Glaucoma is an ocular disease characterized by progressive retinal ganglion cell (RGC) death caused by axonal injury. However, the underlying mechanisms involved in RGC death remain unclear. In this study, we investigated changes in the transcriptome profile following axonal injury in mice (C57BL/6) with RNA sequencing (RNA-seq) technology. The experiment group underwent an optic nerve crush (ONC) procedure to induce axonal injury in the right eye, and the control group underwent a sham procedure. Two days later, we extracted the retinas and performed RNA-seq and a pathway analysis. We identif…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: In metabolic dysfunction-associated fatty liver disease (MAFLD) research, reference genes for qPCR are crucial but often unvalidated.
METHODS: RNA-seq was performed in control and free fatty acid (FFA) treated AML12 cells, and the candidates for reference gene were selected by previous literatures and filtered by dual-index ranking via normalization of coefficient variation and Log2FoldChange in the RNA-seq library. qPCR data was further analyzed via NormFinder, BestKeeper, geNorm, ΔCt and RefFinder to assess reference gene expression stability.
RESULTS: FFA treated cells showed …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Ischemia/reperfusion-mediated myocardial infarction (MIRI) is a major pathological factor implicated in the progression of ischemic heart disease, but the key factors dysregulated during MIRI have not been fully elucidated, especially those essential non-coding factors required for cardiovascular development.
METHODS: A murine MIRI model and RNA sequencing (RNA-seq) were used to identify key lncRNAs after myocardial infarction. qRT-PCR was used to validate expression in cardiac muscle tissues and myocardial cells. The role of Gm18840 in HL-1 cell growth was determined by flow cyto…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The RNA methyltransferase METTL3 as a key regulator of acute myeloid leukemia (AML) contributes to malignant transformation. Chromatin topologically associating domains (TADs) are critical for maintaining AML genome integrity, but the mechanism by which METTL3 facilitates TADs integrity in AML progression remains unclear. METHODS: To determine whether METTL3 is transcriptionally activated by MLL in MLL-rearranged (MLLr+) AML cells, we analyzed MLL ChIP-seq data. Additionally, we performed a multi-omics approach—including RNA-seq, immunoprecipitation-mass spectrometry (IP-MS) for ME…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Fibrosis is a shared feature of chronic liver, kidney and heart disease, yet no molecular signature captures the mechanisms common to these organs. We integrated human microarray, bulk and single-nucleus RNA sequencing (snRNA-seq) data across 2022 unique tissue samples to identify a conserved pan-fibrotic signature. The pan-fibrotic signature was defined in a microarray discovery cohort (n = 1051) and verified in a microarray liver (n = 325), two RNA-seq (n = 414) and four integrated snRNA-seq validation datasets (n = 69). Diagnostic models were built using five machine learning approaches in …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cell adhesion molecules (CAMs) are key regulators of tissue structural integrity and functional coordination, yet their specific role in the adaptation of yak lung tissue to high-altitude hypoxia remains unelucidated. Thus, we employed transcriptomic sequencing (RNA-seq), molecular biology assays, and single-cell RNA-seq (scRNA-seq) to analyze the expression characteristics of CAMs in yak lung tissues at high and low altitudes. Trypsin or collagenase digestion showed higher cell counts in high-altitude yak lungs (p < 0.05). RNA-seq analysis revealed significant enrichment of differentially exp…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) is a powerful tool for exploring cellular diversity, but isolating intact cells from complex tissues like the brain remains challenging. Single-nucleus RNA sequencing (snRNA-seq) overcomes these limitations by profiling nuclear RNA from frozen or archived tissue, reducing dissociation bias. Here, we present a simplified protocol for nuclei isolation from frozen human brain biopsies optimized for high yield and minimal debris, enabling robust snRNA-seq analysis. To validate it, we applied the protocol to biopsies from two pediatric patients with mild malfo…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We characterized the timeline of molecular dysfunction in diabetic retinopathy (DR) and diabetic retinal disease (DRD) by studying the streptozotocin (STZ)-induced mouse retina over the course of 6 mo of diabetes. We performed bulk RNA-Seq on endothelial and retinal cells, separately, at 1, 3, and 6 mo of diabetes and single-cell RNA-Seq (scRNA-Seq) at 3 months. Transcriptomics changes were validated by in vitro and ex vivo assays and immunohistochemistry of mouse and human tissue. Bulk RNA-Seq revealed inflammation in endothelial cells at 1 mo. At 3 mo, scRNA-Seq identified glutamine-driven a…
СтатьяResearch Support, N.I.H., IntramuralПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Evolutionary novelties entail the origin of morphologies that enable new functions. These features can arise through changes to gene function and regulation. One key novelty is the fused rod at the end of the vertebral column in anurans, the urostyle. This feature is composed of a coccyx and a hypochord, both of which ossify during metamorphosis. To elucidate the genetic basis of these features, we used laser capture microdissection of these tissues and did RNA-seq and ATAC-seq at three developmental stages in tadpoles of Xenopus tropicalis. RNA-seq reveals that the coccyx and hypochord have t…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Gastric cancer remains a major global health burden with high incidence and mortality. Despite therapeutic advances, long-term survival remains unsatisfactory. Reliable biomarkers to predict therapeutic efficacy and clinical outcomes are urgently needed. This study aimed to elucidate the heterogeneity of gastric cancer using an integrative bioinformatics approach that combines single-cell RNA-sequencing (scRNA-seq) and bulk RNA-seq data. METHODS: scRNA-seq datasets were obtained from the GEO database, and bulk RNA-seq data were obtained from the TCGA. Cell communication, pseudo…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Non-obstructive azoospermia (NOA) is the most severe type that leads to 1% of male infertility. Wnt signaling governs normal sperm maturation. However, the role of Wnt signaling in spermatogonia in NOA has incompletely been uncovered, and upstream molecules regulating Wnt signaling remain unclear.
METHODS: Bulk RNA sequencing (RNA-seq) of NOA was used to identify the hub gene module in NOA utilizing weighted gene co-expression network analyses (WGCNAs). Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) of NOA was employed to explore dysfunctional signaling pathways in the specific cell type …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) technology provides an effective way to study cell heterogeneity. However, due to the low capture efficiency and stochastic gene expression, scRNA-seq data often contains a high percentage of missing values. It has been showed that the missing rate can reach approximately 30% even after noise reduction. To accurately recover missing values in scRNA-seq data, we need to know where the missing data is; how much data is missing; and what are the values of these data.
METHODS: To solve these three problems, we propose a novel model with a hybrid …
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Microbial single-cell RNA-seq (mscRNA-seq) can achieve resolution at the cellular level, enhancing the understanding of microbial communities. However, current high-throughput mscRNA-seq methods are limited by multiple centrifugation steps, which can lead to microbial loss and bias. smGel-seq is reported, a high-throughput single-microbe RNA sequencing method for clinical microbiome samples that employs hydrogel beads to encapsulate individual microbes to reduce microbial loss and input requirements. In this method, a novel microchannel array device is implemented for encapsulating single micr…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The transcription factor hepatocyte nuclear factor 1β (HNF-1β) is essential for normal development of the kidney and other epithelial organs. In the developing mouse kidney, HNF-1β is required for the differentiation and patterning of immature nephrons and branching morphogenesis of the ureteric bud (UB). Here, we used ChIP-sequencing (ChIP-seq) and RNA sequencing (RNA-seq) to identify genes that are regulated by HNF-1β in embryonic mouse kidneys. ChIP-seq revealed that HNF-1β binds to 8284 sites in chromatin from E14.5 mouse kidneys. Comparison with previous ATAC-seq and histone modification …
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ischemic stroke is a major cause of disability and mortality worldwide, but its underlying pathogenic mechanisms remain elusive. Although cellular senescence has been implicated in a wide range of age-related diseases, its specific contribution through endothelial cells to ischemic stroke pathogenesis remains unclear. To address this gap, the present study adopted an integrative strategy, combining single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) and bulk RNA sequencing (RNA-seq), to systematically characterize the senescent endothelial landscape in ischemic stroke. We identified a distinct senescence-a…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Acute myeloid leukemia (AML) exhibits pronounced heterogeneity, necessitating deep molecular characterization for precision therapy. Lactate metabolism and histone lactylation, influencing tumor biology via epigenetic regulation and immune microenvironment remodeling, represent an emerging focus. This study combines single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) and bulk RNA sequencing (bulk RNA-seq) data to investigate the prognostic value of lactate/lactylation-associated genes (LL-genes, defined as genes involved in lactate metabolism and histone lactylation regulation) in AML. Specifically, Seurat…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Emerging evidence suggests that the meningeal compartment plays instrumental roles in various neurological disorders, however, we still lack fundamental knowledge about meningeal biology. Here, we utilized high-throughput RNA sequencing (RNA-seq) techniques to investigate the transcriptional response of the meninges to traumatic brain injury (TBI) and aging in the sub-acute and chronic time frames. Using single-cell RNA sequencing (scRNA-seq), we first explored how mild TBI affects the cellular and transcriptional landscape in the meninges in young mice at one-week post-injury. Then, using bul…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Commonly used to treat inflammatory skin diseases, narrowband ultraviolet B (UVB) has been shown to induce antigen-specific immu … ects of UVB on antigen-specific regulatory T cell (Treg) induction. We applied bulk RNA sequencing (RNA-seq) and single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) methods to the analyses of mouse skin Tregs and PBMCs, respectively.
RESULTS: CyTOF analysis revealed patients' therapeutic response to be determined by a cluster of CD4+ T cells expressing T cell recepto …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Reference cell atlases powered by single cell and spatial transcriptomics technologies are becoming available to study healthy and diseased … parisons (e.g., plate-based SMART-seq and droplet-based 10X Chromium single cell and single nucleus RNA-seq and spatial transcriptomics) and extends the pipeline to also allow cell-level matching. In the use cases evaluated, FR-Match showed robust and accurate performance for identifying common and novel cell types across tissue regions, for discovering s …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Nuclear depletion and cytoplasmic aggregation of the RNA-binding protein TDP-43 are cellular hallmarks of amyotrophic lateral sclerosis (ALS … e also identified in ALS and frontotemporal dementia (FTD) postmortem brain tissue. RNA sequencing (RNA-seq), thiol(SH)-linked alkylation for the metabolic sequencing of RNA (SLAM-seq) and ribosome profiling (Ribo-seq) revealed that distinct cryptic APA categories have different downstream effects on transcript levels and that cryptic 3'UTR extensions can …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования