OBJECTIVE: To assess the diagnostic efficacy of metagenomic next generation sequencing (mNGS) for proven invasive pulmonary aspergillosis (IPA).
METHODS: A total of 190 patients including 53 patients who had been diagnosed with proven IPA were retrospectively analyzed. Using the pathological results of tissue biopsy specimens as gold standard, we ploted the receiver operating characteristic (ROC) curve to determine the optimal cut-off value of mNGS species-specific read number (SSRN) of Aspergillus in bronchoalveolar lavage fluid (BALF)for IPA. Furthermore, we evaluated optimal cut-off value
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Dyskeratosis congenita (DC), an inherited and rare disease prevalent in males, is clinically manifested by reticulate hyperpigmentation, nail dystrophy, and leukoplakia. DC is associated with the increased risk of malignancy and other potentially lethal complications such as bone marrow failure, as well as lung and liver diseases. Mutations in 19 genes were found to be correlated with DC. Herein, we report a 12-year-old boy carrying a de novo mutation in TINF2 gene.
METHODS: Whole exome sequencing (WES) was performed on DNA sample of the proband, and the variant was investigated i
Клинический случайСтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Major Histocompatibility Complex Class II (MHC II) deficiency is a rare primary immunodeficiency disorder (PID) with autosomal recessive inheritance pattern. The outcome is almost fatal owing to delayed diagnosis and lacking of effective therapy. Therefore, prompt diagnosis, timely and effective treatment are critical. Here, we report a 117-day-old boy with diarrhea, cough, cyanosis and tachypnea who was failed to be cured by empiric antimicrobial therapy initially and progressed to severe pneumonia and respiratory failure. The patient was admitted to the pediatric intensive care unit (PICU) i
Клинический случайПоддержка исследования: вне правительства СШАСтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
it was to explore the mechanism of Japanese encephalitis virus (JEV) and micro ribonucleic acid (miRNA) under high-throughput sequencing. 20 experimental mice, with good growth status and no disease infection, were selected. The cells used in the experiment included mouse microglial cell line (BV2), mouse neuroblastoma cell line (NA), and mouse brain endothelial cell line (bEnd.3). JEV titration was performed with JEV-infected cells, ribonucleic acid (RNA) in the cells was extracted, and finally the miRNA high-throughput sequencing data was analyzed. Agarose gel electrophoresis showed that the
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This study aimed to compare the application value of capillary electrophoresis and next-generation sequencing for immunoglobulin (IG) gene rearrangement in the diagnosis of classic Hodgkin's lymphoma. Twenty paraffin-embedded specimens from patients with classic Hodgkin's lymphoma were screened. For gene rearrangement detection, the ABI 3500 Genetic Analyzer and ABI Ion GeneStudio S5 Plus sequencing system were used, respectively, and the results were compared. Five cases with monoclonal rearrangements (25%, 5/20) were detected by Capillary Electrophoresis, and positivity for the FR1, FR2, FR3
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The last decade has seen large increases in the number of patients registered with heritable platelet disorders in national databases of bleeding disorders. Although individually rare, collectively they are a relatively common cause of heritable bleeding. This revolution has come about through the application of high-throughput sequencing strategies and efforts to standardize diagnostic testing. There is renewed interest in established parameters such as platelet volume and utilising simple tools such as blood smears. The diagnostic yield from peripheral blood smears can be improved with new m
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Avoidance of fasting and regular ingestion of uncooked-cornstarch have long been the mainstay dietary treatment of Glycogen Storage Disease type Ia (GSD-Ia). However, GSD-Ia patients who despite optimal dietary treatment show poor glycemic control and are intolerant to cornstarch, present a complex clinical challenge. We pursued Whole Exome Sequencing (WES) in three such unrelated patients, to both confirm a molecular diagnosis of GSD-Ia, and seek additional variants in other genes (e.g. genes associated with amylase production) which may explain their persistent symptoms. WES confirmed the GS
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Primary intestinal T-cell lymphoma (PITL) is highly aggressive and includes celiac disease-related enteropathy-associated T-cell lymphoma (EATL), monomorphic epitheliotropic intestinal T-cell lymphoma (MEITL), and primary intestinal peripheral T-cell lymphoma, not otherwise specified (ITCL-NOS). MEITL is the most common PITL in Asia, comprising of monomorphic medium-sized cells typically expressing CD8, CD56, and cytotoxic granules. Occasional cases with intermediate features between MEITL and ITCL-NOS are difficult to be classified and warrant further investigation. We collected 54 surgically
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Primary breast lymphoma (PBL) is a rare subtype of non-Hodgkin's lymphoma (NHL) with rapid progression and high risk of central nervous system metastasis. We have investigated 40 PBL patients retrospectively, and 16 of them were sequenced by a target panel of 112 genes related with lymphoma. Next-generation sequencing (NGS) identified 203 mutations spanning 35 genes and revealed seven potential protein-changing genes (PIM1, MYD88, DTX1, CD79B, KMT2D, TNFAIP3, and ITPKB) with high frequency, referring crucial roles in lymphomagenesis. Our result suggested that PIM1 mutation is correlated with t
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Leprosy is a chronic infectious disease caused by Mycobacterium leprae or Mycobacterium lepromatosis that is mainly transmitted through droplets from the nose and mouth of untreated patients. Owing to the lack of specific serological markers and clinical manifestations, leprosy can be easily confused with other skin lesion-related diseases and is difficult to distinguish.
CASE PRESENTATION: This study introduces and summarises the diagnosis and treatment process of a case of leprosy misdiagnosed as erythema multiforme for a long time. A 43-year-old female was admitted to our hospi
Клинический случайСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A novel allele HLA-B*57:163 was identified in a Russian male individual by next generation sequencing.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The novel HLA-C*04:441:01:02 allele was characterized using next generation sequencing technology.
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Around 100 Mt of phosphogypsum (PG) have been deposited in large stacks on the salt marshes of the Tinto River estuary in Huelva (SW Spain), covering about 1000 ha. These stacks contain extremely acidic water (pH < 2) with high concentrations of pollutants which can cause emissions into their surroundings, generating important environmental concerns. Despite many chemical, geological or hydrological studies have been conducted to characterize the PG stacks of Huelva, the microbial community inhabiting this extreme environment remains unexplored. Using a 16S/18S-rRNA-high throughput sequencing
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Hydrosalpinx is a chronic inflammatory condition with high recurrence rate, and it is reported among female population having fallopian tubal factor infertility. Previously, we have reported that interventional ultrasound sclerotherapy improves endometrial receptivity and pregnancy rate with negligible adverse effects in patients suffering from hydrosalpinx. During present investigation, we have used next generation sequencing (NGS) to characterize the isomiR profiles from the endometrium of patients suffering from hydrosalpinx before and after interventional ultrasound sclerotherapy. Our resu
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Despite the availability of whole exome (WES) and genome sequencing (WGS), chromosomal microarray (CMA) remains the first-line diagnostic test in most rare disorders diagnostic workup, looking for copy number variations (CNVs), with a diagnostic yield of 10%-20%. The question of the equivalence of CMA and WES in CNV calling is an organisational and economic question, especially when ordering a WGS after a negative CMA and/or WES.
METHODS: This study measures the equivalence between CMA and GATK4 exome sequencing depth of coverage method in detecting coding CNVs on a retrospective
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Congenital hypogonadotropic hypogonadism (CHH) is a condition with a strong genetic background, caused by a deficient production, secretion, or action of gonadotropin-releasing hormone (GnRH). Published data on CHH cohorts indicate a male predominance, although this is not supported by our current understandings.
AIMS: In order to unravel the possible causes or contributors to such epidemiological sex difference, the aim of our study is to investigate differences in genetic background and clinical presentation between males and females in a large cohort of CHH patients.
MATERIALS
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Since the pandemic of Corona Virus Disease 2019 (COVID-19), especially in the centers most affected, the symptoms such as fever, cough, myalgia or fatigue, and radioactive signs typically related to COVID-19 like ground-glass opacity (GGO) often distract the attention of physicians from other diseases. Aspiration pneumonia and COVID-19 share similarities in some aspects. There may be risk of misdiagnosis in the case of considering radiological patterns of pneumonia. Early diagnosis and treatment often greatly improve prognosis. We herein reported a case of 40-year-old patient who underwent che
Клинический случайПоддержка исследования: вне правительства СШАСтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Here, the spatial distribution of the bacterial flora along the murine alimentary tract was evaluated using high throughput sequencing in wild-type and Tff3-deficient (Tff3KO) animals. Loss of Tff3 was linked to increased dextran sodium sulfate-induced colitis. This systematic study shows the results of 13 different regions from the esophagus to the rectum. The number of bacterial species (richness) increased from the esophagus to the rectum, from 50 to 200, respectively. Additionally, the bacterial community structure changed continuously; the highest changes were between the upper/middle and
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Despite the obvious advantages of metagenomic next-generation sequencing (mNGS) in etiological diagnosis of various infectious diseases, there are few reports on etiological diagnosis of suspected thoracic and abdominal infections in patients with end-stage liver disease (ESLD).
METHODS: Seventy-three ESLD patients were enrolled from January 2019 to May 2021 due to suspected complicated thoracic and abdominal infections with poor response to empirical anti-infective treatment. Pleural effusion and ascites samples of these patients were collected for mNGS detection and conventional
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: This study aims to assess the value of metagenomic next-generation sequencing (mNGS) of bronchoalveolar lavage fluid (BALF) in the diagnosis of Pneumocystis jirovecii pneumonia (PJP) and its mixed infection in non-human immunodeficiency virus (HIV) immunosuppressed patients.
METHODS: A total of 198 non-HIV immunosuppressed patients with severe pneumonia were enrolled, including 77 PJP patients and 121 patients infected by other pathogens. BALF-mNGS and traditional detection methods were used.
RESULTS: The positive detection rate of various pathogens of BALF-mNGS was higher than
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования