TEM-1 β-lactamase is one of the most well-known antibiotic resistance determinants around. It confers resistance to penicillins and early cephalosporins and has shown an astonishing functional plasticity in response to the introduction of novel drugs derived from these antibiotics. Since its discovery in the 1960s, over 170 variants of TEM-1 - with different amino acid sequences and often resistance phenotypes - have been isolated in hospitals and clinics worldwide. Next to this well-documented 'natural' evolution, the in vitro evolution of TEM-1 has been the focus of attention of many experim
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The homeobox gene Hoxa-13 codes for a transcription factor involved in multiple functions, including body axis and hand/foot development in tetrapods. In this study we investigate whether the loss of one function (e.g., limb loss in snakes) left a molecular footprint in exon 1 of Hoxa-13 that could be associated with the release of functional constraints caused by limb loss. Fragments of the Hoxa-13 exon 1 were sequenced from 13 species and analyzed, with additional published sequences of the same region, using relative rates and likelihood-ratio tests. Five amino acid sites in exon 1 of Hoxa-
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Emerging pathogens potentially undergo rapid evolution while expanding in population size and geographic range during the course of invasion, yet it is generally difficult to demonstrate how these processes interact. Our analysis of a 30-yr data set covering a large-scale rabies virus outbreak among North American raccoons reveals the long lasting effect of the initial infection wave in determining how viral populations are genetically structured in space. We further find that coalescent-based estimates derived from the genetic data yielded an amazingly accurate reconstruction of the known spa
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Complete genome DNA sequence and analysis is presented for Wolbachia, the obligate alpha-proteobacterial endosymbiont required for fertility and survival of the human filarial parasitic nematode Brugia malayi. Although, quantitatively, the genome is even more degraded than those of closely related Rickettsia species, Wolbachia has retained more intact metabolic pathways. The ability to provide riboflavin, flavin adenine dinucleotide, heme, and nucleotides is likely to be Wolbachia's principal contribution to the mutualistic relationship, whereas the host nematode likely supplies amino acids re
Сравнительное исследованиеСтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Myeloid sarcoma, an aggressive extramedullary subtype of acute myeloid leukemia (AML), occurs in ∼10% of patients, and has not yet been included in large-scale genomic studies. The critical biological changes that drive tumor evolution are unknown, its detection in asymptomatic patients remains a clinical challenge, and treatment options are limited as patients are often excluded from clinical trials, rendering it a neglected disease entity. Based on comprehensive multi-omic profiling, we demonstrate that myeloid sarcoma evolves from medullary AML with distinct sitespecific clonal evolution pa
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The case report presents the first documented instance of ARAF-mutated Langerhans cell histiocytosis (LCH) arising in a patient with ARAF/JAK2-mutated polycythaemia vera (PV), providing compelling evidence for a clonal relationship and branching evolution from a common progenitor precursor. The patient, a 63-year-old male, initially presented with classic PV symptoms and was diagnosed with JAK2 p.V617F mutated PV. Over the disease course, persistent monocytosis and progressive splenomegaly were noted, with subsequent development of a diffuse, non-itching maculopapular skin eruption in the sett
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Infectious bronchitis virus (IBV) was first isolated in Australia in 1962. Ongoing surveillance and characterization of Australian IBVs have shown that they have evolved separately from strains found throughout the rest of the world, resulting in the evolution of a range of unique strains and changes in the dominant wild-type strains, affecting tissue tropism, pathogenicity, antigenicity, and gene arrangement. Between 1961 and 1976 highly nephropathogenic genotype GI-5 and GI-6 strains, causing mortalities of 40% to 100%, predominated, while strains causing mainly respiratory disease, with low
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cytomegaloviruses (order Herpesvirales) display remarkable species-specificity as a result of long-term co-evolution with their mammalian hosts. Human cytomegalovirus (HCMV) is exquisitely adapted to our species and displays high genetic diversity. We leveraged information on inter-species divergence of primate-infecting cytomegaloviruses and intra-species diversity of clinical isolates to provide a genome-wide picture of HCMV adaptation across different time-frames. During adaptation to the human host, core viral genes were commonly targeted by positive selection. Functional characterization
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Lineage-specific gene losses can be driven by selection or environmental adaptations. However, a lack of studies on the original function of species-specific pseudogenes leaves a gap in our understanding of their role in evolutionary histories. Pseudogenes are of particular relevance for taste perception genes, which encode for receptors that confer the ability to both identify nutritionally valuable substances and avoid potentially harmful substances. To explore the role of bitter taste pseudogenization events in human origins, we restored the open reading frames of the three human-specific p
СтатьяПоддержка службы здравоохранения СШАResearch Support, N.I.H., IntramuralПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Computational tools are frequently used to describe pathogen evolutionary dynamics either within infected hosts or at the population level. However, there is a lack of models that capture the complex interplay between within-host and between-host evolutionary dynamics, leaving a knowledge gap with regard to realistic evolutionary dynamics. We present SIMPLICITY, a multi-scale mathematical model that combines within-host disease progression and viral evolution with a population-level model of virus transmission and immune evasion. We parameterize SIMPLICITY based on SARS-CoV-2 within-host viral
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The sea lamprey (Petromyzon marinus) undergoes substantial genomic alterations during embryogenesis in which specific sequences are deleted from the genome of somatic cells yet retained in cells of the germ line. One element that undergoes diminution in P. marinus is Germ1, which consists of a somatically rare (SR) region and a fragment of 28S rDNA. Although the SR-region has been used as a marker for genomic alterations in lampreys, the evolutionary significance of its diminution is unknown. We examined the Germ1 element in five additional species of lamprey to better understand its evolution
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The rate of acquisition of genomic changes in cancer has been the topic of much discussion, with several recent investigations finding evidence of punctuated evolution instead of gradual accumulation of such changes. Despite forays into the description and quantification of these punctuated events, the effects of such changes on subsequent cancer evolution remain incompletely understood. Here we investigate how non-gradual mutagenesis affects the ability of tumor cells to acquire and retain fitness-enhancing adaptations. We find that punctuated mutagenesis significantly facilitates adaptation
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The evolution of de novo genes from ancestrally nontranscribed sequences has been reported in a wide range of taxa. However, the DNA sequence changes responsible for the origin of de novo genes are poorly understood. In this study, we investigated whether de novo genes evolve by exploiting ancestral regulatory sequences or are associated with the evolution of new regulatory regions. We focused on the youngest stratum of de novo genes that have polymorphic expression in the male accessory gland of Drosophila melanogaster and show no evidence of transcription in other Drosophila species. ATAC-se
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Efficient co-utilization of hexose and pentose sugars from lignocellulose is essential for microbial bioconversion, yet engineered catabolic pathways can be unstable or suboptimal in complex resource environments. Here, we use a Pseudomonas putida strain engineered to catabolize xylose and arabinose to examine how resource abundance, temporal availability, and subculturing shape evolutionary outcomes. Using an automated adaptive laboratory evolution (ALE) platform, we evolve the strain under simple single-substrate and complex multi-substrate selection pressures. These environments drive diver
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
N6-methyladenosine (m6A) RNA modification is a dynamic post-transcriptional regulatory mechanism that rapidly modulates gene expression by influencing RNA stability, export, splicing, translation, and decay. In bilaterians, m6A is predominantly deposited at the DRACH consensus motif, which comprises 18 sequence variants. Although the presence of a DRACH motif does not indicate whether a transcript is currently, or has ever been, methylated, it reflects its potential for m6A-mediated regulation. Here, we introduce a new metric, DRACH observed/expected (DRACH o/e), to quantify the relative enric
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The study of human gene evolution along primate and non-primate lineages has attracted increasing attention. Previous research demonstrated associations between the origin of genes and their expression in various tissues, including human-specific genes contributing to the brain. However, the relationship between gene tissue expression and their existence in evolutionary history has rarely been systematically examined from a phylogenetic perspective. In this study, we analyzed 1360 human genes highly expressed in the brain and/or the immune system, along with their distribution in 31 non-human
СтатьяСравнительное исследованиеПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The presence of self-resistance genes in antibiotic-producing organisms poses a paradox: How can resistance evolve before the antibiotic exists, and how can an antibiotic producer arise without first evolving resistance? Here, we examine the evolutionary origins of self-resistance to mycophenolic acid (MPA), an inhibitor of inosine monophosphate dehydrogenase (IMPDH). The MPA biosynthetic gene cluster (BGC) includes a resistant IMPDH-B. Homologs of IMPDH-B occur not only in MPA producers but also in many nonproducing fungi, where remnants of the MPA BGC remain detectable. The phylogeny of IMPD
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Microcystis aeruginosa is a bloom-forming cyanobacterium widely distributed in eutrophic freshwater systems. Most strains are blue-green due to the presence of the photosynthetic pigments phycocyanin and chlorophyll a. Less commonly, brownish strains have been reported, reflecting the presence of the red pigment phycoerythrin (PE). However, the genomic basis, phylogeny and evolutionary origin of PE pigmentation in M. aeruginosa remain poorly understood. Here, we characterized PE-containing M. aeruginosa strains, including six newly sequenced genomes. All genomes harboured putative PE synthesis
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Paralogs, copies of a gene, form an important basis for novelty during evolution. Analysis of such gene duplications is important to understand the emergence of novel traits during evolution. DupyliCate is a Python tool that has been developed for this purpose. With the ability to process multiple datasets concurrently, flexible features, and parameters to set species-specific thresholds, DupyliCate offers a high-throughput method for gene copy identification and analysis. The different available parameters and modes are explored in detail based on Arabidopsis thaliana datasets. Proof of conce
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования