Gliomas, the predominant form of brain cancer, comprise diverse malignant subtypes with limited curative therapies available. The insufficient understanding of their molecular diversity and evolutionary processes hinders the advancement of new treatments. Technical complexities associated with formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) clinical samples hinder molecular-level analyses of gliomas. Current single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) platforms are inadequate for large-scale clinical applications. In this study, automated snRandom-seq is developed, a high-throughput single-nucleus total RN…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
HIV-transcribing cells can perpetuate chronic inflammation in ART-suppressed people with HIV (PWH) and likely contribute to viral rebound after ART interruption. However, these cells are difficult to study using single-cell RNA-seq (scRNA-seq) due to their low frequency and low levels of HIV transcripts, which are usually not polyadenylated. By spiking in capture sequences targeting conserved regions of HIV during scRNA-seq - a new method we call "HIV-seq" - we detect double the mean number of HIV reads per cell from PWH. HIV RNA+ cells are enriched among T effector memory cells during both vi…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: Upon corneal injury, early and late transit amplifying (TA) cells, the progeny of epithelial stem cells, migrate to the site of the wound, which facilitates its closure. Understanding the targetable signals that guide such cell migration is essential for the development of novel wound-healing strategies.
METHODS: Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) was conducted in wild-type cornea. To investigate the role of inhibitor of DNA binding 3 (ID3) in the limbal epithelium, bulk RNA-seq was conducted in limbal epithelial cells with ID3 knockdown. hTCEpi cells were transfected with small …
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Striated muscle complex (SMC) dysplasia has been confirmed to contribute to postoperative defecation dysfunction of patients with anorectal malformations (ARMs). To date, the potential molecular mechanisms of SMC dysplasia underlying the development of ARMs have not been clearly explained. This study examined the expression profiles of mRNAs and lncRNAs in the malformed SMC of ARM rats using RNA sequencing (RNA-seq).
METHODS: A rat model of ARMs was established by the intragastric administration of 1% ethylene thiourea (ETU) on an embryonic day 10 (E10). The rats were subjected to…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We developed a versatile 'IHC/LCM-Seq' method for spatial transcriptomics of immunohistochemically detected neurons collected with laser-capture microdissection (LCM). IHC/LCM-Seq uses aluminon and polyvinyl sulfonic acid for inventive RNA-preserving strategies to maintain RNA integrity in free-floating sections of 4% formaldehyde-fixed brains. To validate IHC/LCM-Seq, we first immunostained and harvested striatal cholinergic interneurons with LCM. RNA preparations were subjected to random primer-based cDNA library preparation and bulk sequencing on the NextSeq Illumina platform. IHC/LCM-Seq d
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cerebral organoids can be used to gain insights into cell type specific processes perturbed by genetic variants associated with neuropsychiatric disorders. However, robust and scalable phenotyping of organoids remains challenging. Here, we perform RNA sequencing on 71 samples comprising 1,420 cerebral organoids from 25 donors, and describe a framework (Orgo-Seq) to integrate bulk RNA and single-cell RNA sequence data. We apply Orgo-Seq to 16p11.2 deletions and 15q11-13 duplications, two loci associated with autism spectrum disorder, to identify immature neurons and intermediate progenitor cell
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RNA sequencing (RNA-seq) is a well-validated tool for detecting gene fusions in fresh-frozen tumors; however, RNA-seq is much more challenging to use with formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) tumor samples. We evaluated the performance of RNA-seq to detect gene fusions in clinical FFPE tumor samples. Our assay identified all 15 spiked-in NTRK fusions from RNA reference material and six known fusions from five cancer cell lines. Limit of detection for the assay was assessed with a series of dilutions of RNA from the cell line H2228. These fusions can be detected when the dilution is down to…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАВалидационное исследованиеПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Gene-panel and whole-exome analyses are now standard methodologies for mutation detection in Mendelian disease. However, the diagnostic yield achieved is at best 50%, leaving the genetic basis for disease unsolved in many individuals. New approaches are thus needed to narrow the diagnostic gap. Whole-genome sequencing is one potential strategy, but it currently has variant-interpretation challenges, particularly for non-coding changes. In this study we focus on transcriptome analysis, specifically total RNA sequencing (RNA-seq), by using monogenetic neuromuscular disorders as proof of principl…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND & AIMS: While mouse models remain a cornerstone of mechanistic liver disease research, the translational relevance of mouse findings to human disease is frequently debated. To bridge this gap, studies increasingly attempt to validate mouse findings using human transcriptomic data. However, publicly available human liver RNA-sequencing (RNA-seq) databases are fragmented, inconsistent in their clinical phenotyping, and computationally inaccessible to many investigators. We sought to generate an interactive atlas of human liver RNA-seq datasets - LiRNA - to overcome these limitations.
…
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
ВВЕДЕНИЕ: Микробиота однозначно связана с различными заболеваниями, однако механизмы, лежащие в основе этих ассоциаций, по-прежнему недостаточно изучены. Одним из потенциальных факторов, способствующих этой взаимосвязи, являются внеклеточные везикли, образующиеся бактериями (БЭМ). Однако обнаружение этих БЭМ сопряжено с трудностями. Поэтому мы предлагаем новый рабочий процесс для выявления бактериальной РНК, присутствующей в циркулирующих внеклеточных везиклах с использованием данных Total EV RNA-seq. В качестве доказательства концепции мы применили этот рабочий поток к набору данных от лиц с …
СтатьяПолный текст найденМашинный перевод · не проверен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: N6-methyladenosine (m6A) has been identified as the most abundant modification of RNA molecules and the aberrant m6A modifications have been associated with the development of autoimmune diseases. However, the role of m6A modification in ankylosing spondylitis (AS) has not been adequately investigated. Therefore, we aimed to explore the significance of m6A regulator-mediated RNA methylation in AS.
METHODS: The methylated RNA immunoprecipitation sequencing (meRIP-seq) and digital RNA sequencing (Digital RNA-seq) were conducted using the peripheral blood mononuclear cells from three…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: To optimize RNA sequencing (RNA-seq) outcomes, we investigated preanalytical variables in malignant effusions containing metastatic breast cancer. We compared 2 processing methods-Ficoll-Hypaque density gradient enrichment and CytoLyt hemolysis-focusing on their effects on RNA quality, transcript abundance, and variant detection from cytospin slides, relative to fresh-frozen samples. Additionally, we compared read-based and Unique Molecular Identifier (UMI)-based library preparation methods.
MATERIALS AND METHODS: Thirteen malignant effusion specimens from metastatic breast canc…
СтатьяСравнительное исследованиеПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Triple-negative breast cancer (TNBC) patients exhibiting high PD-L1 expression demonstrate poor responses to anti-PD-L1 therapy and aggressive lung metastasis. The paradoxical role of PD-L1 beyond its immune checkpoint function and the impact of interferon-γ-secreted during immunotherapy-on metastasis remain poorly understood.
METHODS: Integrated reanalysis of single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) data from TNBC lung metastases identified enriched signaling pathways. IFN-γ function was assessed using murine and human TNBC cell lines, employing in vitro assays and in vivo modeli…
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: We investigated the presence of viral DNA and RNA in cutaneous squamous cell carcinoma (cSCC) tumor and normal tissues from nine individuals with a history of hematopoietic stem cell transplantation (HCT). Microbiome quantification through DNA and RNA sequencing (RNA-seq) revealed the presence of 18 viruses in both tumor and normal tissues. DNA sequencing (DNA-seq) identified Torque teno virus, Saimiriine herpesvirus 1, Merkel cell polyomavirus, Human parvovirus B19, Human gammaherpesvirus-4, Human herpesvirus-6, and others. RNA-seq revealed additional viruses such as Tobamovirus, …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: Increased glutamine metabolism by cancer cells via upregulation of the drug-targetable enzyme glutaminase may contribute to an im … also evaluated data from The Cancer Genome Atlas (TCGA) for 527 endometrial cancer patients in whom RNA-Seq for glutaminase expression was performed and compared long-term clinical outcomes between glutaminase-high (RNA-Seq Z-score≥median) versus glutaminase-low (RNA-Seq score<median) patients.
RESULTS: In the tissue microarray analysis, glutaminase expr …
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Understanding the role of transcript isoforms is essential for elucidating disease mechanisms. TDP-43 regulates RNA splicing, and its dysfun … eloped IsoRefiner, a novel method for identifying full-length transcript structures using long-read RNA-seq. Leveraging this method, we performed long-read RNA-seq, guided by prior short-read RNA-seq, to comprehensively determine the full-length structures of aberrant transcripts due to TDP-43 dysregulation in human iPSC-derived motor neurons. We identifi …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: Ascl1 is a transcription factor (TF) that plays key roles in regulating retinal development. Recent studies have further uncovered … ining was employed to recognize retinal cells and assess cell proliferation status. RNA sequencing (RNA-seq) and single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) were conducted to profile the transcriptomes of RPCs, and the assay for transposase-accessible chromatin using sequencing (ATAC-seq) was conducted to characterize the chromatin accessibility landscapes of …
Письмо в редакциюПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Primary Ciliary Dyskinesia (PCD) is a rare genetic disorder affecting ~1:7500 individuals characterised by recurrent chronic respiratory inf … cally unresolved PCD patients with strong clinical suspicion of HYDIN defects using RNA sequencing (RNA-seq). RNA-seq was performed on total RNA extracted from patients' nasal epithelium cultured for 21 days at the air-liquid interface. Splicing abnormalities were detected using rMATS and genome-aligned reads were manually inspected using Integrative Geno …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: RNA methylation, an important reversible post-transcriptional modification in eukaryotes, has emerged as a prevalent epigenetic … and apoptosis promotion, whereas YTHDF2 overexpression yielded the opposite trend. Mechanistically, RNA-seq, MeRIP-seq and RIP-seq analysis, and molecular biology experiments demonstrated that YTHDF2 accelerated the degradation of DNA damage-inducible transcript 4 or regulated in DNA damage and development 1 (DDIT4, or REDD1) mRNA in an m6A-dependent mann …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования