Antisense-mediated exon skipping has been used to treat Duchenne muscular dystrophy (DMD) by restoring the DMD reading frame to express partially functional dystrophin. However, difficulty in designing effective antisense oligonucleotides (ASOs) has hindered the development of clinically effective therapies. Here we describe a robust bipartite ASO design, termed 5' splice site decoy (5D)-ASO, in which a short tail sequence is employed to enhance the splicing repression exerted by an antisense moiety. The tail carried by the antisense moiety to an exon of interest in a target pre-mRNA interfere
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Fusion genes have emerged as pivotal oncogenic drivers across diverse cancer types. The predominant mechanisms underlying fusion gene formation include chromosomal aberrations and intergenic mRNA trans-splicing. With advances in cancer genomics and transcriptomics, the identification, prevalence, and functional characterization of fusion genes have become major areas of investigation. In this study, we performed a comprehensive analysis of fusion events involving the family with sequence similarity 168B (FAM168B) and pleckstrin homology domain-containing B2 (PLEKHB2) in breast invasive carcino
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The placenta is critical for fetal development and mediates effects of pregnancy complications on offspring metabolic health yet remains poorly characterized in genomic studies. Existing transcriptomic analyses rely on adult tissue reference annotations, overlooking developmentally important splicing diversity. Using largest-in-class long-read RNA-seq (n = 72), we create a comprehensive placental transcriptome reference identifying 37,661 high-confidence isoforms (14,985 previously unannotated) across 12,302 genes (2,759 previously unannotated). Contrary to characterizations of the placenta as
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE: Whereas most human genes encode multiple mRNA isoforms with distinct function, clinical workflows for assessing this heterogeneity are not readily available. This is a substantial shortcoming, considering that up to 25% of disease-causing gene variants are suspected of disrupting mRNA splicing or mRNA abundance. Long-read sequencing can readily portray mRNA isoform diversity, but its sensitivity is relatively low due to insufficient transcriptome penetration.
METHODS: We developed and applied capture-based target enrichment from patient RNA samples combined with Oxford Nanopore long-…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mutation in minor spliceosome components is linked to the developmental disorder microcephalic osteodysplastic primordial dwarfism type 1 (MOPD1). Here, we inactivated the minor spliceosome in the developing mouse cortex (pallium) by ablating Rnu11, which encodes the crucial minor spliceosome small nuclear RNA (snRNA) U11. Rnu11 conditional knockout mice were born with microcephaly, which was caused by the death of self-amplifying radial glial cells (RGCs), while intermediate progenitor cells and neurons were produced. RNA sequencing suggested that this cell death was mediated by upregulation
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Accurate reconstruction and quantification of full-length RNA isoforms remain challenging in long-read RNA sequencing due to sequencing artifacts, complex splicing, and incomplete annotations. Although Pacific Biosciences circular consensus sequencing (PacBio CCS) provides high-fidelity long reads, scalable and annotation-flexible analysis frameworks remain limited. Here, we present ISAtools, an efficient framework specifically designed for PacBio CCS data. ISAtools introduces a splice site chain representation that unifies read alignments and transcript annotations into a compact format for s
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Programmed cell death (PCD) in unicellular organisms is not well characterized. This study investigated the transcriptomic response of Acanthamoeba castellanii to G418-induced PCD, focusing on the role of alternative splicing (AS). RNA sequencing revealed extensive transcriptional changes, affecting approximately 70% of annotated genes over six hours of treatment. This analysis also highlighted significant alterations in pathways related to cell cycle, proteolysis, and RNA splicing. Analysis of AS events identified 18,748 differentially spliced events, predominantly intron retention (IR). Inte…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Head and neck cancers include cancers that originate from a variety of locations. These include the mouth, nasal cavity, throat, sinuses, and salivary glands. These cancers are the sixth most diagnosed cancers worldwide. Due to the tissues they arise from, they are collectively named head and neck squamous cell carcinomas (HNSCC). The most important risk factors for head and neck cancers are infection with human papillomavirus (HPV), tobacco use and alcohol consumption. The genetic basis behind the development and progression of HNSCC includes aberrant non-coding RNA levels. However, one of th
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАОбзорПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The mechanism underlying selective IgG subclass deficiency is largely unknown in humans. We have previously reported the acquisition of a complete IgG2 deficiency in a leukemia patient after bone marrow transplantation. Southern blot analysis showed a deletion including the Cgamma2 and Cgamma4 genes on one chromosome in the donor, suggesting that the remaining Cgamma2 gene allele was silent. In the patient and his two IgG2 deficient brothers, the silent Cgamma2 gene showed both germ-line transcription and switch recombination and no structural defects were found in the intronic promoter or the
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
SARS-CoV-2, the causative agent of COVID-19, manipulates host gene expression through multiple mechanisms, including disruption of RNA processing. Here, we identify a novel function of the viral nonstructural protein 14 (NSP14) in inducing N 7-methylguanosine (m 7 G) modification in the internal sequences of host mRNA. We demonstrate that NSP14 catalyzes the conversion of guanosine triphosphate (GTP) to m 7 GTP, which is subsequently incorporated into mRNA by RNA polymerase II, resulting in widespread internal m 7 G modification. This activity is dependent on NSP14's N 7-methyltransferase ( N
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This review systematically examines the architectural and functional landscape of transposable element (TE)-derived chimeric RNAs, classifying them into three major categories: TE-coding gene chimeras, TE-lncRNA chimeras and TE-TE chimeras. We delineate four potential molecular mechanisms contributing to their biogenesis: transcriptional read-through coupled with cis-splicing, promoter hijacking by TE-derived regulatory elements, trans-splicing of independent transcripts and epigenetic regulation of TE genomic loci. Functionally, TE and their chimeric RNAs can coordinately participate in genom
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Understanding pre-mRNA splicing is crucial to accurately diagnosing and treating genetic diseases. However, mutations that alter splicing can exert highly diverse effects. Of all the known types of splicing mutations, perhaps the rarest and most difficult to predict are those that activate pseudoexons, sometimes also called cryptic exons. Unlike other splicing mutations that either destroy or redirect existing splice events, pseudoexon mutations appear to create entirely new exons within introns. Since exon definition in vertebrates requires coordinated arrangements of numerous RNA motifs, one…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Myotonic dystrophy type 1 (DM1) is a multisystemic disorder caused by a CTG repeat expansion in the DMPK gene. Aberrant messenger RNA (mRNA) splicing of several genes has been reported to explain some of the symptoms in DM1, but the cause of muscle wasting is still unknown. By contrast, many forms of muscular dystrophy are caused by abnormalities of the dystrophin-glycoprotein complex (DGC). alpha-Dystrobrevin is a key component of the DGC in striated muscle and plays important roles in maturation and signal transduction by interacting with alpha-syntrophin. The goal of this study
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A common strategy for the functional interpretation of genome-wide association study (GWAS) findings has been the integrative analysis of GWAS and expression data. Using this strategy, many association methods (e.g., PrediXcan and FUSION) have been successful in identifying trait-associated genes via mediating effects on RNA expression. However, these approaches often ignore the effects of splicing, which can carry as much disease risk as expression. Compared to expression data, one challenge to detect associations using splicing data is the large multiple testing burden due to multidimensiona
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
N 6-methyladenosine (m6A) is the most abundant modification in eukaryotic cells, and it regulates RNA transcription, processing, splicing, degradation, and translation. Long non-coding RNAs (lncRNAs), as transcriptional products with no or limited protein coding ability more than 200 nt in length, play an important role in epigenetic modification, mRNA transcription, splicing, stability, translation, and other biological functions. Extensive studies have shown that both m6A modification and lncRNAs are involved in the pathogenesis of various diseases, such as kinds of cancers, heart failure, A
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RNA-binding proteins regulate post-transcriptional gene translation, but the macrophage-specific role of Zc3h12c remains poorly characterized. Here, the role of Zc3h12c in macrophages is characterized using Tnfrsf11aCre-Zc3h12cflox/flox mice. Both Tnfrsf11a and Zc3h12c are highly expressed in the kidney tissue from patients with chronic kidney disease and showed a positive association with an interstitial fibrosis score. Single cell RNA sequencing demonstrated abundant Tnfrsf11a expression in murine kidney macrophages and a correlation with the induction of chemokines, macrophage phagocytosis,
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Arrhythmogenic right ventricular cardiomyopathy (ARVC) is a fatal genetic heart disease characterized by cardiac arrhythmias, in which fibrofatty deposition leads to heart failure, with no effective treatments. Plakophilin 2 (PKP2) is the most frequently mutated gene in ARVC, and although altered RNA splicing has been implicated, there are no models to study its effect and therapeutics. Here, we generate a mouse model harboring a PKP2 mutation (IVS10-1G>C) affecting RNA splicing, recapitulating ARVC features and sudden death starting at 4 weeks. Administering AAV-PKP2 gene therapy (adeno-assoc…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The accurate biogenesis of RNA-protein complexes is a key aspect of eukaryotic cells. Defects in Sm protein complex binding to snRNAs are known to reduce levels of snRNAs, suggesting an unknown quality control system for small nuclear ribonucleoprotein (snRNP) assembly. snRNA quality control may also be relevant in spinal muscular atrophy, which is caused by defects in the survival motor neuron (SMN)1 gene, an assembly factor for loading the Sm complex on snRNAs and, when severely reduced, can lead to reduced levels of snRNAs and splicing defects. To determine how assembly-defective snRNAs are
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Huntington disease (HD) is an autosomal inherited disorder that causes the deterioration of brain cells. The polyglutamine (polyQ) expansion of huntingtin (Htt) is implicated in the pathogenesis of HD via interaction with an RNA splicing factor, Htt yeast two-hybrid protein A/forming-binding protein 11 (HYPA/FBP11). Besides the pathogenic polyQ expansion, Htt also contains a proline-rich region (PRR) located exactly in the C terminus to the polyQ tract. However, how the polyQ expansion influences the PRR-mediated protein interaction and how this abnormal interaction leads to the biological con…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Papillary thyroid cancer (PTC) is an ever-increasing cancer type worldwide, and greatly decreases the life quality and affects survival time … ,639 RASEs. The genes of RASEs were enriched in DNA damage/repair, viral process, translation, and mRNA splicing pathways, which were tightly associated with the pathogenesis and progression of cancers. The splicing regulatory genes from regulated alternative splicing genes (RASGs) could partly explain the reason of global AS dysregulation by SK4-OE in BHT101 …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования