Recent crystal structures of RNA-dependent RNA polymerase (3Dpol) from Coxsackievirus B3 (CVB3) revealed that a tyrosine mutation at Phe364 (F364Y) resulted in structures with open active site whereas a hydrophobic mutation at Phe364 (F364A) led to conformations with closed active site. Besides, the crystal structures showed that the F364W mutation had no preference between the open and closed active sites, similar to wild-type. In this paper, we present a molecular dynamics (MD) study on CVB3 3Dpol in order to address some important questions raised by experiments. First, MD simulations of F3
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: Phenoloxidase (PO)-catalyzed melanization is a universal defense mechanism of insects against pathogenic and parasitic infections. In mosquitos such as Anopheles gambiae, melanotic encapsulation is a resistance mechanism against certain parasites that cause malaria and filariasis. PO is initially synthesized by hemocytes and released into hemolymph as inactive prophenoloxidase (PPO), which is activated by a serine protease cascade upon recognition of foreign invaders. The mechanisms of PPO activation and PO catalysis have been elusive.
RESULTS: Herein, we report the crystal struct
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Personalized therapies are required for Fabry disease due to its large phenotypic spectrum and numerous different genotypes. In principle, missense mutations that do not affect the active site could be rescued with pharmacological chaperones. At present pharmacological chaperones for Fabry disease bind the active site and couple a stabilizing effect, which is required, to an inhibitory effect, which is deleterious. By in silico docking we identified an allosteric hot-spot for ligand binding where a drug-like compound, 2,6-dithiopurine, binds preferentially. 2,6-dithiopurine stabilizes lysosoma
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We describe the identification of a novel, tumor-specific missense mutation in the active site of casein kinase 1α (CSNK1A1) using activity-based proteomics. Matched normal and tumor colon samples were analyzed using an ATP acyl phosphate probe in a kinase-targeted LC-MS2 platform. An anomaly in the active-site peptide from CSNK1A1 was observed in a tumor sample that was consistent with an altered catalytic aspartic acid. Expression and analysis of the suspected mutant verified the presence of asparagine in the probe-labeled, active-site peptide for CSNK1A1. Genomic sequencing of the colon tum
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Carbohydrate metabolism is the most important physiological process for Schistosoma japonicum which resides in host. However, as a key glycolytic enzyme in carbohydrate metabolism, fructose-1,6-bisphosphate aldolase (FBPA), there is no study on its enzymatic kinetics and antigenic peptides. Here, we report the gene cloning, expression, purification, and kinetics of the FBPA from S. japonicum (sjFBPA). After cloning, sjFBPA gene was introduced into pET-28a and transformed BL21, and a soluble His6-sjFBPA was expressed and purified successfully at the expected molecular mass of ~45 kDa. We first
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Organophosphorus compound (OP) tabun is resistant to reactivate by many oxime drugs after the formation of OP-conjugate with AChE. The reactivation of tabun-inhibited mAChE and site-directed mutants by bispyridinium oxime, K048 (N-[4-(4-hydroxyiminomethylpyridinio)butyl]-4-carbamoylpyridinium dibromide) showed that the mutations significantly poor the overall reactivation efficacy of K048. We have unravelled the lowered efficacy of K048 with the tabun-mutant mAChE(Y337A) using docking and steered molecular dynamics (SMD) simulations. The computed results showed some interesting features for th
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A benzoate CoA ligase (BadA), isolated from the bacterium Rhodopseudomonas palustris, catalyzes the conversion of benzoate to benzoyl CoA on the catabolic pathway of aromatic carboxylic acids. Herein, apparent Michaelis constants K(app)cat and K(app)M were determined for an expanded array of 31 substrates chosen to systematically probe the active site architecture of the enzyme and provide a baseline for expansion of wild-type substrate specificity. Acyl CoA products were observed for 25 of the 31 substrates; in general, BadA converted ortho-substituted substrates better than the corresponding
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Moxidectin is a macrocyclic lactone belonging to milbemycin family closely related to ivermectin and is currently progressing towards Phase III clinical trial against human infection with the filaria Onchocerca volvulus (Leuckart, 1894). There is a single report on the microfilaricidal and embryostatic activity of moxidectin in case of the human lymphatic filarial parasite Brugia malayi (Brug, 1927) in Mastomys coucha (Smith) but without any adulticidal action. In the present study, the in vitro and in vivo antifilarial efficacy of moxidectin was evaluated on, B. malayi. In vitro moxidectin sh
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The electrocatalytic behavior and anodic performance of Sb-SnO2 and nickel-doped Sb-SnO2 (Ni-Sb-SnO2) in sodium sulfate and sodium chloride electrolytes were compared. Nickel-doping increased the service lifetime by a factor of 9 and decreased the charge transfer resistance of the Sb-SnO2 electrodes by 65%. More importantly, Ni doping improved the electrocatalytic performance of Sb-SnO2 for the remediation of aqueous phenol and the inactivation of E. coli by a factor of more than 600% and ∼20%, respectively. In the sulfate electrolyte, the primary reactive oxygen species (ROS) identified were
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Nitrile hydratase (NHase, EC 4.2.1.84) is a metalloenzyme which catalyses the conversion of nitriles to amides. The high efficiency and broad substrate range of NHase have led to the successful application of this enzyme as a biocatalyst in the industrial syntheses of acrylamide and nicotinamide and in the bioremediation of nitrile waste. Crystal structures of both cobalt(III)- and iron(III)-dependent NHases reveal an unusual metal binding motif made up from six sequential amino acids and comprising two amide nitrogens from the peptide backbone and three cysteine-derived sulfur ligands, each a
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ginkgolic acids and urushiols are natural alkylphenols known for their mutagenic, carcinogenic and genotoxic potential. However, the mechanism of toxicity of these compounds has not been thoroughly elucidated so far. Considering that the SIRT inhibitory potential of anacardic acids has been hypothesized by in silico techniques, we herein demonstrated through both in vitro and computational methods that structurally related compounds such as ginkgolic acids and urushiols are able to modulate SIRT activity. Moreover, their SIRT inhibitory profile and cytotoxicity were comparable to sirtinol, a n
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Sialidase catalyzes the removal of a terminal sialic acid from glycoconjugates and plays a pivotal role in nutrition, cellular interactions … rted. This bacterium causes various gastrointestinal diseases. The crystal structure of the Cp-NanI catalytic domain in complex with the best inhibitor, diplacone, is also presented. This structure explains how diplacone generates a stable enzyme-inhibitor complex. These results provide a structural framework for understanding the interaction between sialidase and …
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
BACKGROUND: N-Acetylserotonin O-methyltransferase (ASMT) is an enzyme which by converting nor-melatonin to melatonin catalyzes the final reaction in melatonin biosynthesis in tryptophan metabolism pathway. High Expression of ASMT gene is evident in PPTs. The presence of abnormally high levels of ASMT in pineal gland could serve as an indication of the existence of pineal parenchymal tumors (PPTs) in the brain (J Neuropathol Exp Neurol 65: 675-684, 2006). Different levels of melatonin are used as a trait marker for prescribing the mood disorders e.g. Seasonal affective disorder, bipolar disorde
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
AMSH, a deubiquitinating enzyme (DUB) with exquisite specificity for Lys63-linked polyubiquitin chains, is an endosome-associated DUB that r … ed by facile, simultaneous binding to two ubiquitin groups in a polyubiquitin substrate, one by the catalytic domain of the DUB (binding to the distal ubiquitin) and the other (the proximal ubiquitin) by the ubiquitin interacting motif (UIM) from STAM. Such a mode of binding would stabilize the ubiquitin chain in a productive orientation, resulting in an enhanceme …
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Animal aspartate decarboxylase (ADC), glutamate decarboxylase (GDC) and cysteine sulfinic acid decarboxylase (CSADC) catalyze the decarboxylation of aspartate, glutamate and cysteine sulfinic acid to β-alanine, γ-aminobutyric acid and hypotaurine, respectively. Each enzymatic product has been implicated in different physiological functions. These decarboxylases use pyridoxal 5-phosphate (PLP) as cofactor and share high sequence homology. Analysis of the activity of ADC in the presence of different amino determined that beta-alanine production from aspartate was diminished in the presence of cy
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The rise of inhibitor-resistant and other β-lactamase variants is generating an interest in developing new β-lactamase inhibitors to complement currently available antibiotics. To gain insight into the chemistry of inhibitor recognition, we determined the crystal structure of the inhibitor preacylation complex of sulbactam, a clinical β-lactamase inhibitor, bound in the active site of the S70C variant of SHV-1 β-lactamase, a resistance enzyme that is normally present in Klebsiella pneumoniae. The S70C mutation was designed to affect the reactivity of that catalytic residue to allow for capture
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A structure-based design approach has been applied to develop 2-(arylsulfonyl)oxiranes as potential covalent inhibitors of protein tyrosine phosphatases. A detailed kinetic analysis of inactivation by these covalent inhibitors reveals that this class of compounds inhibits a panel of protein tyrosine phosphatases in a time- and dose-dependent manner, consistent with the covalent modification of the enzyme active site. An inactivation experiment in the presence of sodium arsenate, a known competitive inhibitor of protein tyrosine phosphatase, indicated that these inhibitors were active site boun
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
We recently described the isolation of a basic PLA2 (PhTX-I) from Porthidium hyoprora snake venom. This toxin exhibits high catalytic activity, induces in vivo myotoxicity, moderates footpad edema, and causes in vitro neuromuscular blockade. Here, we describe the chemical modifications of specific amino acid residues (His, Tyr, Lys, and Trp), performed in PhTX-I, to study their effects on the structural, enzymatic, and pharmacological properties of this myotoxin. After chemical treatment, a single His, 4 Tyr, 7 Lys, and one Trp residues were modified. The secondary structure of the protein rem
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Plants produce cyanide (CN-) during ethylene biosynthesis in the mitochondria and require β-cyanoalanine synthase (CAS) for CN- detoxification. Recent studies show that CAS is a member of the β-substituted alanine synthase (BSAS) family, which also includes the Cys biosynthesis enzyme O-acetylserine sulfhydrylase (OASS), but how the BSAS evolved distinct metabolic functions is not understood. Here we show that soybean (Glycine max) CAS and OASS form α-aminoacrylate reaction intermediates from Cys and O-acetylserine, respectively. To understand the molecular evolution of CAS and OASS in the BSA
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Aldose reductase (ALR2) is a crucial enzyme in the development of the major complications of diabetes mellitus. Very recently it has been demonstrated that the ARL2 inhibitor, fidarestat, significantly prevents inflammatory signals (TNF-α, LPS) that cause cancer (colon, breast, prostate and lung), metastasis, asthma, and other inflammatory diseases. Currently, fidarestat is in phase III clinical trial for diabetic neuropathy and was found to be safe. Thus the finding of novel, potent ARL2 inhibitors is today more than in the past in great demand as they can pave the way for a novel therapeutic
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования