The model rhizobacterium Pseudomonas putida KT2440 and other fluorescent pseudomonads possess two bacterioferritins, Bfralpha and Bfrbeta. However, the regulatory systems controlling the expression of these genes and the roles of these proteins in iron homeostasis are ill defined. Our studies show that both bfralpha and bfrbeta were monocistronic: promoter motifs and transcriptional start sites were identified, and Fur boxes and sigma(S)-dependent regulatory motifs were absent. The expressions of bfralpha and bfrbeta were enhanced by iron exposure and were maximal in cells rapidly growing in a
СтатьяПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The three-dimensional structure of the GABA A receptor that included the ligand/agonist binding site was constructed and validated by using molecular modeling technology. Moreover, the putative binding-mode of GABA and diazepam with GABAA receptor were investigated by means of docking studies. Based on an rmsd-tolerance of 1.0 angstroms, the docking of GABA to alpha1/beta2 interface resulted in three multi-member conformational clusters and model 2 was supported by homologous sequence alignment data and experimental evidence. On the other hand, the docking of diazepam to alpha1/gamma2 interfac
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
To understand the principles underlying protein folding, many molecular modeling methods are being developed for predicting functional positions. In this work, fully flexible dinucleotides d(pApA), d(pApC), d(pApG), d(pApT), d(pCpA), d(pCpC), d(pCpG), d(pCpT), d(pGpA), d(pGpC), d(pGpG), d(pGpT), d(pTpA), d(pTpC), d(pTpG), and d(pTpT) were first docked onto the surface of scorpion polypeptide toxins (LqhIT2, PDB ID:2I61) and homology modeled ANEPIII. Automated docking was able to identify sites on scorpion polypeptide toxins where favorable nucleotide interactions can occur, and those sites wer
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A molecular dynamics model and its parametrization procedure are devised and used to study adsorption of isopropanol on platinum(111) (Pt(111)) surface in unsaturated and oversaturated coverages regimes. Static and dynamic properties of the interface between Pt(111) and liquid isopropanol are also investigated. The magnitude of the adsorption energy at unsaturated level increases at higher coverages. At the oversaturated coverage (multilayer adsorption) the adsorption energy reduces, which coincides with findings by Panja et al. in their temperature-programed desorption experiment [Surf. Sci.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
G-protein coupled receptor kinase 2 (GRK2) regulates the activity of many receptors. Because potent inhibitors of GRK2 are thus far limited to polyanionic compounds like heparin, we searched for new inhibitors with the aid of a molecular model of GRK2. We used the available crystal structure of cAMP dependent protein kinase (cAPK) as a template to construct a 3D homology model of GRK2. Known cAPK and GRK2 inhibitors were docked into the active sites of GRK2 and cAPK using DOCK v3.5. H8 docked into the hydrophobic pocket of the adenosine 5'-triphosphate (ATP) binding site of cAPK, consistent wi
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Neurofibromatosis type 1 (NF1) is a pleiotropic autosomal dominant disorder with marked variability of clinical expression. As in other heritable disorders, the mapping and cloning of the gene responsible for NF1 have increased our understanding of the pathogenesis of the condition. In particular, the phenotypic variability and variable expressivity can be studied using molecular techniques. In this article we summarize the current knowledge of genotype/phenotype correlation in NF1 and examine the potential molecular basis for variable expressivity. Am. J. Med. Genet. (Semin. Med. Genet.) 89:7
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The present study examines the feedback control governing human cholesterol 7alpha-hydroxylase mRNA expression in the human hepatoblastoma cell line, Hep G2. Glycochenodeoxycholate (GCDC) and glycodeoxycholate, hydrophobic bile salts, decreased cholesterol 7alpha-hydroxylase mRNA levels and bile acid synthesis in a concentration-dependent (76 +/- 8%, P<0.001, and 48 +/- 3%, P<0.01, respectively) and time-dependent manner. Cholesterol 7alpha-hydroxylase mRNA levels were repressed with a half-maximal inhibitory concentration of <12.5 microM by GCDC and a half-life of 30 min by 100 microM of the
СтатьяПоддержка правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Among the known regulatory proteins that are conformationally sensitive to the binding of calcium ions, calmodulin and troponin-C have the greatest primary sequence homology. This observation has led to the conclusion that the most accurate predicted molecular model of calmodulin would be based on the X-ray crystallographic coordinates of the highly refined structure of turkey skeletal troponin-C. This paper describes the structure of calmodulin built from such a premise. The resulting molecular model was subjected to conjugate gradient energy minimization to remove unacceptable intramolecular
Сравнительное исследованиеСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) is an aggressive cancer strongly linked to RIO Kinase 3 (RIOK3), which promotes progression by stabilizing and phosphorylating Focal Adhesion Kinase (FAK). Advances in protein structure prediction, particularly AlphaFold2, have significantly enhanced our understanding of protein dynamics, aiding in the identification of potential inhibitors for targeted therapies. This study used structure-based virtual screening, molecular dynamics simulations, ADMET/toxicity prediction, and in vitro validation to identify potential inhibitors of RIOK3 for PDAC treatmen
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Neuropathic pain (NP) is characterized by hyperalgesia, allodynia, and spontaneous pain. Hyperpolarization-activated cyclic nucleotide-gated (HCN) channel involved in neuronal hyperexcitability, has emerged as an important target for the drug development of NP. HCN channels exist in four different isoforms, where HCN1 is majorly expressed in dorsal root ganglion having an imperative role in NP pathophysiology. A specific HCN1 channel inhibitor will hold the better potential to treat NP without disturbing the physiological roles of other HCN isoforms. The main objective is to identify and analy
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Malaria is a lethal disease that claims thousands of lives worldwide annually. The objective of this study was to identify new natural compounds that can target two P. falciparum enzymes; P. falciparum Dihydroorotate dehydrogenase (PfDHODH) and P. falciparum phosphoethanolamine methyltransferase (PfPMT). To accomplish this, e-pharmacophore modelling and molecular docking were employed against PfDHODH. Following this, 1201 natural compounds with docking scores of ≤ -7 kcal/mol were docked into the active site of the second enzyme PMT. The top nine compounds were subjected to further investigati
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Meprins, zinc-dependent metalloproteinases belonging to the metzincin family, have been associated with various inflammatory diseases due to their abnormal expression and activity. In this study, we utilized pharmacophore modelling to identify crucial features for discovering potential dual inhibitors targeting meprins α and β. We screened four pharmacophoric features against a library of 270,540 natural compounds from the Zinc database, resulting in 84,092 matching compounds. Molecular docking was then performed on these compounds, targeting the active sites of meprins α and β. Docking result
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
HSA is an important plasma protein responsible for transport of drug molecules. Coumarin derivatives play critical role as anticancer, antidiabetic and antiparkinson agents. In our lab we have synthesized coumarin-based pharmacophore, di(2-picolyl)amine-3(bromoacetyl) coumarin (ligand-L) endowed with anticancer activity. Anticancer agents binding mode of HSA provides valuable pharmacological information and is a structural guidance in synthesizing new drugs with greater efficacy. Thus, binding mechanism of ligand-L with HSA was explored using spectroscopic and molecular docking techniques. UV-
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
CRM197 is a diphtheria toxin (DT) mutant (G52E) which has been used as a carrier protein for conjugate vaccines. However, it still possesses cytotoxicity toward mammalian cells. The goal of this project was to produce a non-toxic and soluble CRM197EK through introduction of triple amino acid substitutions (K51E/G52E/E148K) in Escherichia coli. The expression of CRM197EKTrxHis was optimized and co-expressed with different molecular chaperones. The soluble CRM197EKTrxHis was produced at a high concentration (97.33 ± 17.47 μg/ml) under the optimal condition (induction with 0.1 mM IPTG at 20 °C fo
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Time-derivative couplings (TDCs) are central ingredients in mixed quantum-classical simulations of nonadiabatic dynamics, yet their evaluation remains a key practical challenge when analytic nonadiabatic coupling vectors or wave function overlaps are unavailable. Curvature-driven approximations provide an appealing alternative by evaluating TDCs from adiabatic potential energies or gradients along nuclear trajectories, motivated by the one-dimensional Baeck-An model. In this work, we examine curvature-based TDC approximations within trajectory surface hopping (TSH) and coherent switching with
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Benzo(a)pyrene (BaP) and 4-(methylnitrosamino)-1-(3-pyridyl)-1-butanone (NNK), as typical environmental carcinogens, are widely present in tobacco smoke and air pollution. Their combined exposure is an important cause of high incidence of laryngeal cancer. However, the molecular mechanism of their synergistic carcinogenesis remains unclear. To fill this gap, this study employed an integrated strategy combining network toxicology, multi-dimensional transcriptomics (bulk and single-cell), machine learning, molecular simulation, and cell function verification to systematically explore the mechani
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Glucuronidation by the UDP glucuronosyltransferase 1A enzymes (UGT1As) is a major pathway for elimination of drugs and endogenous substances, such as bilirubin.
OBJECTIVE: To identify the baboon UGT1A gene family, compare it with that of the human, and evaluate the baboon as a model for human glucuronidation.
METHODS AND RESULTS: Aligning the human and baboon UGT1 loci identified rearrangements occurring since the divergence of baboons and humans. The baboon UGT1A cDNAs were cloned and shown to have an orthologous relationship with several genes in the human UGT1A family. This in
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A total of 104 polypeptides were purified from the low-molecular-mass secretory proteome of Mycobacterium tuberculosis H(37)Rv using a combination of anion exchange column chromatography and high resolution preparative sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis followed by electroelution. The goal of this study was to identify polypeptides from a low-molecular-mass secretory proteome recognized by human subjects infected with M. tuberculosis and to ascertain the differences in specificity of antigen recognition by the peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) and pleural fluid
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The interaction of the SARS-CoV-2 Nsp1 protein with the host NXF1-RRM domain plays an important role in host gene expression, which influences virus replication and host immune surveillance. Thus, understanding the key factors that determine their binding affinity, such as mutations, is of great interest. In this work, we investigated the effects of three Nsp1 mutants─D33K/E36K/E37K/E41K, L27D/V28D, and R124E/K125E─on its binding to the NXF1-RRM domain using structural and energetic analysis. To quantify the affinity changes, we developed a computational framework for calculating the free ener
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
While mounting evidence points to a potential link between industrial aluminum exposure and neurodegenerative diseases like Alzheimer's disease (AD), the precise intervention strategies remain an area of active research. This study proposes a "multi-target synergy and dose threshold control" exploratory framework for evaluating Idesia polycarpa crude oil (IPCO) in an aluminum-induced AD model. An integrated analytical approach employing GC-MS and network pharmacology was used to identify three candidate core components-(Z,Z)-9,12-octadecadienoic acid, Beta-amyrin, and 2,4-di-tert-butylphenol-t
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования