BACKGROUND: The collection and aggregation of individual genomic data into large-scale repositories is now a common approach in biomedical research. Funding agencies increasingly require researchers to include data sharing plans in new project proposals, unless there are strong, clearly justified reasons. While sharing human genomic data promotes scientific discovery, innovation, and transparency, it also raises significant ethical, legal, and social concerns (ELSI). This review collated evidence on data sharing practices, context, facilitators and barriers in collaborative human genomic resea
СтатьяСистематический обзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Here we developed a DNA-centric strategy for optimizing site-specific recombination by rationally engineering chimeric attachment sites. The high-activity att variants enhance Bxb1-mediated integration efficiency in human cells and plants. Among these att variants, the engineered attB(V111) site achieved 51.9% integration efficiency in HEK293T cells (1.7-fold versus wild-type attB) and 35.6% in rice protoplasts (4.4-fold versus wild-type attB). When paired with an engineered single protein mutant in the Bxb1 catalytic domain, the optimized system achieved targeted integration efficiencies of 3
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Canine mammary tumors (CMTs) are the most prevalent neoplasms in intact female dogs, accounting for up to 50% of all neoplasms, with malignancy rates ranging from 50% to 89%. Human breast cancer (HBC) remains a leading cause of cancer morbidity and mortality worldwide. Both diseases exhibit remarkable biological and molecular similarity, making the domestic dog an excellent spontaneous model for studying HBC. CMTs and HBC share histopathological features. They also have comparable classification systems, including hormone receptor-based subtypes (luminal A, luminal B, HER2-positive) and the tr
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Human adenovirus (HAdV)-114 (P7H3F3) is a newly identified recombinant genotype, while recent studies suggest that it likely represents a previously circulating HAdV-3 strain. A total of 413 strains previously identified as HAdV-3 from 20 Chinese provinces during 2000-2024, along with 125 GenBank-derived HAdV-3 strains (1988-2023), underwent genotype reconfirmation and genetic evolutionary analysis using the penton base, hexon, and fiber genes. Furthermore, 97 representative strains were selected for whole-genome analysis to determine their genetic recombination patterns. Of the 538 analyzed s
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: This study aimed to isolate and systematically characterize the emerging Rickettsia koreansis from ticks in China, define its genomic features, and assess its clinical and epidemiological significance for human health.
METHODS: Rickettsiae were isolated from larval Rhipicephalus microplus ticks by cell culture and biologically characterized. Whole-genome sequencing and assembly were performed for phylogenetic analysis. Comparative genomics was used to identify functional features. Human infections were confirmed by pathogen-specific PCR and serological assays, and clinical charact
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: Salmonella Infantis has emerged as a significant cause of foodborne illness, largely due to its increasing antimicrobial resistance (AMR) and capacity to cause widespread disease. A key contributor to its emergence is the acquisition of the pESI plasmid, which harbors multiple virulence genes and resistance determinants to multiple antimicrobial classes. This enhances the spread of multidrug-resistant strains, complicating treatment and increasing infection risks. To understand the genetic factors contributing to the growing prevalence of S. Infantis, whole genome sequencing (WGS)
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Community-associated Clostridioides difficile infections (CA-CDI) remain a concern in Canada, comprising a quarter of cases previously reported through the Canadian Nosocomial Infection Surveillance Program. Previous Canadian studies have reported toxigenic C. difficile isolated from Canadian retail meat, suggesting that it may be a source of exposure for CA-CDI in Canada. In this study, 3/219 (1.4%) of retail pork and 0/99 (0%) of retail beef samples tested positive for toxigenic C. difficile, which were molecularly characterized by PCR ribotyping and whole-genome sequencing. All three isolat
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: Patients with radiographically detectable lesions in their brain or other symptoms compatible with brain tumors pose challenges for diagnosis. The only definitive way to diagnose such patients is through brain biopsy, an invasive and dangerous procedure. In this study, we present a new workflow termed "CSF-BAM" that simultaneously identifies B-cell or T-cell receptor sequences, aneuploidy, and mutations using amplification of both strands of the DNA from cerebrospinal fluid (CSF) samples. We applied CSF-BAM to a validation set of 209 samples from patients with brain cancers. Among
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BackgroundMigraine is a common primary headache disorder with a significant genetic component influencing its pathophysiology, in which the trigeminal system plays a central role. The spontaneous trigeminal allodynia (STA) inbred rat strain is a validated migraine model that exhibits a chronic cephalic hypersensitive phenotype, responsive to specific migraine treatments. The heritable STA trait presents a unique opportunity to dissect the genetic component of migraine.MethodsSTA rats were backcrossed twice with wild-type (WT) Sprague-Dawley (SD) rats and whole-genome sequencing was performed o
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Background/Objectives: The further application of high-coverage whole genome sequencing in fields such as paleogenomics, forensic investigations, and conservation genomics is impeded by two major barriers: extremely high costs and stringent sample requirements. Utilizing low-coverage sequencing offers a practical solution to these constraints; however, this approach introduces a primary challenge-the necessity to reconstruct distorted genomic information for downstream analysis. Methods: Analytical experiments conducted on low- to medium-coverage sequencing data confirmed the accuracy of sever
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Escherichia coli sequence type 648 (ST648), a lineage within the clinically important phylogroup F, has disseminated worldwide in humans and animals. In this study, we performed whole-genome sequencing and comparative genomic analysis for two New Delhi metallo-beta-lactamase (blaNDM-5) carrying E. coli strains: ECsOL198, recovered from a wild Eurasian otter in Northern Lebanon, and ECOL247, isolated from a hospitalized leukemia patient. Both isolates belonged to phylogroup F and serotype O9:H4, and exhibited IncFIA, IncFIB, and IncFII plasmids. They shared a similar antimicrobial resistance pr
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Neisseria gonorrhoeae is a human pathogen of major public health importance due to its increasing global prevalence and antimicrobial resistance (AMR). Evidence suggests that oropharyngeal infection plays a key role in N gonorrhoeae transmission and AMR; however, our understanding of oropharyngeal gonorrhoea pathogenesis is poor. A controlled human infection model (CHIM) for oropharyngeal gonorrhoea will improve understanding of infection and accelerate urgently needed novel gonorrhoea prevention and therapeutic strategies. As the first step in the development of this CHIM, we desc
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Genomic characteristics and optimal treatment of Corynebacterium jeikeium remain largely unknown. We collected clinical information and performed whole-genome sequencing analysis of the causative strains of six cases of C. jeikeium infection at a single hospital over a 9-year period. Additionally, whole-genome sequencing analysis was performed on 33 C. jeikeium strains from cases of bloodstream infection at eight hospitals. Antimicrobial susceptibility testing was performed, and the results were compared to the resistance genes identified. Publicly available genome data of strains of C. jeikei
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Selective forces in the environment drive bacterial adaptation to novel niches, choosing the fitter variants in the population. However, in dynamic and changing environments, the evolutionary processes controlling bacterial adaptation are difficult to monitor. Here, we follow 9 people with cystic fibrosis chronically infected with Pseudomonas aeruginosa, as a proxy for bacterial adaptation. We identify and describe the bacterial changes and evolution occurring between 15 and 35 yr of within-host evolution. We combine whole-genome sequencing, RNA sequencing, and metabolomics and compare the evo
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
ATRX limits the accumulation of human cytomegalovirus (HCMV) Immediate Early (IE) proteins at the start of productive, lytic infections, and thus is a part of the cell-intrinsic defenses against infecting viruses. ATRX is a chromatin remodeler and a component of a histone chaperone complex. Therefore, we hypothesized ATRX would inhibit the transcription of HCMV IE genes by increasing viral genome heterochromatinization and decreasing its accessibility. To test this hypothesis, we quantitated viral transcription and genome structure in cells replete with or depleted of ATRX. We found ATRX did i
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Genome-wide sequencing metadata allows researchers to infer bias in the relative frequencies of mutational events and to predict putative mutagenic models. In addition, much less data could be useful in the evaluation of the mutational frequency spectrum and the prevalent local mutagenic process. Here we analyzed the PAX6 gene locus for mutational spectra obtained in our own and previous studies and compared them with data on other genes as well as the whole human genome. MLPA and Sanger sequencing were used for mutation searching in a cohort of 199 index patients from Russia with aniridia and
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Since the beginning of the XXI Century, the yellow fever virus (YFV) has been cyclically spreading from the Amazon basin to Brazil's South and Southeast regions, culminating in an unprecedented outbreak that started in 2016. In this work, we studied four YFV isolated from non-human primates obtained during outbreaks in the states of Rio Grande do Sul in 2008 (PR4408), Goiás (GO05), and Espírito Santo (ES-504) in 2017, and Rio de Janeiro (RJ 155) in 2019. These isolates have genomic differences mainly distributed in non-structural proteins. We compared the isolates' rates of infection in mammal
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Primary vaginal neuroendocrine carcinoma (NEC) is extremely rare among female genital tract tumors. Here, we report 2 cases of vaginal small cell NEC (SCNEC) using immunohistochemistry and next-generation sequencing (NGS) analysis. The 2 patients were in their mid-to-late 70s, presented with abnormal vaginal bleeding and had a vaginal submucosal mass. The biopsied or resected tumors showed a typical neuroendocrine morphology consisting of solid nests of atypical tumor cells, with no specific organoid patterns, and proliferating in the vaginal submucosa. Immunohistochemical analysis showed stro
Клинический случайСтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We investigated whether the increased prevalence of gentamicin resistance in Salmonella from human infections was related to a similar increased prevalence in isolates from broiler chickens and whether this increase may have been due to coselection from use of lincomycin-spectinomycin in chickens on farms. Whole-genome sequencing was performed on gentamicin-resistant (Genr) Salmonella isolates from human and chicken sources collected from 2014 to 2017 by the Canadian Integrated Program for Antimicrobial Resistance Surveillance (CIPARS). We determined the genomic relatedness of strains and char
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: Human malignant pleural mesothelioma (MPM) is characterized by dismal prognosis. Consequently, dissection of molecular mechanisms driving malignancy is of key importance. Here we investigate whether activating mutations in the telomerase reverse transcriptase (TERT) gene promoter are present in MPM and associated with disease progression, cell immortalization, and genomic alteration patterns.
EXPERIMENTAL DESIGN: TERT promoters were sequenced in 182 MPM samples and compared with clinicopathologic characteristics. Surgical specimens from 45 patients with MPM were tested for in vitro i
СтатьяМногоцентровое исследованиеПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования