. Expression quantitative trait loci data including 5421 cis-expression quantitative trait loci genes from blood samples of 31,684 individuals across 37 cohorts identified variant-associated genes. Transmembrane protein 258 (TMEM258) was further investigated through bulk and single-cel …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The influence of immune cell traits (ICTs) on the onset of multiple brain diseases has been previously investigated; however, it is limited by the sample size or colocalization evidence. Besides, the impact remains inconclusive.
METHODS: We performed a Mendelian randomization (MR) study to elucidate the causal correlation between significant ICTs and diverse brain disorders and explored the biomarkers linked to glioblastoma (GBM), a form of solid tumor, by integrating expression quantitative trait locus (eQTL) and single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) analyses. The nonnegative ma
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Sensitivity to the subjective reinforcing properties of opioids has a genetic component and can predict addiction liability of opioid compounds. We previously identified Zhx2 as a candidate gene underlying increased brain concentration of the oxycodone (OXY) metabolite oxymorphone (OMOR) in BALB/cJ (J) versus BALB/cByJ (By) females that could increase OXY state-dependent reward. A large structural intronic variant is associated with a robust reduction of Zhx2 expression in J mice, which we hypothesized enhances OMOR levels and OXY addiction-like behaviors. We tested this hypothesis by restorin
СтатьяВалидационное исследованиеПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Male infertility is a growing global health concern increasingly linked to environmental exposure to endocrine-disrupting chemicals (EDCs). However, the specific molecular mechanisms by which EDCs contribute to impaired reproductive function remain unclear. In this study, we systematically identified EDC-related genes using curated chemical-gene interaction databases and assessed their causal roles in male infertility through Mendelian randomization (MR) and colocalization analyses, utilizing large-scale cis-eQTL and GWAS datasets. A total of six genes, RHEB, PARP1, SLTM, PLIN1, PEX11A, and SD
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Rheumatoid arthritis (RA) is a chronic, progressive inflammatory systemic autoimmune disease with incompletely understood etiology, causing … ropeans (14,361 RA patients and 43,932 controls) in a genome-wide association study. Plasma protein quantitative trait loci data for 4907 adaptors in 35,559 Icelanders were obtained from Ferkingstad et al. (2021). MR methods included MR-Egger, weighted median, inverse-variance weighting, Wald ratio, simple, and weighted models. Heterogeneity was assessed with Cochran Q t …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: MicroRNAs (miRNAs) are critical in the onset and treatment of skin diseases, but the miRNAs causally associated with psoriasis (PSO) and psoriatic arthritis (PsA) remain unclear. This study aims to identify miRNAs with causal associations with PSO and PsA.
METHODS: Five Mendelian randomization (MR) methods were employed, using miRNA expression quantitative trait loci (mirQTL) data as exposure variables and PSO and PsA as outcome variables. This approach was used to uncover the causal links of miRNAs with both PSO and PsA, with robust sensitivity analyses ensuring the stability of …
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Mesothelioma is a rare cancer that originates from the pleura and peritoneum, with its incidence increasing due to asbestos exposure. Patients are frequently diagnosed at advanced stages, resulting in poor survival rates. Therefore, the identification of molecular markers for early detection and diagnosis is essential.
METHODS: Three mesothelioma datasets were downloaded from the GEO database for differential gene expression analysis. Instrumental variables (IVs) were identified based on expression quantitative trait locus (eQTL) data for Mendelian randomization (MR) analysis usin
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Variation in anthocyanin biosynthesis in pear fruit provides genetic germplasm resources for breeding, while dwarfing is an important agronomic trait, which is beneficial to reduce the management costs and allow for the implementation of high-density cultivation. Here, we combined bulked segregant analysis (BSA), quantitative trait loci (QTL), and structural variation (SV) analysis to identify a 14-bp deletion which caused a frame shift mutation and resulted in the premature translation termination of a B-box (BBX) family of zinc transcription factor, PyBBX24, and its allelic variation termed …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Human papillomavirus can be contracted by sexually active women. However, only a small proportion of these infections persist and have the p … between specific immune cell genes and the development of cervical cancers. By accessing expression quantitative trait loci datasets of 14 distinct immune cell types and genome wide association study of cervical cancers, we employed the summary data-based Mendelian randomization (SMR) along with multi-single nucleotide polymorphism (SNP)-based SMR to identify significant …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Toward the identification of genetic basis of complex traits, transcriptome-wide association study (TWAS) is successful in integrating transcriptome data. However, TWAS is only applicable for common variants, excluding rare variants in exome or whole-genome sequences. This is partly because of the inherent limitation of TWAS protocols that rely on predicting gene expressions. Our previous research has revealed the insight into TWAS: the 2 steps in TWAS, building and applying the expression prediction models, are essentially genetic feature selection and aggregations that do not have to involve
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Association testing between molecular phenotypes and genomic variants can help to understand how genotype affects phenotype. RNA sequencing provides access to molecular phenotypes such as gene expression and alternative splicing while DNA sequencing or microarray genotyping are the prevailing options to obtain genomic variants.
RESULTS: We genotype variants for 74 male Braunvieh cattle from both DNA (~ 13-fold coverage) and deep total RNA sequencing from testis, vas deferens, and epididymis tissue (~ 250 million reads per tissue). We show that RNA sequencing can be used to identif
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Although genome-wide association studies (GWAS) have successfully linked genetic risk loci to various disorders, identifying underlying cellular biological mechanisms remains challenging due to the complex nature of common diseases. We established a framework using human peripheral blood cells, physical, chemical and pharmacological perturbations, and flow cytometry-based functional readouts to reveal latent cellular processes and performed GWAS based on these evoked traits in up to 2,600 individuals. We identified 119 genomic loci implicating 96 genes associated with these cellular responses
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования