Cutaneous malignant melanoma (hereafter called melanoma) is one of the most aggressive cancers with increasing incidence and mortality rates worldwide. In this study, we performed a systematic investigation of the tumor microenvironmental and genetic factors associated with melanoma to identify prognostic biomarkers for melanoma. We calculated the immune and stromal scores of melanoma patients from the Cancer Genome Atlas (TCGA) using the ESTIMATE algorithm and found that they were closely associated with patients' prognosis. Then the differentially expressed genes were obtained based on the i
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Most statistical methods used to identify cancer driver genes are either biased due to choice of assumed parametric models or insensitive to directional relationships important for causal inference. To overcome modeling biases and directional insensitivity, a recent statistical functional chi-squared test (FunChisq) detects directional association via model-free functional dependency. FunChisq examines patterns pointing from independent to dependent variables arising from linear, non-linear, or many-to-one functional relationships. Meanwhile, the Functional Annotation of Mammalian
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Estimating familial cancer risks is clinically important in being able to discriminate between individuals in the population at differing risk for malignancy. To gain insight into the familial risk for the different hematological malignancies and their possible inter-relationship, we analyzed data on more than 16 million individuals from the Swedish Family-Cancer Database. After identifying 153 115 patients diagnosed with a primary hematological malignancy, we quantified familial relative risks (FRRs) by calculating standardized incident ratios (SIRs) in 391 131 of their first-degree relatives
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Psoriasis and atopic dermatitis are two inflammatory skin diseases with a high prevalence and a significant burden on the patients. Underlying molecular mechanisms include chronic inflammation and abnormal proliferation. However, the cell types contributing to these molecular mechanisms are much less understood. Recently, deconvolution methodologies have allowed the digital quantification of cell types in bulk tissue based on mRNA expression data from biopsies. Using these methods to study the cellular composition of the skin enables the rapid enumeration of multiple cell types, pr
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND/AIMS: Recent research has improved our understanding of the pulmonary vein and surrounding left atrial (LA-PV) junction and the left atrial appendage (LAA), which are considered the 'trigger' and 'substrate' in the development of atrial fibrillation (AF), respectively. Herein, with the aim of identifying the underlying potential genetic mechanisms, we compared differences in gene expression between LA-PV junction and LAA specimens via bioinformatic analysis.
METHODS: Microarray data of AF (GSE41177) were downloaded from the Gene Expression Omnibus database. In addition, linear mode
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The prevalence of Centrocestus formosanus metacercariae was investigated in ornamental fish purchased from a pet shop in Chiang Mai, Thailand, including Carassius auratus (goldfish), Cyprinus carpio (Koi), Poecilia latipinna (Sailfin Molly), Danio rerio (Zebrafish), and Puntigrus tetrazona (Tiger barb). The parasite species was identified by the morphology of worms as well as by a molecular approach using ITS2. The results showed that 50 (33.3%) of 150 fish examined were infected with the metacercariae. The highest prevalence was found in C. auratus (83.3%), and the highest intensity was noted
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Gene ranking is an important problem in bioinformatics. Here, we propose a new framework for ranking biomolecules (viz., miRNAs, transcription-factors/TFs and genes) in a multi-informative uterine leiomyoma dataset having both gene expression and methylation data using (statistical) eigenvector centrality based approach. At first, genes that are both differentially expressed and methylated, are identified using Limma statistical test. A network, comprising these genes, corresponding TFs from TRANSFAC and ITFP databases, and targeter miRNAs from miRWalk database, is then built. The biomolecules
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
HLA-F is a non-classical major histocompatibility complex (MHC) gene. It codes class Ib MHC molecules with restricted distribution and less nucleotide variations than MHC class Ia genes. Of the 22 alleles registered on the IMGT database only four alleles encode for proteins that differ in their primary structure. To estimate genotype and allele frequencies, this study targeted on known protein coding regions of the HLA-F gene. Genotyping was performed by Sequence Base Typing (SBT). The sample was composed by 199-unrelated bone marrow donors from the Brazilian Bone Marrow Donor Registry (REDOME
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Huntington's disease (HD) is a fatal progressive neurodegenerative disorder caused by the expansion of the polyglutamine repeat region in the huntingtin gene. Although the disease is triggered by the mutation of a single gene, intensive research has linked numerous other genes to its pathogenesis. To obtain a systematic overview of these genes, which may serve as therapeutic targets, CHDI Foundation has recently established the HD Research Crossroads database. With currently over 800 cataloged genes, this web-based resource constitutes the most extensive curation of genes relevant
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: The prevalence and morbidity associated with osteoporosis and fractures in patients with spina bifida (SB) highlight the importance of osteoporosis prevention and treatment in early childhood; however, the issue has received little attention. The method for the selection of appropriate patients for drug treatment has not been clarified.
OBJECTIVE: To review the literature concerning fracture risks and low bone density in paediatric patients with SB. We looked for studies describing state-of-the-art treatments and for prevention of secondary osteoporosis.
METHODS: Articles were id
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The interaction of a drug with the organism involves both the disposition of a drug by the organism and the action of a drug on the organism. The disposition of various exogenous substances, including drugs, complies with general rules. The underlying physical and chemical changes to different drugs in view of time and space, i. e. pharmacokinetics, share common characteristics, that is the tout ensemble of a molecule and its macroscopic properties convey direct effect on the pharmacokinetic behavior as the tendency and consequence of biological evolution. The action of a drug on the organism,
Аннотация на английскомСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
An increased risk of second primary cancers may depend on many reasons, including therapy for the first cancer and heritable causation. Population level data are not available exploring the risks of subsequent cancers after breast cancer considering a familial history of breast cancers. We used the nation-wide Swedish Family-Cancer Database to investigate such risks, based on 43,398 first invasive female breast cancers. Standardized incidence ratios (SIRs) were calculated for the second cancer after breast cancer using rates for first cancer as a reference. Many cancers at discordant sites wer
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Hermansky-Pudlak Syndrome (HPS) is a genetically heterogeneous disorder characterized by oculocutaneous albinism and prolonged bleeding due to abnormal vesicle trafficking to lysosomes and related organelles such as melanosomes and platelet dense granules. This HPS database (HPSD; http://liweilab.genetics.ac.cn/HPSD/) provides integrated, annotatory, and curative data that is distributed in a variety of public databases or predicted by bioinformatics servers for the recently cloned human and mouse HPS genes, as well as for the genes responsible for HPSrelated syndromes, such as ChediakHigashi
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Dystrophic epidermolysis bullosa (DEB), a heterogeneous hereditary skin disorder characterized by trauma-induced blistering and scarring, affects thousands of families worldwide. The clinical manifestations extend from minor nail dystrophy to severe life-threatening blistering, making early molecular diagnosis and prognostication of utmost importance for the affected families. DEB is caused by mutations in the COL7A1 gene encoding collagen VII in the skin. Molecular diagnostics and genotype-phenotype correlations in DEB remain complex owing to the gene structure, large variety of mutations, hi
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Most microbial species are represented by a single genome in public databases. The lack of genomes for these 'singleton' organisms limits our understanding of their pan-genome diversity and evolution. Although the Sequence Read Archive (SRA) contains millions of sequencing datasets that could be used to expand our understanding of many species, the extent to which under-represented microbial species are present at levels sufficient for genome recovery is unclear. Here, we show that the pre-computed taxonomic profiles generated by the National Center for Biotechnology Information SRA Taxonomy A
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Identifying repurposable therapeutic targets for Alzheimer's disease (AD) remains challenging due to various clinical and biological factors. This study aimed to identify candidate genes for AD therapy. We hypothesize that gene and disease-specific network properties-learnable from these large-scale biomedical knowledge graphs-can inform implicit gene-AD connections and prioritize repurposable AD drug targets. To evaluate the hypothesis, we focused on druggable genes curated from Drug-Gene Interaction Database and Alzheimer's Knowledge Base (AlzKB). We applied scalable random walk methods to H
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: This study aimed to comprehensively analyze differentially expressed genes (DEGs) in chondrocytes from patients with knee osteoarthritis (OA) by integrating multiple machine learning algorithms and bioinformatics techniques, to unravel the underlying molecular mechanisms associated with OA chondrocytes, and to provide novel insights for the innovation of clinical therapeutic strategies.
METHODS: We downloaded the GSE117999, GSE114007, GSE169077, GSE246425, and GSE178557 datasets from the public Gene Expression Omnibus (GEO) database as the training set, while GSE57218 served as an
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We have developed a robust method for efficiently tracking multiple co-occurring mutations in a sequence database. Evolution often hinges on the interaction of several mutations to produce significant phenotypic changes that lead to the proliferation of a variant. However, identifying numerous simultaneous mutations across a vast database of sequences poses a significant computational challenge. Our approach leverages a matrix factorization technique to automatically and efficiently pinpoint subsets of positions where co-mutations occur, appearing in a substantial number of sequences within th
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Sepsis, a critical medical condition resulting from an irregular immune response to infection, leads to life-threatening organ dysfunction. Despite medical advancements, the critical need for research into dependable diagnostic markers and precise therapeutic targets.
METHODS: We screened out five gene expression datasets (GSE69063, GSE236713, GSE28750, GSE65682 and GSE137340) from the Gene Expression Omnibus. First, we merged the first two datasets. We then identified differentially expressed genes (DEGs), which were subjected to KEGG and GO enrichment analyses. Following this,
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования