BACKGROUND: Obesity is associated with varying degrees of metabolic dysfunction. In this study, we aimed to discover markers of the severity of metabolic impairment in men with obesity via a multiomics approach.
METHODS: Thirty-two morbidly men with obesity who were candidates for Roux-en-Y gastric bypass (RYGB) surgery were prospectively followed. Nine healthy adults served as controls. Deep phenotyping, including targeted metabolomics, transcriptomics, and brain magnetic resonance imaging (MRI), was performed.
RESULTS: Testosterone emerged as a key contributor to phenotypic variability via
СтатьяНаблюдательное исследованиеПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Severe acute kidney injury (AKI) is strongly associated with the risk of developing chronic kidney disease; however, little is known about the cell type-specific mechanisms driving kidney injury severity.
METHODS: In this multicenter observational study, we used clinically obtained liquid biopsy proteomics and machine learning (ML) to predict severe outcomes in patients with COVID-associated and non-COVID AKI. Further, we orthogonally combined 169 urine proteomics with 437 plasma proteomics samples and 40 urine sediment single-cell transcriptomics samples to identify complementa
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Invasive candidiasis (IC) is a serious, life-threatening, and costly fungal infection if not diagnosed early and treated appropriately. However, this healthcare-associated mycosis caused by Candida spp. is difficult to diagnose because of its nonspecific clinical signs and symptoms, and the lack of early and accurate detection methods. IC is also difficult to treat due to its late diagnosis, the limited antifungal arsenal, and the rapid emergence and spread of (multi)drug-resistant Candida strains. Therefore, early and accurate innovative methods for species and resistance identification in IC
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Choroidal neovascularization (CNV) stands as one of the leading causes of blindness worldwide, driven by the dysregulation of key signaling pathways, including vascular endothelial growth factor (VEGF) and transforming growth factor-β (TGF-β). This study aimed to elucidate the specific cell types within the retina and retinal pigment epithelium (RPE)/choroid complex that contribute to CNV progression, as well as to explore how the expression levels of cysteine-rich protein 2 (CSRP2), a downstream effector, are altered in the pathological mechanisms underlying CNV. By investigating these molecu
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Complete response prediction in locally advanced rectal cancer (LARC) patients is generally focused on the radiomics analysis of staging MRI. Until now, omics information extracted from gut microbiota and circulating tumor DNA (ctDNA) have not been integrated in composite biomarkers-based models, thereby omitting valuable information from the decision-making process. In this study, we aim to integrate radiomics with gut microbiota and ctDNA-based genomics tracking during neoadjuvant chemoradiotherapy (nCRT).
METHODS: The main hypothesis of the MOREOVER study is that the incorporat
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
IMPORTANCE: Worldwide, preterm birth (PTB) is the single largest cause of deaths in the perinatal and neonatal period and is associated with increased morbidity in young children. The cause of PTB is multifactorial, and the development of generalizable biological models may enable early detection and guide therapeutic studies.
OBJECTIVE: To investigate the ability of transcriptomics and proteomics profiling of plasma and metabolomics analysis of urine to identify early biological measurements associated with PTB.
DESIGN, SETTING, AND PARTICIPANTS: This diagnostic/prognostic study analyzed pl
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Huntington's disease (HD) is a monogenic disorder, driven by the expansion of a trinucleotide (CAG) repeat within the huntingtin (Htt) gene and culminating in neuronal degeneration in the brain, predominantly in the striatum and cortex. Histone deacetylase 4 (Hdac4) was previously found to contribute to the disease progression, providing a potential therapeutic target. Hdac4 knockdown reduced accumulation of misfolded Htt protein and improved HD phenotypes. However, the underlying mechanism remains unclear, given its independence on deacetylase activity and the predominant cytoplasmic Hdac4 lo
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Glaucoma is an irreversible blinding disease that affects millions of individuals worldwide. Elevated intraocular pressure (IOP), regulated by the trabecular meshwork (TM) in the anterior eye, is the only modifiable risk factor. Human TM cells can be cultured from donor eyes, providing a precious resource for studying factors that induce or prevent glaucoma. The goal of this study was to produce datasets that define the molecular profile of human non-glaucomatous TM cells. Using 18 human TM cell strains cultured from non-glaucomatous individuals deposited from seven laboratories in the USA and
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Alzheimer's disease (AD) is a multifactorial neurodegenerative disorder driven by complex genetic and molecular interactions. Despite major advances in genomics, current discoveries explain less than 40% of AD heritability, underscoring the need for integrative approaches that capture cross-omic regulation. Here, we propose a multiomics integration framework combining genomic, epigenomic, and transcriptomic data sets to identify convergent molecular signatures underlying AD pathogenesis. An integrated epigenome-wide association study-genome wide association study (EWAS-GWAS) analysis using Gen
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Peripheral neuropathies (PNs) affect over 20 million individuals in the United States, manifesting as a wide range of sensory, motor, and autonomic nerve symptoms. While various conditions such as diabetes, metabolic disorders, trauma, autoimmune disease, and chemotherapy-induced neurotoxicity have been linked to PN, approximately one-third of PN cases remain idiopathic, underscoring a critical gap in our understanding of these disorders. Over the years, considerable efforts have focused on unraveling the complex molecular pathways underlying PN to advance diagnosis and treatment. Traditional
СтатьяОбзорПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Myeloid sarcoma, an aggressive extramedullary subtype of acute myeloid leukemia (AML), occurs in ∼10% of patients, and has not yet been included in large-scale genomic studies. The critical biological changes that drive tumor evolution are unknown, its detection in asymptomatic patients remains a clinical challenge, and treatment options are limited as patients are often excluded from clinical trials, rendering it a neglected disease entity. Based on comprehensive multi-omic profiling, we demonstrate that myeloid sarcoma evolves from medullary AML with distinct sitespecific clonal evolution pa
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: Nuclear protein in testis carcinoma (NC) is an underdiagnosed and aggressive squamous/poorly differentiated cancer characterized by rearrangement of the gene NUTM1 on chromosome 15q14. Co-occurring alternations have not been fully characterized.
METHODS: We analyzed the genomic and immune landscape of 54 cases of NC that underwent DNA- and RNA-based NGS sequencing (Caris).
RESULTS: While NC is driven by NUTM1 fusion oncoproteins, co-occurring DNA mutations in epigenetic or cell cycle pathways were observed in 26% of cases. There was no significant difference between the fusion partn
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Acanthoscurria juruenicola is an Amazonian spider described for the first time almost a century ago. However, little is known about their venom composition. Here, we present a multiomics characterization of A. juruenicola venom by a combination of transcriptomics, proteomics, and peptidomics approaches. Transcriptomics of female venom glands resulted in 93,979 unique assembled mRNA transcript encoding proteins. A total of 92 proteins were identified in the venom by mass spectrometry, including 14 mature cysteine-rich peptides (CRPs). Quantitative analysis showed that CRPs, cysteine-rich secret
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Microplastics (MPs) have become pervasive contaminants. This is due to plastic mulching, wastewater irrigation, and sludge application. Concentrations of MPs in intensive farming regions have been recorded at 41,741 particles/kg. MPs are absorbed by crop roots and leaves and then travel to reproductive organs. In these organs, they cause oxidative stress, genotoxicity, and toxicity, which disrupts nutrient uptake, photosynthesis, and crop yield. This review summarizes 20 years (2003-2024) of studies on MP-distribution in soil-crop systems and their phytotoxicity mechanisms, highlighting the pi
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We carried out a single-cell multiomic analysis on a series of MYD88-mutated Waldenström macroglobulinemia (WM) patients and identified 2 distinct subtypes of disease, memory B-cell (MBC)-like and plasma cell (PC)-like, based on their expression of key lineage defining genes. Biologically, the subtypes are characterized by their variable capacity to differentiate fully toward a PC and exhibit unique transcriptomic, chromatin accessibility, and genomic profiles. The MBC-like subtype is unable to differentiate beyond the MBC stage, upregulates key MBC genes, and is characterized by upregulated B
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
AIM: Saliva can reflect an individual's physiological status or susceptibility to systemic disease. However, little attention has been given to salivary analysis in children with idiopathic nephrotic syndrome (INS). We aimed to perform a comprehensive analysis of saliva from INS children.
METHODS: A total of 18 children (9 children with INS and 9 normal controls) were recruited. Saliva was collected from each INS patient in the acute and remission phases. 16S rRNA gene sequencing, widely targeted metabolomics, and 4D-DIA proteomics were performed.
RESULTS: Actinobacteria and Firmicutes were
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Breast cancer is the most common malignant neoplasm in women. Despite progress to date, 700,000 women worldwide died of this disease in 2020. Apparently, the prognostic markers currently used in the clinic are not sufficient to determine the most appropriate treatment. For this reason, great efforts have been made in recent years to identify new molecular biomarkers that will allow more precise and personalized therapeutic decisions in both primary and recurrent breast cancers. These molecular biomarkers include genetic and post-transcriptional alterations, changes in protein expression, as we
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Background: Small bowel carcinoids are insidious tumors that are often metastatic when diagnosed. Limited mutation landscape studies of carcinoids indicate that these tumors have a relatively low mutational burden. The development of targeted therapies will depend upon the identification of mutations that drive the pathogenesis and metastasis of carcinoid tumors. Methods: Whole exome and RNA sequencing of 5 matched sets of normal tissue, primary small intestine carcinoid tumors, and liver metastases were investigated. Germline and somatic variants included: single nucleotide variants (SNVs), i
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Immunotherapy of acute myeloid leukemia has experienced considerable advances, however novel target antigens continue to be sought after. To this end, unbiased approaches for surface protein detection are limited and integration with other data types, such as gene expression and somatic mutational burden, are poorly utilized. The Cell Surface Capture technology provides an unbiased, discovery-driven approach to map the surface proteins on cells of interest. Yet, direct utilization of primary patient samples has been limited by the considerable number of viable cells needed.
METHOD
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Multiomic data analysis poses statistical challenges. We evaluated statistical models for our multiplex immunofluorescence study of T cell subset densities in colorectal cancer. Using 1235 cases, we compared 7 models-ordinal logistic regression, Poisson, quasi-Poisson, quadratic negative binomial (NB), linear NB, zero-inflated NB, and hurdle NB models-assessing associations with a strong (microsatellite instability, MSI) and a weak (calcium intake) exposure. Simulation studies assessed type I error and power. Effect estimates were generally consistent for the strong exposure (MSI) but varied f
СтатьяПоддержка службы здравоохранения СШАПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования