Myeloperoxidase, a heme enzyme secreted by activated phagocytes, uses H(2)O(2) and Cl(-) to generate the chlorinating intermediate hypochlorous acid (HOCl). This potent cytotoxic oxidant plays a critical role in host defenses against invading pathogens. In this study, we explore the possibility that myeloperoxidase-derived HOCl might oxidize nucleic acids. When we exposed 2'-deoxycytidine to the myeloperoxidase-H(2)O(2)-Cl(-) system, we obtained a single major product that was identified as 5-chloro-2'-deoxycytidine using mass spectrometry, high performance liquid chromatography, UV-visible sp
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Sepsis is a leading cause of mortality in intensive care unit worldwide, it's accompanied by immune cell dysfunction induced by multiple factors. However, little is known about the specific alterations in immune cells in the dynamic pathogenesis of sepsis secondary to bacterial pneumonia. Here, we used single cell RNA sequencing (scRNA-seq) to profile peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) in a healthy control and two patients with sepsis secondary to bacterial pneumonia, including acute, stable and recovery stage. We analyzed the quantity and function of immune cells. During disease cours
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The off-target binding of aminoglycosides (AGs) to the A site of human mitochondrial ribosomes in addition to bacterial ribosomes causes ototoxicity and limits their potential as antibiotics. A fluorescence assay was employed to determine relative binding affinities of classical and improved AG compounds to synthetic RNA constructs representing the bacterial and mitochondrial A sites. Results compared well with previously reported in vitro translation assays with engineered ribosomes. Therefore, the minimal RNA motifs and fluorescence assay are shown here to be useful for assessing the selecti
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The results of the study on the inhibitory effect of a number of rifamycin derivatives, such as rifamycin B, rifamycin O, rifamycin, rifamycin A, 25-desacetylrifampicin and rifampicin are presented. It was shown that rifampicin had the highest inhibitory effect on the synthesis of RNA in the cells of E. coli and Staph. aureus. It inhibited the above process by 93.0 and 98.8 per cent respectively. The data on the cells of Staph. aureus, as well as the data on comparison of the inhibitory effect of rifampicin derivatives with respect to the RNA-polymerase reaction in acellular systems are presen
Сравнительное исследованиеСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pneumolysin is a major virulence factor of Streptococcus pneumoniae that plays a key role in interaction with the host during invasive disease. How pneumolysin influences these dynamics between host and pathogen interaction during early phase of central nervous system infection in pneumococcal meningitis remains unclear. Using a whole-animal in vivo dual RNA sequencing (RNA-seq) approach, we identify pneumolysin-specific transcriptional responses in both S. pneumoniae and zebrafish (Danio rerio) during early pneumococcal meningitis. By functional enrichment analysis, we identify host pathways
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Brucella abortus, the causative agent of brucellosis, displays many resources to evade T cell responses conducive to persist inside the host. Our laboratory has previously showed that infection of human monocytes with B. abortus down-modulates the IFN-γ-induced MHC-II expression. Brucella outer membrane lipoproteins are structural components involved in this phenomenon. Moreover, IL-6 is the soluble factor that mediated MHC-II down-regulation. Yet, the MHC-II down-regulation exerted by lipoproteins was less marked than the one observed as consequence of infection. This led us to postulate that
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The bacterial ribosomal decoding region of the aminoacyl-tRNA site (A-site) is one of the most validated target RNAs for antibiotic agents. Although natural aminoglycosides are well-characterized A-site binding ligands, high off-target effects and the growing emergence of bacterial resistance against aminoglycosides limit their clinical use. To circumvent these concerns with the aminoglycoside family, non-aminoglycoside A-site binding ligands have great potential as novel antibiotics against bacterial infections. This work describes a new class of small heterocyclic ligands based on the 2-amin
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Small non-coding RNAs (sRNAs) that act as regulators of gene expression have been identified in all kingdoms of life, including microRNA (miRNA) and small interfering RNA (siRNA) in eukaryotic cells. Numerous sRNAs identified in Salmonella are encoded by genes located at Salmonella pathogenicity islands (SPIs) that are commonly found in pathogenic strains. Whether these sRNAs are important for Salmonella pathogenesis and virulence in animals has not been reported. In this study, we provide the first direct evidence that a pathogenicity island-encoded sRNA, IsrM, is important for Salmonella inv
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: The purpose of this study was to examine the presence of bacteria in synovial fluids from patients with temporomandibular joint disorder (TMD) by polymerase chain reaction (PCR) targeting the 16S ribosomal RNA (rRNA) gene, followed by cloning and sequencing.
STUDY DESIGN: Universal bacterial primers were used to amplify 16S rRNA genes in 28 synovial fluid samples from 27 patients with TMD (TMD group) as well as control subjects: 5 patients with dislocation of TMJ (non-TMD group). Subsequently, PCR amplicons were purified and cloned. Partial 16S rRNA sequences of the cloned insert w
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RNA modifications play an important role in biological processes. Mapping the diversity of RNA chemistry and studying the biological function of individual modifications remains an outstanding challenge in many organisms. In particular, RNA modifications remain poorly studied across most bacterial systems. Our group previously developed RNA-mediated activity-based protein profiling (RNABPP), a reactivity-based strategy employing metabolic labeling and quantitative proteomics to profile RNA modification writer enzymes in human cells. Here, we adapt this approach to characterize RNA-modifying en
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Bacterial pneumonia remains a primary global health threat, necessitating the development of novel therapeutic strategies to overcome escalating antibiotic resistance. In this study, we identified a highly active bacterial RNAP inhibitor, the repurposed semi-synthetic anthracycline hydrochloride Epirubicin (EPI), via the in silico high-throughput screening of a commercial library containing 16,563 small molecules. We identified EPI as a potent multi-target antibacterial agent. Alongside its intrinsic DNA intercalation properties, EPI heavily interferes with RNAP by targeting conserved catalyti
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Disinfectant abuse poses a risk of bacterial evolution against stresses, especially during the coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic. However, bacterial phenotypes, such as drug resistance and viability, are hard to access quickly. Here, we reported an allele specific isothermal RNA amplification (termed AlleRNA) assay, using an isothermal RNA amplification technique, i.e., nucleic acid sequence-based amplification (NASBA), integrated the amplification refractory mutation system (ARMS), involving the use of sequence-specific primers to allow the amplification of the targets with complet
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
IMPORTANCE: Because clinical features do not reliably distinguish bacterial from viral infection, many children worldwide receive unnecessary antibiotic treatment, while bacterial infection is missed in others.
OBJECTIVE: To identify a blood RNA expression signature that distinguishes bacterial from viral infection in febrile children.
DESIGN, SETTING, AND PARTICIPANTS: Febrile children presenting to participating hospitals in the United Kingdom, Spain, the Netherlands, and the United States between 2009-2013 were prospectively recruited, comprising a discovery group and validation group. Ea
СтатьяМногоцентровое исследованиеПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАВалидационное исследованиеПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Bacterial meningitis is a life-threatening condition that requires quick and definitive diagnosis. Bacterial cultures from cerebrospinal fluid (CSF) return with a negative result as treatment with antimicrobials are sometimes started before sampling of CSF can be obtained which makes isolating the causative bacteria challenging. The value of Broad Range 16S Ribosomal RNA Gene Polymerase Chain Reaction / Sequencing of CSF (Br-PCR) can address this problem by amplifying and identifying any bacterial DNA present in a clinical sample. A 65-year-old female presented with rapid onset of high fevers,
Клинический случайСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Salmonella can hijack host atypical miRNA processing machinery to cleave its small non-coding RNA into a ~22-nt RNA fragment, Sal-1, which facilitates Salmonella survival in the infected host. The mechanism through which Sal-1 promotes Salmonella survival, however, remains unknown. In the present study, we reported that Sal-1 targets cellular inducible nitric oxide synthase (iNOS) in a miRNA manner, leading to attenuation of host cell iNOS/NO-mediated anti-microbial capacity. First, depletion of Sal-1 in Salmonella-infected epithelial cells significantly increased the iNOS level but not the le
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND/AIMS: The etiopathogenesis of bile duct lesion in primary biliary cirrhosis is unknown, though the participation of bacteria and/or their components and products is suspected. In this study, we tried to detect and identify bacteria in the bile of patients with primary biliary cirrhosis by polymerase chain reaction using universal bacterial primers of the 16S ribosomal RNA gene.
METHODS: Gallbladder bile samples from 15 patients with primary biliary cirrhosis, 5 with primary sclerosing cholangitis, 5 with hepatitis C virus-related liver cirrhosis, 11 with cholecystolithiasis, and fr
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Microbial genomes are continuously being rearranged by mobile genetic elements (MGEs), leading to configurations that may confer novel phenotypic traits such as antibiotic resistance, degradation of compounds, or metabolic features. Standard genomic sequencing provides a snapshot of a genome in one configuration, but this static image does not give insight into the dynamics of genomic evolution and whether MGEs are actively changing a genome. We applied single-strain mobilome sequencing to Escherichia coli K-12 MG1655 under various stress conditions: UV, SDS, nalidixic acid, tetracycline, cetr
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Osteomyelitis remains a serious inflammatory bone disease that affects millions of individuals worldwide and for which there is no effective treatment. Despite scientific evidence that Staphylococcus bacteria are the most common causative species for human bacterial chondronecrosis with osteomyelitis (BCO), much remains to be understood about the underlying virulence mechanisms. Herein, we show increased levels of double-stranded RNA (dsRNA) in infected bone in a Staphylococcus-induced chicken BCO model and in human osteomyelitis samples. Administration of synthetic [poly(I:C)] or genetic (Alu
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: The possibility that there is a resident and stable commensal microbiome within the pregnant uterus has been supported and refuted by a series of recent studies. One element of most of the initial studies was that they were based primarily on 16S rRNA gene sequencing from bacteria. To account for this limitation, the current study performed both bacterial culture and 16S rRNA gene sequencing in a side-by-side manner (e.g., same tissues isolated from the same animal).
METHODS: The uteruses of 10 mid-pregnant (156 ± 5 d of gestation) Holstein heifers and cows were collected follow
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: The continued emergence of Neisseria gonorrhoeae strains that express resistance to multiple antibiotics, including the last drug for empiric monotherapy (ceftriaxone), necessitates the development of new treatment options to cure gonorrheal infections. Toward this goal, we recently reported that corallopyronin A (CorA), which targets the switch region of the β' subunit (RpoC) of bacterial DNA-dependent RNA polymerase (RNAP), has potent anti-gonococcal activity against a panel of multidrug-resistant clinical strains. Moreover, in that study, CorA could eliminate gonococcal infectio
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования