Bartonella henselae is a facultative intracellular pathogen that occurs worldwide and is responsible primarily for cat-scratch disease in young people and bacillary angiomatosis in immunocompromised patients. The principal source of genome-level diversity that contributes to B. henselae's host-adaptive features is thought to be horizontal gene transfer events. However, our analyses did not reveal the acquisition of horizontally-transferred islands in B. henselae after its divergence from other Bartonella. Rather, diversity in gene content and genome size was apparently acquired through two alt…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Adenoviruses are important pathogens with the potential for interspecies transmission between humans and non-human primates. Although many adenoviruses have been identified in monkeys, the knowledge of these viruses from the Colobinae members is quite limited.
FINDINGS: We conducted a surveillance of viral infection in endangered golden snub-nosed monkeys (Rhinopithecus roxellana) in the subfamily Colobinae in China, and found that 5.1% of sampled individuals were positive for adenovirus. One of the adenoviruses (SAdV-WIV19) was successfully isolated and its full-length genome was
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The whole nucleotide sequence of the chloroplast genome from Capsella rubella is determined in this study using short Illumina sequence data from public database. The circular double-stranded DNA, which consists of 154,601 base pairs (bp) in size, contains a pair of inverted repeats (IRa and IRb) of 26,462 bp each, which are separated by a small and large single-copies (SSC and LSC) of 17,855 and 83,822 bp, respectively. The overall GC content of the chloroplast genome is 36.54% and the GC contents of LSC, IRs and SSC are 34.33%, 42.38% and 29.61% separately. One hundred and twelve unique gene
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Expansion of triplex-forming GAA/TTC repeats in the first intron of FXN gene results in Friedreich's ataxia. Besides FXN, there are a number of other polymorphic GAA/TTC loci in the human genome where the size variations thus far have been considered to be a neutral event. Using yeast as a model system, we demonstrate that expanded GAA/TTC repeats represent a threat to eukaryotic genome integrity by triggering double-strand breaks and gross chromosomal rearrangements. The fragility potential strongly depends on the length of the tracts and orientation of the repeats relative to the replication
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A quick glance at this review article provides an insight into the common and different features of M. leprae and M. tuberculosis and the diseases caused by these organisms. Table I provides the popular names, history, stigma, description of the disease, clinical features, classification and the types of disease manifestations, who are affected, Signs and Symptoms, Clinical examination, treatment regimens, reactions, relapses, immunity, infectiousness, risk groups, deformities, sequelae, transmission, prevention, complications, vaccination, laboratory studies, days of importance for both the d
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Heat shock triggers the assembly of nuclear stress bodies that contain heat shock factor 1 and a subset of RNA processing factors. These structures are formed on the pericentromeric heterochromatic regions of specific human chromosomes, among which chromosome 9. In this article we show that these heterochromatic domains are characterized by an epigenetic status typical of euchromatic regions. Similarly to transcriptionally competent portions of the genome, stress bodies are, in fact, enriched in acetylated histone H4. Acetylation peaks at 6 h of recovery from heat shock. Moreover, heterochroma
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Multiple deletions of mtDNA have not only been implicated in aging, but also in a wide variety of pathological conditions. The enzyme system used in long-PCR makes it possible to synthesize the entire mitochondrial genome (16.5 kb), exposing the multiple deletions in mtDNAs implicated in and, at least partially, responsible for these pathologies. But it is not the number or type of anomalous mtDNA that is crucial, rather it is their frequency relative to the number of intact copies of the mitochondrial genome. Our work exposes the necessity of quantitating the number of normal mitochondrial DN
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pseudomonas aeruginosa is a high-priority opportunistic pathogen of public health concern. Its large, complex genome, rich in transferable genetic elements, enables rapid acquisition of antibiotic resistance and contributes to its natural tolerance to antibiotics and disinfectants. Among fifty-two clinical isolates, shotgun whole-genome sequencing was conducted on four clinical isolates of P. aeruginosa from Erbil, Iraq (PA-1 to PA-4) and the laboratory strain PA-NCIMB 8626. The antibiotic susceptibilities of these strains were assessed using the Kirby-Bauer disk diffusion method. The clinical
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: Leuconostoc menseteroides is a species of lactic acid bacteria with established safety, frequently isolated from fermented foods such as kimchi, and is Generally Regarded as Safe (GRAS). This species is used as a starter culture for kimchi fermentation in South Korea. In this study, we aimed to evaluate the probiotic potential of Leconostoc menseteroides B22051, isolated from Panax ginseng C. A. Meyer (Ginseng), through genome analysis by assessing probiotic traits including antibiotic resistance, bacteriocin, and redox genes relevant to both human and livestock applications.
DATA
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Karst flora confined to isolated 'habitat islands' evolve specialized adaptations and unique traits, serving as ideal models for investigati … omosome-level genome assembly of C. rubituberculata was generated, with 15 pseudo-chromosomes and a genome size of 2.50 Gb (scaffold N50 = 168.34 Mb, 55,302 protein-coding genes). Comparative genomics revealed two whole-genome duplications (WGDs), namely, an ancient γ-event (∼120 Mya) and a subsequent genus-wide event (∼86 Mya), after which gene families link …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Whole-genome sequencing efforts, have during the past decade, unveiled the central role of genomic rearrangements-such as chromosomal inversions-in evolutionary processes, including local adaptation in a wide range of taxa. However, employment of reference genomes from distantly or even closely related species for mapping and the subsequent variant calling can lead to errors and/or biases in the datasets generated for downstream analyses.
RESULTS: Here, we capitalize on the recently generated chromosome-anchored genome assemblies for Arctic cod (Arctogadus glacialis), polar cod (B
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The study of Obsessive-Compulsive Disorder (OCD) genomics has primarily been tackled by Genome-wide association studies (GWAS), which have encountered troubles in identifying replicable single nucleotide polymorphisms (SNPs). Endophenotypes have emerged as a promising avenue of study in trying to elucidate the genomic bases of complex traits such as OCD.
METHODS: We analyzed the association of SNPs across the whole genome with the construction of visuospatial information and executive performance through four neurocognitive variables assessed by the Rey-Osterrieth Complex Figure T
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Existing methods for integrating functional annotations in genome-wide association studies (GWASs) to fine-map and prioritize potential causal variants are limited to using non-overlapped categorical annotations or limited by the computation burden of modeling genome-wide variants. To overcome these limitations, we propose a scalable Bayesian functional GWAS method to account for multivariate quantitative functional annotations (BFGWAS_QUANT), accompanied by a scalable computation algorithm enabling joint modeling of genome-wide variants. Simulation studies validated the performance of BFGWAS_
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Bradysia cellarum (Diptera: Sciaridae) is a destructive vegetable insect pest infesting more than 30 species of host plants from seven famil … y reliable genome for B. cellarum using PacBio, Illumina and 10X Genomics sequencing platforms. The genome size of B. cellarum was 375.91 Mb with a contig N50 of 1.57 Mb. A total of 16,231 genes were identified, among which 93.8% were functionally annotated, and 42.06% were repeat sequences. According to phylogenetic analysis, B. cellarum diverged from the co …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: Systemic lupus erythematosus (SLE), an autoimmune disorder, has been associated with nearly 100 susceptibility loci. Nevertheless, these loci only partially explain SLE heritability and their putative causal variants are rarely prioritised, which make challenging to elucidate disease biology. To detect new SLE loci and causal variants, we performed the largest genome-wide meta-analysis for SLE in East Asian populations.
METHODS: We newly genotyped 10 029 SLE cases and 180 167 controls and subsequently meta-analysed them jointly with 3348 SLE cases and 14 826 controls from published
СтатьяМетаанализПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In addition to encoding RNA primary structures, genomes also encode RNA secondary and tertiary structures that play roles in gene regulation and, in the case of RNA viruses, genome replication. Methods for the identification of functional RNA structures in genomes typically rely on scanning analysis windows, where multiple partially-overlapping windows are used to predict RNA structures and folding metrics to deduce regions likely to form functional structure. Separate structural models are produced for each window, where the step size can greatly affect the returned model. This makes deducing
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Bacterial species belonging to the genus Exiguobacterium are facultative anaerobic, non-spore-forming, Gram-positive bacilli, and rarely associated with human infections. Herein, we reported the first case of community-acquired pneumonia (CAP) and bacteremia due to Exiguobacterium spp. in China.
CASE PRESENTATION: An adult male with severe CAP was hospitalized. The pathogen was isolated from his bloodstream and broncho-alveolar lavage fluid. The correct identification of the micro-organism was achieved using 16S rRNA sequencing, and its antibiotic susceptibility test was performed
Клинический случайСтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Left ventricular mass (LVM) is a highly heritable trait and an independent risk factor for all-cause mortality. So far, genome-wide association studies have not identified the genetic factors that underlie LVM variation, and the regulatory mechanisms for blood-pressure-independent cardiac hypertrophy remain poorly understood. Unbiased systems genetics approaches in the rat now provide a powerful complementary tool to genome-wide association studies, and we applied integrative genomics to dissect a highly replicated, blood-pressure-independent LVM locus on rat chromosome 3p. Here we identified
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Epstein-Barr virus (EBV)-encoded molecules have been detected in the tumor tissues of several cancers, including nasopharyngeal carcinoma (NPC), suggesting that EBV plays an important role in tumorigenesis. However, the nature of EBV with respect to genome width in vivo and whether EBV undergoes clonal expansion in the tumor tissues are still poorly understood. In this study, next-generation sequencing (NGS) was used to sequence DNA extracted directly from the tumor tissue of a patient with NPC. Apart from the human sequences, a clinically isolated EBV genome 164.7 kb in size was successfully
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Bartonella henselae is present in a wide range of wild and domestic feline hosts and causes cat-scratch disease and bacillary angiomatosis i … performed to evaluate the accuracy of the array for genes with known levels of sequence divergence. Genome size estimates of B. koehlerae by pulsed-field gel electrophoresis matched that calculated by the CGH, indicating a genome of 1.7 to 1.8 Mb with few unique genes. As in B. quintana, sequences in the prophage and the genomic islands were reported absent i …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования