DNA is heterogeneously packaged into chromatin, which is further organized into topologically associating domains (TADs) with sharp boundaries. These boundary locations are critical for genome regulation. Here, we explore how the distribution of DNA-packing density across chromatin affects the TAD boundary locations. We develop a polymer-physics-based model that utilizes DNA accessibility data to parameterize DNA-packing density along chromosomes, treating them as heteropolymers, and simulates the stochastic folding of these heteropolymers within a nucleus to yield a conformation ensemble. Suc
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The fluorescent dye 4'-6-Diamidino-2-phenylindole (DAPI) is frequently used in fluorescence microscopy as a chromosome and nuclear stain because of its high specificity for DNA. Normally, DAPI bound to DNA is maximally excited by ultraviolet (UV) light at 358 nm, and emits maximally in the blue range, at 461 nm. Hoechst dyes 33258 and 33342 have similar excitation and emission spectra and are also used to stain nuclei and chromosomes. It has been reported that exposure to UV can convert DAPI and Hoechst dyes to forms that are excited by blue light and emit green fluorescence, potentially confu
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Glioblastoma multiforme (GBM) is the most common and aggressive form of primary brain cancer in adults, and treatment is frequently limited by tumor resistance to temozolomide (TMZ), the standard-of-care chemotherapy. This resistance is often driven by the tumor cell's enhanced capacity to repair TMZ-induced DNA damage. Cell division is normally controlled by two quality-control systems: the spindle assembly checkpoint (SAC), which ensures accurate chromosome segregation during mitosis, and the DNA damage response, which detects and repairs genomic damage. Growing evidence suggests these two s
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: A series of novel emodin alcohols were designed and prepared in an effort to overcome the increasing microorganism resistance.
METHODS: Novel emodin alcohols were prepared from commercial emodin and different nitrogen-containing heterocycles via different synthetic strategies, such as O-alkylation and N-alkylation. The antimicrobial activity of synthesized emodin compounds was evaluated in vitro by a two-fold serial dilution technique. The interaction of emodin compound 3d with biomolecule was researched using UV-vis spectroscopic method and fluorescence spectroscopy.
RESULTS: Emo
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Kaempferol (3,4',5,7-tetrahydroxyflavone, KMP) and curcumin (diferuloylmethane, CUR) are naturally occurring polyphenolic compounds with broad therapeutic potential, including anticancer, antioxidant, and anti-inflammatory properties. Among their molecular targets, DNA plays a central role, particularly through interactions with non-canonical DNA structures such as G-quadruplexes (G4) and i-motifs (C4), which form in guanine- and cytosine-rich genomic regions, respectively. These structures regulate telomere maintenance, gene expression, and genomic stability, making them attractive drug targe
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: A close correlation has been shown between tubulointerstitial (TI) injury and the outcome of renal dysfunction, and nuclear factor-kappaB (NFkappaB) has been shown to play a key role in proteinuria-induced TI injury. To explore the molecular mechanisms of the proteinuria-induced TI injury further, we have analyzed renal gene expression with DNA microarrays, with and without specific inhibition of NF-kappaB in the proximal tubules.
METHODS: Unilaterally nephrectomized rats loaded with bovine serum albumin (BSA) were used as a model of proteinuric renal injury. Renal NF-kappaB activ
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
With the developing resistance to traditional antiparasitic medications, the purpose of this study was to efficiently develop a series of six noble flavanoidal tetrazinane-6'-one derivatives by a one-pot reaction pathway. FT-IR, 1HNMR, 13CNMR, and Mass spectra were employed for the structural elucidation of the synthesized compounds (7-12). Clinostomum complanatum, a parasite infection model that has been well-established, demonstrated that all the synthesized compounds are potent antiparasitic agents. DNA is the main target for various medicinal compounds. As a result, thestudy of how small m
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We identified two novel mutations in exon 2 of the myophosphorylase gene in a 33-year-old German women with McArdle disease. The patient was compound heterozygous for a novel nonsense mutation at codon 84 changing tyrosine to stop codon (Y84X) and for a novel missense mutation at codon 93 changing arginine to tryptophan (R93W). These mutations are the first to be described in exon 2 and expand the genetic heterogeneity in patients with McArdle disease.
Клинический случайСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
R-loops and D-loops are three-stranded nucleic acid structures that have emerged as central regulators of genome stability, gene expression, and DNA metabolism. R-loops form co-transcriptionally or post-transcriptionally when nascent RNA re-anneals with the template DNA strand, generating an RNA: DNA hybrid that displaces the non-template strand into a single-stranded state. These structures are enriched at CpG island promoters, transcription termination sites, and immunoglobulin class-switch regions, where they coordinate transcription regulation, chromatin remodeling, and DNA damage signalin
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In this review, advances in the understanding of epigenetic reprogramming from fertilization to the development of primordial germline cells in a mouse and human embryo are discussed. To gain insights into the molecular underpinnings of various diseases, it is essential to comprehend the intricate interplay between genetic, epigenetic, and environmental factors during cellular reprogramming and embryonic differentiation. An increasing range of diseases, including cancer and developmental disorders, have been linked to alterations in DNA methylation and histone modifications. Global epigenetic
СтатьяОбзорПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The current authors previously reported that a carbonyl reductase 1 (CR1) DNA-dendrimer complex could potentially be used in gene therapy for peritoneal metastasis of ovarian cancer. The aims of the current study were to observe the cellular dynamics of peritoneal metastasis of epithelial ovarian cancer cells and to ascertain changes in the dynamics of ovarian cancer cells as a result of transfection of CR1 DNA. (1) Artificial human peritoneal tissue (AHPT) was seeded with serous ovarian cancer cells, and the process leading to development of peritoneal carcinomatosis was observed over time. (
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The two major forms of DNA damage produced by 254 nm UV light are cyclobutane pyrimidine dimer (CPD) and (6-4) photoproduct (6-4PP). Both photolesions are repaired in normal human cells by nucleotide excision repair; however, little is known about where CPD or 6-4PP are repaired in relation to the various subnuclear structures. This study aimed to produce a three-dimensional demonstration of UV-induced DNA damage and its repair in human cell nuclei. We first investigated the repair kinetics of CPD and 6-4PP using an enzyme-linked immunosorbent assay with damage-specific monoclonal antibodies i
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In class II transcription activation, the transcription factor normally binds to the promoter near the -35 position and contacts the domain 4 of σ factors (σ4 ) to activate transcription. However, σ4 of σ70 appears to be poorly folded on its own. Here, by fusing σ4 with the RNA polymerase β-flap-tip-helix, we constructed two σ4 chimera proteins, one from σ70σ470c and another from σSσ4Sc of Klebsiella pneumoniae. The two chimera proteins well folded into a monomeric form with strong binding affinities for -35 element DNA. Determining the crystal structure of σ4Sc in complex with -35 element DNA
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
DNA samples from 5 out of 15 stomach cancers and from 5 out of 15 colon cancers showed transforming activity in NIH 3T3 cells upon transfection. A transforming gene from an NIH 3T3 transformant induced by transfection of DNA from a stomach cancer was cloned, and showed transforming activity amounting to 120 focus-forming units/micrograms. The transforming gene was identified as hst. The hst gene was also responsible for acquisition of the transforming activity in DNA samples from 2 other stomach cancers and one colon cancer.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Copper ions are essential elements in the human body and participate in various physiological activities in the bodies of organisms. Herein, an ultrasensitive electrochemical biosensor was developed for detection of copper ions (Cu2+) based on Fe3O4@Au magnetic nanoparticles (Fe3O4@Au MNPs) and a Cu2+-dependent DNAzyme assisted nicking endonuclease signal amplification (NESA) strategy. dsDNA is formed by a hybridization reaction between DNA S2 and S1 immobilized on the surface of Fe3O4@Au MNPs. Fe3O4@Au MNPs not only manifested the construction of a magnetically controlled electrochemically re
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Herein we report on the synthesis, molecular structures, DNA-binding properties and antibacterial activity of four new copper(I) mixed-ligand complexes obtained by reacting copper(I) halides or [Cu(CH3CN)4](BF4) with 1,2-bis(diphenylphosphano)ethane (dppe) and 2,2,5,5-tetramethylimidazolidine-4-thione (tmimdtH). Depending on the nature of the halide, the resulting compounds adopt two different structural motifs. Thus, using CuCl or CuBr, doubly dppe-bridged symmetrical dimmers of type [(κ-S-tmimdtH)XCu(μ-dppe)2CuX(κ-S-tmimdtH)] are formed, while in the case of CuI, a rare example of a trinucle
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In addition to reacting with DNA base moieties, many chemical genotoxins also react with the oxygen atoms of the internucleotidic phosphodiester linkages to form phosphotriester adducts (PTEs). In view of their stability under physiological conditions, it has been suggested that PTEs may be useful biomarkers for measuring cumulative genotoxin exposure. The methodology for their determination is varied and still not completely developed but includes determination of hydrolysis products and (32)P-postlabelling approaches. More recently, transalkylation and direct mass spectrometry techniques hav
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The outcome ofhepatitis B (HBV) infection is influenced by immune responses and host genetics. Interleukin-18 (IL-18) is a determinant factor in controlling the balance of Th1/Th2 during antiviral response.Weexamine therole of two functional polymorphisms -607A/C and-137A/C inIL-18 gene with risk of chronic HBV infection.
METHODS AND RESULTS: Genomic DNA isolates were obtained from 200 seropositive cases stratified according to their HBV DNA loads, and 200 blood donorsas a control population. Genotypes of the two polymorphisms were identified by ARMS-PCR method. The -607A allele,
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ultraviolet B (UVB) radiation represents a major carcinogen for the development of all skin cancer types. Mechanistically, UVB induces damage to DNA in the form of lesions, including cyclobutane pyrimidine dimers (CPDs). Disruption of the functional repair processes, such as nucleotide excision repair (NER), allows persistence of DNA damage and contributes to skin carcinogenesis. Recent work has implicated m6A RNA methylation and its regulatory proteins as having critical roles in facilitating UVB-induced DNA damage repair. However, the biological functions of the m6A reader YTHDC2 are unknown
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Nonmelanoma skin cancers occur primarily in individuals over the age of 60 and are characterized by an abundance of ultraviolet (UV) signature mutations in keratinocyte DNA. Though geriatric skin removes UV photoproducts from DNA less efficiently than young adult skin, it is not known whether the utilization of other prosurvival but potentially mutagenic DNA damage tolerance systems such as translesion synthesis (TLS) is altered in older individuals. Using monoubiquitination of the replicative DNA polymerase clamp protein PCNA (proliferating cell nuclear antigen) as a biochemical marker of TLS
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования