Sepsis-induced liver injury (SILI) is a severe complication of sepsis and is strongly associated with adverse clinical outcomes. However, the molecular mechanisms driving SILI pathogenesis remain poorly understood. In this study, we applied data-independent acquisition (DIA)-based quantitative proteomics to characterize protein expression profiles in liver tissues from 7 patients with SILI and 14 control patients. A total of 335 proteins were significantly dysregulated in SILI liver tissues, including 126 upregulated and 209 downregulated proteins. GO and KEGG pathway analyses revealed that th…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Proteomics has become a data-rich discipline, supported by high-throughput mass spectrometry (MS), public repositories, community standards, and increasingly scalable computational workflows. However, the public availability of proteomics datasets does not guarantee that they can be reanalyzed, compared with other studies, integrated with other omics layers, or used to support clinical interpretation.
AREAS COVERED: This review addresses the standards, infrastructures, and analytical practices required to make proteomics reusable beyond the initial publication. We discuss the di…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Evidence from randomised controlled trials shows that vitamin C (VC) supplementation may improve cardiometabolic health outcomes in people with type 2 diabetes (T2D). Plasma proteomics may help to further enhance our understanding of VC's therapeutic effects and biological mechanisms in T2D. Therefore, our aim was to explore the effects of VC supplementation on the plasma proteome in people with T2D.
METHODS: A double-blind, placebo-controlled, crossover trial was undertaken in people with T2D, who were administered 1000 mg/day VC or placebo for 4 months. Plasma proteins in 26 par…
СтатьяРандомизированное исследованиеПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Metabolomics, the study of small molecules in biological systems, is a powerful tool for understanding biochemical pathways, discovering biomarkers, and elucidating disease mechanisms. This chapter provides a guide to performing metabolomics data analysis in R, focusing on enrichment analysis and network-based approaches. It covers essential steps in data processing, quality control (QC), differential expression analysis, integration with proteomics using multi-omics factor analysis (MOFA), and statistical network analysis, as well as enrichment analysis using prior knowledge. The methods outl…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The Serratia marcescens complex comprises several closely related species with potentially distinct epidemiological characteristics. Recent descriptions of new species further complicate accurate identification using routine clinical microbiology methods. We aimed to compare the current species-level identification by MALDI-TOF MS with Whole Genome Sequencing (WGS)-based approaches and to assess concordance among different diagnostic genomic tools.
METHODS: Overall, 107 Serratia bloodstream isolates were analysed. Initial identification was performed by MALDI-TOF MS. WGS data were
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: To evaluate and identify urinary biomarkers for the early diagnosis and staging of diabetic kidney disease (DKD).
METHODS: This study enrolled 200 participants, including healthy controls (NDM, n=50) and patients with type 2 diabetes. The diabetic patients were stratified by urinary albumin-to-creatinine ratio (ACR) into the following groups: normoalbuminuria (SDM, n=50), microalbuminuria (MADKD, n=50), and macroalbuminuria (ADKD, n=50). Utilizing an integrated multi-dimensional screening strategy, we systematically evaluated traditional urinary protein markers (urinary retinol-bi
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) archives underpin dermatopathology and translational oncology, enabling clinically annotated melanoma cohorts, but cohort-scale proteomics remains limited by labor and variability in upstream processing. We established a plate-scale, acoustic FFPE proteomics workflow and integrated it with AI-assisted digital pathology to support composition-aware molecular profiling from routine sections. The optimized pipeline reduces handling steps, is designed to improve reproducibility, and supports rapid parallel processing in a 96-well format. Deep data-independe…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Baseline biomarkers anticipating outcome in primary central nervous system lymphoma (PCNSL) are limited, and classical scores re … AUC 0.71, driven by the immune signatures rather than a whole-proteome search.
CONCLUSIONS: Plasma proteomics identifies a reproducible Inflamed state in PCNSL associated with shorter OS and PFS that improves discrimination beyond clinical scores and stratifies the risk of early treatment failure. These findings support prospective evaluation of a focused i …
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Although inflammatory and immune mechanisms are known to play a crucial role in the pathogenesis of poor ovarian response (POR), their specific functions remain unclear. This study aimed to compare inflammatory proteins in the follicular fluid of POR patients and those with normal ovarian reserve using Olink proteomics to identify differentially expressed proteins (DEPs) and their related pathways. Using the Olink Reveal platform, bioinformatics, and machine-learning models, we identified 50 DEPs. Correlation and protein-protein interaction analyses revealed relationships between key proteins,…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
1. Previous work has demonstrated that chronic cyclic heat stress (HS; 33°C for 8 h/day) resulted an 18.2% reduction in broiler breast muscle compared to a thermoneutral cohort (TN; 23°C). Given the deleterious impact of HS on broiler breast muscle mass, mass spectrometry (MS)-based proteomics was employed in the following trial to compare muscle protein expression in broiler chicken kept under HS or TN conditions. This investigated molecular mechanisms involved in HS-induced reduction of breast muscle mass.2. The experiment ran in broilers aged days 15-35. Acclimation occurred from day 15 to …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Blood-based biomarkers for stroke subtyping could improve triage in emergency settings. We used cross-platform proteomics to identify plasma biomarkers differentiating major stroke diagnostic groups.
METHODS: We conducted a case-control study using 2 biorepositories. Plasma was collected in the emergency department from adults with suspected stroke before therapeutic intervention. Differentially enriched proteins were identified across acute ischemic stroke, intracerebral hemorrhage, transient ischemic attack, and stroke mimics using SomaScan discovery proteomics (Grady). Differen…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND There is a lack of effective predictive methods for post-pancreatitis diabetes mellitus (PPDM-A) in clinical practice. This exploratory study aimed to identify candidate computed tomography (CT) and plasma proteomic features associated with subsequent PPDM-A and to assess their preliminary discriminatory performance. MATERIAL AND METHODS This retrospective single-center study compared CT imaging features and clinical data between post-pancreatitis normal glucose (PPNG-A, n=10) and PPDM-A (n=9) groups. Differential plasma protein expression was analyzed using proteomics. Correlations…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Glaucoma is a leading cause of irreversible blindness, driven by progressive Retinal ganglion cell loss and optic nerve degeneration. The molecular mechanisms underlying primary open angle glaucoma (POAG) remain unclear, and current intraocular pressure-lowering therapies often do not halt disease progression. Moreover, limited molecular data from Asian patient cohorts restrict population-specific therapeutic development. This study describes comprehensive serum proteomic analysis of age-matched, clinically validated Indian POAG patients to identify molecular markers and pathways linked to gla
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The gut microbiome is the vast, diverse ecosystem of microorganisms that inhabits the human intestines and provides numerous essential functions for the host. One such key role is the metabolism of primary bile acids that are biosynthesized in the host liver into a plethora of secondary bile acids produced by gut bacteria. These metabolites serve as both antimicrobial and chemical signaling agents within the host. The critical microbial enzyme that plays a gatekeeping role in secondary bile acid metabolism is bile salt hydrolase (BSH), a cysteine hydrolase that is primarily known for its decon
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Proteolysis-targeting chimeras (PROTACs) are heterobifunctional molecules that induce selective degradation of target proteins by hijacking the ubiquitin-proteasome system (UPS). Despite their transformative potential in eliminating disease-associated proteins, comprehensively identifying off-target degradation events remains technically challenging. Here, we employed an integrated proteomic and ubiquitinomic strategy to systematically profile the degradation landscape of the PROTAC molecule dBET1 in Jurkat T cells. By capturing the upstream ubiquitination events─which serve as earlier and mor
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: To systematically identify plasma proteins associated with cataract development and explore their potential causal relationships. Design: Prospective population-based cohort study with integrated Mendelian randomization (MR) and colocalization analyses. Participants: Forty-nine thousand, five hundred and eighty-one UK Biobank participants free of cataract at baseline.
METHODS: Cox proportional hazards models were used to assess associations between 2920 plasma proteins and cataract risk, followed by MR to evaluate causal relationships. Colocalization analysis was conducted to exami
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The apolipoprotein E (APOE) locus is the strongest genetic risk factor for late-onset Alzheimer's disease (AD). Variation in APOE isoforms is known to have diverse pleiotropic effects on circulating lipids and other metabolites, but effects on the circulating proteome across the life course are not well characterised. We investigated the specific effects of APOE ε4 and APOE ε2 carriage on the circulating proteome in middle-age and later life.
METHODS: In primary modelling, we analysed associations of APOE ε4 and ε2 carriage (reference ε3/ε3) with circulating proteins in UK Biobank
СтатьяПрепринтПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Brucella is a zoonotic pathogen causing brucellosis. Current serological tests cannot differentiate infected from vaccinated animals (DIVA) due to antibody interference from live vaccines. This study used parallel accumulation-serial fragmentation (PASEF)-based quantitative proteomics to compare virulent S2308 and vaccine A19 strains of Brucella abortus. Among 2,131 identified proteins, 302 were differentially expressed, including 43 and 32 proteins exclusive to S2308 and A19, respectively. Bioinformatic analysis showed enrichment in metabolic and transport functions. The transcriptional regul…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Leucine-rich repeat kinase 2 (LRRK2) variants are the most common cause of inherited Parkinson's disease (PD), and the hyperactivity of the LRRK2 variants represent a validated drug target for PD. The penetration of common LRRK2 variants is incomplete, underscoring the need for molecular biomarkers that predict disease onset and guide therapeutics development. Here, we analyzed large datasets of cerebrospinal fluid (CSF) and urinary proteomics from the Parkinson's Progression Markers Initiative (PPMI) and identified distinct lysosomal and immune protein signatures as potential biomarkers for L…
СтатьяПрепринтПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Maternal-embryo interactions play a critical role in early mammalian development, with extracellular vesicles (EVs) playing a key role in intercellular communication. Recent studies have focused on the mechanisms by which maternal-derived factors, such as RNA, proteins, and metabolites influence gap junctions, EVs, and direct cell-to-cell interactions, contributing to embryonic development. In this study, using a proteomics approach, we investigated the impact of EVs secreted from porcine endometrial cells (pEECs) and their protein cargoes on embryonic development. We characterized EVs isolate…
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования