Infectious bronchitis virus (IBV) poses a persistent threat to global poultry health, driving the need for advanced molecular tools to study and combat this pathogen. Reverse genetics has emerged as a pivotal technology in IBV research, enabling precise manipulation of the viral genome to investigate pathogenesis, design novel vaccines, and identify potential antiviral targets. This review systematically examines the development, applications, and challenges of reverse genetics platforms for IBV. Established methods, including vaccinia virus supported systems, in vitro ligation and transcripti
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Escherichia coli (E. coli) repair of iron center protein (also known as YtfE) is a nonheme diiron protein that plays a pivotal role in bacterial responses to nitrosative stress, particularly in nitrite reduction and nitric oxide metabolism. Although previous studies have explored its potential as a nitrite reductase, the detailed catalytic mechanism, especially the role of its diiron center in nitrite reduction, remains poorly understood. In this study, we employed multiscale computational approaches, including quantum mechanics/molecular mechanics (QM/MM), quantum mechanics/molecular mechanic
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Adrenocortical carcinoma (ACC) is a rare and aggressive endocrine malignancy with limited therapeutic options and poor prognosis. Recent advances in high-throughput sequencing and integrative bioinformatics have unraveled the complex molecular landscape of ACC, highlighting critical genomic, epigenomic, transcriptomic, and immune-related alterations. This review synthesizes current evidence to provide a comprehensive overview of the key molecular mechanisms driving ACC pathogenesis. The role of recurrent mutations (e.g., TP53, CTNNB1), dysregulated cell cycle genes (e.g., CDK1, CCNB1, AURKA),
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We present MMPred, a software tool that integrates epitope prediction and sequence alignment algorithms to streamline the computational analysis of molecular mimicry events in autoimmune diseases. Starting with two protein or peptide sets (e.g., from human and SARS-CoV-2), MMPred facilitates the generation, investigation, and testing of mimicry hypotheses by providing epitope predictions specifically for MHC class II alleles, which are frequently implicated in autoimmunity. However, the tool is easily extendable to MHC class I predictions by incorporating pre-trained models from CNN-PepPred an
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In this study we review the current state of the art for Dupuytren's disease (DD), while emphasising the need for a better integration of clinical, experimental and quantitative predictive approaches to understand the evolution of the disease and improve current treatments. We start with a brief review of the biology of this disease and current treatment approaches. Then, since certain aspects in the pathogenesis of this disorder have been compared to various biological aspects of wound healing and malignant processes, next we review some in silico (mathematical modelling and simulations) pred
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Imaging in medicine has been revolutionised by technological, computational and research advances over the past decades. Computed tomography (CT), in particular, has seen rapid evolution especially in the field of cardiovascular non-invasive imaging. It is being recognised as the first-line tool for the assessment of stable and unstable disease with diagnostic, prognostic and re-stratification potential. Vascular inflammation is a key component of the atherosclerotic process and has been shown to induce molecular, transcriptional and structural changes to perivascular adipose tissue (PVAT). Be
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
During the last years, infections have become a global health emergency, where the appearance of bacteria highly resistant to traditional an … hat seek to improve not only peptide design, but also production, by including the incorporation of computational biology techniques such as molecular dynamics.
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The patterning of repeated structures is a major theme in developmental biology, and the inter-relationship between spacing and size of such structures is an unresolved issue. Fungiform papillae are repeated epithelial structures that house taste buds on the anterior tongue. Here, we report that FGF signaling is a crucial regulator of fungiform papillae development. We found that mesenchymal FGF10 controls the size of the papillary area, while overall patterning remains unchanged. Our results show that FGF signaling negatively affects the extent of canonical Wnt signaling, which is the main ac
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The pursuit of mechanistic explanations in biology has produced a great deal of knowledge about the parts, operations, and organization of mechanisms taken to be responsible for biological phenomena. Holist critics have often raised important criticisms of proposed mechanistic explanations, but until recently holists have not had alternative research strategies through which to advance explanations. This paper argues both that the results of mechanistic strategies has forced mechanists to confront ways in which whole systems affect their components and that new representational and modeling st
Историческая статьяСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Development of a protein-based drug delivery system has major impact on the efficacy and bioavailability of unstable and water insoluble drugs. In the present study, the binding modes of a nonspecific lipid transfer protein (nsLTP2) from Oryza sativa with various nucleosides and analogous molecules were identified. The 3-D structure of the protein was designed and validated using modeler 9.13, Molegro virtual docker and procheck tool, respectively. The binding affinity and strength of interactions, key contributing residues and specificity toward the substrates were accomplished by computation
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Computational models of macromolecules have many applications in biochemistry, but physical inaccuracies limit their utility. One class of models uses energy functions rooted in classical mechanics. The standard datasets used to train these models are limited in diversity, pointing to a need for new training data. Here, we sought to explore a new paradigm for training an energy function, where the Rosetta energy function was used to design de novo proteins. Experimental results on these designs were then used to identify failure modes of design, which were subsequently used as a "guiding princ
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Protecting public health from infectious diseases requires collective action, as individual behaviors-such as vaccination and mask-wearing-directly influence disease dynamics. During the COVID-19 pandemic, unexpected public responses often undermined the effectiveness of interventions, highlighting the need to understand collective behavioral patterns and motivations to design more effective mitigation strategies. This study presents an agent-based simulation model that captures how individuals adjust self-protective behaviors based on evolving opinions about disease risk and examines how thes
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MOTIVATION: The availability of touch-sensitive and haptic devices has been a keystone development for the inclusion of visually impaired people (VIPs) in modern, highly digitized work environments. Braille displays have proven efficient and versatile enough to parse large and complex text files, making bioinformatics and text-heavy programming accessible to VIPs. However, the complex graphical objects -combining numerous datasets- typically generated during data integration remain challenging, even with the aid of descriptive AI. This is particularly true in functional genomics. Here, we pres
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Natural products have inspired the discovery of several drug candidates and US Food and Drug Administration-approved drugs. However, the conventional drug development pathway has several limitations, necessitating innovative strategies. Computational pharmacology and in silico clinical trials (ISCTs) have emerged as a potential to optimize the drug discovery process. Current literature rarely discusses these 2 domains together, leaving limited guidance on how computational tools used in natural product research can complement ISCT frameworks. This review addresses this gap by summarizing key c
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Statistically analysing interacting particle systems remains challenging because the governing equations are analytically intractable. Existing solutions include moment closure methods with pseudolikelihood-based frameworks, and likelihood-free frameworks based on extensive simulations, both relying on heuristic choices whose validity is difficult to predict. As a resolution, we rigorously derive an asymptotically exact expression for the likelihood of agent-based models (ABMs) operating in continuous space and time that can be formulated as reactant-catalyst-product (RCP) models. We derive an
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A central question in environmental epidemiology is how the weather affects infectious diseases. Time-series regression (TSR) on population level case-counts data is widely used to estimate weather effects; however, this design may be biased due to the complexities of infectious disease dynamics, including nonlinear feedback, various types of noise, and latent, dynamic variables such as population immunity. Here, we assess the reliability of incidence-based TSR through a controlled simulation study across four different climates and fifty scenarios representing different pathogens. For each sc
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Brucella suis is a zoonotic intracellular pathogen responsible for brucellosis, mainly in swine and humans. Although numerous genome sequences are publicly available, an integrative genomic analysis combining pan-genome architecture, structural organization, evolutionary relationships, and vaccine-associated targets remains limited.
RESULTS: In this study, we analyzed 91 publicly available B.suis genomes to characterize their pan-genome composition and genomic structure. The pan-genome exhibited an open configuration, indicating continued genomic diversification. A total of 2,146
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Outbreak detection frequently relies on imperfect individual-level case diagnosis. Both outbreaks and cases are discrete events that can be misclassified and uncertainty at the case level may impact the performance of outbreak alert and detection systems. Here, we describe how the performance of outbreak detection depends on individual-level diagnostic test characteristics and population-level epidemiology, and describe settings where imperfect individual-level tests can achieve consistent performance comparable to "perfect" diagnostic tests.
METHODOLOGY: We generated a stochastic
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A major challenge in computational models of cardiac electromechanics is the reconstruction of myocardial fiber architecture, as direct in vivo measurements of fiber orientation are not feasible. Consequently, rule-based methods are commonly adopted as surrogates, relying on empirical descriptions of fiber organization combined with patient-specific geometries. This study investigates the respective roles of macroscopic fiber architecture and microscopic fiber disarray in cardiac electromechanical simulations. A high-fidelity biventricular electromechanical model of a murine heart was develope
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Clinical investigators are increasingly interested in discovering computational biomarkers from short-term longitudinal omics datasets. This work focuses on Bayesian regression and variable selection for longitudinal omics datasets, which can estimate posterior evidence for each candidate biomarker and control false discovery using evidence thresholds. In our univariate approach, Zellner's g-prior is used with two different options of the tuning parameter g: g = n and a g that minimizes Stein's unbiased risk estimate (SURE). Bayes factors are used to rank metabolites by evidence, and their m
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования