BACKGROUND AND AIMS: The prognoses and therapeutic responses of patients with intrahepatic cholangiocarcinoma (iCCA) depend on spatial inter … PPROACH AND RESULTS: Spatial multiomics, including imaging mass cytometry (n=155 in-house), spatial proteomics (n=155 in-house), spatial transcriptomics (n=4 in-house), multiplex immunofluorescence (n=20 in-house), single-cell RNA sequencing (scRNA-seq, n=9 in-house and n=34 public), bulk RNA-seq (n=244 public), and bulk proteomics (n=110 in-house and n=214 …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) has a poor survival rate due to late detection. PDAC arises from precursor microscopic lesions, term … surveyed using spatial omics (proteomic and transcriptomic). Findings were corroborated by spatial proteomics of PanIN and PDAC from tamoxifen-inducible KPC mice. We uncovered the organization of lymphoid cells into tertiary lymphoid structures (TLSs) adjacent to PanIN lesions. These TLSs lacked CD21+CD23+ B cells compared with more mature TLSs near the PDA …
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
β-Coronaviruses hijack host factors to remodel host endo-membranes to form double membrane vesicles (DMVs), which act as central hubs for the replication of viral genomes. Understanding the molecular mechanism underlying DMV formation is critical for developing effective antiviral strategies and has garnered significant attention. However, the host factors involved in DMV formation remain scanty. Here, we employed a bimolecular fluorescence complementation-based proximity labeling (BiFCPL) strategy to investigate the proteome of DMVs generated by co-expression of SARS-CoV-2 NSP3 and NSP4. Our
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Limited proteolysis mass spectrometry (LiP-MS) is a powerful approach for probing protein conformational changes on a proteome-wide scale. H … f protein-protein interaction sites. This method holds great promise for applications in structural proteomics and drug target identification.
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The yak, a unique inhabitant of low-oxygen environments, exhibits brain adaptability to hypoxic conditions. However, the impact of hypoxia on yak brain proteomics and the expression of the HIF2α/BNIP3L signaling pathway remains unexplored. This study utilized TMT-based proteomics analysis to identify differentially expressed proteins (DEPs) in the cerebral cortexes of 9-month-old yaks at high (n = 3) and low (n = 3) altitudes. Additionally, qRT-PCR, Western blot, immunohistochemistry, and immunofluorescence were used to analyze HIF2α, BNIP3L, Beclin1, LC3-II, and cleaved caspase-3 expression i…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Portal pulmonary hypertension (PoPH), a severe complication of portal hypertension (PHTN), is marked by elevated pulmonary arterial pressure, but its pathophysiological mechanisms are unclear. This study used proteomics to identify differentially expressed proteins (DEPs) and genes in Patients with PoPH compared to those with PHTN and healthy controls (HC), aiming to uncover potential biomarkers for diagnosis and treatment. Patients with liver cirrhosis and PHTN, admitted between January 2023 and May 2024, were classified into PoPH and non-PoPH (PHTN) groups based on echocardiography. Serum fr…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This study aims to investigate the early stages of lymphoid malignancy pathogenesis and identify novel pre-diagnostic proteomic markers for lymphoma. Using the SomaScan-7K platform, we analyzed 6,412 unique plasma proteins in a case-cohort study nested within the European Prospective Investigation into Cancer and Nutrition (EPIC) cohort, comprising 4,565 participants (484 incident lymphoid malignancy cases, median follow-up 9 years). We identified over 500 unique protein-lymphoid malignancy associations. Enriched pathways included viral protein interactions, cytokine signaling, B-cell receptor
СтатьяПрепринтПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Duchenne muscular dystrophy (DMD) is a fatal genetic muscle-wasting disease characterized by loss of dystrophin protein. Therapeutic attempt … lar characterization of dystrophin constructs with variable lengths using a mass spectrometry-based proteomics approach, providing insight into unique protein expression profiles in skeletal muscles of wild-type, dystrophic mdx4cv, and AAV-treated mdx4cv mice. Our data reveal several affected cellular processes in mdx4cv skeletal muscles with changes in the …
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This study aimed to evaluate the separation efficiency and loading capacity of four commercially available micro-flow liquid chromatography (micro-flow LC) columns with 1.0 mm i.d. (PepMap™ C18, HALO® ES-C18, YMC-Triart™ C18 and Acquity UPLC Peptide BEH C18, abbreviated as PepMap, HALO, YMC and BEH) for mass spectrometry-based proteomics analysis. Samples including cytochrome c (cyt-c), human plasma, and HeLa protein digest were used for the tests. The YMC showed much wider peak widths than the other columns, exhibited relatively poor identification results. However, the other three columns sh…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The exponential increase in proteomics data presents critical challenges for conventional processing workflows. These pipelines often consist of fragmented software packages, glued together using complex in-house scripts or error-prone manual workflows running on local hardware, which are costly to maintain and scale. The MSAID Platform offers a fully automated, managed proteomics data pipeline, consolidating formerly disjointed functions into unified, API-driven services that cover the entire process from raw data to biological insights. Backed by the cloud-native search algorithm CHIMERYS, a…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
High motility spermatozoa are good for cryopreservation and artificial insemination (AI) of mammalian semen. In this study, normal motility (NM) and low motility (LM) Mediterranean buffalo spermatozoa were compared using quantitative proteomics and phosphoproteomics techniques to screen for important proteins and phosphorylated proteins related to the motility of spermatozoa and to identify candidate protein molecular markers related to the quality of Mediterranean buffalo semen. Proteomics results identified 2550 proteins, with 119 proteins upregulated and 146 proteins downregulated in the LM…
СтатьяСравнительное исследованиеПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Extracellular vesicles (EVs) are membranous structures consisting of lipid bilayers that are released by most cell types and serve as import … olyethylene glycol precipitation (PEG), or EXODUS were compared in HEK293T cells and profiled using proteomics, which enabled the identification of almost 4000 proteins. Moreover, the observed large discrepancy between PEG and other methods can be attributed to the cofractionation of two EV populations that differed in density and protein composition, as rev …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Mechanisms for resistance to cytotoxic cancer drugs are dependent on dynamic changes in the biochemistry of cellular pathways, information which is hard to obtain at the systems level. Here we use a deep functional proteomics implementation of the Cellular Thermal Shift Assay to reveal a range of induced biochemical responses to gemcitabine in resistant and sensitive diffuse large B cell lymphoma cell lines. Initial responses in both, gemcitabine resistant and sensitive cells, reflect known targeted effects by gemcitabine on ribonucleotide reductase and DNA damage responses. However, later res…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A salient feature of ovarian carcinoma (OC) is its unique tumor microenvironment (TME) enabling early onset of transcoelomic dissemination v … es have so far not been integrated into clinical practice. Novel approaches applying affinity-based proteomics have more recently revolutionized biomarker research by providing systematic high-throughput analysis and highly sensitive detection. In the following, we discuss key findings in OC research applying these approaches to unravel intercellular crossta …
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Proteoforms, the endogenous forms of proteins that take into account all sources of variation (genetic as well as co- and post-translational), may be more relevant for understanding complex biological mechanisms, including disease phenotypes, than generically defined "protein families". Mass spectrometry-based top-down proteomics often utilizes electrophoretic techniques that rely on sodium dodecyl sulfate (SDS) to fractionate proteoforms prior to liquid chromatography-tandem mass spectrometry (LC-MS/MS) analysis. Methanol-chloroform-water (MCW) precipitation is commonly utilized for SDS remov…
СтатьяСравнительное исследованиеПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Sepsis is a critical condition characterized by a dysregulated immune response to infection. As sepsis develops to septic shock, its most severe form, morbidity and mortality increases. Hyaluronan is a key component of the extracellular matrix and the endothelial glycocalyx. In sepsis, plasma hyaluronan concentrations are increased and correlate with disease severity. In this study we aimed to explore and compare the proteomic profiles of hyaluronan-associated proteins in patients with the dysregulated immune response of septic shock and the sterile inflammation of acute alcohol-re
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVES: This study aimed to identify novel, non-invasive biomarkers for lupus nephritis (LN) through serum proteomics.
METHODS: Serum proteins were detected in patients with LN and healthy control (HC) groups through liquid chromatography-tandem mass spectrometry. The key networks associated with LN were screened out using Cytoscape software, followed by pathway enrichment analysis. The best candidate biomarkers were selected by machine learning models, further validated in a larger independent cohort. Finally, the expression of these candidate markers was verified in kidney tissue sample…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: More than half of patients with ischemic stroke experience futile reperfusion, increasing the risk of death and disabilities des … and Nissl staining was used to validate infarct size. Spatial transcriptomics complemented by bulk proteomics was conducted in the peri-infarct cortex region and validated with immunohistochemical semiquantification of proteins of interest. To avoid individual biological variations, changes in the peri-infarct cortex region were expressed relatively to the …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
High-grade serous ovarian cancer (HGSOC) is often detected at an advanced stage, where curative treatment options are limited. Recent advances in ultrasensitive mass spectrometry-based spatial proteomics have provided a unique opportunity to uncover molecular drivers of early tumorigenesis and novel therapeutic targets. Here, we present a comprehensive proteomic analysis of serous tubal intraepithelial carcinoma (STIC), the HGSOC precursor lesion, and concurrent invasive carcinoma, covering more than 10,000 proteins from ultra-low input archival tissue. STIC and HGSOC showed highly similar pro…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
PURPOSE OF REVIEW: Well conducted, prospective, blood-based biomarker studies on dementia risk are growing, providing valuable insights into … studies included in this review that focused on prospective studies of dementia that applied plasma proteomics, 36 proteins were identified in at least two independent cohorts, suggesting that blood-based proteomics detects consistent protein levels that may be altered years before dementia diagnosis.
SUMMARY: Blood-based biomarkers hold promise for early d …
СтатьяОбзорПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования