Ribosomal RNAs (rRNAs), essential components of ribosomes involved in protein synthesis, are encoded by ribosomal DNAs (rDNAs), which are typically organized as tandem repeats within rDNA clusters. The internal transcribed spacer (ITS) region of rDNA, characterized by low intraspecific but high interspecific divergence, has been a focus of phylogenetic and diagnostic studies. However, comprehensive analysis of rDNA clusters remains challenging due to their repetitive nature and polymorphisms. In apicomplexan genomes, rDNA structure and function remain poorly explored. Here, we developed a pipe
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cryptosporidium spp. are medically and scientifically relevant protozoan parasites that cause severe diarrheal illness in infants, immunosuppressed populations and many animals. Although most human Cryptosporidium infections are caused by C. parvum and C. hominis, there are several other human-infecting species including C. meleagridis, which are commonly observed in developing countries. Here, we annotated a hybrid long-read Oxford Nanopore Technologies and short-read Illumina genome assembly for C. meleagridis (CmTU1867) with DNA generated using multiple displacement amplification. The assem
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Cryptosporidium is a protozoan parasite that causes diarrheal illness in humans and other animals and has a low infectious dose. The development of new tools to study and mitigate Cryptosporidium infection is aided by access to a diverse library of genomic material. However, culture methods to amplify the quantity of cells available from an individual isolate are not available, so Cryptosporidium DNA often falls below the input threshold for many genome sequencing methods. METHODS AND RESULTS: Here, we assess the suitability of whole genome amplification (WGA) free methods of obtai
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Legionella anisa has been frequently isolated from engineered water systems; however, its population structure remains understudied compared to Legionella pneumophila. Here, we generated complete genome sequences for four L. anisa isolates recovered from a healthcare facility in Rimouski, Canada. Further the population structure of this species was investigated by performing comparative genomic analyses of the genomes generated in this study together with publicly available L. anisa genomes. Genome-wide phylogenetic analysis revealed the presence of three distinct clades separated by substanti
СтатьяСравнительное исследованиеПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Accurate diagnosis of Babesia bigemina infection, an economically important tick-transmitted protozoan parasite of cattle, is essential in the management of disease control and in epidemiological studies. The currently used methods of diagnosis are blood smear examination and serological tests which include agglutination and immunofluorescence tests. These tests have been used in the fild but because they lack sensitivity and specificity, newer and improved methods of diagnosis are being developed. The quantitative buffy coat (QBC) method, using microhaematocrit tubes and acridine orange stain
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Nobody doubts that infections have imposed specialisations on the mammalian genome. However sufficient information is usually missing to attribute a specific genomic modification to pressure from a specific pathogen. Recent studies on mechanisms of mammalian resistance against the ubiquitous protozoan parasite, Toxoplasma gondii, have shown that the small rodents presumed to be largely responsible for transmission of the parasite to its definitive host, the domestic cat, possess distinctive recognition proteins, and interferon-inducible effector proteins (IRG proteins) that limit the potential
СтатьяОбзорПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Eimeria tenella is among the protozoan parasites that cause the infectious disease coccidiosis in chickens, incurring huge economic losses to the global poultry industry. Surface antigens (EtSAGs) involved in host-parasite interaction are potential targets for control strategies. However, the occurrence of genetic diversity for EtSAGs in field populations is unknown, as is the risk of such diversity to the efficacy of EtSAG-based control approaches. Here, the extent of EtSAG genetic diversity and its implications on protein structure and function is assessed. Eighty-seven full-length EtSAG gen
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Babesia parasites are obligate intracellular apicomplexan protozoa and important pathogens causing babesiosis of humans and animals. They have conserved subcellular structures and invasion mechanism. Rhoptry-associated proteins, which are released into the host cell, are considered to be the key molecules of invasion and replication of parasites in the host cell and are immunosuppressive factors of the host cell mediated immunity in the stage of parasitophorous vacuole (PV) formation. The knowledge about rhoptry-associated proteins has made a great progress with the development of genomics and
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Systematic genomics-guided population-based studies on the neglected malaria parasites, P. malariae, P. ovale curtisi, and P. ovale wallikeri species remain challenging due to their low parasitemia, underestimation, and lack of comprehensive genetic analysis. Techniques that cost-effectively allow the enriching of the genome of interest from complex genome backgrounds for sequencing studies help immensely to perform genomic analyses. One such technique is selective whole-genome amplification (SWGA).
RESULTS: We applied SWGA using specifically designed primer sets targeting the pat
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Trichomonas vaginalis, the causative agent of the venereal disease trichomoniasis, infects men and women globally and is associated with serious outcomes during pregnancy, increased risk of HIV-1 infection, and cancers of the human reproductive tract. Species of trichomonad parasitize a range of hosts in addition to humans, including birds, livestock, and pets. Genetic analysis of trichomonads recovered from columbid birds has provided evidence that they undergo frequent host-switching, and that a spillover event from columbids likely gave rise to T. vaginalis in humans. Here we describe a com
СтатьяСравнительное исследованиеПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We describe recent advances in the genomics and population biology of Cryptosporidium parvum and C. hominis, the causative agents of cryptosporidiosis in humans and animals. Many basic aspects of the biology of Cryptosporidium species remain to be investigated and effective drugs to control cryptosporidiosis are not available. Sequencing and annotation of the genome of C. parvum and C. hominis has uncovered unique features of the metabolism of these species. The recently sequenced genome of the gastric species C. muris is providing new insights into the evolution of the genus. Cryptosporidian
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: SET domain-containing histone lysine methyltransferases (HKMTs) and JmjC domain-containing histone demethylases (JHDMs) are essential for maintaining dynamic changes in histone methylation across parasite development and infection. However, information on the HKMTs and JHDMs in human pathogenic piroplasms, such as Babesia duncani and Babesia microti, and in veterinary important pathogens, including Babesia bigemina, Babesia bovis, Theileria annulata and Theileria parva, is limited.
RESULTS: A total of 38 putative KMTs and eight JHDMs were identified using a comparative genomics ap
СтатьяСравнительное исследованиеПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Whole-genome sequencing represents a powerful experimental tool for pathogen research. We present methods for the analysis of small eukaryotic genomes, including a streamlined system (called Platypus) for finding single nucleotide and copy number variants as well as recombination events.
RESULTS: We have validated our pipeline using four sets of Plasmodium falciparum drug resistant data containing 26 clones from 3D7 and Dd2 background strains, identifying an average of 11 single nucleotide variants per clone. We also identify 8 copy number variants with contributions to resistance
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cryptosporidiosis is a widespread disease caused by the parasitic protozoan Cryptosporidium spp., which infects various vertebrate species, including humans. Once unknown as a gastroenteritis-causing agent, Cryptosporidium spp. is now recognized as a pathogen causing life-threatening disease, especially in immunocompromised individuals such as AIDS patients. Advances in diagnostic methods and increased awareness have led to a significant shift in the perception of Cryptosporidium spp. as a pathogen. Currently, genomic and proteomic studies play a main role in understanding the molecular biolog
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Babesia divergens, a tick-borne protozoan parasite of red blood cells, is the main agent of bovine and human babesiosis in Europe. Very few data are available concerning its life cycle and sexual reproduction inside the tick vector, Ixodes ricinus. The aim of this study was to define some markers of the B.divergens sexual stage. An in silico post-genomic approach was used to analyze genomic, transcriptomic and proteomic data and to select specific sexual stage proteins of the related apicomplexan genus Plasmodium. Three proteins, based on sequence identity between the available genomes of Plas
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: Advancements in metagenomic techniques have provided new tools for profiling human parasites in environmental matrices such as wastewater. This study aimed to profile protozoan parasites in wastewater from a major city, rural area, and hospital in Kayseri, Türkiye, using metagenomic techniques.
MATERIALS AND METHODS: Shotgun metagenome sequencing was conducted on ten water samples collected from five sampling sites over a two-week period. The sequences were aligned to 80 human parasite genomes to evaluate the presence and relative abundance of each parasite species. A comparative b
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Malaria caused by the protozoan parasite Plasmodium falciparum continues to impose significant morbidity and mortality, despite substantial investment into drug and vaccine development and deployment. Underlying the resilience of this parasite is its remarkable ability to undergo genome modifications, thus, providing parasite populations with extensive genetic variability that accelerates selection of drug resistance and limits the efficacy of most vaccines. This genome plasticity is rooted in the mechanisms of DNA repair that parasites employ to maintain genome integrity, a process skewed tow
Introductory Journal ArticleПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Visceral leishmaniasis or kala azar is the most severe form of leishmaniasis and is caused by the protozoan parasite Leishmania donovani. There is no published report on L. donovani genome sequence available till date, although the genome sequences of three related Leishmania species are already available. Thus, we took a proteogenomic approach to identify proteins from two different life stages of L. donovani. From our analysis of the promastigote (insect) and amastigote (human) stages of L. donovani, we identified a total of 22,322 unique peptides from a homology-based search against protein
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The apicomplexan Cryptosporidium parvum is one of the most prevalent protozoan parasites of humans. We report the physical mapping of the genome of the Iowa isolate, sequencing and analysis of chromosome 6, and approximately 0.9 Mbp of sequence sampled from the remainder of the genome. To construct a robust physical map, we devised a novel and general strategy, enabling accurate placement of clones regardless of clone artefacts. Analysis reveals a compact genome, unusually rich in membrane proteins. As in Plasmodium falciparum, the mean size of the predicted proteins is larger than that in oth
Сравнительное исследованиеСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The bacterial pathogen Legionella pneumophila is found ubiquitously in fresh water environments where it replicates within protozoan hosts. When inhaled by humans it can replicate within alveolar macrophages and cause a severe pneumonia, Legionnaires disease. Yet much needs to be learned regarding the mechanisms that allow Legionella to modulate host functions to its advantage and the regulatory network governing its intracellular life cycle. The establishment and publication of the complete genome sequences of three clinical L. pneumophila isolates paved the way for major breakthroughs in und
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования