High-throughput sequencing of total RNA has permitted the detection of novel mycoviruses in fungi with different types of genomes, including mycoviruses with double-stranded RNA, single-stranded positive- or negative-stranded RNA, or single-stranded DNA genomes. However, in silico detection of mycoviruses is not always sufficient to guarantee their presence in sequenced samples, especially in the case of the discovery of unique mycoviruses, and additional analyses are required to validate in vivo the data obtained by bioinformatics analysis. This chapter provides comprehensive protocols for th
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Next-generation sequencing (NGS) has become a crucial tool for medical diagnostics in decentralized laboratories. While sequencing and bioinformatics themselves employ standardized pipelines, wet laboratory workflows in these settings still rely on manual pipetting and sample handling. In particular, the library preparation procedures represent a critical bottleneck, accounting for up to 50% of total NGS costs and involving complex steps. Automation offers potential solutions to these challenges. However, existing automation approaches have limitations in satisfying throughput, investment cost
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: This study investigated the bacterial community composition, phenotypes, and differentially abundant taxa in primary and secondary/persistent endodontic infections. METHODS: Bacterial profiles of 12 primary and 12 secondary/persistent endodontic infections were analyzed using 16 S V3-V4 next-generation sequencing. Reads were processed into ASVs using DADA2 in Qiime2, and taxonomy was assigned with the SILVA dataset. Alpha and beta diversity were compared between groups using Kruskal-Wallis and PERMANOVA. LEfSe identified differentially abundant taxa (LDA > 2), and Bugbase predicted
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Next-generation sequencing of cancer predisposition genes is routinely used in hereditary cancer diagnostics. However, a substantial fraction of detected variants remains clinically unresolved. Using a customised 77-gene panel, we analysed 2142 individuals and identified 384 pathogenic or likely pathogenic variants across 54 genes, corresponding to a diagnostic yield of approximately 18%. Despite this, 17% of cases carried variants of uncertain significance, many of which were suspected to affect pre-mRNA splicing and are particularly challenging to interpret due to the limited rel
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Microorganisms within the tumor microenvironment represent an important but still underexplored dimension of cancer biology, influencing genomic stability, immune responses, metabolism, and therapeutic efficacy. Although recent findings underscore the significance of the tumor microbiome, distinguishing causal "drivers" from non-functional "passengers" remains a major challenge, particularly in the context of extremely low microbial biomass and high contamination risk. Advances in next-generation sequencing, single-cell genomics, and spatial transcriptomics are now transforming the field, enab
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: In acute myeloid leukemia (AML), the monitoring of measurable residual disease (MRD) has evolved over the past two decades from predominantly prognostic supplementary information to a central tool for risk stratification, treatment planning, and study endpoint definition. This development has been closely linked to advances in diagnostic technologies (multiparameter flow cytometry, qPCR/dPCR, next-generation sequencing) and international standardization initiatives.
AIMS: This review aims to assess the evolution of MRD recommendations for AML over the past decade, identify key dev
Аннотация на английскомСтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mycoviruses are widespread in fungi and can influence fungal physiology, pathogenicity, and ecological interactions. In the plant pathogenic fungus Sclerotinia sclerotiorum, increasing attention has been directed toward understanding the diversity and functional roles of its associated viruses. This review synthesizes current knowledge on mycovirus detection methods and summarizes the diversity of viruses reported in S. sclerotiorum. Early detection strategies based on double-stranded RNA profiling, virion purification, and RT-PCR laid the foundation for mycovirus discovery but were limited in
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: To investigate the application value of next-generation sequencing (NGS) in genetic screening for thalassemia in Zhangzhou area, clarify the characteristics of the local thalassemia gene carrier spectrum, and provide data support for regional precision prevention and control of thalassemia.
METHODS: A total of 1 130 individuals examined at the Medical Genetics Center of Zhangzhou Municipal Hospital of Fujian Province from June 2023 to December 2024 were enrolled. NGS was used to detect deletions, point mutations, and structural variations of globin genes.
RESULTS: Among the 1 130
Аннотация на английскомСтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Objective: To investigate the clinicopathological and molecular genetic features of micronodular thymoma (MNT) and micronodular thymic carcinoma (MNC) with lymphoid stroma. Methods: Seventeen cases of micronodular neoplasms with lymphoid stroma diagnosed at the Third Affiliated Hospital of Soochow University, Changzhou, China from March 2017 to October 2024 were collected (16 cases of MNT and 1 case of MNC). Their clinicopathological data were reviewed, and their paraffin-embedded sections were stained with immunohistochemistry (IHC). Three cases of MNT and one case of MNC were also examined u
Аннотация на английскомСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The coronavirus disease-2019 pandemic has been shaped by successive waves of variants due to the high mutational capacity of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). Monitoring the genomic diversity and mutational profiles of these variants and their clinical impact is essential to inform public health measures as well as vaccine and treatment strategies. This study aimed to analyze clinical samples detected as SARS-CoV-2 positive by real-time reverse transcription polymerase chain reaction (rRT-PCR) during two different periods of the pandemic in Türkiye using next-genera
Аннотация на английскомСтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
To develop effective HIV prevention strategies to guide public health policy the main sources of infection in HIV prevention studies must be identified. Accordingly, we devised a statistical approach that estimates the relative contribution of different sources of infection in community-randomized trials of infectious disease prevention using deep- (or next generation) sequenced pathogen data. We applied this approach to the Botswana Combination Prevention Project (BCPP) and estimated that 90% [95% Confidence Interval (CI): 80-94] of new infections in communities that received combination prev
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Accurate identification of bacterial pathogens is essential for effective clinical management; however, bacterial diagnosis remains challenging in routine microbiology laboratories, particularly in emergency settings and outbreak situations. Bacterial meningitis is a life-threatening condition associated with high morbidity and mortality, underscoring the need for sensitive and specific diagnostic approaches. Conventional culture-based methods often fail to identify causative agents, especially in samples with low bacterial load or fastidious organisms. This study aimed to evaluate next-genera
СтатьяСравнительное исследованиеПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: This study aimed to investigate the possible mechanism through which acupuncture protects ovaries with Poor Ovarian Response (POR) in rats based on microRNA (miRNA).
METHODS: Thirty-six SPF SD female non-pregnant rats aged 8 weeks were randomly divided into the blank group, model group, and acupuncture group, with 12 rats in each group. According to the group, the rats were given gavage of Tripterygium wilfordii polyglycosides suspension for 14 days to establish the model of POR, and then the rats were treated with acupuncture for 2 weeks, once a day, for 20 minutes. Afterward, the
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Genetic characterization including Southern blot analysis of recombinant Chinese hamster ovary (CHO) cell lines expressing biologics is an essential prerequisite for regulatory submissions. The transposon-based expression system for CHO cell lines enables the insertion of DNA sequences into the genome and has been widely used by the biopharmaceutical industry. The system yields clones that are both highly productive and genetically stable. However, it often incorporates target genes at multiple locations in the CHO genome, presenting challenges to profile the integration sites using Southern b
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Deciphering metastatic processes is crucial for understanding cancer progression and potential treatment options. Genetic studies of model systems engineered to mimic metastatic disease, including organoids, genetically engineered mice and human cell lines, have had an important role in shaping our understanding of the metastatic cascade and how it can be manipulated. More recently, advances in high-throughput sequencing have enabled human metastases to be studied at single-cell and single-nucleotide resolution, providing insights into metastatic evolution and phenotypes of both cancer cells a
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The emergence of next-generation sequencing (NGS) marked a revolution in biological research, enabling comprehensive characterization of the transcriptome and detailed analysis of the epigenome landscape. This technology has made it possible to detect differences across cell types, genotypes, and conditions. Advances in short-read sequencing platforms, have produced user-friendly machines that offer high throughput at a reduced cost per base. However, leveraging this data still requires bioinformatics expertise to develop and execute tailored solutions for each specific application
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: Chromosomal rearrangements drive tumorigenesis through fusion transcripts. Clinical whole-transcriptome sequencing (WTS) enables comprehensive fusion detection, overcoming limitations of targeted methods, but its clinical application has been hindered by technical and cost barriers.
METHODS: We validated a clinical bait-capture WTS assay using 78 solid tumor samples across diverse tissue types, including 59 with known fusions or oncogenic splice variants. Sensitivity was assessed against clinically reported fusions from targeted next-generation sequencing or fluorescence in situ hybr
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The rapid expansion of clinical genetic testing has markedly improved the detection of genetic variants. However, most variants lack the evidence needed to classify them as pathogenic or benign, resulting in the accumulation of variants of uncertain significance that cannot be used to diagnose or guide treatment of disease. Moreover, targeted therapy for cancer treatment increasingly depends on correctly identifying oncogenic driver mutations, but the oncogenicity of many variants identified in tumours remains unclear. To address these challenges, efforts to classify variants are increasingly
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Biliary tract cancer (BTC) comprises a group of aggressive malignancies with poor prognosis and limited therapeutic options. Next-generation sequencing (NGS) has advanced BTC management by identifying targetable genomic alterations. However, routine multigene NGS testing faces clinical, logistical, and economic barriers to widespread implementation.
AREAS COVERED: A multidisciplinary panel of eight experts from Germany, France, the UK, Spain, and Italy convened to explore national challenges in NGS adoption and propose a structured molecular profiling approach. Discussions addre
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Large-scale surveillance and informed vector control approaches are urgently needed to ensure that national malaria programs remain effective in reducing transmission and, ultimately, achieving malaria elimination targets. In South America, Anopheles darlingi is the primary malaria vector and is responsible for the majority of Plasmodium species transmission. However, little is known about the molecular markers associated with insecticide resistance in this species. In this study, we developed a low-cost, high throughput amplicon sequencing ("amp-seq") panel, consisting of 11 amplicons targeti
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования