Spatial proteomics enables in-depth mapping of tissue architectures, mostly achieved by laser microdissection-mass spectrometry (LMD-MS) and antibody-based imaging. However, trade-offs among sampling precision, throughput, and proteome coverage still limit the applicability of these strategies. Here, we propose proximity labeling for spatial proteomics (PSPro) by combining precise antibody-targeted biotinylation and efficient affinity purification for all-at-once cell-type proteome capture with sub-micrometer resolution from single tissue slice. With fine-tuned labeling parameters, PSPro shows…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The ability to assay the molecular composition of biological systems with single-cell resolution has revolutionized our understanding of tissue heterogeneity and function. Recent advances in single-cell proteomics (SCP) now enable the unbiased quantification of the proteome to a depth of several thousand proteins across hundreds of cells. Yet, broader adoption beyond specialized groups remains limited due to the need for specific equipment and expertise. A major challenge in making these analyses more broadly available is sample preservation for the transport of biological material to SCP-capa…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Here, we present a protocol for spatial proteomic profiling of the tumor microenvironment in tonsil cancer using multiplexed imaging-powered deep visual proteomics (mipDVP). We describe steps for automated 22-plex immunofluorescence staining and imaging on formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissue sections, automated single-cell laser microdissection, and single-cell-type mass spectrometry. This workflow enables the spatially resolved isolation of distinct cell populations for proteomic analysis. We optimized this protocol for studying tumor-immune interactions, where it facilitates the s…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This study investigated the impact of electron beam irradiation (EBI) on the flavor attributes of scallop adductor muscle during refrigerated storage. Four-dimensional data-independent acquisition (4D-DIA) proteomics and gas chromatography-ion mobility spectrometry (GC-IMS) were utilized to characterize proteomic dynamics and volatile compound profiles. GC-IMS analysis identified 18 significantly altered volatile compounds (VIP > 1, P < 0.05), including aldehydes, ketones, and sulfur-containing derivatives, which collectively delineate irradiation-induced flavor variations. Proteomic profiling…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Vitiligo is a chronic autoimmune disorder characterized by melanocyte loss and depigmented skin patches. Effective treatment options are limited, and therapeutic progress has been hindered by incomplete understanding of its precise pathogenic mechanisms. We aimed to identify candidate protein biomarkers and therapeutic targets for vitiligo by integrating large-scale proteomics and genomic data using Mendelian randomization (MR).
METHODS: Using two-sample MR analysis, we leveraged genome-wide association study (GWAS) data for vitiligo (131 cases and 207 482 controls of European des…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Senescence is the inevitable biological processes and is also considered as the biggest risk factor for the development of age - related dis … ging, we established the cellular senescence model and performed TMT-based comparative quantitative proteomics and parallel reaction monitoring (PRM) to reveal the changes of EVs between young cells and senescent cells. A total of 3966 proteins were quantifiable, of which 132 were up-regulated, 144 were down-regulated, compared with the young cells. Subseque …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mapping the normal eye proteome in healthy persons is essential to unravel the molecular basis of diseases impacting visual health. The vitr … ion, vitreoretinopathies, and age-related macular degeneration. There has been limited knowledge on proteomics variations at a resolution of vitreous substructures, including the functionally and pathophysiologically significant vitreous base. We report here new findings on the proteome map of the vitreous base in normal healthy tissue. We employed a global, …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Single-cell proteomics (SCP) holds the promise of decoding cellular heterogeneity at the functional level, yet achieving deep and reproducible proteome coverage from individual cells has remained a formidable challenge. Here, we establish a high-sensitivity, label-free SCP platform that extends current depth and reproducibility. By integrating optimized low-input sample processing, refined liquid chromatography, and the Orbitrap Astral Zoom mass spectrometer, our approach routinely quantifies up to 7000 proteins per individual HeLa cell at over 100 samples-per-day (SPD), capturing thousands of…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Proteomic analysis is a fundamental tool for obtaining new information about biological functions that occur at the molecular level in the body, allowing the understanding of physiological and pathological processes, as well as contributing to the diagnosis and prevention of diseases. However, a critical step for the success of these analyses is the protein extraction from the tissue of interest, with well-described and reproducible protocols still scarce in the current literature, especially for bone tissues. Therefore, the main objective of this study was to present a reliable and standardiz
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Non-ampullary duodenal adenocarcinoma (NADA) is a rare malignancy with an incompletely characterised tumour immune microenvironment (TME). We aimed to elucidate its immune niche landscape and validate a clinically applicable transcriptomic surrogate.
METHODS: In 38 resected NADA cases, multiplex immunofluorescence spatial proteomics was performed on tissue microarrays, validated by cohort-wide whole-slide imaging. A 10-gene qRT-PCR panel capturing adaptive immune resistance mechanisms was integrated with spatial data. Molecular microsatellite instability (MSI) testing confirmed mi…
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A major goal within molecular systems neuroscience is to bridge the study of neuronal circuit function with changes in protein expression an … efrontal cortex (mPFC) cell bodies and corresponding axons in a downstream projection. We performed proteomics to identify proteins enriched in mPFC cell bodies and terminals and upregulated in mPFC cell bodies following an acute cocaine injection. These advancements enable the detection of proteins at the subcellular level within short labeling windows, all …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Urinary proteomics has swiftly emerged as a formidable tool for the identification of non-invasive biomarkers and the surveillance of diseases. The progression in high-resolution mass spectrometry and data-independent acquisition techniques has facilitated the urinary proteome in providing detailed insights into intricate pathophysiological processes impacting multiple organ systems. This review synthesizes the recent advancements in urinary proteomics, detailing the analytical methodologies utilized, the challenges associated with standardization, and the normalization strategies crucial to t…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Leucine-rich repeat kinase 2 (LRRK2) not only plays a vital role in familial forms of Parkinson's disease (PD) but also represents a risk factor for idiopathic PD. Its multi-domain architecture enables fine-tuned regulation of its biological function by orchestrating intra- and inter-molecular interactions. Here, we present BioID proximity proteomes of LRRK2 that reveal new interactors, which we further characterize using a novel evolutionary and structural bioinformatics pipeline. Co-evolutionary analysis of the protein-protein interaction network identifies a structural and functional module
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
AIMS: Incomplete penetrance is common in genetic cardiomyopathy, but poorly understood. Here, we investigate the circulating molecular signature in a cohort of patients with one specific phospholamban (PLN) p.Arg14del (R14del, R14Δ/+) pathogenic variant underlying R14Δ/+ cardiomyopathy and its association with disease variability and progression.
METHODS AND RESULTS: Targeted proteomics, metabolomics, and lipidomics were performed on plasma from 87 R14Δ/+ carriers across the disease spectrum. Unsupervised clustering of plasma proteomics classified R14Δ/+ carriers into clusters, which were eva…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Aging significantly impacts brain function and increases susceptibility to neurodegenerative diseases, with notable sex dimorphism observed in aging-related dementia, such as Alzheimer's disease. To better understand the molecular mechanisms of aging and dementia, it is essential to globally and accurately characterize biomolecules (e.g., proteins) in the brain as a function of age and sex. Here, we present one of the first studies of aging and sexual dimorphism in brains using the zebrafish (Danio rerio) model, employing mass spectrometry (MS)-based quantitative top-down proteomics (TDP). We …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Alzheimer's disease (AD) shows marked molecular heterogeneity. Defining biological subtypes may refine diagnosis and treatment.
METHODS: We analyzed cerebrospinal fluid (CSF) proteomics and longitudinal data from 550 participants in the Alzheimer's Disease Neuroimaging Initiative with up to 16.5 years of follow-up. We profiled 6361 proteins, applied machine learning to identify biological subtypes, and validated them in three independent cohorts.
RESULTS: Three AD subtypes were identified. Subtype 1, enriched in RNA metabolism pathways, showed the mildest atrophy and slowest co…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Air pollution has been increasingly associated with epilepsy risk, but the underlying biological mechanisms remain unclear.
METHODS: We conducted a large-scale proteome-wide analysis in a population-based cohort including 51,428 participants and 2254 plasma proteins. Concentrations of particulate matter (PM2.5, PM2.5-10) and gaseous pollutants (NO2 and NO) were estimated using land-use regression models. Principal component analysis was performed to derive an air pollution index (API). Logistic regression and Cox proportional hazards models were applied to examine interactions bet
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Intrauterine adhesions (IUA) result from endometrial basal layer injury, leading to fibrous tissue formation and impaired fertility. Current treatments fail to fully reverse the fibrotic microenvironment. This study aimed to elucidate molecular mechanisms underlying IUA-associated fibrosis through integrated metabolomics and proteomics. METHODS: Fibrotic tissues from 35 moderate-to-severe IUA patients and normal endometrial samples from 20 controls were collected during hysteroscopy. Metabolomic profiling was performed using UPLC-MS, and proteomic analysis using label-free quantita…
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Antimicrobial resistance (AMR) is an increasing challenge for the therapy of bacterial infections. Currently, patient treatment is guided by … enable the prediction of phenotypes beyond AMR, such as virulence. In this study, the potential of proteomics for clinical microbiology was evaluated in an analysis of 126 clinical isolates covering 16 species, including all ESKAPE genera and 29 of the most common AMR gene families. For this purpose, a flexible workflow was developed, which enables reportin …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Proximity labeling (PL) methods utilize spatially targeted chemical or enzymatic generation of a diffusible, reactive intermediate to covale … ed evolution to improve this activity, and apply the improved mutant (aaRSID-Ma1.3) for subcellular proteomics and multiplexed imaging. Our work establishes aminoacyl-tRNA synthetases as a new PL enzyme class and introduces a versatile chemical platform for developing ncAA-derived probes to map cellular microenvironments, greatly expanding the applications p …
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования