OBJECTIVE: Glioblastoma (GBM) is the most aggressive type of intracranial malignant tumor, known for its extremely poor prognosis. Lactylation, a newly identified post-translational modification, has been linked to tumorigenesis, though its specific role in GBM remains unclear. This study aims to integrate single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) and bulk RNA sequencing (RNA-seq) data to create a novel prognostic model for GBM, focusing on lactylation-related factors.
METHODS: We studied lactate metabolism genes as markers in GBM. We obtained bulk transcriptomic data from TCGA and the GSE141383
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The RHO GTPase family regulates cytoskeleton-dependent processes, including proliferation and migration. Although their dysregulation is well described in solid tumors, little is known about their role in hematologic malignancies. We investigated the expression of ten RHO GTPase genes in bone marrow samples from patients with acute myeloid leukemia (AML) and myelodysplastic neoplasms (MDS) and analyzed TCGA AML data for prognostic associations. RHOBTB2, RND2, and RHOQ were differentially expressed compared with healthy controls. RHOBTB2 was elevated in both MDS and AML and associated with infe
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Chaperone-mediated autophagy (CMA) plays an important role in tumor progression and remodeling of the tumor immune microenvironment. However, its functional heterogeneity, immune associations, and clinical significance in colon cancer remain unclear.
METHODS: Single-cell and bulk transcriptomic data were integrated to characterize CMA-related features in colon cancer. At the single-cell level, CMA activity was assessed across cell types, and differentially expressed genes between CMA-high and CMA-low groups were identified in myeloid subpopulations. Robust candidates were screened
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The nucleolus is essential for ribosome biogenesis and cellular homeostasis, and its dysfunction can induce nucleolar stress, a process implicated in cancer and other diseases. However, nucleolar stress is commonly inferred from morphological changes or a limited set of functional assays, and quantitative approaches based on gene expression profiles remain lacking. Here, we integrate literature curation with multi-dataset screening to define a nucleolar stress gene signature and develop a nucleolar stress score (NuS) applicable to bulk transcriptomics, single-cell transcriptomics, proteomics,
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Uveal melanoma (UM), the most common form of ocular melanoma, represents poor prognosis, with approximately 50% of patients developing metastatic disease that significantly reduces survival rates. There is an crtitical need for accurate prognostic biomarkers to better stratify patients by risk and guide personalized treatment strategies.
METHODS: We employed an integrative, multi-step strategy to analyze UVM transcriptomic data, combining Cox proportional hazards survival analysis, stage-dependent differential expression, and a multi-layer perceptron (MLP) model to identify candid
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Radiotherapy failure remains a major challenge in glioblastoma (GBM), yet the stress-adaptive programs that enable tumor cells to survive irradiation-induced lethal injury remain incompletely defined. This study investigated whether serpin family E member 1 (SERPINE1) contributes to GBM radioresistance by modulating ferroptosis-associated lipid peroxidation, a process linked to iron-dependent oxidative injury.
METHODS: Radiotherapy-treated GBM cohorts from TCGA (n = 93; 56 radiosensitive and 37 radioresistant cases), the Chinese Glioma Genome Atlas (CGGA)-325 (n = 100), and CGGA-6
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Early lymph node (LN) metastasis often precedes systemic metastasis and corresponds with significantly inferior survival for patients diagnosed with early-stage breast cancer (EBC). To understand the biological pathways involved in early LN metastasis, differential gene expression (DGE) analysis compared large tumors without evidence of LN metastasis (pT2-3pN0) to small tumors with LN metastasis (pT1pN+).
METHODS: This study included 2,349 patients with EBC who underwent MammaPrint and BluePrint testing as part of the FLEX (NCT03053193). DGE was performed between pT2-3pN0/pT1pN
СтатьяМногоцентровое исследованиеНаблюдательное исследованиеПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Precision medicine emphasizes accurate patient stratification. However, existing molecular frameworks often fail to fully capture the intrinsic heterogeneity of breast cancer (BRCA). This study aims to establish a novel immune-based classification system using immunological gene sets to elucidate tumor heterogeneity and identify predictive biomarkers for optimizing clinical management.
METHODS: Non-negative Matrix Factorization (NMF) analysis of Gene Set Variation Analysis enrichment scores, transformed from TCGA, GEO, and CCLE transcriptomic profiles, revealed distinct immune s
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Urinary microRNAs (miRNAs) are promising noninvasive biomarkers for cancer detection, but their clinical utility is reduced by inconsistent normalization strategies, reducing reproducibility and comparability across studies. In this study, we assessed the stability of miR-20a as an endogenous normalizer for urinary miRNA profiling in clear cell renal cell carcinoma (ccRCC) while standardizing the pre-analytical phase using a urine stabilizing solution. Ninety-nine urine samples were analyzed: 47 from healthy individuals, 30 from ccRCC patients pre-surgery, and 22 post-operative patients. Six c
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
By a classical approach, the invasive margins of colorectal carcinomas can be typed as expansive or infiltrative, the latter portending a poor prognosis. To gain insight into the tumor biology behind these morphological features, we submitted 18 microsatellite-stable colorectal carcinomas that could be typed as having invasive margins of the infiltrative (N = 7) or expansive type (N = 11) with confidence to nanoString nCounter® analysis (Tumor Signaling 360™ Panel). Tissue microarray punch samples were obtained from the tumors and prior to RNA extraction histological sections were prepared. In
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Dipeptidyl peptidase 4 (DPP4) plays diverse physiological roles, but its pan-cancer significance and immunomodulatory functions remain poorly characterized.
METHODS: We performed an integrative pan-cancer analysis of DPP4, incorporating transcriptomic, genomic, and immunogenomic approaches. Differential expression, ceRNA networks, protein interactions, immune infiltration, drug sensitivity, molecular docking, and molecular dynamics were systematically evaluated. Single-cell sequencing analysis, virtual knockout analysis and TIDE analysis were conducted to validate the role of DPP4
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: Significant interindividual differences exist in the efficacy of immunotherapy for hepatocellular carcinoma (HCC), and reliable biomarkers for predicting therapeutic response are lacking. Immunogenic cell death (ICD) participates in regulating the tumor immune microenvironment (TME) through the release of damage-associated molecular patterns (DAMPs), thereby possessing the potential to reshape the TME. DAMPs are essential for the occurrence of ICD. This study aims to address the lack of systematic evaluation of ICD-related molecular subtypes in HCC by constructing a DAMP-related mo
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Bladder cancer (BLCA) poses a significant clinical challenge due to its high mortality rates and the inadequacy of current prognostic biomarkers. Programmed cell death (PCD) is crucial in BLCA initiation, progression, and treatment, yet the interplay and specific roles of different PCD pathways in BLCA prognosis remain elusive. This study aimed to develop and validate predictive models by integrating 14 PCD patterns using comprehensive analyses of bulk RNA and single-cell RNA transcriptomic data from TCGA-BLCA and six GEO datasets. Through weighted gene co-expression network (WGCNA) analyses,
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Prostate cancer remains a major global health concern for men, with hypoxia and immune escape being key drivers of tumor progression; however, no reliable diagnostic signature integrating both processes has been established for clinical use. In this study, we integrated RNA sequencing and microarray data from The Cancer Genome Atlas (TCGA)-PRAD, Genotype-Tissue Expression (GTEx), and Gene Expression Omnibus (GEO) datasets to identify hypoxia and immune escape-related genes (HIERGs). Through differential expression analysis, functional enrichment, and machine learning algorithms including Rando
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Tumour hypoxia is associated with treatment resistance and adverse outcome in cervical cancer, but clinically robust methods for hypoxia stratification remain limited. We developed and validated a cervical cancer hypoxia-associated gene expression signature derived from experimentally defined hypoxia.
METHODS: Five cervical cancer cell lines were exposed to normoxia or hypoxia for 24 h and RNA sequencing was used to identify hypoxia-responsive genes. Candidate genes were mapped to the TCGA cervical cancer dataset and used to train a Prediction Analysis for Microarrays classifier.
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Genome-wide approaches have unveiled multiple aspects of primary brain and spinal cord cancers regarding oncogenic processes, the tumor microenvironment, and mechanisms of resistance and sensitivity to therapy (among many others). In this review, we provide a brief overview of the possibilities that the current and highly diverse omics techniques offer for genomic landscape characterization, and how they can enhance our understanding of gliomas and glioneuronal tumors. More specifically, we discuss available methodologies for transcriptomics profiling (gene expression, alternative splicing, RN
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Bladder cancer is frequent and highly recurrent. Despite recent advances, knowledge gaps remain in molecular mechanisms underlying disease progression. In this study, we apply integrated multi-omic analyses to a cohort of 48 bladder cancer patients to comprehensively profile genetic, epigenetic, transcriptomic, and spatial features. Combining cell-free DNA sequencing, long-read tumor DNA-sequencing, RNA-sequencing, and spatial transcriptomics, we explore molecular alterations driving bladder cancer. We find frequent somatic LINE-1 (L1) insertions, and show that these L1 insertions are active a
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BackgroundThe main aim of this study is to identify prognostic biomarkers through integrating bioinformatics analysis in gastric cancer, which is a significant global health challenge.MethodsGene expression datasets related to blood, tissue, and saliva in gastric cancer were downloaded from the Gene Expression Omnibus (GEO) database and analyzed. The bioinformatics approaches included the identification of differentially expressed genes (DEGs) and enrichment analysis, as well as Kaplan-Meier Plotter survival analysis. The DEGs were also validated through The Cancer Genome Atlas (TCGA) database
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Gastric cancer peritoneal metastasis (GCPM) is a distinct clinical entity with a poor prognosis, characterized by aggressive features and limited treatment options. Understanding its molecular biology is critical for developing effective therapies. We performed whole genome and transcriptome sequencing on GCPM samples and partially paired primary gastric cancer (GC) tissues from 14 and 26 patients, respectively. Our analysis reveals substantial intra-patient heterogeneity between GCPM and primary tumors at both genetic and functional levels. Inter-patient variability is observed in mutational
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: Supratentorial ependymomas (ST-EPN) are often life-threatening brain tumors that are characterized by significant molecular heterogeneity. Hypoxia contributes to this heterogeneity, but the extent and nature of this relationship remain unclear. This poses challenges for effective treatment strategies, demanding a more holistic and detailed understanding of the underlying biology. In this study, we employed single-nucleus (n = 63) and spatial (n = 30) transcriptomics to delineate the cellular and spatial landscape of ST-EPN. Characterizing the transcriptional consensus programs of t
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования