The Epstein-Barr virus (EBV) is widespread and has been related to a variety of malignancies as well as infectious mononucleosis. Despite the lack of a vaccination, antiviral medications offer some therapy alternatives. The EBV BZLF1 gene significantly impacts viral replication and infection severity. The current study performed computer-assisted techniques to analyses the potential drug candidates against Epstein-Barr virus toxin Zta [Human gamma-herpesvirus 4 (Epstein-Barr virus)] from phytochemicals derived natural inhibitors. Various bioinformatics methods were employed to predict and anal
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) has caused a serious threat to public health and prompted researchers to find anti-coronavirus 2019 (COVID-19) compounds. In this study, the long short-term memory-based recurrent neural network was used to generate new inhibitors for the coronavirus. First, the model was trained to generate drug compounds in the form of valid simplified molecular-input line-entry system strings. Then, the structures of COVID-19 main protease inhibitors were applied to fine-tune the model. After fine-tuning, the network could generate new molecul
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pneumonia is a serious global health problem that accounts for over one million deaths annually. Among the main microorganisms causing pneumonia, Mycoplasma pneumoniae is one of the most common ones for which a vaccine is immediately required. In this context, a multi-epitope vaccine against this pathogen could be the best option that can induce effective immune response avoiding any serious adverse reactions. In this study, using an immunoinformatics approach we have designed a multi-epitope vaccine (mpme-VAC/STV-1) against M. pneumoniae. Our designed mpme-VAC/STV-1 is constructed using CTL (
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The domino retro [3+2] cycloaddition/cyclization reaction of bicyclic isoxazolidines 4 yielding [6.6.5]-tricyclic isoxazolidines 7 and [6.5.5]-tricyclic isoxazolidines 8, experimentally reported by Holmes et al., has been studied in toluene using DFT methods at the MPWB1K/6-311G** level. This domino reaction begins by a reto [3+2] cycloaddition reaction of the bicyclic isoxazolidines 4 forming the cyclic nitrones 5, which undergo a subsequent cyclization reaction yielding [6.6.5]-tricyclic isoxazolidines 7 or [6.5.5]-tricyclic isoxazolidines 8. The [3+2] cycloaddition reactions of cyclic nitro
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The full quasiparticle band structure of CdWO4 is calculated within the single-shot GW (G0W0) approximation using maximally localized Wannier functions, which allows one to assess the validity of the commonly used scissor operator. Calculations are performed using the Godby-Needs plasmon pole model and the accurate contour deformation technique. It is shown that while the two methods yield identical band gap energies, the low-lying states are given inaccurately by the plasmon pole model. We report a band gap energy of 4.94 eV, including spin-orbit interaction at the DFT-LDA (density functional
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Malaria continues to affect millions of people annually. With the rise of drug resistant strains, the need for alternative treatments has become increasingly urgent. Recently, PfUCHL3 was identified as an essential deubiquitinating enzyme. The increasing number of drug target structures being solved has increased the feasibility of utilizing a structural comparative approach to identifying novel inhibitors. Using AutoDock Vina, we recently screened the NCI library of about 320,000 compounds against the crystal structure of PfUCHL3. The top hits were subsequently screened against its human orth
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Three members of a new class of electroluminescent, neutral, and monomeric scandium N,O-chelate complexes, namely, Sc(III)-tris-2-(2-benzoimidazol-2-yl)phenolate (1), Sc(III)-tris-2-(2-benzoxyazol-2-yl)phenolate (2), and Sc(III)-tris-2-(2-benzothiazol-2-yl)phenolate (3), have been prepared and X-ray characterized. DFT calculations have been performed. In contrast to the most frequently applied dual or multiple dopants in multilayer white OLED devices, all our simpler devices with the configuration of indium tin oxide/N,N'-bis(3-methylphenyl)-N,N'-diphenylbenzidine/neat scandium complex/Yb exhi
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Bis(oxazolinylmethyl)pyrrole derivatives (R)L(N)H (4a-e), which were designed as protioligands for meridionally coordinating "pincer" ligands, were synthesized by cyclization of pyrrole-2,5-diethylacetate with a series of chiral amino alcohols. Deprotonation of (R)L(N)H (4a-d) with tBuLi and subsequent reaction with [RhCl(CO)(2)](2) gave the corresponding rhodium(I) complexes [Rh((R)L(N))(CO)] (R = iPr: 5a, Ph: 5b, Bn: 5c, Ind: 5d), which were also prepared by reaction of (R)L(N)H with one molar equivalent of [Rh(acac)(CO)(2)]. Upon heating the compounds at 100 degrees C in toluene over a peri
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Aqueous gelatin solutions when spread on hydrophilic substrates form self-organized structures where the gelatin molecules and clusters are arranged as self-similar objects giving a mass fractal dimension df=1.67 and 1.72 for solutions made with KCl and NaCl salts as estimated from atomic force microscopic studies. The dehydration driven self-organization of particles changed the df values to 1.78 and 1.81, respectively, after 24 h. This further changed to 1.83 and 1.85 after a time lapse of 10 days. The dynamics of formation of these structures are modeled through spin-exchange kinetics in th
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A new computationally-assisted methodology (PiMM), which accounts for the effects of intermolecular interactions in the crystal, is applied to the complete assignment of the Raman and infrared vibrational spectra of room temperature forms of crystalline caffeine, theobromine, and theophylline. The vibrational shifts due to crystal packing interactions are evaluated from ab initio calculations for a set of suitable molecular pairs, using the B3LYP/6-31G* approach. The proposed methodology provides an answer to the current demand for a reliable assignment of the vibrational spectra of these meth
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A combination of structures, energies, and spectral data calculated using density functional theory (DFT) with experimental NMR data has been used to assign conformational equilibria for tetracycline and 5a,6-anhydrotetracycline in water at pH 1, 7, and 10 and in chloroform (5a,6-anhydrotetracycline) and methanol (tetracycline). The results suggest that tetracycline always prefers the extended conformation but that 5a,6-anhydrotetracycline exists in water as a mixture of the two conformers and in chloroform exclusively in the twisted conformation. The conformational equilibria are also shown t
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Absolute binding free energy (ΔG) calculations can rank structurally diverse compounds, which could be useful for early-stage drug discovery. Unfortunately, for flexible systems, it can be challenging to sample the receptor conformations necessary to obtain converged ΔG calculations. Here, we address this challenge by leveraging extensive molecular dynamics simulations of apo SARS-CoV-2 main protease (MPro) that were conducted on the Folding@Home distributed computing system. A Markov state model (MSM) was built to compute the equilibrium probability of each snapshot. Representative snapshots
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Scorpion neurotoxins are a family of homologous, 64 to 65 residue containing proteins with four invariant disulfide bridges. Previous experimental work established four antigenic epitopes in the Androctonus australis neurotoxin and localized them in the amino acid sequence. Using crystallographic coordinates of the Centruroides sculpturatus neurotoxin and computing its large sphere (radius 1 nm or 10 A) accessibility profiles, we identified six antigenic sites clustered into four surface regions. Three of four computed sites coincided with the epitopes identified and localized experimentally i
Сравнительное исследованиеСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The mechanical properties of cells and subcellular components are important for a mechanistic understanding of biological processes. The quantification of the mechanics of cells and biomolecules using biophysical methods has matured thanks to the development of nanotechnologies such as optical and magnetic tweezers, the biomembrane force probe and atomic force microscopy (AFM). Force spectroscopy allows the determination of the forces required to unfold protein domains and to disrupt individual receptor/ligand bonds. Analytical models allow a phenomenological characterization of the underlying
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Zearalenone (ZEA) is a prevalent mycotoxin inducing hepatotoxic effects. Hyperoside (HYP), a flavonoid derived from Actinidia arguta bee pollen, exhibits hepatoprotective properties against ZEA; however, the molecular mechanisms underlying this protection remain incompletely characterized. This study integrated in vivo piglet models, in vitro porcine hepatocytes, network pharmacology, and molecular docking to characterize the molecular targets of HYP. The results demonstrated that HYP significantly attenuated ZEA-induced hepatic lesions and oxidative stress. Computational analyses pinpointed t
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mitragynine is the most abundant compound in kratom (Mitragyna speciosa Korth). Furthermore, it is not explicitly mentioned which compound(s) essentially contribute to the opioid activity of this plant. In this work, we identify the compounds that are most responsible for the opioid activity. This study was completed with a comprehensive computational framework consisting of virtual screening, frontier molecular orbital profiling, prediction of ADMET properties, and validated using molecular dynamics simulations for 100 ns. The results showed that the most contributing compounds interacting wi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Methods for deriving mechanistic information from intracellular calcium dynamics have largely been applied to neuronal data despite the knowledge of roles of glial cells in behavior, cognition, and psychiatric disorders. Using calcium imaging, computer vision, and Bayesian kinetic inference (BKI), we analyzed calcium dynamics in primary astrocytes derived from control or Df1/+ mice, a model of 22q11.2 deletion (DiGeorge syndrome). Inference of the highest-likelihood molecular kinetic characteristics of intracellular calcium dynamics identified changes in the activity of the sarcoendoplasmic re
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The COVID-19 pandemic has urged for the repurposing of existing drugs for rapid management and treatment. Renin inhibitors down regulation of ACE2, which is an essential receptor for SARS-CoV-2 infection that is responsible for COVID-19, in addition to their ability to act as protease inhibitors were encouraging aspects for their investigation as possible inhibitors of main protease of SARS-CoV-2 via computational studies. A Pharmacophore model was generated using the newly released SARS-COV-2 main protease inhibitors. Virtual screening was performed on renin inhibitors, and Drug likeness filt
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Dilated Cardiomyopathy (DCM) is a leading cause of sudden cardiac death characterized by impaired pump function and dilatation of cardiac ventricles. In this review we discuss various in silico approaches to elucidating the mechanisms of genetic mutations leading to DCM. The approaches covered in this review focus on bridging the spatial and temporal gaps that exist between molecular and cellular processes. Mutations in sarcomeric regulatory thin filament proteins such as the troponin complex (cTn) and Tropomyosin (Tm) have been associated with DCM. Despite the experimentally-observed myofilam
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Quantitative Structure-Property Relationship (QSPR) models play a crucial role in predicting the chemical and physical characteristics of molecules.
METHODS: This study introduces Zagreb rho indices derived from graph theory to assess the physico-chemical properties of benzenes. The rho degree of vertices in connected graphs was formulated and used to compute these indices.
RESULTS: Strong correlations (R> 0.94) were observed between Zagreb rho indices and various molecular properties such as boiling point, molecular weight, and electron energy.
DISCUSSION: The findings demons
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования