While Wilms tumors commonly arise from renal precursor cells and maintain features of the developing kidney, recent studies have demonstrated substantial genetic, histologic, and molecular heterogeneity. To further investigate tumor variability as well as unifying features in tumor biology, we performed single-nucleus RNA sequencing (snRNA-seq) on treatment-naive, favorable-histology Wilms tumors utilizing a reference atlas established from tumor-adjacent kidney samples and fetal kidney. Transcriptional profiles of blastemal, stromal, and epithelial components were correlated with tumor histol
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: A key clinical challenge in prostate cancer is the identification and validation of biomarkers with high specificity for indolent long-term outcomes. We applied a novel statistical method to identify tumor transcriptomic biomarkers that optimally predicted patients with low metastatic potential.
METHODS: Using tumor whole-transcriptome data from the Health Professionals Follow-up Study (HPFS, discovery set) and Physicians' Health Study (PHS, validation set), we compared patients who died of prostate cancer or developed metastases ("lethal," n = 113) and patients with > 8 years of met
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Clear cell renal cell carcinoma (ccRCC) is an aggressive tumor with high metastatic potential and therapeutic resistance, yet the role of folate metabolism in its pathogenesis and immune evasion remains unclear. This study aims to develop and validate a folate metabolism-related gene (FMRG) scoring system to stratify patients by prognostic risk and immune phenotypes, and to explore the functional role of key FMRGs in ccRCC progression.
METHODS: Using transcriptomic and clinical data from The Cancer Genome Atlas (TCGA), we developed a folate metabolism-related gene (FMRG) scoring s
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A comprehensive understanding of the underlying molecular mechanisms of prostate cancer is essential for the development of precise diagnostic biomarkers. In this study, we applied the unsupervised multi-omics factor analysis framework (MOFA) to integrate DNA methylation, gene expression, and metabolic profiles derived from the same individuals, aiming to characterize the biological landscape of normal, malignant, and aggressive prostate tissue. Our analysis identified distinct molecular pathways associated with aggressive disease, specifically those involved in zinc metabolism, cell cycle reg
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Amino acid metabolism is crucial for tumor cell proliferation and survival. However, its role in osteosarcoma (OS) remains incompletely characterized. The current study aimed to investigate the role of the amino acid metabolism-associated risk signature in prognostication and immune cell infiltration in osteosarcoma. METHODS: The clinical and transcriptome data of patients with OS were retrieved using the TARGET and GEO databases. Consensus clustering of amino acid metabolism-related genes (AAMRGs) stratified the osteosarcoma patients. Least absolute shrinkage and selection operato
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Giant cell tumor of bone (GCTB) is an intermediate bone neoplasm defined by recurrent H3F3A mutations and limited systemic treatment options beyond denosumab. Patient-derived cancer cell lines (PDCs) offer a scalable platform for mechanistic studies and therapeutic discovery, yet the extent to which culture dimensionality alters baseline molecular states and drug response in GCTB remains unclear. Here, we performed integrated transcriptomic, proteomic, and pharmacologic profiling of thirteen patient-derived GCTB cell lines cultured under two-dimensional (2D) monolayer and three-dimensional (3D
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Canine mammary gland tumours (MGT) represent a common malignancy in intact female dogs, with a high metastasis rate approaching 50% and a poor prognosis. However, metastasis-related genes remain largely unelucidated. Accordingly, we aimed to identify differentially expressed mRNAs and miRNAs in primary canine MGT tissues from dogs with or without confirmed metastasis. We compared mRNA and microRNA (miRNA) expression profiles between malignant MGT tissue samples with and without metastasis. Differentially expressed genes and miRNAs were identified using next-generation sequencing and analysed u
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The present study aimed to characterize large and small RNA transcriptomic changes in fibroid xenografts from mice treated with the TDO2 inhibitor 680C91 for 2 months and to validate selected findings using qRT-PCR, protein analyses, and in vitro fibroid explant models. Large RNA next-generation sequencing revealed that 680C91 induced broad transcriptomic alterations, with enrichment of pathways related to the extracellular space, RNA processing, PI3K/AKT signaling, and calcium signaling. Small RNA sequencing identified enrichment of pathways associated with PI3K/AKT signaling, proteoglycans i
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Burkitt lymphoma (BL) is a highly aggressive malignancy with limited effective treatments due to toxicity/resistance. Identifying and prioritizing candidate biomarkers and potential therapeutic targets from complex transcriptomic data, ahead of functional validation, remains a major unmet need.
METHODS: We integrated differential gene expression analysis across BL vs. control cohorts (Gene Expression Omnibus [GEO] datasets GSE43677/GSE12453) with Random Forest machine learning to prioritize candidates. Validated top genes via immunohistochemistry in an independent cohort (n = 10 B
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Osteosarcoma is characterized by extensive inter- and intra-tumoral heterogeneity, contributing to treatment resistance and poor outcomes. Here, we present a comprehensive spatial transcriptomics analysis of osteosarcoma, encompassing primary tumors and local or metastatic relapses across diverse phenotypic subtypes. Despite this heterogeneity, we identify a nine-gene cell surface signature with theranostic potential, validated in independent datasets and shown by immunohistochemistry to be distributed across distinct tumor compartments, supporting multi-targeted therapeutic strategies. Analys
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cross-strand chimeric RNAs (cscRNAs) represent an emerging class of noncanonical fusion transcripts arising from bidirectional transcription, yet their landscape and functional significance in gastric cancer remain unexplored. Here, we systematically investigated cscRNA expression patterns, prognostic relevance, and tumor immune microenvironment associations in gastric cancer through integrated computational and experimental approaches. Analysis of 372 TCGA-STAD samples revealed tumor-specific cscRNA enrichment that was independent of clinicopathological variables including tumor stage, histol
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) has two principal molecular subtypes-classical and basal-like-with divergent prognosis and chemotherapy response, yet transcriptomic classifiers rarely generalize across cohorts or quantify per-patient uncertainty. We trained a classical-versus-basal-like classifier on CPTAC-PDAC (n = 140) and externally validated it on histology-filtered TCGA-PAAD (n = 150). Twelve algorithms were benchmarked under stratified nested cross-validation with four-method consensus feature selection; domain adaptation (naive transfer, CORAL, and ComBat), four conformal proced
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Head and neck cancers (HNCs) are aggressive malignancies, with recurrence contributing substantially to poor patient outcomes. We used spatial transcriptomics to identify tumour and immune features associated with recurrence.
METHODS: Pathologist-annotated tumour and stromal regions from recurrent and non-recurrent HNC samples were analysed using spatially resolved transcriptomics. Exploratory differential expression analysis was used to nominate tumour-associated candidate markers for recurrence. Selected candidates were assessed by immunohistochemistry and further evaluated us
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Triple-negative breast cancer (TNBC) is an aggressive subtype characterized by the absence of estrogen, progesterone, and HER2 receptors, limiting effective targeted therapies. Increasing evidence suggests that metabolic reprogramming, a hallmark of TNBC progression, is driven by underlying epigenetic mechanisms such as DNA methylation. The represented study performed an integrative analysis of transcriptomic (RNA-seq) and methylome data to uncover the metabolic-epigenetic interplay in TNBC. Differential gene expression analysis using DESeq2 revealed significant dysregulation of key metabolic
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Neoadjuvant chemotherapy (NAC) is the standard of care for locally advanced breast cancer, yet the molecular predictors of pathological response remain incompletely defined, particularly regarding microRNA (miRNA) dynamics. We investigated paired pre- and post-NAC miRNA expression profiles in relation to molecular subtype, residual cancer burden (RCB), and clinical timing parameters. Seven patients with invasive breast cancer (Luminal A n = 3, Luminal B n = 1, TNBC n = 2, HER2+ n = 1) who received NAC (AC-T or TCHP) were included in this pilot study. Small-RNA sequencing (NovaSeq X Plus, CeGaT
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Currently, effective prediction models for patients with advanced and postoperative gastric cancer (GC) are lacking. Programmed cell death (PCD) plays a crucial role in the development and metastasis of malignant tumors. This study aimed to investigate the underlying PCD-related molecular mechanisms and develop predictive models for GC. GC profiles were collected from TCGA-STAD, GSE84433, GSE62254, and GSE183904 databases. Differential expression analysis was conducted to identify PCD-related genes (differentially expressed genes (DEGs)), which were then subjected to functional analyses. Cox p
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Colorectal cancer (CRC) remains the third leading cause of mortality among cancer patients in developed countries. Each new study in this field can contribute to better detection, diagnosis, and treatment of this disease. Our study aimed to assess transcriptional activity of genes associated with the biotransformation of xenobiotics and endobiotics in all three phases in the CRC adenocarcinoma, including correlations between them, as well as the aromatic hydrocarbon receptor (AhR) pathways. Based on transcriptome analysis (1252 mRNAs) of the CRC tissue and healthy colon, the upregulation or do
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: The aim of this study is to elucidate the function of Kras, which is involved in the development and progression of pancreatic cancer.
METHODS: We have previously isolated pancreas-derived cells from mice and induced genes expressed in pancreatic ducts and exocrine and endocrine cells by expressing transcription factor genes and a plasmid expressing polyoma ori to create cells with stable foreign gene expression. Comprehensive gene analysis was used to analyze the function of Kras by introducing wild-type Kras and mutant Kras into these cells.
RESULTS: No changes in cell morpholog
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: This study aims to explore the prognostic significance of necroptosis-related genes in pancreatic cancer.
METHODS: First, clustering analysis was performed on 15 necroptosis-related genes, which led to the identification of two distinct NRG subtypes. Differential expression analysis revealed 495 genes associated with prognosis, which were subsequently used for a second round of clustering. Next, a prognostic model was constructed using seven key genes, and patients were classified into high-risk and low-risk groups. External cohort data were used to validate the prognostic model
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Meningiomas are the most common intracranial tumors and their diagnosis relies mostly on neuroimaging and histology. However, the histology grades cannot predict the outcome exactly and some meningiomas tend to recur after resection of even benign tumors. Therefore, it is necessary to explore prognostic and diagnostic molecular targets.
METHODS: Differential expression analysis between meningiomas and meninges was performed based on the merged data of GSE43290 and GSE84263. Next, we performed gene set enrichment analysis (GSEA), immune cell infiltration analysis, protein-protein i
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования