AIMS: This study evaluated detection methods for Salmonella Typhi (S. Typhi) in the environment, to establish a novel pathway from field sampling to isolation of viable organisms and molecular confirmation from complex environmental samples, thus enabling environmental surveillance of typhoid.
METHODS AND RESULTS: Multiple media were assessed using clinical isolates from the Public Health England's (PHE) Culture collection. The culture pathway selected consisted of a primary 2% bile broth and secondary Selenite F broth, followed by modified Chromogenic Agar for Salmonella Esterase (mCASE). A
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: A test comparison of in-house and commercial real-time PCR (qPCR) kits for the detection of human parasites and microsporidia in stool samples was conducted without a gold standard. Three different commercial kits were included in the comparison, with a range of 3-15 different PCR targets, while 14 targets were covered by in-house testing, so not all 16 target pathogens were covered by all assays.
METHODS: Residual materials from nucleic acid extractions of stool samples with very high likelihood of being colonized or infected by at least one enteric parasite species or microspo
Сравнительное исследованиеСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The aim of this study was to assess the performance of real-time PCR (qPCR) in the diagnosis of cutaneous leishmaniasis (CL). Culture, direct microscopic examination (DE) and qPCR were performed on dermal exudate samples collected from 235 confirmed CL cases. The qPCR was found to be more sensitive than other diagnostic techniques and was able to correct the diagnosis in 49 patients (20.9%) with negative dermal smears. Median parasitic load (PL) of the 49 dermal exudates with negative DE was lower than that of positive ones in microscopy. This suggests that PL likely impact the sensitivity of
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Flavobacterium columnare is the causative agent of columnaris disease in a variety of fish hosts. Using modifications to previously established protocols, a quantitative PCR (qPCR) assay was validated for the detection of 2 predominant F. columnare genomovars. The oligonucleotide primer and probe combination was designed to amplify a 203-bp region of the chondroitin AC lyase gene (GenBank AY912281) of F. columnare. There were no significant differences in amplification between genomovars. Comparable quantities of genomic DNA from 10 F. columnare strains, 5 representatives of each genomovar, pr
СтатьяВалидационное исследованиеПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Q fever, caused by Coxiella burnetii, is a worldwide zoonotic disease that may cause severe forms in humans and requires a specific and prolonged antibiotic treatment. Although current serological and molecular detection tools allow a reliable diagnosis of the disease, culture of C. burnetii strains is mandatory to assess their susceptibility to antibiotics and sequence their genome in order to optimize patient management and epidemiological studies. However, cultivating this fastidious microorganism is difficult and restricted to reference centers, as it requires biosafety level 3 laboratorie
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The genus Madurella comprising four species, M. fahalii, M. mycetomatis, M. pseudomycetomatis, and M. tropicana, represents the prevalent cause of eumycetoma worldwide. The four species are phenotypically similar and cause an invariable clinical picture, but differ markedly in their susceptibility to antifungal drugs, and epidemiological pattern. Therefore, specific identification is required for optimal management of Madurella infection and to reveal proper epidemiology of the species. In this study, a novel multiplex real-time PCR targeting the four Madurella species was developed and standa
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Amoebic gill disease (AGD) is one of the main health issues impacting farmed Atlantic salmon. Neoparamoeba perurans causes AGD; however, a diversity of other amoeba species colonizes the gills and there is little understanding of whether they are commensal or potentially involved in different stages of gill disease development. Here, we conduct in vivo challenges of naïve Atlantic salmon with cultured Nolandella sp. and Pseudoparamoeba sp. to investigate their pathogenicity to Atlantic salmon gills. Additionally, we assessed whether the presence of Nolandella sp. and Pseudoparamoeba sp. influe
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
There are over 40 species within the genus Entamoeba, eight of which infect humans. Of these, four species (Entamoeba histolytica, E. dispar, E. moshkovskii, and E. bangladeshi) are morphologically indistinguishable from each other, and yet differentiation is important for appropriate treatment decisions. Here, we developed a hydrolysis probe-based tetraplex real-time PCR assay that can simultaneously detect and differentiate these four species in clinical samples. In this assay, multicopy small-subunit (SSU) ribosomal DNA (rDNA) sequences were used as targets. We determined that the tetraplex
СтатьяПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Leishmaniasis is a complex disease caused by Leishmania species belonging to subgenera Leishmania and Viannia. In South America, L. (L.) infantum is considered the most important causative agent of visceral leishmaniasis, while L. (L.) amazonensis and Viannia subgenus species are responsible for the different cutaneous or mucocutaneous forms. In our previous work, we developed a diagnostic approach for Leishmania species discrimination based on two qPCRs (qPCR-ML and qPCR-ama) targeting the minicircle kDNA followed by melting analysis. This approach allowed to (i) differentiate the subgenera L
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
One of the most important steps for the control of tuberculosis is rapid and accurate detection of Mycobacterium tuberculosis in clinical samples. The early and accurate diagnosis of tuberculosis allows the initiation of the effective treatment regimen as early as possible. However the early diagnosis of tuberculosis can be achieved by the integration of molecular methods into the diagnostic algorithm of tuberculosis together with the gold standard culture methods. For this reason, molecular methods have become valuable diagnostic tools in routine diagnostic laboratories in recent years. The a
Оценочное исследованиеСтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The exact mechanism of delayed death of Toxoplasma gondii is not known. FAS II synthesis in the apicoplast of T. gondii is essential for the survival of Toxoplasma gondii, while β-hydroxyacylacyl carrier protein dehydratase (FabZ) is indispensable for fatty acid synthesis. The present study investigated the relationship between the delayed death of T. gondii by inducing metabolic disorders due to suppression the expression of FabZ. A tetracycline-induced knockout vector inserted with T. gondii fabZ gene was constructed, and transfected into T. gondii TATi strain by electroporation. The stable
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Knowledge of antimicrobial susceptibility, especially to macrolides, has become crucial for the management of Helicobacter pylori infection. Our aim was to evaluate two new PCR kits able to detect H. pylori in gastric biopsies as well as the mutations associated with macrolide resistance.
MATERIALS AND METHODS: Two hundred successive biopsies (received from gastroenterologists all over France) were used. The two new kits tested were Amplidiag H. pylori+ClariR from Mobidiag Espoo, Finland, and RIDA® GENE H. pylori from R-Biopharm, Darmstadt, Germany. Culture and a validated in-hous
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Porcine parvovirus 2 (PPV2) was detected in swine serum without showing any relationship with disease. The emergence of the virus seemed to be a unique event until other genetically highly similar parvoviruses were identified in China and, later in 2012, the presence of the virus was also described in Europe. PPV2 is widely distributed in pig populations where it is suspected to be involved in respiratory conditions, based on its frequent detection in lung samples. In order to investigate the potential pathogenic involvement of PPV2, 60 dead pigs were examined from two farms. They
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Leishmaniasis is a vector-borne disease caused by many Leishmania species, which can infect both humans and other mammals. Leishmaniasis is a complex disease, with heterogeneous clinical manifestations ranging from asymptomatic infections to lesions at cutaneous sites (cutaneous leishmaniasis), mucosal sites (mucocutaneous leishmaniasis) or in visceral organs (visceral leishmaniasis), depending on the species and host characteristics. Often, symptoms are inconclusive and leishmaniasis can be confused with other co-endemic diseases. Moreover, co-infections (mainly with HIV in humans) can produc
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Lancing a finger elicits minimal pain in humans and is applied routinely to obtain small volumes of blood for clinical diagnostics. A modified lancet bleeding method and several blood sampling matrices were evaluated in this study for the purpose of routine elephant endotheliotropic herpesvirus (EEHV) surveillance in Asian elephants (Elephas maximus). The procedure enabled weekly sampling from elephants as young as 9 mo of age. The blood sampling matrices were evaluated for their sensitivity measuring β-actin, tumor necrosis factor α, and/or EEHV-1 by quantitative polymerase chain reaction ass
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Background Numerous studies demonstrate the potential of circulating microRNAs as non-invasive biomarkers for several diseases. Circulating microRNAs are much more stable than mRNAs and remain largely intact even after prolonged incubation at room temperature. However, recent reports show that microRNAs in serum or plasma samples have diverse stabilities. The aim of this pilot study is to evaluate the stabilities of miR-92a, miR-122 and miR-145 in serum during transient storage at 4℃ before freezing. Methods Serum samples were stored for 24 h at 4℃, and then RNA was extracted from whole serum
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Extracellular vesicle (EV)-associated RNAs (EV-RNA) are under intense investigation due to their potential role in health and disease. Several approaches are currently employed to isolate blood-derived EVs for RNA analysis, most of which are either time-consuming and expensive, such as methods based on EVs physical properties (ultracentrifugation and Optiprep density gradient), or also copurify blood contaminants, mostly protein aggregates and immune complexes, (such as chemical precipitation). In addition, there is a lack of standardized protocols for the extraction of EV-RNA and very little
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Microplastic particles are ubiquitous not only in marine but also in freshwater ecosystems. However, the impacts of microplastics, consisting of a large variety of synthetic polymers, on freshwater organisms remains poorly understood. We examined the effects of two polymer mixtures on the morphology, life history and on the molecular level of the waterflea Daphnia magna (three different clones). Microplastic particles of ~40 μm were supplied at a low concentration (1% of the food particles) leading to an average of ~30 particles in the digestive tract which reflects a high microplastic contami
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Enteric adenoviruses are among most UV-resistant viruses in water. Cytopathic effects (CPE)-based cell culture TCID50 assay as a conventional virus assessment approach has major drawbacks for enteric adenovirus since it is selective on cell lines and takes longer time to show CPE. Integrated cell culture real-time quantitative PCR (ICC-qPCR) and reverse transcriptase (RT)-qPCR were applied in this study, in comparison with TCID50, to assess UV inactivation of adenovirus type 41 (Ad41) in water. Adenovirus type 41 was exposed to UV doses of 40, 80, 160, and 320 mJ/cm2 using a collimated beam ap
Оценочное исследованиеСтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Healthcare-associated infections caused by Escherichia coli and antibiotic resistance due to extended-spectrum beta-lactamase (ESBL) production constitute a threat against patient safety. To identify, track, and control outbreaks and to detect emerging virulent clones, typing tools of sufficient discriminatory power that generate reproducible and unambiguous data are needed.
METHODS: A probe based real-time PCR method targeting multiple single nucleotide polymorphisms (SNP) was developed. The method was based on the multi locus sequence typing scheme of Institute Pasteur and by ad
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования