Three-dimensional (3D) chromatin structure is crucial for gene regulation and cellular identity, with alterations in this structure being closely associated with tumor development. Although the research of tumor genomics has made significant progress in the past decade, the mechanism of 3D chromatin structure in tumorigenesis is not completely clear. Recent studies have shown that the distortion of chromatin spatial conformation has become one of the core factors driving normal cell carcinogenesis by changing the gene regulatory network. Abnormal high-order chromatin organization leads to abno
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The crystal structure of a sex-specific enhancer element is described at a resolution of 1.6 A. This 16-bp site, designated Dsx(A), functions in the regulation of a genetic switch between male and female patterns of gene expression in Drosophila melanogaster. Related sites are broadly conserved in metazoans, including in the human genome. This enhancer element is unusually rich in general regulatory sequences related to DNA recognition by multiple classes of eukaryotic transcription factors, including the DM motifs, homeodomain, and high mobility group box. Whereas free DNA is often crystalliz
Поиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Salmonella Wandsworth, an uncommon serovar, has caused foodborne outbreaks and healthcare associated infections. Its underestimated prevalence and multidrug resistance (MDR) pose global public health risks. Genomic analysis is essential for investigating the evolution, diversity, antimicrobial resistance (AMR), and pathogenicity of foodborne pathogens. This study characterised two Salmonella Wandsworth isolates from a patient and a food sample, both collected in Fujian, China, in 2020. Antimicrobial susceptibility testing of clinical strain F2021 revealed resistance to 15 antimicrobials across
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The primary objective of this study was to create a genome-wide high resolution map (i.e., >100 bp) of 'rearrangement hotspots' which can facilitate the identification of regions capable of mediating de novo deletions or duplications in humans. A hierarchical method was employed to fragment segmental duplications (SDs) into multiple smaller SD units. Combining an end space free pairwise alignment algorithm with a 'seed and extend' approach, we have exhaustively searched 409 million alignments to detect complex structural rearrangements within the reference-guided assembly of the NA18507 human
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Simple copy number variations (CNVs) detected by chromosomal microarray (CMA) can result from complex structural changes. Therefore, it is necessary to characterize potential structural changes that cause pathogenic CNVs. We applied whole-genome low-coverage sequencing (WGLCS) to concurrently detect pathogenic CNVs and their associated chromosomal rearrangements in 15 patients. All the patients had an average of 2-3 pathogenic CNVs involving 1-2 chromosomes. WGLCS identified all the 34 pathogenic CNVs found by microarray. By identifying chimeric read pairs, WGLCS mapped 70 breakpoints in these
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Glaesserella parasuis is a pathogen that frequently targets the upper respiratory tract of pigs, and it poses a considerable threat to the pig industry. The aim of this study is to enrich the genetic database of G. parasuis, as well as increase the understanding of the population structure, genetic evolutionary characteristics, potential virulence factors and antibiotic resistance genes (ARGs) associated with this pathogen. This study utilized whole genome sequencing (WGS) to conduct genomic analyses on 123 G. parasuis isolates that were isolated from diseased pigs between 2017 and
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The genus Talaromyces is an important source of structurally diverse secondary metabolites, yet the conservation and diversification of its biosynthetic potential remain incompletely understood at the genus level. Here, we performed comparative genomic and biosynthetic analyses of 24 Talaromyces species to characterize biosynthetic gene cluster (BGC) diversity, gene cluster family (GCF) distribution, and potential relevance to antifungal natural-product discovery. Genome mining identified 1550 BGCs, ranging from 41 to 81 per species, with polyketide synthase (PKS), nonribosomal peptide synthet
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Parasitic diseases impose a substantial and often underestimated burden on human and animal health, food security and economic development. Over recent decades, advances in biotechnology have expanded parasitology into a genomics-enabled field. Early progress stemmed from the use of molecular markers, PCR and immunological assays, followed by draft genomes generated through high-throughput sequencing and bioinformatics. The advent of long-read sequencing and chromosome conformation capture (Hi-C) mapping technologies subsequently enabled chromosome-scale assemblies, providing robust frameworks
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Despite the raised awareness of the role of pharmacogenomic (PGx) in personalized medicines for COVID-19, data for COVID-19 drugs is extremely scarce and not even a publication on this topic for post-COVID-19 medications to date. In the current study, we investigated the genetic variations associated with COVID-19 and post-COVID-19 therapies by using whole genome sequencing data of the 1000 Vietnamese Genomes Project (1KVG) in comparison with other populations retrieved from the 1000 Genomes Project Phase 3 (1KGP3) and the Genome Aggregation Database (gnomAD). Moreover, we also evaluated the r
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Computational methods based on whole genome linked-reads and short-reads have been successful in genome assembly and detection of structural variants (SVs). Numerous variant callers that rely on linked-reads and short reads can detect genetic variations, including SVs. A shortcoming of existing tools is a propensity for overestimating SVs, especially for deletions. Optimizing the advantages of linked-read and short-read sequencing technologies would thus benefit from an additional step to effectively identify and eliminate false positive large deletions. Here, we introduce a novel tool, Aquila
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The data generated from the human genome project offers unprecedented opportunities to elucidate the etiology of chronic diseases and developmental anomalies that arise from deleterious genome-diet interactions. Folate metabolism is an attractive system to explore such relationships. Folate is necessary for the synthesis of purine and thymidine deoxyribonucleotides and S-adenosylmethionine, a cofactor required for DNA methylation. Impaired folate metabolism results from primary folate deficiency, alcohol, gastrointestinal disorders that result in malabsorption, single nucleotide polymorphisms,
СтатьяПоддержка службы здравоохранения СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Listeria monocytogenes control in fresh-cut produce facilities relies heavily on hygienic zoning and physical segregation of processing lines, under the assumption that these measures limit microbiological connectivity between compartments. However, whether segregated lines within a single facility harbour genomically independent populations has rarely been assessed at high resolution. Here, we investigated the population structure and connectivity of L. monocytogenes in two physically and hygienically segregated processing lines (cut-fruit and cut-lettuce) within a fresh-cut produce facility.
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Sugarcane bagasse is an important renewable lignocellulosic resource, yet its bioconversion efficiency remains low, primarily because wild-t … ying the high ethanol production. Our findings are as follows: at the genomic level, there were 271 genomic structural variations. At the transcriptomic level, most genes involved in secondary metabolite synthesis, antibiotic synthesis, ribosomal pathways, amino acid biosynthesis, and oxidative phosphorylation pathways were down-regulated. Additionally, two key genes-XYL1 (xy …
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Extended-spectrum β-lactamase-producing Escherichia coli are globally disseminated pathogens whose success is driven by clonal expansion and horizontal gene transfer. However, the population structure and evolutionary relationships of these organisms in the United Arab Emirates remain insufficiently characterized. In this study, we applied a population genomic and phylogenomic approach to investigate ESBL-producing E. coli causing bloodstream infections and their genetic relatedness to strains from non-human reservoirs within a One Health framework. Forty-five ESBL-producing E. coli isolates r
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Understanding temporal and spatial dynamics of malaria transmission will help to inform effective interventions and strategies in regions approaching elimination. Parasite genomics are increasingly used to monitor epidemiologic trends, including assessing residual transmission across seasons and importation of malaria into these regions.
METHODS: In a low and seasonal transmission setting of southern Zambia, a total of 441 Plasmodium falciparum samples collected from 8 neighbouring health centres between 2012 and 2018 were genotyped using molecular inversion probes (MIPs n = 1793)
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The Yunlong Short-Leg chicken is a local dual-purpose breed in the Dali Bai Autonomous Prefecture of Yunnan Province, China, characterized phenotypically by notably shortened shank and a compact body stature. Nevertheless, the genetic mechanisms responsible for its short-legged phenotype have yet to be elucidated.
RESULTS: In this study, Yunlong Short-Leg chickens with different shank lengths-Long-legged and Short-legged phenotypes-were selected as experimental subjects (n = 60, 30 males and 30 females). We performed genome-wide analyses of single nucleotide polymorphisms (SNPs) a
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: SARS-CoV-2 belongs to the coronavirus family, a large family of viruses infecting avian and mammalian hosts. Accumulated mutations over time in the genome of SARS-CoV-2 have given rise to different variants differing in type and sequence. Variants that did not affect transmissibility, infectivity, and severity have gone unnoticed, and mutations that made the virus unfit for survival were eventually deleted from the gene pool. An emerging variant in the host population needs to be monitored closely for its infection consequences. In addition, the variants of concern (VOC) need to
ОбзорСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
In this study, a street rabies virus isolate, GXHXN, was obtained from the brain of one rabid cattle in Guangxi province of southern China. To characterize the biological properties of GXHXN, we first evaluated its pathogenicity using 4-week-old adult mice. GXHXN was highly pathogenic with a short incubation period and course of disease. Its LD50 of 10(-6.86)/mL is significantly higher than the LD50 of 10(-5.19)/mL of GXN119, a dog-derived rabies virus isolate. It also displayed a higher neurotropism index than the rRC-HL strain. However, the relative neurotropism index of GXHXN was slightly l
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: The global dissemination of extended-spectrum β-lactamase (ESBL)- and carbapenemase-producing Escherichia coli sequence type 131 (ST131), particularly clade C, represents a major public health concern. However, the clade-specific genomic features underlying the long-term persistence and international spread of this lineage remain incompletely understood.
METHODS: We performed whole-genome sequencing and comparative genomic analyses of 121 clinical E. coli isolates, including 83 ST131 and 38 non-ST131 strains, collected from 24 healthcare-associated facilities in Japan between 20
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Local extirpations and extreme bottlenecks can deplete genetic variation and obscure population dynamics, especially in highly mobile species. The gray whale (Eschrichtius robustus) undertakes some of the longest known migrations among mammals, and two stocks (eastern and western gray whales) were historically recognized in the Pacific. Commercial whaling depleted both stocks, and while the Eastern North Pacific (ENP) stock has rebounded, the western stock was feared extirpated. In the post-whaling era, the origin of a small summer aggregation near Sakhalin Island, Russia (which we refer to as
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования