Mogroside VI (Mog VI) is a rare triterpene glycoside from Siraitia grosvenorii with promising bioactivities. However, its biosynthesis is limited by a single rate-limiting glycosylation step converting mogroside V, catalyzed by the inherently low-activity plant glycosyltransferase UGT73-327-2. In this study, we applied a structure-guided engineering strategy to overcome this catalytic bottleneck. By combining substrate-channel expansion with catalytic pocket remodeling, the double mutant W192F/K206E was generated, showing a 22.2-fold increase in catalytic activity. Molecular dynamics simulatio
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
This study demonstrates the transformative potential of machine learning in drug discovery by integrating comparative protein and ligand analysis with novel topological machine learning methods. Our approach sifts through large chemical libraries to identify promising molecular structures for targeting specific proteins with high precision. While many machine learning models have proven effective on benchmark datasets, we apply these techniques to discover compounds targeting methylcitrate dehydratase (AcnD), the second enzyme in the bacterial propionate catabolism pathway. Propionate cataboli
СтатьяПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Clostridium species have garnered increasing attention for their ability to convert lignocellulosic biomass into renewable fuels and platform chemicals. Among the enzymes involved in lignin degradation, feruloyl esterases (FAEs) cleave ester bonds between ferulic acid and polysaccharide side chains, thereby facilitating the disruption of lignin-carbohydrate complexes. However, the biochemical and structural properties of Clostridium FAEs remain poorly characterized, with activity studies largely limited to model substrates rather than native lignin-derived compounds. Here, we report the functi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Formate dehydrogenases catalyze the reversible two-electron interconversion of formate and carbon dioxide and generally are assumed to operate through metal-centered redox chemistry at their molybdenum or tungsten active sites. The enzymes also are thought to possess a terminal sulfido ligand which is expected to play a central role in the catalytic mechanism. Here, we investigate the molybdenum-containing formate dehydrogenase FdsDABG from Cupriavidus necator using a combination of Mo K-edge X-ray absorption spectroscopy (XAS), high-energy-resolution fluorescence-detected (HERFD) XAS, extende
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The proteasome inhibitors bortezomib, carfilzomib, and ixazomib all act by inhibiting multiple active sites of both constitutive proteasomes and immunoproteasomes. These clinical anticancer drugs are effective, but also display side effects, and evidence is amassing that their toxicity arises from constitutive proteasome inhibition. In this work, we describe the structure-guided discovery of a new class of pan-immunoproteasome-selective inhibitors. We identified the peptide epoxyketone BocPip-Ser (8), which targets all three human immunoproteasome active sites potently and with excellent selec
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The NAD(P)H:quinone oxidoreductase (NQO1) has also been described as DT-diaphorase and vitamin K reductase. This enzyme serves to reduce quinones including menadiones (vitamin K derivatives). This activity is thought to suppress the reactivity of the soluble quinone pool by accumulation of less reactive hydroquinols. Though it has been alluded to, the role of NQO1 in vitamin K recycling during thrombosis has not been definitively accounted for. Using transient-state kinetics methods, equilibrium titration and X-ray structural methods, we have examined both the observable catalytic steps of hum
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Angiotensin I-converting enzyme (ACE) is a zinc-dependent dipeptidyl carboxypeptidase involved in blood pressure regulation through proteolysis of angiotensin I (Ang-I) into the potent vasoconstrictor, angiotensin II (Ang-II). Inhibition of ACE is therefore used for the treatment of hypertension, heart failure, myocardial infarction, stroke and chronic kidney disease. Current ACE inhibitors (ACEi) bind both the N- and C-catalytic domains of ACE (referred to as nACE and cACE), and this has been linked to the occurrence of side effects due to the wide substrate specificity of ACE. The developmen…
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Substrate channeling enhances efficiency and prevents toxicity by directing unstable intermediates between active sites. Trimethylamine N-oxide demethylase (TDM) degrades trimethylamine N-oxide (TMAO) to dimethylamine and formaldehyde (HCHO), but the fate of HCHO has remained unclear. We report cryo-EM structures of TDM in apo, substrate-, and product-bound states that reveal a previously unknown channeling pathway. Combined structural, biochemical, and target molecular dynamics analyses show that HCHO is generated in a catalytic core and guided through a tunnel to a remote tetrahydrofolate (T
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The nucleotide addition cycle (NAC) of multisubunit DNA-dependent RNA polymerases (RNAPs) involves coordinated conformational changes in conserved active-site structural elements, including the trigger loop (TL). The TL is open (unfolded) in most RNAP structures but can close (fold) in substrate-bound (post- or pretranslocated) states of the RNAP, promoting catalysis. TL closure has been associated with closure of another conserved structural element, the Rim-Helices/F-loop (RH-FL), but the role of the RH-FL in the NAC is unclear. Antibiotic leads CBR9379 and AAP-SO2 inhibit the Escherichia co
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Human neutrophil elastase (HNE) is a primary therapeutic target for the treatment of severe inflammatory disorders. This study explores the HNE-inhibitory potential of peptides derived from Moringa oleifera 2S albumin and chitin-binding proteins, leveraging the inherent proteolytic stability of these defense-related scaffolds. Using a pipeline-assisted approach, mass spectrometry-based proteomics was combined with in silico proteolysis and molecular docking to guide the investigation. Enzyme kinetic studies established a competitive mode of inhibition, confirming the predicted binding mechanis
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Ataxia-Telangiectasia (AT) is a rare neurodegenerative disorder characterized by progressive neuronal loss and chronic neuroinflammation. Emerging evidence indicates that aberrant overexpression of the adaptor protein TYROBP promotes sustained recruitment and activation of spleen tyrosine kinase (SYK), contributing to pathogenic inflammatory signaling in AT. In this study, we applied a drug repositioning strategy to identify clinically approved compounds that inhibit SYK activity. An integrated in silico workflow was employed, combining convolutional neural network (CNN)-based molecular dockin
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The β-lactam class of antibiotics remains indispensable for treating bacterial infections, yet their effectiveness is increasingly compromised by the emergence of carbapenem-hydrolyzing class D β-lactamases, the principal mechanism of carbapenem resistance in Acinetobacter baumannii and an important contributor to resistance in Enterobacterales. This review focuses on the structural biology and enzymatic mechanisms of these enzymes, with particular emphasis on the post-translationally carboxylated Lys73 and the solvent-restricted pocket that encloses this residue. This pocket maintains the lys
СтатьяОбзорПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The lens cells of humans with chronic hyperglycemia show a progressive accumulation of sorbitol by aldose reductase catalysis that ends with cell lysis. Therefore, this work aims to explore metabolites in native plants that prevent cataracts through inhibition of the enzyme aldose reductase. The scrutiny was performed using bioinformatics, chemicals, enzymes, and cataract ex vivo prevention techniques. Eleven Eupatorium spp. were the natural resources explored. Five of them were selected to continue with the phytochemical scrutiny. Twelve pure phytometabolites were obtained with an inhibitory
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Main protease (Mpro) is a cysteine protease enzyme crucial for the replication of SARS-CoV-2, the etiological agent of COVID-19 and thus considered as a viable target for antiviral development. The GC373 compound, an aldehyde-containing inhibitor, is one of the most effective inhibitors that retards the catalytic function of Mpro. A deeper understanding of the inhibitory action of GC373 by providing precise mechanistic details, is pivotal toward developing more potent inhibitors against Mpro. In this work, we provide novel insights into the inhibition mechanism considering different models and
СтатьяПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
As a promising drug target, RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) has attracted much attention recently due to its notable conserved active site, especially in the context of COVID-19 spreading. To inhibit the function of RdRp, a nucleotide analogue is a common choice for acting as a chain terminator or RNA corruptor. Although some nucleotide analogues have shown the ability to terminate the extension of a nascent strand of SARS-CoV-2, most of them are likely to be excised due to the proofreading of SARS-CoV-2 nsp14/nsp10. A previous experimental study found that introducing sulfur modification
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Copper-catalyzed radical C(sp3)‒N coupling has become a major focus in synthetic catalysis over the past decade. However, achieving this reaction manifold by using enzymes has remained elusive. In this study, we introduce a photobiocatalytic approach for radical benzylic C(sp3)‒N coupling using a copper-substituted nonheme enzyme. Using rhodamine B as a photoredox catalyst, we identified a copper-substituted phenylalanine hydroxylase that facilitates enantioconvergent decarboxylative amination between N-hydroxyphthalimide esters and anilines. Directed evolution remodeled the active site, resul
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоддержка правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Water plays an essential role in enzyme structure, stability, and the substantial rate enhancement of enzyme catalysis. However, direct observations linking enzyme catalysis and active-site water dynamics pose a significant challenge due to experimental difficulties. By integrating an ultraviolet (UV) photolysis technique with temperature-controlled X-ray crystallography, we track the catalytic pathway of carbonic anhydrase II (CAII) at 1.2 Å resolution. This approach enables us to construct molecular movies of CAII catalysis, encompassing substrate (CO2) binding, conversion from substrate to
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Escherichia coli (E. coli) repair of iron center protein (also known as YtfE) is a nonheme diiron protein that plays a pivotal role in bacterial responses to nitrosative stress, particularly in nitrite reduction and nitric oxide metabolism. Although previous studies have explored its potential as a nitrite reductase, the detailed catalytic mechanism, especially the role of its diiron center in nitrite reduction, remains poorly understood. In this study, we employed multiscale computational approaches, including quantum mechanics/molecular mechanics (QM/MM), quantum mechanics/molecular mechanic
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
UNLABELLED: Human norovirus (HuNoV) is a leading cause of gastroenteritis worldwide and is associated with significant morbidity, mortality, and economic impact. There are currently no licensed antiviral drugs for the treatment of HuNoV-associated gastroenteritis. The HuNoV protease plays a critical role in the initiation of virus replication by cleaving the polyprotein. Thus, it is an ideal target for developing antiviral small-molecule inhibitors. While rupintrivir, a potent small-molecule inhibitor of several picornavirus proteases, effectively inhibits GI.1 protease, it is an order of magn
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The COVID-19 pandemic has underscored the urgent need for effective antiviral strategies. A promising target is the 3CL protease of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, a crucial enzyme for viral replication. This study explores the structural and functional roles of specific amino acids essential for enzyme activation and dimerization, revealing potential allosteric sites as novel drug targets. Although current drug development efforts primarily focus on active site inhibitors that disrupt enzymatic function, the emergence of drug resistance necessitates alternative targets for in
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования