Exploring protein-protein interaction (PPI) networks during cellular processes is critical for understanding the molecular mechanisms underlying these processes. PL (proximity labeling) is an emerging technique with the potential to be a powerful protein interactomics tool. It employs proximity-labeling enzymes, coupled with mass spectrometry, to covalently label, capture, and identify interacting and neighboring proteins of the bait protein. The development of numerous novel PL enzymes and the improvement of biotin ligase-based enzymes have enabled efficient spatiotemporal mapping of PPIs, es
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Innate immunity senses microbial ligands known as pathogen-associated molecular patterns (PAMPs). Except for nucleic acids, PAMPs are exceedingly taxa-specific, thus enabling pattern recognition receptors to detect cognate pathogens while ignoring others. How the E3 ubiquitin ligase RNF213 can respond to phylogenetically distant pathogens, including Gram-negative Salmonella, Gram-positive Listeria, and eukaryotic Toxoplasma, remains unknown. Here we report that the evolutionary history of RNF213 is indicative of repeated adaptation to diverse pathogen target structures, especially in and aroun
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cereblon/CRBN is a substrate-recognition component of the Cullin4A-DDB1-Roc1 E3 ubiquitin ligase complex. Destabilizing mutations in the human CRBN gene cause a form of autosomal recessive non-syndromic intellectual disability (ARNSID) that is modelled by knocking-out the mouse Crbn gene. A reduction in excitatory neurotransmission has been proposed as an underlying mechanism of the disease. However, the precise factors eliciting this impairment remain mostly unknown. Here we report that CRBN molecules selectively located on glutamatergic neurons are necessary for proper memory function. Combi
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The timing of transcription and replication must be carefully regulated for heavily-transcribed genomes of double-stranded DNA viruses: transcription of immediate early/early genes must decline as replication ramps up from the same genome-ensuring efficient and timely replication of viral genomes followed by their packaging by structural proteins. To understand how the prototypic DNA virus Epstein-Barr virus tackles the logistical challenge of switching from transcription to DNA replication, we examined the proteome at viral replication forks. Specifically, to transition from transcription, th
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Cell division is the basis for the propagation of life and requires accurate duplication of all genetic information. DNA damage created during replication (replication stress) is a major cause of cancer, premature aging and a spectrum of other human disorders. Over the years, TRAIP E3 ubiquitin ligase has been shown to play a role in various cellular processes that govern genome integrity and faultless segregation. TRAIP is essential for cell viability, and mutations in TRAIP ubiquitin ligase activity lead to primordial dwarfism in patients. Here, we have determined the mechanism of inhibition
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The anti-apoptotic MCL1 is critical for delaying apoptosis during mitotic arrest. MCL1 is degraded progressively during mitotic arrest, removing its anti-apoptotic function. We found that knockout of components of ubiquitin ligases including APC/C, SCF complexes, and the mitochondrial ubiquitin ligase MARCH5 did not prevent mitotic degradation of MCL1. Nevertheless, MARCH5 determined the initial level of MCL1-NOXA network upon mitotic entry and hence the window of time during MCL1 was present during mitotic arrest. Paradoxically, although knockout of MARCH5 elevated mitotic MCL1, mitotic apopt…
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
A tyrosine kinase network composed of the TAM receptor AXL and the cytoplasmic kinases LYN and SYK is involved in nilotinib-resistance of chronic myeloid leukaemia (CML) cells. Here, we show that the E3-ubiquitin ligase CBL down-regulation occurring during prolonged drug treatment plays a critical role in this process. Depletion of CBL in K562 cells increases AXL and LYN protein levels, promoting cell resistance to nilotinib. Conversely, forced expression of CBL in nilotinib-resistant K562 cells (K562-rn) dramatically reduces AXL and LYN expression and resensitizes K562-rn cells to nilotinib.
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
von Hippel-Lindau (VHL) tumor suppressor protein-inactivated in VHL disease and sporadic kidney cancer-is a component of an E3 ubiquitin ligase complex that selectively ubiquitinates the alpha subunit of the hypoxia-inducible factor (HIF) transcription factor for subsequent destruction by the 26S proteasome. Here, we report the identification and characterization of the first VHL homologue, VHL-like protein (VLP), located on chromosome 1q21.2. A 676-bp partial cDNA encoding a 139-amino acid protein that is 78% similar to VHL was isolated by reverse transcription-PCR from human brain cerebellum
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Targeted protein degradation is an elegant therapeutic strategy that harnesses the cell's own degradation machinery to selectively eliminate target proteins. This approach marks a paradigm shift in drug discovery, moving beyond traditional occupancy-based inhibition toward target degradation, thereby silencing proteins that have historically resisted pharmacological intervention. Degrader molecules function by inducing proximity between target proteins and effectors, most commonly E3 ubiquitin ligases, triggering their ubiquitylation and proteasomal degradation. Molecular glue degraders - mono…
СтатьяОбзорПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The posttranslational modifier ubiquitin regulates most cellular processes. Its ability to form polymeric chains of distinct linkages is key to its diverse functionality. Yet, we still lack the experimental tools to induce linkage-specific polyubiquitylation of a protein of interest in cells. Here, we introduce a set of engineered ubiquitin protein ligases and matching ubiquitin acceptor tags for the rapid, inducible linear (M1-), K48-, or K63-linked polyubiquitylation of proteins in yeast and mammalian cells. By applying the so-called "Ubiquiton" system to proteasomal targeting and the endocy…
Поиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Dominant mutations in tyrosyl-tRNA synthetase (YARS1) and six other tRNA ligases cause Charcot-Marie-Tooth peripheral neuropathy (CMT). Loss of aminoacylation is not required for their pathogenicity, suggesting a gain-of-function disease mechanism. By an unbiased genetic screen in Drosophila, we link YARS1 dysfunction to actin cytoskeleton organization. Biochemical studies uncover yet unknown actin-bundling property of YARS1 to be enhanced by a CMT mutation, leading to actin disorganization in the Drosophila nervous system, human SH-SY5Y neuroblastoma cells, and patient-derived fibroblasts. Ge…
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
March 8 is a member of a family of transmembrane E3 ubiquitin ligases that have been studied mostly for their role in the immune system. We find that March 8 is expressed in the zebrafish egg and early embryo, suggesting a role in development. Both knock-down and overexpression of March 8 leads to abnormal development. The phenotype of zebrafish embryos and Xenopus animal explants overexpressing March 8 implicates impairment of cell adhesion as a cause of the effect. In zebrafish embryos and in cultured cells, overexpression of March 8 leads to a reduction in the surface levels of E-cadherin, …
СтатьяResearch Support, N.I.H., IntramuralПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
The Trypanosoma brucei editosome catalyzes the maturation of mitochondrial mRNAs through the insertion and deletion of uridylates and contains at least 16 stably associated proteins. We examined physical and functional associations among these proteins using three different approaches: purification of complexes via tagged editing ligases TbREL1 and TbREL2, comprehensive yeast two-hybrid analysis, and coimmunoprecipitation of recombinant proteins. A purified TbREL1 subcomplex catalyzed precleaved deletion editing in vitro, while a purified TbREL2 subcomplex catalyzed precleaved insertion editin…
СтатьяПоддержка службы здравоохранения СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Blue light damage (BLD) is a complex process implicated in a variety of ocular diseases, including age-related macular degeneration and dry eye diseases. However, the molecular mechanisms underlying the BLD process remain largely unknown. In this study, using a mouse model, we identify photoreceptor cilium disruption as a key event in BLD and show that the UFMylation of kinesin family member 11 (KIF11) is decreased under BLD conditions. We further reveal that ubiquitin-fold modifier 1-specific ligase 1 (UFL1), the sole ligase for UFMylation, localizes to the basal body and is required for main
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Drought stress is a major abiotic factor limiting cotton yield and quality. RING-type E3 ubiquitin ligases play central regulatory roles in plant stress responses; however, the functions and regulatory networks of this gene family in cotton drought response remain largely unclear. In this study, we characterized the RING-type E3 ubiquitin ligase gene GhRNG1L from upland cotton (Gossypium hirsutum L.) and demonstrated its role in enhancing drought tolerance in cotton, and we successfully identified its upstream transcription factor GhDREB2B. Functional assays showed that overexpression of GhRNG…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Proteolysis-targeting chimeras (PROTACs) have recently gained popularity as targeted protein degradation (TPD) promises to overcome the limitations of occupancy-driven pharmacology. However, most degraders rely on a small number of E3 ligases. In this study, we present the first-in-class histone deacetylase (HDAC) PROTACs recruiting the DDB1- and CUL4- associated factor 11 (DCAF11). We established a synthesis route entirely on solid-phase to prepare a set of eleven degraders. The long and flexible spacer bearing FF2039 (1j) showed significant HDAC1 and 6 degradation in combination with cytotox…
СтатьяПоиск полного текста в очередиПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Tissue inhibitor of metalloproteinase 1 (TIMP1) has been implicated in prostate cancer (PCa) metastasis. In this study, PC-3M-2B4 cells with TIMP1 knockdown (PC-3M-2B4-shTIMP1) or overexpression (PC-3M-2B4-TIMP1) were generated, and an inverse correlation was found between TIMP1 expression and cell migration and invasion, which was confirmed in vitro and in vivo. Differential TIMP1 expression was accompanied by variations in the expression of the ferroptosis-related proteins, glutathione peroxidase 4 (GPX4), transferrin receptor, transferrin, glutamine cysteine ligase catalytic subunit, and gl
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
As part of its pathogenesis, Salmonella enterica serovar Typhimurium delivers effector proteins into host cells. One effector is SspH2, a member of the so-called novel E3 ubiquitin ligase family, that interacts with and enhances, NOD1 pro-inflammatory signaling, though the underlying mechanisms are unclear. Here, we report that SspH2 interacts with multiple members of the NLRC family to enhance pro-inflammatory signaling by targeted ubiquitination. We show that SspH2 modulates host innate immunity by interacting with both NOD1 and NOD2 in mammalian epithelial cell culture via the NF-κB pathway
СтатьяПоддержка исследования: вне правительства СШАПоиск полного текста в очередиПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Glycogen is the largest cytosolic macromolecule and is kept in solution through a regular system of short branches allowing hydration. This structure was thought to solely require balanced glycogen synthase and branching enzyme activities. Deposition of overlong branched glycogen in the fatal epilepsy Lafora disease (LD) indicated involvement of the LD gene products laforin and the E3 ubiquitin ligase malin in regulating glycogen structure. Laforin binds glycogen, and LD-causing mutations disrupt this binding, laforin-malin interactions and malin's ligase activity, all indicating a critical ro
СтатьяПоддержка NIH: внешняя программаПоддержка исследования: вне правительства СШАПолный текст не найденПеревод пока не подготовлен
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
Lumbar spinal stenosis (LSS), which can lead to irreversible neurologic damage and functional disability, is characterized by hypertrophy an … al stenosis (LSS) and lumbar disc herniation (LDH). Next, the expression of the top 10 E3 ubiquitin ligases, obtained from Gene Expression Omnibus (GEO) dataset GSE113212, was assessed in LDH and LSS, and confirmed that Smurf1 expression was markedly upregulated in the LSS group. Furthermore, Smurf1 overexpression promotes the fibrosis and oxidative stres …
СтатьяПолный текст не найденПеревод в очереди
Обработка статьи · этапы, ошибки и управление
Загрузка состояния…
Ошибки и ограничения
История · было → стало
Состояние обновляется каждые 5 секунд, пока блок открыт. Процент показывается только там, где известен объём работы. Пауза останавливает продолжение этапа; текущий запрос к источнику может завершиться.
MedElevator
Войти в исследования