Common differentially expressed genes (DEGs) in acute lymphoblastic leukemia (ALL) and chronic lymphocytic leukemia (CLL) might play critical roles in the pathogenesis and process of leukemia. We collected RNA sequencing (RNA-seq) data of human CLL, ALL samples, and normal peripheral blood CD19+ B cells as well as thymus samples, and analyzed similarities and differences between their transcriptomes using Cuffdiff2, DESeq, and edgeR. Compared with the RNA-seq data of normal peripheral blood CD19+ B cells and thymus samples, there were a large number of DEGs in ALL and CLL. DEGs in ALL and CLL …
Сравнительное исследованиеСтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
N 6-Methyladenosine (m6A) is a prevalent RNA modification that regulates multiple aspects of RNA metabolism, including RNA localization, stability, decay, and translation. m6A deposition is catalyzed by distinct methyltransferase complexes, including the METTL3/14 complex and METTL16, which recognize different RNA sequence motifs. The biological effects of m6A are mediated by effector proteins that selectively recognize m6A-modified RNA. To identify previously uncharacterized m6A-binding proteins, we developed an RNA-binding protein domain array to systematically screen for candidate m6A effec
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RNA-Sequencing (RNA-Seq) represents a powerful approach for discovering SNPs in coding regions (cSNPs) which can alter the amino acid sequence of the encoded proteins and have predicted deleterious effects in proteins, underlying disease susceptibility or resistance. RNA-Seq data from peripheral blood (PB) and ileocecal valve (ICV) samples collected from fourteen Holstein cattle with focal (N = 5) and diffuse (N = 5) paratuberculosis (PTB)-associated lesions and without lesions (N = 4) in gut tissues was used to identify deleterious cSNPs that were unique to each group of animals. PB and ICV s…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Chronic hepatitis B virus (HBV) infection is a major etiology of hepatocellular carcinoma (HCC), with cancer stem cells (CSCs) playing a cri … analysis. Subsequent pseudotime trajectory and CytoTRACE2 analysis of single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) data identified Cluster 4 (C4) as a putative stemness-associated endothelial subpopulation, from which 21 differentially positive-HBV-expressed genes (DPEGs) were derived. In bulk RNA sequencing (bulk RNA-seq), weighted gene co-expression network a …
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: The incidence of ulcerative colitis (UC) has been steadily increasing in recent years. Current treatments are only effective for some patients, highlighting the need to find novel therapeutic targets. Lactylation, a post-translational modification, remains poorly understood in UC. This study examines the role of the lactylation-related gene DCBLD1 in the pathogenesis of UC through multi-omics analysis.
METHODS: Summary-data-based Mendelian Randomization (SMR) analysis identified DCBLD1 as a lactylation-related gene associated with UC risk. Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) ex…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Hyperpigmentation of the visceral peritoneum (HVP) is a pigmentation abnormality in chickens that adversely affects carcass appearance, consumer acceptance, and poultry production. However, the genetic basis of HVP remains unclear. To investigate the causes and regulatory mechanisms of HVP, we employed high-performance liquid chromatography (HPLC), bulk RNA sequencing (RNA-seq), qRT-PCR, Western blotting, and siRNA interference. Additionally, single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) was used to examine gene expression at the cellular level. Anatomical examination and hematoxylin and eosin (HE) s…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Advancement of gene expression measurements in longitudinal studies enables the identification of genes associated with disease severity ove … , DeepSAGE technology was used to measure the gene expression, with a subsample also measured using RNA-Seq technology. At time point 2, all samples were measured using RNA-Seq technology. Significant associations between gene expression measured by DeepSAGE and disease severity using data from the first time point could not be replicated by the RNA-Seq d …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Identifying safe and broad-spectrum antiviral and anti-inflammatory agents remains an urgent need in infectious and inflammatory diseases. Here, we demonstrated that MNS (NSC170724), a small-molecule nitrovinyl benzodioxole, enhanced antiviral defense while limiting excessive inflammation.
METHODS: The antiviral activity of MNS was evaluated in multiple cell lines and mouse infection models across DNA and RNA viruses. Virus-induced and LPS-induced inflammatory responses were assessed using RT-qPCR, ELISA and western blotting. Bulk RNA-seq and ATAC-seq were performed to define tran…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) has opened unprecedented possibilities to explore the complexity of the immune system. However, existing methods primarily rely on expression-based clustering analysis, which lacks mechanistic explanations for immune cell states and encounters challenges in integrating multi-scale data.
METHODS: We developed a network-informed deconvolution framework that constructs Bayesian network-derived regulatory structures using immune-related genes from context-matched bulk RNA-seq datasets. Network markers were extracted from these structures and pr…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Sensitive methods for detection of cell-free RNA (cfRNA) could facilitate non-invasive gene expression profiling and monitoring of diseases1-6. Here we describe RARE-seq (random priming and affinity capture of cfRNA fragments for enrichment analysis by sequencing), a method optimized for cfRNA analysis. We demonstrate that platelet contamination can substantially confound cfRNA analyses and develop an approach to overcome it. In analytical validations, we find RARE-seq to be approximately 50-fold more sensitive for detecting tumour-derived cfRNA than whole-transcriptome RNA sequencing (RNA-seq…
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The alterations in myometrial biology during labor are not well understood. The myometrium is the contractile portion of the uterus and contributes to labor, a process that may be regulated by the steroid hormone progesterone. Thus, human myometrial tissues from term pregnant in-active-labor (TIL) and term pregnant not-in-labor (TNIL) subjects were used for genome-wide analyses to elucidate potential future preventive or therapeutic targets involved in the regulation of labor. Using myometrial tissues directly subjected to RNA sequencing (RNA-seq), progesterone receptor (PGR) chromatin immunop…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Despite the nuclear localization of the m6A machinery, the genomes of multiple exclusively-cytoplasmic RNA viruses, such as chikungunya (CHIKV) and dengue (DENV), are reported to be extensively m6A-modified. However, these findings are mostly based on m6A-Seq, an antibody-dependent technique with a high rate of false positives. Here, we address the presence of m6A in CHIKV and DENV RNAs. For this, we combine m6A-Seq and the antibody-independent SELECT and nanopore direct RNA sequencing techniques with functional, molecular, and mutagenesis studies. Following this comprehensive analysis, we fin
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
INTRODUCTION: Preeclampsia (PE) and fetal growth restriction (FGR) are clinically distinct but biologically overlapping placental insufficiency syndromes. Whether they share a transferable upstream regulatory program across cohorts and placental cell compartments remains unclear.
METHODS: We analyzed public placental transcriptomes with a regulator-centered framework. Recurrent regulators across PE, IUGR, and PEIUGR were identified in GSE114691, and a fixed axis from their downstream targets was projected unchanged into villous RNA-seq (GSE203507), microarray (GSE147776), and single-cell RNA-…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
RNA-binding proteins (RBPs) govern mRNA fate and critically regulate spermatogenesis. The poly(rC)-binding protein 2 (PCBP2), a testis-enriched RBP, remains uncharacterized in spermatogenesis. In this study, we identified and validated PCBP2 downregulation in testicular tissues from patients with non-obstructive azoospermia (NOA) by integrating bulk and single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) datasets. To investigate its function, we generated mice with a germline-specific ablation of Pcbp2. These mice exhibited delayed meiotic prophase and impaired spermiogenesis. Specifically, we observed a r…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Epigenome, transcriptome, and proteome analyses of postmortem brains have revealed initial molecular insights into cocaine use disorder (CUD). However, the inter-relationship between these omics and the contribution of individual cell types remains largely unknown. We present an in-depth analysis of molecular changes in the ventral striatum in CUD at multi-omics and single-cell resolution. Integrative multi-omics analyses of microRNA sequencing (microRNA-seq), RNA sequencing (RNA-seq), and proteomics datasets in 41 individuals and single-nuclei RNA-seq in a subset of 16 individuals revealed co…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The intestine is a highly compartmentalized organ, with distinct segments exhibiting both varying susceptibilities and responses to enteric pathogens, although the cellular and molecular bases of these responses remain elusive. Here, we used Salmonella Typhimurium (S. Tm), a prominent enteric pathogen that causes human colitis, to establish a murine model of Salmonella enterocolitis. By integrating bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, and spatial RNA-seq data, we present a comprehensive spatiotemporal single-cell transcriptomic landscape of the colon over a week-long time course of infection. We…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Inflammation, acinar atrophy, and ductal hyperplasia drive pancreatic remodeling in newborn cystic fibrosis (CF) ferrets lacking a functional cystic fibrosis conductance regulator (CFTR) channel. These changes are associated with a transient phase of glucose intolerance that involves islet destruction and subsequent regeneration near hyperplastic ducts. The phenotypic changes in CF ductal epithelium and their impact on islet function are unknown. Using bulk RNA sequencing (RNA-seq), single-cell RNA sequencing (scRNA-seq), and assay for transposase-accessible chromatin using sequencing (ATAC-se…
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Neurodevelopmental cell communication plays a crucial role in neuroblastoma prognosis. However, determining the impact of these communication pathways on prognosis is challenging due to limited sample sizes and patchy clinical survival information of single cell RNA-seq data. To address this, we have developed the cell communication pathway prognostic model (CCPPM) in this study. CCPPM involves the identification of communication pathways through single-cell RNA-seq data, screening of prognosis-significant pathways using bulk RNA-seq data, conducting functional and attribute analysis of these …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Age-related macular degeneration (AMD) is a leading cause of blindness, affecting 200 million people worldwide. To identify genes that could be targeted for treatment, we created a molecular atlas at different stages of AMD. Our resource is comprised of RNA sequencing (RNA-seq) and DNA methylation microarrays from bulk macular retinal pigment epithelium (RPE)/choroid of clinically phenotyped normal and AMD donor eyes (n = 85), single-nucleus RNA-seq (164,399 cells), and single-nucleus assay for transposase-accessible chromatin (ATAC)-seq (125,822 cells) from the retina, RPE, and choroid of 6 A…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
OBJECTIVE: Multidisciplinary studies of posttraumatic stress disorder (PTSD) and major depressive disorder (MDD) implicate the dorsolateral prefrontal cortex (DLPFC) in disease risk and pathophysiology. Postmortem brain studies have relied on bulk-tissue RNA sequencing (RNA-seq), but single-cell RNA-seq is needed to dissect cell-type-specific mechanisms. The authors conducted the first single-nucleus RNA-seq postmortem brain study in PTSD to elucidate disease transcriptomic pathology with cell-type-specific resolution.
METHOD: Profiling of 32 DLPFC samples from 11 individuals with PTSD, 10 wi…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования