Establishing transcriptional regulatory networks (TRNs) in bacteria has been limited to well-characterized model strains. Using machine learning methods, we established the transcriptional regulatory networks of six Salmonella enterica serovar Typhimurium strains from their transcriptomes. By decomposing a compendia of RNA sequencing (RNA-seq) data with independent component analysis, we obtained 400 independently modulated sets of genes, called iModulons. We (i) performed pan-genome analysis of the phylogroup structure of S. Typhimurium and analyzed the iModulons against this background, (ii)
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Treponema pallidum ssp. pallidum, the causative agent of syphilis, can now be cultured continuously in vitro utilizing a tissue culture system, and the multiplication rates are similar to those obtained in experimental infection of rabbits. In this study, the RNA transcript profiles of the T. pallidum Nichols during in vitro culture and rabbit infection were compared to examine whether gene expression patterns differed in these two environments. To this end, RNA preparations were converted to cDNA and subjected to RNA-seq using high throughput Illumina sequencing; reverse transcriptase quantit
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We compared the ability of 2 commercial molecular amplification assays (RealTime SARS-CoV-2 on the m2000 [abbreviated ACOV; Abbott] and ID Now COVID-19 [abbreviated IDNOW; Abbott]) and a laboratory-developed test (modified CDC 2019-nCoV reverse transcriptase PCR [RT-PCR] assay with RNA extraction by eMag [bioMérieux] and amplification on QuantStudio 6 or ABI 7500 real-time PCR system [abbreviated CDC COV]) to detect severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) RNA in upper respiratory tract specimens. Discrepant results were adjudicated by medical record review. A total of 200
Сравнительное исследованиеОценочное исследованиеСтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: For infection control measures, rapid accurate diagnostics on admission of patients with suspected seasonal influenza is crucial.
OBJECTIVE: Prospective comparison of three rapid molecular tests for detection of influenza A/B RNA.
STUDY DESIGN: Outpatients presenting at the Medical emergency department of Graz University Hospital with influenza-like illness and a requirement for hospitalization (n = 312) were studied. Nasopharyngeal swabs were collected with the 3 mL-version of the UTM™ Viral Transport Medium (Copan). Specimens were tested for influenza A and B RNA using the Aler
Оценочное исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Spinal muscular atrophy (SMA) is caused by deficiency of the ubiquitously expressed survival motoneuron (SMN) protein. SMN is crucial component of a complex for the assembly of spliceosomal small nuclear ribonucleoprotein (snRNP) particles. Other cellular functions of SMN are less characterized so far. SMA predominantly affects lower motoneurons, but the cellular basis for this relative specificity is still unknown. In contrast to nonneuronal cells where the protein is mainly localized in perinuclear regions and the nucleus, Smn is also present in dendrites, axons and axonal growth cones of is
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The hypothesis that the cellular protein Crm1 mediates human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) Rev-dependent nuclear export posits that Crm1 can directly interact both with the Rev nuclear export signal (NES) and with cellular nucleoporins. Here, we demonstrate that Crm1 is indeed able to interact with active but not defective forms of the HIV-1 Rev NES and of NESs found in other retroviral nuclear export factors. In addition, we demonstrate that Crm1 can bind the Rev NES when Rev is assembled onto the Rev response element RNA target and that Crm1, like Rev, is a nucleocytoplasmic shuttle
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: This study was aimed to investigate the potential roles of circTMTC1 in the underlying pathophysiological mechanisms of ossification of the ligamentum flavum (OLF).
SUMMARY OF BACKGROUND DATA: OLF is the primary contributor to thoracic spinal stenosis, which may cause severe neurological symptoms. There is a lack of effective medical therapy for OLF available so far because the exact underlying mechanism of OLF has not been fully elucidated. CircRNAs are a special class of noncoding RNAs and have attracted a growing interest of research in various human diseases recently. Therefore
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Despite the broad distribution of M. ozzardi in Latin America and the Caribbean, there is still very little DNA sequence data available to study this neglected parasite's epidemiology. Mitochondrial DNA (mtDNA) sequences, especially the cytochrome oxidase (CO1) gene's barcoding region, have been targeted successfully for filarial diagnostics and for epidemiological, ecological and evolutionary studies. MtDNA-based studies can, however, be compromised by unrecognised mitochondrial pseudogenes, such as Numts. Here, we have used shot-gun Illumina-HiSeq sequencing to recover the first complete Man
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MicroRNAs (miRNAs) constitute a class of short, non-coding RNAs, which have important role in post-transcriptional regulation of genes expression by base-pairing with their target messenger RNA (mRNA). In recent years, miRNAs biogenesis, gene silencing mechanism and implication in various diseases have been thoroughly investigated. Many scientific findings indicate the altered expression of specific miRNA in the brains of patients affected by neurodegenerative diseases (NDs) such as Alzheimer's disease, Parkinson's disease and Huntington disease. The progressive optic nerve neuropathy associat
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Neurodegenerative diseases are complex disorders characterised by progressive neuronal loss and widespread transcriptomic dysregulation. However, understanding the molecular interactions among coding and non-coding RNAs, especially lncRNAs and miRNAs, contributing to disease progression remains elusive. In this study, RNA-Seq datasets from disease-relevant neuronal populations and different brain tissues representing Alzheimer's disease (AD), Parkinson's disease (PD) and Amyotrophic Lateral Sclerosis (ALS) are analysed using an integrative network-based framework. Differential expression analy
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Microplastic exposure in fish has been increasingly assessed at the transcriptional level, yet findings remain dispersed across species, polymers, exposure routes, and tissues, limiting the identification of robust and transferable biomarkers. This scoping review examines which tissue-specific and cross-tissue transcriptional responses recur across available evidence and how they may support multi-gene biomarker development. Relevant experimental fish studies were identified through a structured PubMed search combining microplastic-, fish-, and transcription-related terms, followed by backward
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The antibiotic resistance of pathogenic bacteria is currently one of the major problems in medicine, and finding novel antibacterial agents is one of the most difficult tasks in the field of biomedical sciences. Studies on such tasks can be successful only if genetic and molecular mechanisms leading to antibiotic resistance/sensitivity are understood. Previous reports indicated that the bacterial protein Hfq, discovered as an RNA chaperone but subsequently demonstrated to play also other functions in cells, is involved in the mechanisms of the response of bacterial cells to antibiotics. Recent
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RNA-binding proteins (RBPs) regulate gene function by controlling RNA processing, transport, stability, and translation. Recent mechanistic and pre-clinical studies demonstrate that nociceptive sensitivity and plasticity are regulated by RNA-protein interactions. Investigating RBP function in sensory neurons may reveal new strategies to modulate nociceptor excitability and/or sensitivity and improve our understanding of mechanisms that contribute to pain chronification. We previously identified the RBP CUG triplet repeat binding protein (CUGBP) embryonic lethal abnormal vision (Elav)-like fami
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Dentists and their assistants are possible targets for SARS-CoV-2 because they perform aerosol-generating procedures close to the oral cavity and nasopharynx. This study aimed to investigate SARS-CoV-2 in environmental samples and patients applying to restorative dental clinics on the same day with the highest aerosol generation potential and contribute to existing disinfection procedures. Saliva samples and three different environmental samples (cuspidor, visor and gown cuffs) from each patient were stored in Viral Transport Medium at -80 °C. Simultaneously with sample collection, each patien
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Fabry disease is an X-linked lysosomal storage disorder caused by α-galactosidase A deficiency, leading to glycosphingolipid accumulation and progressive organ damage. Renal involvement is a major complication, yet diagnosis often requires an invasive kidney biopsy, and follow-up relies on indirect biomarkers or imaging, which lack specificity. Here, we present human urine-derived renal epithelial cells (hURECs) as a minimally invasive alternative for phenotyping renal Fabry disease and monitoring treatment response. Using hURECs from a newly diagnosed male Fabry disease patient, transmission
СтатьяКлинический случайПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RBM20 (RNA-binding motif protein 20) is a vertebrate- and muscle-specific RNA-binding protein that belongs to the serine-arginine-rich family of splicing factors. The RBM20 gene was first identified as a dilated cardiomyopathy-linked gene over a decade ago. Early studies in Rbm20 knockout rodents implicated disrupted splicing of RBM20 target genes as a causative mechanism. Clinical studies show that pathogenic variants in RBM20 are linked to aggressive dilated cardiomyopathy with early onset heart failure and high mortality. Subsequent studies employing pathogenic variant knock-in animal model
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Hemorrhagic stroke is a devastating cerebrovascular event with a high rate of early mortality and long-term disability. The therapeutic potential of mesenchymal stem cell-derived extracellular vesicles (MSC-EVs) for neurological conditions, such as intracerebral hemorrhage (ICH), has garnered considerable interest, has garnered considerable interest, though their mechanisms of action remain poorly understood.
METHODS: EVs were isolated from human umbilical cord MSCs, and SPECT/CT was used to track the 99mTc-labeled EVs in a mouse model of ICH. A series of comprehensive evaluations
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Although the immunogenicity of formalin-fixed paraffin-embedded tissue sections can decrease during storage and transport, the exact mechanism of antigenic loss and how to prevent it are not clear. Herein, we investigated changes in the expression of estrogen receptor (ER), progesterone receptor (PR), human epidermal growth factor receptor 2 (HER-2), E-cadherin, and Ki-67 in human breast tissue microarray (TMA) tissue sections stored for up to 3 months in dry and wet conditions. The positive rates of ER and PR expression were minimally changed after 3 months of storage, but the Allred scores o
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Early pregnancy diagnosis in sows can significantly improve the efficiency of pig industry. Exosomes are membrane-covered nanovesicles that can transport microRNAs (miRNAs) and other molecular signals between cells. In other species, serum exosome-derived miRNAs can serve as good biomarkers of diseases and different physiological states, including pregnancy status. We hypothesized that circulating exosome-derived miRNAs might be used to differentiate the pregnancy status as early as several days after insemination in pigs. To test this hypothesis, we randomly assigned pigs for artificial insem
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Positive strand RNA viruses replicate via a virally encoded RNA-dependent RNA polymerase (RdRP) that uses a unique palm domain active site closure mechanism to establish the canonical two-metal geometry needed for catalysis. This mechanism allows these viruses to evolutionarily fine-tune their replication fidelity to create an appropriate distribution of genetic variants known as a quasispecies. Prior work has shown that mutations in conserved motif A drastically alter RdRP fidelity, which can be either increased or decreased depending on the viral polymerase background. In the work presented
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования