Single-cell epigenomic studies promise to reveal how disease states, donor traits, environmental exposures, and technical factors shape cellular regulatory programs, yet these variables are often highly collinear and difficult to disentangle, particularly in human cohorts. The recent study by Møller and Madsen in Patterns introduces DeepDive, a probabilistic deep-learning framework that disentangles known covariate effects and residual variations in single-nucleus ATAC-seq data, enabling counterfactual "what-if" analyses of chromatin accessibility.
НовостьПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Prostate cancer disproportionately affects men of African ancestry, yet the molecular mechanisms underlying these disparities remain poorly defined. Genomic studies have begun to reveal ancestry-linked risk alleles and somatic alterations, but the role of epigenetic dysregulation is only emerging. Drawing on multi-ancestral comparative analyses, with emphasis on cohorts from sub-Saharan Africa, we speculate that germline and somatic variation converge in epigenetic machinery genes to drive tumour evolution. African tumours harbour a heightened burden and diversity of both inherited and acquire
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mitochondrial dysfunction and chromatin dysregulation are interconnected contributors to neuronal vulnerability in Alzheimer's disease (AD), yet the molecular mechanisms linking these processes remain poorly understood. CHCHD10, a mitochondrial intermembrane space protein, has been implicated in neurodegenerative disorders, but its role in AD has not been defined. Here, we identify CHCHD10 as a previously unrecognized modulator of neuronal epigenomic stability in AD. Using direct fibroblast-to-neuron reprogramming, which preserves patient-specific epigenetic signatures, we show that AD neurons
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Epigenomic changes are a hallmark of aging, and DNA methylation (DNAm) has emerged as the most reliable molecular marker of an individual's age. Genome-wide patterns of age-associated hypo- and hypermethylation have been applied to generate predictive models (i.e., "epigenetic clocks") capable of estimating chronological age in an increasingly diverse set of species including many mammals, a few birds, a reptile, and several bony fishes. Elasmobranchs (sharks, skates, and rays) are underrepresented in comparative investigations of epigenetic aging despite exhibiting exceptional life history va
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A compact and programmable epigenome editor can be utilized for long-term gene silencing, making it a powerful tool for biological research and biomedical applications. Here, we present an enhanced CRISPR-based epigenome editor based on deactivated Acidibacillus sulfuroxidans Cas12f1 (dAsCas12f1) variants, which incorporate epigenetic modulators for histone methylation and DNA methylation. First, we compared the gene silencing achieved by various dCas12f1 variants fused with Krüppel-associated box (KRAB). The optimized variant dCas12f1-V8.1-KRAB, named AsCas12f1-based miniaturized CRISPRi (Ami
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The hepatitis B virus (HBV) is a hepatotropic DNA virus that establishes chronic infections and contributes to liver disease and hepatocellular carcinoma. Although HBV persistence depends on the formation of a nuclear covalently closed circular DNA (cccDNA) minichromosome, the spatial organization of HBV within host chromatin and its impact on host transcriptional and epigenomic landscapes remain poorly understood. In this study, we analyzed the interactions between HBV DNA and host chromatin, the effects of infection on three-dimensional genome organization, and the resulting transcriptional
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A major challenge in deciphering the complex genetic landscape of Polycystic Ovary Syndrome (PCOS) lies in the limited understanding of how susceptibility loci drive molecular mechanisms across diverse phenotypes. To address this, we integrated molecular and epigenomic annotations from proposed causal cell-types and employed a deep learning (DL) framework to predict cell-type-specific regulatory effects of PCOS risk variants. Our analysis revealed that these variants affect key transcription factor (TF) binding sites, including NR4A1/2, NHLH2, FOXA1, and WT1, which regulate gonadotropin signal
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cardiac fibrosis, a hallmark of heart failure and various cardiomyopathies, represents a complex pathological process that has long challenged therapeutic intervention. High-throughput omics technologies have begun revolutionizing our understanding of the molecular mechanisms driving cardiac fibrosis and are providing unprecedented insights into its heterogeneity and progression. This review provides a comprehensive analysis of how techniques-encompassing genomics, epigenomics, transcriptomics, proteomics, and metabolomics-are providing insight into our understanding of cardiac fibrosis. Genom…
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Folate (vitamin B9) is an essential micronutrient and plays a critical role in one-carbon metabolism, DNA synthesis, and epigenetic regulation, particularly during early embryonic development. While the preventive role of maternal periconceptional folate intake against neural tube defects as well as other birth defects is well established, growing evidence suggests that folate status may also influence childhood cancer risk. In this review, we examine the biological mechanisms linking folate to childhood cancer, with a focus on acute lymphoblastic leukemia (ALL). We synthesize findings from po
СтатьяОбзорПоддержка правительства СШАПоддержка службы здравоохранения СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Progressive supranuclear palsy (PSP), a rare Parkinsonian disorder, is characterized by problems with movement, balance, and cognition. PSP differs from Alzheimer's disease (AD) and other diseases, displaying abnormal microtubule-associated protein tau by both neuronal and glial cell pathologies. Genetic contributors may mediate these differences; however, the genetics of PSP remain underexplored. Here we conduct the largest genome-wide association study (GWAS) of PSP which includes 2779 cases (2595 neuropathologically-confirmed) and 5584 controls and identify six independent PSP susceptibilit
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Prenatal exposure to air pollution is a significant risk factor for the mother and the developing foetus. The accumulation of pollutants in the placenta can cause a self-cascade loop of pro-inflammatory cytokine responses and DNA double-strand breaks. Previous research has shown that airborne particulate matter can damage the epigenome and disturb mitochondrial machinery, ultimately impairing placental function. Mitochondria are essential for preserving cellular homeostasis, energy metabolism, redox equilibrium, and epigenetic reprogramming. As these organelles are subtle targets of environmen
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The impact of a pathogen on host disease can only be studied in samples covering the entire spectrum of pathogenesis. Persistent oncogenic human papilloma virus (HPV) infection is the most common cause for cervical cancer. Here, we investigate HPV-induced host epigenome-wide changes prior to development of cytological abnormalities. Using cervical sample methylation array data from disease-free women with or without an oncogenic HPV infection, we develop the WID (Women's cancer risk identification)-HPV, a signature reflective of changes in the healthy host epigenome related to high-risk HPV st
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: SWI/SNF (BAF) chromatin remodeling complexes regulate lineage-specific enhancer activity by promoting accessibility for diverse DNA-binding factors and chromatin regulators. Additionally, they are known to modulate the function of the epigenome through regulation of histone post-translational modifications and nucleosome composition, although the way SWI/SNF complexes govern the epigenome remains poorly understood. Here, we investigate the function of ARID1A, a subunit of certain mammalian SWI/SNF chromatin remodeling complexes associated with malignancies and benign diseases origi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Intracellular pathogens manipulate the host cell for their own survival by contributing to modifications of host epigenome, and thus, altering expression of genes involved in the pathogenesis. Both ATP-dependent chromatin remodeling complex and histone modifications has been shown to be involved in the activation of IFNγ responsive genes. Leishmania donovani is an intracellular pathogen that causes visceral leishmaniasis. The strategies employed by Leishmania donovani to modulate the host epigenome in order to overcome the host defense for their persistence has been worked out in this study. W
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Twenty-five years have passed since the birth of Dolly the sheep, the first mammalian clone produced by adult somatic cell nuclear transfer (SCNT). During that time, the main thrust of SCNT-related research has been the elucidation of SCNT-associated epigenetic abnormalities and their correction, with the aim of improving the efficiency of cloned animal production. Through these studies, it has become clear that some epigenomic information can be reprogrammed by the oocyte, while some cannot. Now we know that the imprinting memories in the donor genome, whether canonical (DNA-methylation-depen
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Huntington's disease (HD) is a neurodegenerative disorder caused by a CAG trinucleotide repeat expansion in exon 1 of the huntingtin gene. Emerging evidence shows that additional epigenetic factors can modify disease phenotypes. Harnessing the ability of the epigenome to modify the disease for therapeutic purposes is therefore of interest. Epigenome modifiers, such as histone deacetylase inhibitors (HDACi), have improved pathology in a range of HD models. Yet in clinical trials, HDACi have failed to alleviate HD symptoms in patients. This study investigated potential reasons for the lack of tr
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Prenatal exposure to arsenic has been linked to a range of adverse health conditions in later life. Such fetal origins of disease are frequently the result of environmental effects on the epigenome, leading to long-term alterations in gene expression. Several studies have demonstrated effects of prenatal arsenic exposure on DNA methylation; however the impact of arsenic on the generation and decoding of post-translational histone modifications (PTHMs) is less well characterized, and has not been studied in the context of prenatal human exposures.
METHODS: In the current study, we
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
DNA methylation can affect tissue-specific gene transcription in ways that are difficult to discern from studies focused on genome-wide analyses of differentially methylated regions (DMRs). To elucidate the variety of associations between differentiation-related DNA hypermethylation and transcription, we used available epigenomic and transcriptomic profiles from 38 human cell/tissue types to focus on such relationships in 94 genes linked to hypermethylated DMRs in myoblasts (Mb). For 19 of the genes, promoter-region hypermethylation in Mb (and often a few heterologous cell types) was associate
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Schizophrenia and other psychoses are categorical psychiatric diagnoses corresponding to frequent and heterogeneous disorders. Their physiopathology still remains largely unknown despite numerous recent advances. In particular, the last decade has identified different types of genetic variants, thanks to emergence of high-throughput methods. These methods allow both the identification of rare variants with a large effect such as punctual mutations or copy-number variants and the identification of frequent variants with a limited effect such as polymorphisms. Many impacted genes have been ident
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pressure overload induces stress-induced signaling pathways and a coordinated transcriptional response that begets concentric cardiac hypertrophy. Although concentric hypertrophy initially attenuates wall stress and maintains cardiac function, continued stress can result in maladaptive cardiac remodeling. Cardiac remodeling is orchestrated by transcription factors that act within the context of an epigenetic landscape. Since the epigenetic landscape serves as a molecular link between environmental factors (stress) and cellular phenotype (disease), defining the role of the epigenome in the deve
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования