The SARS-CoV spike glycoprotein (S) is the main target of the protective immune response in humans and animal models of SARS. Here, we demonstrated that efficient expression of S from the wild-type spike gene in cultured cells required the use of improved plasmid vectors containing donor and acceptor splice sites, as well as heterologous viral RNA export elements, such as the CTE of Mazon-Pfizer monkey virus or the PRE of Woodchuck hepatitis virus (WPRE). The presence of both splice sites and WPRE markedly improved the immunogenicity of S-based DNA vaccines against SARS. Upon immunization of m
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The correct splicing of precursor-mRNA depends on the actual splice sites plus exonic and intronic regulatory elements recognized by the splicing machinery. Surprisingly, an increasing number of examples reveal that exonic mutations disrupt the binding of splicing factors to these sequences or generate new splice sites or regulatory elements, causing disease. This contradicts the general assumption that missense mutations disrupt protein function and that synonymous mutations are merely polymorphisms. Autosomal dominant polycystic kidney disease (ADPKD) is a common inherited disorder caused ma
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mutually exclusive splicing is an important mechanism for expanding protein diversity. An extreme example is the Down syndrome cell adhesion molecular (Dscam1) gene of insects, containing four clusters of variable exons (exons 4, 6, 9, and 17), which potentially generates tens of thousands of protein isoforms through mutually exclusive splicing, of which regulatory mechanisms are still elusive. Here, we systematically analyzed the variable exon 4, 6, and 9 clusters of Dscam1 in Coleoptera species. Through comparative genomics and RNA secondary structure prediction, we found apparent evidence t
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pathogenic germline variants in the ATM gene are associated with a 20-30% lifetime risk of breast cancer. Crucially, a relevant fraction of loss-of-function variants in breast cancer susceptibility genes disrupts pre-mRNA splicing. We aimed to perform splicing analysis of ATM splice-site variants identified in the large-scale sequencing project BRIDGES (Breast Cancer After Diagnostic Gene Sequencing). To this end, we bioinformatically selected 47 splice-site variants across 17 exons that were genetically engineered into three minigenes and assayed in MCF-7 cells. Aberrant splicing was observed
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Alternative splicing is one of the processes that contributes to producing a vast protein diversity from the limited number of protein-coding genes in higher eukaryotes. The Methyl CpG Binding Protein 2 (Mecp2) gene, whose mutations cause Rett syndrome, generates two protein isoforms, MeCP2E1 and MeCP2E2, by alternative splicing. These isoforms likely possess non-redundant functions. However, the molecular mechanism for Mecp2 pre-mRNA alternative splicing remains to be understood. Here, we analyzed the alternative splicing mechanism of MeCP2 pre-mRNA and found that exon 2 is efficiently recogn
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RNA splicing is a critical step in the human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) replication cycle because it controls the expression of the complex viral proteome. The major 5' splice site (5'ss) that is positioned in the untranslated leader of the HIV-1 RNA transcript is of particular interest because it is used for the production of the more than 40 differentially spliced subgenomic mRNAs. HIV-1 splicing needs to be balanced tightly to ensure the proper levels of all viral proteins, including the Gag-Pol proteins that are translated from the unspliced RNA. We previously presented evidence
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pathogenic variants in the MED13L gene are associated with the autosomal dominant MED13L syndrome, which is characterised by global developmental delay and cardiac malformations. We investigated two heterozygous MED13L variants located at the canonical donor splice site motif of exon 7: c.1009+1G>C and c.1009+5G>C. We report that in silico predictions suggested two possible outcomes: exon 7 skipping, resulting in loss of the phosphodegron motif essential for MED13L regulation, or activation of a cryptic donor site in intron 7, leading to intron retention. RNA analysis confirmed that both varia
СтатьяКлинический случайПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The pathogenic role of intronic variants is generally difficult to assess, except for those near known splice sites for which aberrant splicing is suspected, although deeper intronic variants can also alter splicing. We have identified a novel (NM_213599.2:c.1180+6T>C) ANO5 variant that causes the exclusion of exon 12. The mutation, identified in a Roma individual, has an estimated carrier rate of 1.68% among the Iberian Roma population, this being the first ANO5 pathogenic variant communicated in this ethnic group. In this study, we have also characterized the ANO5 splice forms expressed in h
Клинический случайСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Splicing modifiers promoting SMN2 exon 7 inclusion have the potential to treat spinal muscular atrophy, the leading genetic cause of infantile death. These small molecules are SMN2 exon 7 selective and act during the early stages of spliceosome assembly. Here, we show at atomic resolution how the drug selectively promotes the recognition of the weak 5' splice site of SMN2 exon 7 by U1 snRNP. The solution structure of the RNA duplex formed following 5' splice site recognition in the presence of the splicing modifier revealed that the drug specifically stabilizes a bulged adenine at this exon-in
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A significant proportion of disease-causing mutations affect precursor-mRNA splicing, inducing skipping of the exon from the mature transcript. Using F9 exon 5, CFTR exon 12 and SMN2 exon 7 models, we characterized natural mutations associated to exon skipping in Haemophilia B, cystic fibrosis and spinal muscular atrophy (SMA), respectively, and the therapeutic splicing rescue by using U1 small nuclear RNA (snRNA). In minigene expression systems, loading of U1 snRNA by complementarity to the normal or mutated donor splice sites (5'ss) corrected the exon skipping caused by mutations at the poly
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Transcriptome analysis can improve the diagnostic yield for neurodevelopmental disorders. We applied RNA-seq using urine-derived cells (UDCs) to a family with two affected brothers with a muscular dystrophy-dystroglycanopathy and dilated cardiomyopathy. Exome sequencing identified a maternally inherited heterozygous B3GALNT2 splice-site variant (NM_152490.5:c.261-2A>G) but no second pathogenic allele. UDCs RNA-seq with OUTRIDER detected markedly decreased expression of B3GALNT2 in the proband and a milder decrease in the father, suggesting a paternally inherited non-coding variant. Genome sequ
СтатьяКлинический случайПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
HnRNP A1 regulates many alternative splicing events by the recognition of splicing silencer elements. Here, we provide the solution structures of its two RNA recognition motifs (RRMs) in complex with short RNA. In addition, we show by NMR that both RRMs of hnRNP A1 can bind simultaneously to a single bipartite motif of the human intronic splicing silencer ISS-N1, which controls survival of motor neuron exon 7 splicing. RRM2 binds to the upstream motif and RRM1 to the downstream motif. Combining the insights from the structure with in cell splicing assays we show that the architecture and organ
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Context-dependent alternative splicing plays a critical role in disease pathogenesis and organ development, but its complex regulation remains challenging to predict. Here, to address this, we developed HELIX, a hierarchical deep learning framework that integrates pre-mRNA sequence and RNA-binding protein expression profiles to predict tissue- and condition-specific splicing patterns and transcript isoform usage simultaneously. By leveraging both short-read and long-read RNA sequencing data during training, HELIX achieves greater accuracy than existing splicing prediction models and convention
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A single-base mutation in intron 37 of the gene for type III procollagen (COL3A1) was found in a proband with the type IV variant of Ehlers-Danlos syndrome. Probe-protection experiments with S1 nuclease and RNA from fibroblasts incubated at 37 degrees C demonstrated that about 35% of the total mRNA or about 70% of the mRNA from mutated allele was spliced by exon skipping. The effects of the mutation were temperature-sensitive in that the amount of RNA from the mutated allele that was spliced by exon skipping was 87.1 +/- 7.7% at 31 degrees C, 70.1 +/- 6.5% at 37 degrees C, and 85.4 +/- 11.1% a
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
U2AF has been characterized as an essential splicing factor required for efficient recruitment of U2 small nuclear ribonucleoprotein to the 3'-splice site in a pre-mRNA. The U2AF65 subunit binds to the pyrimidine tract of the pre-mRNA, whereas the U2AF(35) subunit contacts the 3'-splice site AG. Here we show that U2AF35 appears to be completely dispensable for splicing in nuclear extracts prepared from adenovirus late-infected cells (Ad-NE). As a consequence, the viral IIIa and cellular IgM introns, which both have suboptimal 3'-splice sites and require U2AF35 for splicing in nuclear extracts
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Shwachman-Diamond syndrome (SDS) represents one of the most common inherited bone marrow failure syndromes and is mainly caused by SBDS gene mutations. Only supportive treatments are available, with hematopoietic cell transplantation required when marrow failure occurs. Among all causative mutations, the SBDS c.258+2T>C variant at the 5' splice site (ss) of exon 2 is one of the most frequent. Here, we investigated the molecular mechanisms underlying aberrant SBDS splicing and showed that SBDS exon 2 is dense in splicing regulatory elements and cryptic splice sites, complicating proper 5'ss sel
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Exons within transcripts are traditionally classified as first, internal or last exons, each governed by different regulatory mechanisms. We recently described the widespread usage of 'hybrid' exons that serve as terminal or internal exons in different transcripts. Here, we employ an interpretable deep learning pipeline to dissect the sequence features governing the co-regulation of transcription initiation and splicing in hybrid exons. Using ENCODE data from human tissues, we identified 80 000 hybrid first-internal exons. These exons often possess a relaxed chromatin state, allowing transcrip
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Transposons are among the most abundant mobile genetic elements in nature. IStrons are a unique class of transposons, encoding a transposase for transposon mobility, an RNA-guided nuclease for maintenance, and a self-splicing group I intron for element removal from host mRNA. However, it is unclear how a single polynucleotide sequence balances these distinct biochemical functions. Here, we employed pooled library mutagenesis coupled with high-throughput sequencing to systematically dissect the molecular determinants of IStron transposition, RNA-guided DNA cleavage, and self-splicing. We found
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Brugada syndrome (BrS) is an arrhythmic disease associated with SCN5A loss-of-function variants. We identified a novel single nucleotide substitution, SCN5A c.1338G>A, in the last codon of exon10 in a patient with drug-induced BrS. The aim of this study was to investigate the impact of this splice-altering variant and examine whether antisense oligonucleotides (ASOs) could correct the splice alteration.
METHODS AND RESULTS: Genomic DNA was extracted from the patient's blood lymphocytes. Coding exons of inherited arrhythmia genes were screened and SCN5A c.1338G>A was identified. Sp
СтатьяКлинический случайПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: WT1-related disorders are associated with WT1 gene variants. Recent advances in genetic medicine have led to a better understanding of the genotype-phenotype correlation in WT1-related diseases, particularly missense variants in exons 8 or 9 that lead to a wide range of severities. Exonic variants can lead to splicing abnormalities in rare diseases. No reports have investigated exonic variants in WT1 that cause aberrant splicing. We examined whether exonic variants in WT1 exon 8 or 9 cause splicing abnormalities and affect disease severity.
METHODS: We selected nine rare missens
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования