Pilocytic astrocytomas (PAs) are the most common brain tumors in pediatric patients and can cause significant morbidity, including chronic neurological deficiencies. They are characterized by activating alterations in the mitogen-activated protein kinase pathway, but little else is known about their development. To map the global DNA methylation profiles of these tumors, we analyzed 62 PAs and 7 normal cerebellum samples using Illumina 450K microarrays. These data revealed two subgroups of PA that separate according to tumor location (infratentorial versus supratentorial), and identified key n
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Hepatocellular carcinoma (HCC) exhibits pronounced cellular heterogeneity and dynamic state transitions during tumour progression, yet the emergence of tumour cell states along fate trajectories and their transcriptional regulation remain unclear. Here, we established an integrated framework linking cell fate dynamics with transcriptional regulatory networks using publicly available single-cell RNA sequencing data. Malignant cells were identified by inferred copy number variation, followed by CellRank-based fate inference and SCENIC-based regulatory network reconstruction. We identified three
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Tumor cell heterogeneity and multicellular interactions critically influence drug resistance, recurrence, and prognosis. Here, CPcellsubpopulation, a computational framework integrating scRNA-seq, bulk RNA-seq, and clinical data was developed to identify cancer progression-associated cell subpopulations. Then, the integrated analyses of scRNA-seq and spatial transcriptomics were performed to predict potential interactions, identify critical transcription factors, and predict candidate anticancer drugs. Across nine cancers, we detected cancer progression-associated cell subpopulations significa
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Hematologic malignancies are a group of neoplastic conditions that can develop from any stage of the hematopoiesis cascade. Small non-coding microRNAs (miRNAs) play a crucial role in the post-transcriptional regulation of gene expression. Mounting evidence highlights the role of miRNAs in malignant hematopoiesis via the regulation of oncogenes and tumor suppressors involved in proliferation, differentiation, and cell death. In this review, we provide current knowledge about dysregulated miRNA expression in the pathogenesis of hematological malignancies. We summarize data about the clinical uti
Поиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Melanoma is an aggressive malignancy with high metastatic potential and frequent resistance to standard therapies, highlighting the need for robust biomarkers and improved mechanistic understanding of effective treatments. This study integrates transcriptomic profiling and network-based analyses to identify key regulatory genes and clarify how clinically used agents may counteract melanoma-specific molecular dysregulation. Comparative evaluation of three independent gene expression datasets yielded 194 overlapping differentially expressed genes (DEGs) enriched in pathways central to tumor prog
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Colorectal cancer (CRC) is one of the most lethal malignancies worldwide, and the precise identification of biomarkers from colonic adenoma to cancer is of great significance for preventing the development of adenocarcinoma. Given that existing methods inadequately capture the topological network relationships among genes, this study proposes a graph neural network model based on multifeature learning, named ChebTs, to investigate the correlation between key genes involved in the colorectal "adenoma-cancer" transition. The GSE41657 and GSE31905 datasets from the GEO database were stratified in
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Atrazine, a widely used chlorotriazine herbicide, persists in aquatic environments and poses potential carcinogenic risks. While epidemiological studies link atrazine exposure to malignancies, its intrinsic molecular mechanisms across organ systems remain incompletely understood. This study employed integrated network toxicology and transcriptomic analyses to clarify atrazine-associated oncogenic pathways in liver hepatocellular carcinoma (LIHC), kidney renal clear cell carcinoma (KIRC), lung adenocarcinoma (LUAD), and sarcoma (SARC). Transcriptomic data from The Cancer Genome Atlas (TCGA) for
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Breast cancer is a prevalent malignancy among women worldwide. Understanding its molecular mechanisms is crucial for prevention, early diagnosis, and treatment. Using a dataset of intraoperative radiotherapy (IORT) for breast cancer, we analyzed 21 breast tissue samples from patients who received IORT and 16 samples from those who did not. Principal component analysis was employed to reveal data structure, and differentially expressed genes (DEGs) were identified. We constructed a gene network using weighted gene co-expression network analysis and conducted functional enrichment analysis and g
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Enhancer RNAs (eRNAs) have emerged as important regulators of gene expression and may reshape the therapeutic landscape of prostate cancer. However, their global landscape and clinical relevance in prostate cancer remain unclear. METHODS: We systematically integrated prostate cancer multi-omics and functional genomics datasets to characterize genome-wide eRNA transcription, construct eRNA-centered regulatory networks, and link eRNA-regulated genes to clinical outcomes. Representative eRNAs and their predicted target genes were further subjected to siRNA-mediated knockdown and funct
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Background: The present study set out to identify key miRNAs, TFs and signaling pathways associated with bladder cancer, with a view to elucidating the networks of miRNA-TF-gene interactions that may serve as potential molecular biomarkers for disease diagnosis. Methods: An integrative analysis was conducted using the publicly available microarray dataset GSE130598. Expression profanalyzede analyzed from 42 muscle-invasive bladder cancer (MIBC) tissues and 42 matched adjacent normal bladder tissues. After data preprocessing and normalization, differentially expressed genes (DEGs) were identifi
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
SOX9 is widely regarded as a key master regulator of gene transcription, responsible for the development and differentiation programs within tissue and organogenesis, particularly in the pancreas. SOX9 overexpression has been observed in multiple tumor types, including pancreatic cancer, and is discussed as a prognostic marker. In order to gain a more profound understanding of the role of SOX9 in pancreatic cancer, we have performed SOX9 knockdown in the COLO357 and PANC-1 cells using RNA interference, followed by full-transcriptome analysis of the siRNA-transfected cells. The molecular pathwa
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Background & Aims: Pancreatic adenocarcinoma (PAAD) remains a highly lethal malignancy with limited therapeutic options, primarily due to the absence of reliable prognostic biomarkers. Immunogenic cell death (ICD) plays a pivotal role in anti-tumor immunity and has potential as both a prognostic marker and a predictor of immunotherapy response. This study aimed to identify ICD-related hub genes and establish a robust prognostic gene signature for PAAD using weighted gene co-expression network analysis (WGCNA). Methods & Results: Transcriptomic and clinical data of PAAD patients were obtained f
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Early detection of lung nodules (LNs) is critical for prevention and treatment of lung cancer. However, current noninvasive diagnostic methods face significant challenges in reliably distinguishing benign from malignant nodules. Thus, there is an urgent need for novel molecular biomarkers or pathways to facilitate accurate identification of truly malignant LNs. Using the Gene Expression Omnibus (GEO) database and the "limma" package, we identified differentially expressed genes (DEGs) in lung nodules (LNs) by comparing benign and malignant samples. The oxidative stress-related genes were downl
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Leukemia is a type of malignant tumor affecting hematopoietic system. Cervical cancer is a malignant tumor of female reproductive tract. The relationship between Calmodulin 3 (CALM3) and leukemia, cervical cancer remains unclear. Leukemia dataset GSE26294 and cervical cancer dataset GSE173097 profiles were downloaded from gene expression omnibus. Principal component analysis, differentially expressed genes (DEGs) screening, weighted gene co-expression network analysis (WGCNA), functional enrichment analysis, gene set enrichment analysis, immune infiltration analysis, protein-protein interactio
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Dysregulation of small ubiquitin-like modifier ylation (SUMO-ylation) is closely associated with the development of different types of cancers. Growing evidence indicates that many SUMOylated genes (SRGs) play a role in the initiation and progression of breast cancer (BRCA). However, its prognostic value in BRCA remains inadequately explored.
METHODS: This study explored prognostic genes related to SUMO-ylation in BRCA based on single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) and transcriptome data, developed and validated a risk model. Furthermore, an analysis of clinical relevance was per
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Background: Male patients with prolactinomas exhibit greater invasiveness, resistance to dopamine agonists, making treatment more challenging. This study aims to explore the potential different genes contributing to sex disparities in prolactinomas. Materials and Methods: Weighted gene co-expression network analysis and differential expressed genes analysis were performed to identify sex-related hub genes. In addition, bioinformatics analyses were conducted to understand gene localization on chromosomes, gene regulatory networks, signaling pathways, and their relationship with immune function,
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: Soft-tissue sarcomas, particularly leiomyosarcomas, are aggressive tumors characterized by limited therapeutic options due to an insufficient understanding of their molecular drivers. To identify novel therapeutic targets, we investigated the role of Extracellular signal-regulated kinase-5 (ERK5), a critical signaling protein in soft-tissue sarcoma biology. The primary objective was to define the transcriptomic profile specifically associated with ERK5, enhancing the understanding of molecular mechanisms underlying leiomyosarcoma.
DATA DESCRIPTION: Two uterine leiomyosarcoma cell
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The purpose of this study is to explore the common differentially expressed genes (DEGs) between multiple myeloma (MM) and osteoporosis and the associated molecular mechanisms.
RESEARCH DESIGN AND METHODS: We obtained the overlapping DEGs between MM and osteoporosis with the GEO2R online tool. Then, the DEGs were clustered on the MetaCore website to identify the biological process and pathway. In addition, the STRING database and Cytoscape were used to construct the protein-protein interaction (PPI) network and identify hub genes. Finally, miRNA-gene and transcriptional factor (TF
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Meningiomas (MGMs) are the most prevalent benign intracranial tumors in adults, with incidence markedly increasing with age, underscoring the need to explore aging-associated molecular mechanisms. In this study, we integrated transcriptomic datasets (GSE43290, GSE54934, GSE77259, and GSE183655) from the GEO database and aging-related genes (ARGs) from the Human Aging Genomic Resources to identify key genes implicated in MGM. We screened differentially expressed ARGs (ARG-DEGs) and conducted GO and KEGG pathway enrichment analyses, revealing significant involvement in cancer-related processes,
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: Long non-coding RNAs (lncRNAs) play an essential role in cancer biology. Cervical intraepithelial neoplasia grade 3 (CIN3) is the most severe precancerous lesion of cervical cancer. However, the mechanism of multiple lncRNAs in CIN3 has not been studied in-depth and is worth exploring. This study aims to summarize the lncRNA expression profile in CIN 3 and screen for lncRNAs with potential oncogenic effects.
METHODS: To further clarify the role of lncRNAs in the development of CIN3, this study collected cancer tissue and para-cancer tissue specimens from three CIN3 patients. The R
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования