In the nuclear receptor of vitamin D (VDR) histidine 305 participates to the anchoring of the ligand. The VDR H305Q mutation was identified in a patient who exhibited the hereditary vitamin D-resistant rickets (HVDRR). We report the crystal structure of human VDR H305Q-ligand binding domain bound to 1alpha,25(OH)2D3 solved at 1.8A resolution. The protein adopts the active conformation of the wild-type liganded VDR. A local conformational flexibility at the mutation site weakens the hydrogen bond between the 25-OH with Gln305, thus explaining the lower affinity of the mutant proteins for calcit
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Determining the higher order structure (HOS) of proteins and protein complexes is central to understanding their functions, dynamics, and interactions. Traditional structural biology approaches, such as X-ray crystallography and nuclear magnetic resonance, provide high-resolution snapshots but often require large amounts of homogeneous samples and may miss dynamic or heterogeneous states. Mass spectrometry (MS) has become an indispensable tool for sensitive and rapid analysis of intact proteins and assemblies under native or near-native conditions. This review discusses the major MS-based stra
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
For more than 50 years, the linear sequence and the multiple sequence alignment have been the foundational data structures of protein science, and they remain central to homology search, phylogenetic inference, covariance-based contact prediction, and modern protein language models. However, relational and graph-based representations are increasingly being adopted alongside sequence-based methods to capture biological relationships that linear data structures express only implicitly. Proteins fold as three-dimensional residue interaction networks, evolve through high-dimensional genotype netwo
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
While the etiology of most cases of Parkinson's disease (PD) are idiopathic, it has been estimated that 5-10% of PD arise from known genetic mutations. The first mutations described that leads to the development of an autosomal dominant form of PD are in the SNCA gene that codes for the protein alpha-synuclein (α-syn). α-syn is an abundant presynaptic protein that is natively disordered and whose function is still unclear. In PD, α-syn misfolds into multimeric b-pleated sheets that aggregate in neurons (Lewy Bodies/neurites) and spread throughout the neuraxis in a pattern that aligns with dise
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Nonstructural protein 5A (NS5A) is essential for hepatitis C virus (HCV) replication and assembly and is a critical drug target. Biochemical data suggest large parts of NS5A are unfolded as an isolated protein, but little is known about its folded state in the cell. We used fluorescence resonance energy transfer (FRET) to probe whether or not different regions of NS5A are in close proximity within the cell. Twenty-three separate reporter constructs were created by inserting one or more fluorophores into different positions throughout the three domains of NS5A. FRET efficiency was maximal when
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Protein allostery plays a pivotal role in many regulatory processes. Prominent examples are cell-surface receptors, which allosterically transmit ligand-generated signals to their cytoplasmic domains, or bacterial transcription factors, which alternate between a free conformation and a DNA-bound conformation in response to binding an effector molecule. The bacterial transcription factor Tet repressor (TetR) belongs to the latter category and is regarded as highly adapted to tetracyclines (tc's) as effectors. However, peptides isolated in this study were able to trigger distinct allosteric beha
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Macrocycles represent a promising class of beyond-rule-of-5 (bRo5) therapeutics, capable of targeting proteins traditionally considered undruggable by conventional small molecules. Macrocycles exhibit intrinsic flexibility and often display a "chameleon-like" ability to adapt to their environment, thereby enhancing their oral bioavailability. Describing their structures and conformational changes is essential for advancing their development in the bRo5 space. In this study, we present the novel solid- and solution-state structures of the macrocycle grazoprevir, determined using microcrystal el
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Alzheimer's disease (AD) is a progressive neurodegenerative disorder that requires further pathological elucidation to establish effective treatment strategies. We previously showed that amyloid β (Aβ) toxic conformer with a turn at positions 22-23 is essential for forming highly toxic oligomers. In the present study, we evaluated phenotypic changes with aging in AD model AppNL-P-F/NL-P-F (NL-P-F) mice with Swedish mutation (NL), Iberian mutation (F), and mutation (P) overproducing E22P-Aβ, a mimic of toxic conformer utilizing the knock-in technique. Furthermore, the role of the toxic conforme
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Japanese encephalitis virus (JEV), a mosquito-borne flavivirus, is an important human pathogen. The envelope glycoprotein (Egp), a major structural antigen, is responsible for viral haemagglutination and eliciting neutralising antibodies. The three-dimensional structure of the Egp of JEV was predicted using the knowledge-based homology modeling approach and X-ray structure data of the Egp of tick-borne encephalitis virus as a template (Rey et al., 1995). In the initial stages of optimisation, a distance-dependent dielectric constant of 4r(ij) was used to simulate the solvent effect. The predic
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The molecular recognition of two superantigens with class II major histocompatibility complex molecules was simulated by using protein-protein docking. Superantigens studied were staphylococcal enterotoxin B (SEB) and toxic shock syndrome toxin-1 (TSST-1) in their crystallographic assemblies with HLA-DR1. Rigid-body docking was performed sampling configurational space of the interfacial surfaces by employing a strategy of partitioning the contact regions on HLA-DR1 into separate molecular recognition units. Scoring of docked conformations was based on an electrostatic continuum model evaluated
СтатьяПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The TRIM5α protein from rhesus macaques (rhTRIM5α) mediates a potent inhibition of HIV-1 infection via a mechanism that involves the abortive disassembly of the viral core. We have demonstrated that alpha-helical elements within the Linker 2 (L2) region, which lies between the SPRY domain and the Coiled-Coil domain, influence the potency of restriction. Here, we utilize single-molecule FRET analysis to reveal that the L2 region of the TRIM5α dimer undergoes dynamic conformational changes, which results in the displacement of L2 regions by 25 angstroms relative to each other. Analysis of restri
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
TAR DNA-binding protein 43 (TDP-43) plays a critical role in RNA metabolism and is incorporated into biomolecular condensates called stress granules. In amyotrophic lateral sclerosis (ALS) and several other neurodegenerative disorders, TDP-43 undergoes aberrant phase transitions, forming insoluble amyloid aggregates, including fibrils composed of solely its intrinsically disordered C-terminal domain (CTD). Despite its central role in disease, the conformational dynamics of the CTD remain poorly understood due to its heterogeneous and transient conformational landscape. Here, we employ native i
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
α-Synuclein (αS) is a presynaptic protein that binds to cell membranes and is linked to Parkinson's disease (PD). Binding of αS to membranes is a likely first step in the molecular pathophysiology of PD. The αS molecule can adopt multiple conformations, being largely disordered in water, adopting a β-sheet conformation when present in amyloid fibrils, and forming a dynamic multiplicity of α-helical conformations when bound to lipid bilayers and related membrane-mimetic surfaces. Multiscale molecular dynamics simulations in conjunction with nuclear magnetic resonance (NMR) and cross-linking mas
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
GPR119 is a promising therapeutic target for metabolic diseases, yet the structural basis for its ligand-dependent efficacy remains unclear. Here, we report the cryo-EM structure of GPR119 bound to the partial agonist AS1269574 and Gs protein, revealing a non-canonical ligand-binding mode. Unlike full agonists, AS1269574 occupies a restricted pocket within the activation cavity and stabilizes a closed conformation of an extracellular allosteric "stacking gate" formed by F157ECL2 and W2657.39. Together with MD simulations, our structure shows that this confined binding mode attenuates the progr
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The trimeric HIV-1 Envelope protein (Env) mediates viral-host cell fusion via a network of conformational transitions, with allosteric elements in each protomer orchestrating host receptor-induced exposure of the co-receptor binding site and fusion elements. To understand the molecular details of this allostery, here, we introduce Env mutations aimed to prevent CD4-induced rearrangements in the HIV-1 BG505 Env trimer. Binding analysis and single-molecule Förster Resonance Energy Transfer confirm that these mutations prevent CD4-induced transitions of the HIV-1 Env. Structural analysis by singl
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Therapeutic peptides derived proteins with alpha-reconformation states like antibody shape have shown potential effects in combating terrible diseases linked with earlier signs of angiogensis, mutagenesis and transgenesis. Alpha reconformation in material design refers to the folding of the peptide chains and their transitions under reversible chemical bonds of disulfide chemical bridges and further non-covalence lesions. Thus, the rational design of signal peptides into alpha-helix is intended in increasing the defending effects of peptides into cores like adjuvant antibiotic and/or vaccines.
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Apolipoprotein E (ApoE) is highly expressed in the central nervous system (CNS) where it plays a critical role in lipid homeostasis and in t … R. Furthermore, the degree of ApoE lipidation also impacts ApoE receptor binding through changes in protein conformation and stoichiometry of ApoE molecules per lipoprotein. The lipidation state of ApoE also alters its interaction with amyloid-β and tau, the proteins involved in forming amyloid plaques and neurofibrillary tangles, the pathological hallmarks of AD. LpE …
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Metal dyshomeostasis has long been linked to Parkinson's disease (PD), and the amyloidogenic protein α-synuclein (αS) is universally recognized as a key player in PD pathology. Structural consequences upon coordination of copper and iron to αS have gained attention due to significant dyshomeostasis of both metals in the PD brain. Protein-metal association can navigate protein folding in distinctive pathways based on the identity of the bio-metal in question. In this work, we employed photo-chemical crosslinking of unmodified proteins (PICUP) to evaluate these potential metal ion-induced struct
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Vertebrate photoreceptors contain a unique tetraspanin protein known as 'retinal degeneration slow' (RDS). Mutations in the RDS gene have been identified in a variety of human retinal degenerative diseases, and more than 70% of these mutations are located in the second intra-discal (D2) loop, highlighting the importance of this region. Here we examined the conformational and thermal stability properties of the D2 loop of RDS, as well as interactions with ROM-1, a non-glycosylated homolog of RDS. The RDS D2 loop was expressed in Escherichia coli as a fusion protein with maltose binding protein
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Protein aggregation is a pathological feature of neurodegenerative disorders. We previously demonstrated that protein inclusions in the brain are composed of supersaturated proteins, which are abundant and aggregation-prone, and form a metastable subproteome. It is not yet clear, however, whether this phenomenon is also associated with non-neuronal protein conformational disorders. To respond to this question, we analyzed proteomic datasets from biopsies of patients with genetic and acquired protein aggregate myopathy (PAM) by quantifying the changes in composition, concentration and aggregati…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования