Predicting disease-related candidate long noncoding RNAs (lncRNAs) is beneficial for exploring disease pathogenesis due to the close relations between lncRNAs and the occurrence and development of human diseases. It is a long-term and challenging task to adequately extract specific and local topologies in individual lncRNA network and individual disease network, and integrate the information of the connection relationships. We propose a new graph learning-based prediction method to encode specific and local topologies from each individual network, neighbor topologies with different connection
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Increasing fungal infections in immunocompromised hosts are a growing concern for global public health. Along with treatments, preventive measures are required. The emergence of reverse vaccinology has opened avenues for using genomic and proteomic data from pathogens in the design of vaccines. In this work, we present a comprehensive collection of various computational tools and databases with potential to aid in vaccine development. The ongoing pandemic has directed attention toward the increasing number of mucormycosis infections in COVID-19 patients. As a case study, we developed a computa
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Metastasis contributes to over 90 percent of cancer mortalities and may be influenced by the extracellular matrix (ECM). ECM microenvironments differ in matrix organization, cell-matrix adhesions, and fiber rigidity, which may affect cancer migration and, thus, should be investigated. To understand the interactions between cancer cells and the ECM, we simulate local invasion through ECM organizations of varying determinants. Randomly curved organizations of normal ovarian stroma exhibit minimal local invasion. In contrast, wave-like and parallel linear structures in reorganized ECM organizatio
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A wide range of mutations in the kinesin motor Kif5A have been linked to a neuronal disorder called hereditary spastic paraplegia (HSP). The position of these mutations can vary, and a range of different motile behaviors have been observed, indicating that the HSP mutants can alter distinct aspects of kinesin mechanochemistry. While focusing on four key HSP-associated mutants, this study examined the structural and dynamic perturbations that arise from these mutations using a series of different computational methods, ranging from bioinformatics analyses to all-atom simulations, that account f
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Communalities between large sets of genes obtained from high-throughput experiments are often identified by searching for enrichments of genes with the same Gene Ontology (GO) annotations. The GO analysis tools used for these enrichment analyses assume that GO terms are independent and the semantic distances between all parent-child terms are identical, which is not true in a biological sense. In addition these tools output lists of often redundant or too specific GO terms, which are difficult to interpret in the context of the biological question investigated by the user. Therefor
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Schistosomiasis is serious parasitic disease with an estimated global prevalence of active infections of more than 190 million. Accurate methods for the assessment of schistosomiasis risk are crucial for schistosomiasis prevention and control in China. Traditional approaches to the identification of epidemiological risk factors include pathogen biology, immunology, imaging, and molecular biology techniques. Identification of schistosomiasis risk has been revolutionized by the advent of computer network communication technologies, including 3S, mathematical modeling, big data, and artificial in
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ovarian cancer (OC) remains the leading cause of death among gynecologic cancers. Most women diagnosed with OC at advanced stages eventually develop relapse and chemoresistance, leading to poor clinical outcomes. While piRNAs have emerged as critical regulators of gene expression and tumor biology, their specific roles in OC remain to be fully elucidated. This study integrated clinical and computational analyses to investigate the expression pattern and functional relevance of P-element-induced wimpy testis (PIWI)-interacting RNA-823 (piR-823) and its associated protein piwi-like RNA-mediated
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
AIMS: Mineralization of crystalline particles and the formation of renal calculi contribute to the pathogenesis of crystal nephropathies. Several recent studies on the biology of crystal handling implicated intrarenal crystal deposition-induced necroinflammation in their pathogenesis. We hypothesized that 6,7-dihydroxycoumarin (DHC) inhibit intrarenal crystal cytotoxicity and necroinflammation, and ameliorate crystal-induced chronic kidney disease (CKD).
MAIN METHODS: An unbiased high content screening coupled with fluorescence microscopy was used to identify compounds that inhibit CaOx cryst
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Systems biology perspectives are crucial for understanding the pathophysiology of complex diseases, and therefore hold great promise for the discovery of novel treatment strategies. Drug combinations have been shown to improve durability and reduce resistance to available first-line therapies in a variety of cancers; however, traditional drug discovery approaches are prohibitively cost and labor-intensive to evaluate large-scale matrices of potential drug combinations. Computational methods are needed to efficiently model complex interactions of drug target pathways and identify mechanisms und
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Deleterious mutations of the ubiquitin carboxy-terminal hydrolase BAP1 found in cancers are predicted to encode inactive truncated proteins, suggesting that loss of enzyme function is a primary tumorigenic mechanism. However, many tumors exhibit missense mutations or in-frame deletions or insertions, often outside the functionally critical UCH domain in this tumor suppressor protein. Thus, precisely how these mutations inactivate BAP1 is unknown. Here, we show how these mutations affect BAP1 interactions with the Polycomb group-like protein, ASXL2, using combinations of computational modeling
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Fast, specific identification and surveillance of pathogens is the cornerstone of any outbreak response system, especially in the case of emerging infectious diseases and viral epidemics. This process is generally tedious and time-consuming thus making it ineffective in traditional settings. The added complexity in these situations is the non-availability of pure isolates of pathogens as they are present as mixed genomes or hologenomes. Next-generation sequencing approaches offer an attractive solution in this scenario as it provides adequate depth of sequencing at fast and afforda
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Background. Mycobacterium tuberculosis, the bacterium responsible for tuberculosis, remains a leading cause of global infectious disease deaths. While genomic epidemiology is essential for understanding transmission dynamics and the rise of antibiotic resistance, significant computational limitations currently prevent comprehensive phylogenetic analysis of the vast number of publicly available M. tuberculosis genomes.Methods. We developed UShER-TB, a comprehensive collection of community resources, including a computational analysis pipeline designed for scalable phylogenomic analysis of M. tu
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Computational approaches involving complex data structures (e.g. machine learning, knowledge graphs) have been more prominent in biological studies for the last two decades. Due to increasingly larger amounts of data collected with modern omics techniques, there is a need for methods that can process such data quickly and thoroughly. In addition, those techniques can be applied to extrapolate results from a limited number of observations. Rare disease research benefits particularly from those new computational approaches as each rare disease affects a small percentage of the popula
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Background/Objectives: Integrating multi-omics data for cancer prognosis remains a challenging problem in bioinformatics because molecular profiles are high-dimensional, heterogeneous, and structured by incomplete biological relationships. Pathway databases provide biologically meaningful prior knowledge for modeling gene-level associations, but the sparsity and local incompleteness of pathway-derived networks often limit the performance of graph-based survival models. This study aimed to develop a pathway-guided framework for improving multi-omics survival prediction and identifying biologica
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RNA-binding proteins (RBPs) are essential regulators of RNA metabolism and gene expression, influencing processes such as splicing, stability, localization, and translation. Despite their critical roles in health and disease, including cancer, identifying RNA-protein interactions remains challenging due to technical limitations and biases of existing methods. Here we review and compare experimental techniques-including in vitro affinity purification, in vivo crosslinking, and proximity labeling-and computational prediction tools for RBP identification. We assess their strengths, limitations, a
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Gut ecosystem is maintained by immune regulation through intestinal microbiota that leads to inflammatory diseases such as Gastric Cancer. Hyaluronic acid is derived from gut microorganism Streptococcus pyogenes which directly controls the up and down regulation of potential gene sets that helps to promote or inhibit gastric cancer.
METHODS: GEO database is used to observe potential hub genes related to hyaluronic acid mediated gastric cancer. Gene expression analysis and PPI network analysis are implicated through EMBL-EBI and STRING database under DAVID software respectively. Ge
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The human gastrointestinal tract is home to a diverse community of microorganisms from all domains of life, collectively referred to as the gut microbiome. While gut bacteria have been studied extensively in relation to human host health and physiology, other constituents remain underexplored. This includes the gut virome, the collection of bacteriophages, eukaryotic viruses, and other mobile genetic elements present in the intestine. Like gut bacteria, the gut virome has been causatively linked to human health and disease. However, the gut virome is substantially more difficult to characteriz
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Accurate prediction of protein sidechain conformations is a fundamental challenge in structural biology, with diverse applications ranging from protein structure determination to computational drug design. The performance of backbone-dependent rotamer libraries is often limited by discrete binning artifacts and difficulties handling sparse conformational regions. In this work, we present a Bayesian framework for rotamer prediction that addresses these limitations through Dirichlet priors and spatial smoothing. Our approach models rotamer probabilities as continuous functions of backbone dihedr
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
DNA N-gram analysis methodologies have been successfully deployed to provide a wide range of elegant solutions to a variety of complex problems in bioinformatics, such as sequence alignment, DNA barcoding, the identification of functional gene elements, the analysis of microbial genomes, the characterization of protein structures, and the detection of DNA sequence artifacts. Because biological DNA contamination is ubiquitous and therefore unavoidable, it has a significant impact on genomics and genetics research, posing substantial challenges in population genotype calling quality, model organ
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MOTIVATION: Advances in hardware have made molecular dynamics (MD) simulations of protein structures faster and more accessible to the scientific community. However, accurately estimating protein flexibility using MD remains computationally demanding, especially for large systems and long time scales. Several MD-based resources-including MdMD, the DynamD database, and more recently ATLAS and mdCATH-now provide MD trajectories for thousands of proteins, enabling the development of predictive models.
RESULTS: Here, the Graphlet Degree Vector (GDV) is introduced as a lightweight, fast, and easy-
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования