The objective of this study was to determine whether single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) or single-nucleus RNA sequencing (snRNA-seq) was more effective for studying the goat pancreas. Pancreas tissues from three healthy 10-day-old female Xiangdong black goats were processed into single-cell and single-nucleus suspensions. These suspensions were then used to compare cellular composition and gene expression levels following library construction and sequencing. Both scRNA-seq and snRNA-seq were eligible for primary analysis but produced different cell identification profiles in pancreatic tis…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
One of the leading causes of human subfertility is the continuous decline in semen quality, contributing to a global fertility crisis. Over half of subfertile men suffer from asthenozoospermia and teratozoospermia, with mechanisms still largely unknown. Traditional small noncoding RNA sequencing (sncRNA-seq) primarily targets miRNAs, failing to capture the broader spectrum of small noncoding RNAs (sncRNAs), including abundant transfer RNA-derived small RNAs (tsRNAs) and ribosomal RNA-derived small RNAs (rsRNAs). These sncRNAs possess complex RNA modifications and non-canonical terminal structu…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Hepatocellular carcinoma (HCC) is a major global health concern, accounting for a significant proportion of liver cancer cases a … for transposase-accessible chromatin with high-throughput sequencing (ATAC-seq) and RNA sequencing (RNA-seq) analyses of C. sinensis-infected (C. sinensis+) and non-C. sinensis-infected (C. sinensis-) HCC tumors. Integrated analyses were conducted to assess chromatin accessibility, transcription factor (TF) motifs, and histone modifications using ATAC-seq …
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Cell-free long RNAs in human plasma and extracellular vesicles (EVs) have shown promise as biomarkers in liquid biopsy, despite their fragmented nature.
METHODS: To investigate these fragmented cell-free RNAs (cfRNAs), we developed a cost-effective cfRNA sequencing method called DETECTOR-seq (depletion-assisted multiplexed cell-free total RNA sequencing). DETECTOR-seq utilised a meticulously tailored set of customised guide RNAs to remove large amounts of unwanted RNAs (i.e., fragmented ribosomal and mitochondrial RNAs) in human plasma. Early barcoding strategy was implemented to
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Digital spatial profiling (DSP) is an innovative approach to perform RNA sequencing (RNA-seq), including in neuronal populations. DSP enables expression profiling linking RNA-seq data to spatially characterized samples utilizing tissue bound probes. We employ the GeoMx DSP system for spatial characterization of transcriptomic data from lamina specific pyramidal neurons and cortical ribbons containing admixed cell types using human postmortem brain tissue. New method We established a protocol using human postmortem formalin fixed paraffin embedded (FFPE) frontal cortex tissue from n…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Infectious conjunctivitis is common in Nepal.
MATERIALS AND METHODS: This prospective study recruited 60 patients with presumed acute infectious conjunctivitis from the B.P. Koirala Lions Center for Ophthalmic Studies in Kathmandu, Nepal. Swabs from the conjunctiva and anterior nares were processed for metagenomic RNA deep sequencing (RNA-seq).
RESULTS: Pathogens were identified in 55% of cases. RNA viruses were the most common pathogen class identified. Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 was the most common RNA virus identified.
CONCLUSIONS: Acute infectious conjun…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
With its ability to perform rapid transcriptome profiling and profound transcriptomic analysis powered by high-throughput sequencing at a high resolution with deep coverage, the advent of RNA sequencing technology, RNA-Seq, outperforms other methods in the field, such as microarrays, and has changed our way of performing transcriptomic investigation. Protocols for preparing libraries for RNA-Seq using the Illumina and Roche 454 sequencing platforms are included in this chapter. Common steps for library preparation in both platforms include RNA fragmentation, cDNA synthesis, adaptor ligation, a…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Spinal cord injury (SCI) is a neurological disease characterized by the loss of motor and sensory function below the injury level. The pathogenesis of SCI is complex, involving the recruitment of various cells that play key roles in the injury area. Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) can analyze cell heterogeneity and inter-cell communication. Bulk RNA-seq offers advantages such as low cost, mature technology and high throughput. Joint analysis of bulk RNA-seq and scRNA-seqis more complementary for exploring the pathophysiology of diseases. In this study, we revealed changes in cell cluste…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Aim: Small RNA sequencing (small RNA-Seq) is a widely used and important method for biomarker discovery in extracellular vesicles (EVs), which carry small RNAs among their cargo and protect them from degradation in liquid biopsies. However, existing computational tools for small RNA-Seq data are not tailored to EV-RNA. Methods: We present comprehensive and bias-aware analysis of small RNA gene expression (caRNAge), a biomarker discovery pipeline for small RNA-Seq data intended for users without extensive bioinformatic expertise. Ready to use as a Snakemake pipeline, caRNAge assists users in bi…
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Transcriptomics has profoundly improved our knowledge of cells. The advent of single-cell transcriptomics has enabled researchers to investigate the changes which individual cells undergo, such as cell type differentiation. Bulk RNA-seq is more practical in both cost and ease, but cannot elucidate cell type specific trajectories. Deconvolution methods can estimate cell types in RNA-seq data, but there is a need for methods characterising their position on a trajectory.
METHODS: We present a new method called BLASE, which discretises the pseudotime of a scRNA-seq trajectory, and th…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MOTIVATION: Bispecific antibodies (bsAbs) that bind to two distinct surface antigens on cancer cells are emerging as an appealing therapeutic strategy in cancer immunotherapy. However, considering the vast number of surface proteins, experimental identification of potential antigen pairs that are selectively expressed in cancer cells and not in normal cells is both costly and time-consuming. Recent studies have utilized large bulk RNA-seq databases to propose bispecific targets for various cancers. However, co-expressed pairs derived from bulk RNA-seq do not necessarily indicate true co-expres…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The yeast metabolic cycle (YMC) in Saccharomyces cerevisiae provides a tractable model for examining how mitochondrial respiration, redox timing, and metabolic phase shape transcriptome abundance and fidelity. Ribosomal-RNA-depleted whole-transcriptome RNA sequencing (WRS) and RNA-seq-derived mismatch analyses were performed across low-dissolved-oxygen (Low-DO)/high-respiration and high-dissolved-oxygen (High-DO)/lower-respiration phases. Among 1505 phase-differentially expressed genes, Low DO was enriched for ribosome biogenesis, rRNA processing, translation, sulfur metabolism, and protein sy…
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Dilated cardiomyopathy (DCM) is the second leading cause of heart failure, with intricate pathophysiological underpinnings. In order to shed fresh light on the mechanistic research of DCM, we combined bulk RNA-seq and single-cell RNA-seq (scRNA-seq) data to examine significant cells and genes implicated in the disease.
METHODS: This analysis employed publicly accessible bulk RNA-seq and scRNA-seq DCM datasets. The scRNA-seq data underwent normalization, principal component, and t-distribution stochastic neighbor embedding analysis. Cell-to-cell communication networks and activity …
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We construct a simple workflow for fluent genomics data analysis using the R/Bioconductor ecosystem. This involves three core steps: import the data into an appropriate abstraction, model the data with respect to the biological questions of interest, and integrate the results with respect to their underlying genomic coordinates. Here we show how to implement these steps to integrate published RNA-seq and ATAC-seq experiments on macrophage cell lines. Using tximeta, we import RNA-seq transcript quantifications into an analysis-ready data structure, called the SummarizedExperiment, that contains…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Intronic variants outside the canonical splice site are challenging to interpret and therefore likely represent an underreported cause of human disease. Autosomal recessive variants in DYNC2H1 are associated with short-rib thoracic dysplasia 3 with or without polydactyly (SRTD3), a clinically heterogeneous disease generally presenting with short ribs, shortened tubular bones, narrow thorax and acetabular roof anomalies. We describe a case of SRTD3 with compound heterozygous frameshift and intronic variants and highlight the essential role of RNA sequencing (RNA-Seq) in variant inte…
СтатьяКлинический случайПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Missense variants in MED12 are associated with MED12-related disorders. We aimed to clarify the molecular level changes and underlying pathogenic mechanism of a female patient in our study.
METHODS: We reported a Chinese girl with clinical characteristics similar to MED12-related disorders. Trio whole exome sequencing (WES) was performed to identify related pathogenic variant(s) and RNA sequencing (RNA-seq) was subsequently applied to evaluate the effect of identified variant(s) on mRNA splicing. Moreover, X-chromosome inactivation (XCI) assay based on AR and RP2 was performed to …
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: Post-transplant human cytomegalovirus (HCMV) viremia has been linked to adverse "indirect effects" among transplant patients. HCMV-created immunomodulatory mechanisms could be associated with the indirect effects.
OBJECTIVE: In the present study, the RNA-Seq whole transcriptome of renal transplant (RT) patients was analyzed to seek the underlying pathobiologic pathways associated with the long-term indirect effects of HCMV.
METHODS: To investigate the activated biological pathways in HCMV infection, total RNA was extracted from PBMCs of 2 RT patients with active HCMV and 2 RT pat…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Otology & neurotology : official publication of the American Otological Society, American Neurotology Society [and] European Academy of Otology and Neurotology2020eng
HYPOTHESIS AND BACKGROUND: Hearing loss leads to synaptic changes in auditory neurons and their networks, and functions as a consequence of the interplay between genes and proteins. However, cellular and molecular mechanisms leading to deafness-induced plasticity in the auditory cortex (AC) remain unclear. Here, we examined the changes in gene expression and key signaling pathways that regulate differentially expressed genes (DEGs) in the AC following auditory deafferentation using RNA-sequencing (RNA-Seq) analysis.
METHODS: Cochlear ablation-induced bilaterally deafened Sprague-Dawley rats w…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Urine contains extracellular RNA (exRNA) carried by extracellular vesicles (EVs) and other biomolecular complexes. There is currently a need … aries (n=97) were prepared using the SMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA or the SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v2 Pico Input kits (Takara). Principal component analysis showed that the greatest source of variance amongst technical replicates of small RNA libraries (n=176 which passed quality control) was exRNA isolation method, and amongst long RNA libra …
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: Systemic sclerosis (SSc)-related autoantibodies are widely used diagnostic and prognostic biomarkers. This study aimed to develop a new assay for detecting anti-ribonucleoprotein autoantibodies in SSc based on RNA immunoprecipitation (RNA IP) coupled with massive parallel sequencing.
METHODS: Serum samples and clinical data were collected from 307 SSc patients. Among these, 57 samples underwent analysis using a new protocol that combines RNA IP with massive parallel sequencing (RIP-Seq). Filtering strategies and statistical outlier detection methods were applied to select RNA mole
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования